Die Universität Basel machte zügig voran mit der Umsetzung der Bologna-Deklaration. Nachdem schon auf das Wintersemester 2000/01 das dreistufige System (Bachelor, Master, Doktorat) in den auf diesen Zeitpunkt neu eingerichteten Pflegewissenschaften eingeführt worden war, erfolgte auf das Wintersemester 2002/03 erstmals an einer Schweizer Universität die Umstellung in den gesamten Naturwissenschaften sowie im Bereich Sport. 2003 soll „Bologna“ auf die wirtschaftswissenschaftliche, juristische und geisteswissenschaftliche Fakultät ausgedehnt werden. Erleichtert wird die Umsetzung in Basel durch eine überwiegend positive Einstellung der Studierenden gegenüber dem Bologna-System. Der gesamtschweizerische „Verband der Schweizerischen StudentInnenschaft“ (VSS) und die aus dem Dachverband ausgetretene Genfer Studentenkonferenz äusserten demgegenüber nach wie vor grosse Vorbehalte gegen „Bologna“, da sie in der vorgesehenen Strukturänderung die Gefahr einer Verschulung der Studien und eine Beeinträchtigung der Chancengleichheit sehen.