In der Herbstsession 2021 befasste sich der Nationalrat mit insgesamt neun Standesinitiativen bezüglich einer CO2-Abgabe auf den Flugverkehr respektive einer Besteuerung von Kerosin. Neben der Standesinitiative des Kantons Basel-Stadt standen auch diejenigen der Kantone Genf (Kt.Iv. 19.304), St. Gallen (Kt.Iv. 19.305), Luzern (Kt.Iv. 19.310), Wallis (Kt.Iv. 19.314), Freiburg (Kt.Iv. 19.315), Bern (Kt.Iv. 19.319), Neuenburg (Kt.Iv. 20.317) und Basel-Landschaft (Kt.Iv. 20.319) zur Debatte. Nach einer kurzen Diskussion lehnte der Nationalrat alle Initiativen mit jeweils ähnlichen Stimmenverhältnissen ab. Die Befürworterinnen und Befürworter stammten aus den Reihen der SP- und der Grünen-Fraktionen. Auch einzelne Vertreterinnen und Vertreter der GLP- und der Mitte-Fraktionen stimmten den Initiativen zu.

Die UREK-NR beschäftigte sich im August 2021 mit der Initiative des Kantons Basel-Stadt zu einer Flugticketabgabe sowie mit acht ähnlichen Standesinitiativen (Kt. Iv. GE 19.304; Kt. Iv. SG 19.305; Kt. Iv. LU 19.310; Kt. Iv. VS 19.314; Kt. Iv. FR 19.315; Kt. Iv. BE 19.319; Kt. Iv. NE 20.317 und Kt. Iv. BL 20.319). Die Kommission lehnte die Initiativen allesamt ab. Nach der Ablehnung des totalrevidierten CO2-Gesetzes an der Urne, welches eine Flugticketabgabe beinhaltet hätte, wollte die Mehrheit der UREK-NR nun eine weitreichende Diskussion über die Zukunft des klimaverträglichen Flugverkehrs führen. Sie reichte daher einen eigenen Vorstoss (Po. 21.3973) zu diesem Thema ein.

Der Ständerat beugte sich in der Sommersession 2021 über je eine Initiative des Kantons Basel-Stadt sowie des Kantons Basel-Landschaft (Kt. Iv. 20.319), welche eine Flugticketabgabe sowie die Einführung einer international abgestimmten Kerosinsteuer forderten. Der Ständerat lehnte beide Initiativen ab. UREK-SR-Sprecher Schmid (fdp, GR) resümierte, dass eine Flugticketabgabe in der an der Urne abgelehnten Revision des CO2-Gesetzes vorgesehen gewesen sei. Nun sei aber nicht der richtige Zeitpunkt, um diese Forderung gleich wieder aufs Parkett zu bringen. Es brauche zuerst eine Auslegeordnung zur Klima- und CO2-Thematik, welche die UREK-SR in Kürze vornehmen werde. Die beiden Kantonsvertreterinnen Eva Herzog (sp, BS) und Maya Graf (gp, BL) zeigten sich damit einverstanden, den Initiativen keine Folge zu geben.

Im Dezember 2019 reichte der Kanton Basel-Stadt eine Standesinitiative bezüglich einer Abgabe auf Flugtickets ein; die Höhe der Abgabe solle sich dabei nach der Länge der Flugstrecke richten. Zudem solle sich das Parlament auf internationaler Ebene für eine Kerosinsteuer stark machen. Der Kanton Basel-Stadt gab verschiedene Beweggründe für die Einreichung dieser Initiative an. So decke der Flugverkehr weder seine Infrastrukturkosten, noch die externen Kosten, wie etwa Gesundheitsschäden durch Lärmimmissionen. Auch hätten in Europa bereits andere Staaten eine Flugticketabgabe eingeführt. Auch die Schweiz solle nun wichtige Schritte hin zu mehr Kostenwahrheit und Verursachergerechtigkeit unternehmen. Der Kanton Basel-Stadt begrüsste es zudem, dass beim zu revidierenden CO2-Gesetz eine Flugticketabgabe bereits Gegenstand der Diskussionen war. Mit dieser Initiative und weiteren, bereits eingereichten oder vorgesehenen Standesinitiativen (beispielsweise vom Schwesterkanton Basel-Landschaft) solle der Druck auf das Parlament aufrecht erhalten werden.
Die UREK-SR befasste sich im März 2021 mit der Initiative. Da das CO2-Gesetz mittlerweile beraten und darin eine CO2-Abgabe auf Flugtickets integriert worden war, sprach sich die Kommission einstimmig dafür aus, den Standesinitiativen der beiden Basel keine Folge zu geben.

Mit einem Schreiben des französischen Aussenministeriums vom 18. Juli 2014 ging der Besteuerungsstreit über den Euroairport Basel-Mulhouse (EAP) zwischen Frankreich und der Schweiz in eine neue Runde. Frankreich drängte erneut auf die Einführung der Taxe d’Aviation civile und der Taxe solidarité im Schweizer Sektor des EAP. Andererseits sollen nach französischer Ansicht neu auch die französichen Unternehmens- und Mehrwertsteuersätze angewendet werden. Eine Arbeitsgruppe mit Vertretungen aus den relevanten Bundesämtern sowie aus Basel-Stadt hatte sich seit Juni 2013 wiederholt mit einer Arbeitsgruppe aus Frankreich getroffen, jedoch ohne einen Durchbruch zu erzielen. Im August 2014 erklärte Yves Rossier, Staatssekretär des Aussendepartements, Frankreich beharre auf dem Territorialprinzip und behalte sich unilaterale Massnahmen vor. Das französische Aussenministerium kündete das Ende der Verhandlungen mit Bern für Oktober und die einseitige Einführung der französischen Steuern für Anfang 2015 an. Nicht einverstanden mit dem Vorgehen der französischen Regierung sind auch die Behörden der Elsässer Gemeinden: Politikerinnen und Politiker aus der Region Elsass haben bei der Regierung wiederholt gegen dieses Vorgehen protestiert. Alt Botschafter Thomas Borer wurde von den Unternehmen im Schweizer Sektor des Flughafens als Berater und Vermittler engagiert. Im August wurde von den Medien ein Kompromissvorschlag publik gemacht, der vorsieht, dass Steuererhebung und Gewinnermittlung weiterhin durch die Steuerbehörden von Basel-Stadt vorgenommen werden, der französische Staat aber an den Erträgen beteiligt wird. Dieser Vorschlag sei bereits im Vorjahr von der Koordinationsplattform der Schweizer EAP-Betriebe an die Regierungen beider Länder eingereicht worden.
Auf eine Interpellation von Elisabeth Schneider-Schneiter (cvp, BL) im Juni 2014 antwortete der Bundesrat, er habe Verständnis für die Ansprüche Frankreichs auf die Steuererträge aus dem Schweizer Sektor, er wolle jedoch am binationalen Charakter des Flughafens festhalten. Kritik an der Schweizer Verhandlungsführung kam aus dem Elsass: Nicht alle Argumente würden von der Schweiz genutzt. Frankreich könne nichts diktieren, ein solcher Schritt wäre am Internationalen Gerichtshof in Den Haag einklagbar. Frankreich müsse sich mit der Schweiz in einem Abkommen einigen, sagte Pierre Henner, Präsident des französischen Unterstützervereins des EAP. Bundespräsident Burkhalter äusserte sich nach einem Arbeitsbesuch in Paris Ende Oktober zurückhaltend zum Steuerstreit um den EAP, eine Einigung sei noch nicht erzielt worden.

Auch zwischen Frankreich und der Schweiz entbrannte ein Flughafenstreit: Frankreich gab im Frühsommer bekannt, dass Fluggesellschaften per 1. Juli auch für Flüge ab dem Schweizer Sektor des EuroAirports Basel-Mülhausen die innerfranzösischen Abgaben „Taxe d'aviation civile“ und „Taxe de solidarité“ entrichten müssten. Diese Nachricht stiess bei den Fluggesellschaften sowie in der Basler Regierung, im Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) und im Verkehrsdepartement auf Widerstand; das Vorhaben Frankreichs wurde als „unfreundlicher Akt“ bezeichnet, welcher gegen den binationalen Charakter des Flughafens und gegen den Staatsvertrag zum Flughafen verstosse. Am 21. Juni gab das Französische Transportministerium überraschend bekannt, dass es bereit sei, die Abgaben doch nicht in Kraft zu setzen.

Die durch den zivilen Flugverkehr verursachten Lärmimmissionen beschäftigten 2011 zahlreiche Bürgerinitiativen. Im Januar wurden in beiden Basel zwei von insgesamt rund 8'500 Personen unterschriebene Petitionen eingereicht, die eine Erweiterung der Nachtruhe beim Flughafen Basel-Mülhausen (Euroairport Basel) fordern. Die Nachtruhesperrung sollte dabei in Basel mindestens gleich lang erfolgen wie in Zürich-Kloten (23h00–6h00). Im Zusammenhang mit dem Fluglärm wurde auch der Distriktsrat des Trinationalen Eurodistricts aktiv. Er forderte gegen den Willen der Flughafenbetreiber einen runden Tisch, der sich neben der Lärmfrage mit dem geplanten Bahnanschluss des Flughafens auseinandersetzen soll. Stimmen für eine Ausdehnung der verbindlichen Nachtruhe wurden auch in Genf und Bern laut. Anlässlich einer Rede vor dem Forum der Luftfahrt sprach sich Verkehrsministerin Leuthard für eine gesamtschweizerisch gültige Nachtruheregelung für die zivilen Flughäfen aus. Zum Fluglärmstreit mit Deutschland siehe hier.

La tension est fortement montée chez les riverains bâlois et soleurois de l’aéroport de Bâle-Mulhouse qui se sont plaints auprès de l’OFAC des nuisances occasionnées par la procédure d’atterrissage aux instruments par le sud. Après enquête, l’OFAC a communiqué que les émissions sonores mesurées pour cette approche étaient conformes à la convention conclue entre les autorités aéronautiques françaises et suisses en 2007.

Le DETEC a créé la « Plate-forme de l’aviation suisse ». Les représentants de la Confédération, les aéroports nationaux, les cantons aéroportuaires (ZH, GE, BS, BL), la compagnie Swiss et la société de contrôle aérien Skyguide en font partie. La plate-forme doit permettre un échange d’informations, ainsi que de se pencher sur les conditions générales de l’aviation civile suisse et sur les mesures propres à les améliorer.

En début d’année, les zurichois ont accepté par 55,5% une contribution cantonale de CHF 300 millions au capital de la nouvelle compagnie aérienne. Ils ont aussi approuvé par 67,6% une garantie de CHF 100 millions pour l’aéroport de Kloten. L’aval du souverain zurichois a permis la mise en place de la variante 26/26 (26 court et moyen-courriers et 26 long-courriers). Argovie, Bâle-Campagne, Bâle-Ville, Glaris, Grisons, Neuchâtel, Obwald, Schwyz, St-Gall, Tessin, Valais, et Uri ont également souscrit au capital-actions de la future compagnie. Par contre, Berne, Fribourg, Jura, Lucerne, Schaffhouse, Soleure, Nidwald, Vaud, Zoug ainsi que les villes de Zurich et de Kloten ont refusé d’y participer. Les actionnaires ont prolongé jusqu’au 30 avril 2003 le délai pour le capital autorisé. Divers cantons et communes qui s’étaient déclarés prêts à participer en décembre 2001 n’ont pas encore pu y souscrire, le feu vert du peuple leur faisant notamment encore défaut. Après des mois de spéculations et l’attribution des concessions court, moyen et long-courrier par le DETEC, le nom et la raison sociale de la nouvelle compagnie aérienne ont été dévoilés officiellement en février. Les avions ont volé dès le 31 mars sous le nom de "Swiss" et déclinaient le nom du pays dans les quatre langues nationales : Schweiz, Suisse, Svizzera et Svizra. D’un point de vue légal, la nouvelle société s’appelait Swiss Air Lines Ltd et son siège était à Bâle. Lors de leur assemblée, les actionnaires ont validé ces deux noms. S’estimant floué, SAirGroup a saisit la justice zurichoise pour interdire à Crossair d’utiliser le logo Swiss et l’appellation Swiss Air Lines Ltd. Le Tribunal de commerce de Zurich a refusé d’entrer en matière sur la plainte contre l’utilisation de la marque "Swiss". Il considérait qu’il n’y avait pas de danger de préjudice irréparable pour SAirGroup et que le danger de confusion entre Swiss et Swissair était inexistant, les marques étant nettement distinctes. SairGroup n’a pas recouru. A la fin mars, la cellule d’intervention – task force "pont aérien", créée le 5 octobre 2001 pour assurer l’exploitation du réseau Swissair durant l’horaire d’hiver et faciliter la mise sur pied de la nouvelle compagnie –, a été démantelée. Les actionnaires principaux de Swiss ont prolongé à fin août 2004 la clause de non-vente des actions souscrites à l’occasion de l’augmentation de capital. Celle-ci s’élevait à CHF 2,561 milliards. La décision a été prise par 33 actionnaires, institutionnels et privés, détenant plus de 90% des titres existants. (La Confédération possédait 20,5% des actions, le canton de Zurich 10,2%, les autres cantons 12,1%, l’UBS 10,5%, le Credit Suisse Group 10% et le milliardaire Walter Haefner, fondateur et propriétaire de l’importateur automobile AMAG 6,8%. L’économie privée contrôlait environ deux tiers du capital-actions.)

Par 21 voix contre 2 (2 cantons non représentés), la Conférence des directeurs cantonaux des finances (CDCF) a adopté une résolution invitant l’ensemble des cantons à participer au capital-actions de la nouvelle compagnie aérienne. Les cantons étaient encouragés, mais ils restaient cependant entièrement libres de leur choix. Le gouvernement du canton de Zurich s’est proposé d’assumer la plus grande part de la somme avec CHF 300 millions. Ayant reçu l’aval du parlement cantonal, celle-ci était toutefois conditionnée à son acceptation par le souverain zurichois lors de la votation populaire de janvier 2002. Les autres cantons aéroportuaires se sont aussi engagés à l’achat d’actions de la nouvelle Crossair : CHF 21 millions pour Bâle-Ville et 5 pour Bâle-Campagne; 10 pour Genève sous réserve d’un engagement de tous les autres cantons. Le solde, soit CHF 59 millions, a été réparti entre les 23 autres cantons selon une clé de répartition qui a tenu compte du nombre d’habitants, du revenu cantonal brut et l’éloignement par rapport à l’aéroport de Zurich. Le canton de Berne, qui devait théoriquement verser CHF 10 millions, a immédiatement fait connaître son opposition. St Gall et Soleure ont fait de même. De son côté, Argovie a limité son aide à CHF 3 millions au-lieu des 10 prévus. L’objectif des engagements dans la recapitalisation de Crossair était fixé à CHF 2,74 milliards; le plancher était à CHF 2,2 milliards.

Für die 1970 angekündigte Revision des Luftfahrtgesetzes legte der Bundesrat im Februar einen Entwurf vor (BRG 10828). Dieser enthielt namentlich ein Verbot des Fliegens mit Überschallgeschwindigkeit in der Zivilluftfahrt, eine Ermächtigung des Bundesrates zum Erlass von Bau- und Nutzungsbeschränkungen im Umkreis von Flugplätzen (Lärmzonen) sowie eine Rechtsgrundlage für Massnahmen der kantonalen Polizei zur Verhinderung von Anschlägen. Die Schaffung von Lärmzonen sollte an die Kantone delegiert werden können. An der Freiheit des inländischen Bedarfsluftverkehrs hielt der Entwurf fest. Beide Räte stimmten diesen Neuerungen zu, wobei auf Verlangen des Nationalrats noch eine Ausscheidung von Ruhezonen im Gebirge, die nicht überflogen werden dürfen, vorgesehen wurde. Die Aufnahme eines Nachtflugverbotes drang dagegen nicht durch (BRG 10828). Die 1969 lancierte Verfassungsinitiative gegen den Überschallknall konnte im März eingereicht werden; ihre Urheber sagten jedoch zu, dass sie das Volksbegehren nach Ablauf der Referendumsfrist für die Revision des Luftfahrtgesetzes zurückziehen würden. (Die Initiative erhielt 64'929 Unterschriften.)

Um den Aus- bzw. Neubau von Grossflugplätzen fanden weitere Auseinandersetzungen statt. Das Referendum gegen einen Kredit für den Flughafen Cointrin, das Ende 1970 im Kanton Genf lanciert worden war, blieb zwar erfolglos, doch erhielt die Vorlage bloss ein Zufallsmehr, was nicht zu weiteren Ausbauplänen ermutigte (die Abstimmung über die Voralge ergab 34'583 Ja und 34'259 Nein). Da der nächtliche Fluglärm eine Hauptursache der starken Opposition gewesen war, einigte man sich im Genfer Grossen Rat bereits im Sommer auf ein gesetzliches Nachtflugverbot, zu dessen Erlass freilich der Kanton Genf die Befugnis so wenig besass wie der Kanton Zürich. Das Eidg. Luftamt, das schon 1968 durch eine Verordnung des Bundesrates verpflichtet worden war, in seiner Genehmigungspraxis auf eine Verminderung der An- und Abflüge zwischen 22 und 6 Uhr hinzuwirken, fasste nun die Einführung einer Nachtflugsperre für Kloten und Cointrin ins Auge. Das Projekt eines Pistenausbaus auf dem Flughafen Basel-Mülhausen, für das der Grosse Rat von Baselstadt einen Kredit von CHF 26 Mio bewilligte, scheiterte in der Volksabstimmung; von verschiedener Seite, u. a. von der PdA, wurde dagegen das Referendum ergriffen, und Verfechter des Umweltschutzes bekämpften die Vorlage wegen des Fehlens eines Nachtflugverbots. Flughafenfreundliche Kreise forderten deshalb nach der Abstimmung die Kantonsregierung auf, für ein solches Verbot einzutreten, zu welchem freilich nicht nur eidgenössische, sondern auch französische Instanzen ihre Zustimmung geben müssten. Die Frage eines Grossflugplatzes im Kanton Bern blieb in der Schwebe, da der Bundesrat im Juni die bernische Regierung ersuchte, vor weiteren Schritten den Bericht über seine neue Flughafenkonzeption abzuwarten. Inzwischen stellte die Swissair den Linienverkehr mit Bern ein und eröffnete für die Bundesstadt gemeinsam mit PTT und SBB einen Buszubringerdienst nach Kloten.

Der Versuch der im Raum von Basel domizilierten Gesellschaft Globe Air, ein Grossunternehmen für Charterflüge aufzubauen, der dem Basler Flughafen beträchtliche Frequenzsteigerungen eintrug, endete 1967 mit einem Zusammenbruch. In übersteigertem Expansionsdrang war der Boden seriöser Geschäftsführung und Preiskalkulation verlassen worden, und Missachtungen der Sicherheitsvorschriften hatten das Eidg. Luftamt wiederholt zum Einschreiten veranlasst. Streitigkeiten mit ehemaligen Verwaltungsratsmitgliedern sowie der Absturz einer Globe Air-Maschine über Zypern am 20. April, der 126 Menschenleben forderte, fügten dem Ruf der Gesellschaft weiteren Schaden zu. Nach erfolglosen Sanierungsbemühungen wurde im Oktober der Konkurs eröffnet.

Das Übergewicht, das Zürich und Genf als Flugverkehrsplätze besitzen, gibt im Bereich der übrigen schweizerischen Grossstädte Anlass zu Bemühungen, die Luftverbindungen der eigenen Region zu verbessern. In den Kantonen Waadt und Bern zeitigten solche Bestrebungen, die insbesondere von Kreisen des Tourismus und der Industrie gefördert wurden, neue Flugplatzprojekte, da die bestehenden Anlagen für einen erweiterten Verkehr nicht zu genügen vermöchten. Gegen diese Projekte wandte sich vor allem die Bevölkerung der betroffenen Gegenden, wobei der Fluglärm und der Verlust an Kulturland geltend gemacht wurde; ausserdem wurde gegen die angestrebte staatliche Unterstützung die angespannte Finanzlage ins Feld geführt. In der Waadt wurde die vom Grossen Rat 1965 beschlossene und durch das fakultative Referendum angefochtene Staatsbeteiligung an einem Charterflugplatz bei Etagnières Ende Januar in der Volksabstimmung mit Zweidrittelmehr verworfen; eine Beeinträchtigung erfuhr die Vorlage auch durch die nachträgliche Veröffentlichung einer negativen Stellungnahme des Genfer Staatsrates Ruffieux, durch die das offizielle Argument, Genf befürworte eine Entlastung seines Flughafens vom Charterverkehr, entkräftet wurde. Die waadtländischen Bemühungen um einen neuen Flugplatz wurden allerdings nicht aufgegeben. Für das bernische Projekt eines Flughafens bei Rosshäusern für Linien- und Charterverkehr wurde im Juli an das VED ein Konzessionsgesuch eingereicht. Gegenkundgebungen veranlassten die Regierung, die sich dem Projekt gewogen zeigte, eine genaue Prüfung der Frage zuzusagen. (Die Flugplatzfrage spielte auch im Wahlkampf um das Berner Stadtpräsidium eine Rolle, wobei der siegreiche sozialdemokratische Kandidat eine zurückhaltendere Stellung einnahm.) Auch in Baselstadt kam es zu einer erfolgreichen Referendumsbewegung; sie galt der Beteiligung des Kantons an einer Kapitalerhöhung der Balair, einer eng mit der Swissair verbundenen Gesellschaft, die neben dem Flugplatzdienst Charter- und Linienflüge übernommen hat und über die der Kanton eine bessere Berücksichtigung seiner Linienverkehrsbedürfnisse durch die Swissair erreichen sollte. (Die Verwerfung erfolgte mit 9'717: 6'495 Stimmen.) Bei den Gegnern erregte namentlich ein vermehrtes Engagement des Staates in der Luftverkehrswirtschaft Bedenken.