La députée Humbel (pdc, AG) estime que l'examen d'entrée (numerus clausus) pour les études de médecine humaine ne permet pas de sélectionner à coup sûr les meilleurs candidats. Selon elle, seules les capacités cognitives sont testées, alors que la médecine est un domaine dans lequel les aptitudes pratiques et relationnelles sont tout autant importantes. C'est pour cela qu'elle a déposé, en juin 2015, une motion proposant un test d'aptitudes sous forme de stage pour entrer en faculté de médecine. Le Conseil fédéral s'est opposé à l'objet, expliquant qu'il est premièrement de la compétence des cantons de mettre en place la forme de sélection choisie. De plus, une telle mesure générerait des frais et du temps de travail supplémentaires, sans pour autant décharger le personnel soignant dans leurs tâches. Il ajoute que les quatre cantons pratiquant le numerus clausus (Fribourg, Berne, Bâle et Zurich) se distinguent par un fort taux de réussite dans le cursus de médecine. Le Conseil national, lui, a accepté l'objet, par 134 voix contre 40 et 4 abstentions, lors de la session d'été 2017.

Im Herbst fanden an den Universitäten Basel, Bern, Genf, Lausanne und Zürich Studentenproteste statt. Die Aktivisten an den drei Deutschschweizer Unis besetzten die Aulas und forderten bessere Lernbedingungen. Der Missmut der Studierenden richtete sich insbesondere gegen die Bologna-Reform. Sie kritisierten, dass das Studium immer mehr verschult und auf die Wirtschaft ausgerichtet werde und so Eliteuniversitäten entstünden. Allerdings wurde das Themenspektrum bald so stark ausgeweitet, dass die Proteste in einer Universalkritik gipfelten, die mit der Bologna-Reform nur noch wenig zu tun hatte. Ausserdem fehlte es den Besetzern an Rückhalt, da die Protestaktionen nur von einem kleinen Teil der Studierenden mitgetragen wurden und sich auch die studentischen Körperschaften davon distanzierten.

Die fünf Universitäten mit medizinischen Fakultäten, Basel, Bern, Genf, Lausanne und Zürich, sowie die Tessiner Universität in Lugano gründeten gemeinsam die „Swiss School of Public Health“. Diese soll die Weiterbildung in Gesundheitsökonomie und öffentlicher Gesundheit koordinieren und weiterentwickeln. Schwerpunkte bilden wirtschaftliche Aspekte der medizinischen Versorgung und gesellschaftliche, ökologische und andere Bedingungen für ein gesundes Leben im Sinne der Volksgesundheit. Die sechs Universitäten bieten einzeln oder in Verbünden Absolventen verschiedener Fachrichtungen bereits mehrere Nachdiplom-Programme an. Die im Rahmen der „Schule“ verstärkte Kooperation wird vom Bund in den Jahren 2005-2007 mit 6 Mio Fr. unterstützt.

Äusserungen muslimischer Imame, welche mit der schweizerischen Rechtsordnung nicht vereinbar sind, geben seit Jahren zu Besorgnis Anlass. Immer mehr greift deshalb die Vorstellung um sich, dass die Vorbeter in der Schweiz oder zumindest in Europa ausgebildet werden sollten, um eine Ausbreitung des fundamentalistischen Islam zu verhindern. Die Universitäten von Freiburg, Basel und Luzern erklärten sich bereit, die Frage entsprechender Lehrgänge zu prüfen. In Beantwortung einer Frage im Nationalrat zeigte sich der Bundesrat allerdings skeptisch gegenüber der Idee einer universitären Ausbildung für Imame, da es nicht Aufgabe der Universitäten sei, Leute ohne entsprechenden Vorbildungsausweis auf einen spezifischen Beruf vorzubereiten.

Anfang Jahr präsentierte der Rat der Universität Basel seine Strategie für die Jahre 2005-2008. Einerseits wolle die Universität ihre Leistungen verbessern, d.h. die Life Sciences als Schwerpunkt ausbauen (Aufbau des Institutes für Systembiologie zusammen mit der ETHZ), dem Nachholbedarf in den Rechts- und Sozialwissenschaften Rechnung tragen und die Modernisierung der Lehre weiterführen. Um Defizite zu vermeiden, seien neben Kürzungen in den Fächern Theoretische Mathematik, Kernphysik, Analytische Chemie, Pflanzenphysiologie, Ur- und Frühgeschichte sowie Musikwissenschaften die vollständige Aufhebung der Bereiche Astronomie, Slawistik und Erdwissenschaften notwendig; insgesamt sollen 13 Professuren eingespart resp. umgelagert werden. Gemäss dem Präsidenten des Universitätsrates handle es sich um die grösste Veränderung des Portfolios, die von der Universität je verlangt wurde. Die Pläne lösten eine Protestwelle bei den Studierenden aus, worauf die Universitätsleitung nochmals über die Bücher ging und zum Schluss kam, dass die von der Schliessung bedrohten drei Fächer erhalten werden könnten, wenn sie mit anderen Bereichen oder Hochschulen kooperierten.

Eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Staatssekretär Charles Kleiber hatte sich die Optimierung der Universitätsmedizin im Rahmen eines Gesamtsystems zum Ziel gesetzt. Im Vordergrund standen dabei die künftige Sicherstellung von Qualität und Finanzierbarkeit der humanmedizinischen Fakultäten und Universitätsspitäler. Die Arbeitsgruppe stellte zu diesem Zwecke die Zusammenführung der fünf medizinischen Fakultäten in drei Einheiten (Zürich, Bern-Basel, Lausanne-Genf), ein gemeinsames Finanzierungssystem sowie einheitliche Abgeltungsregelungen und gesamtschweizerische Steuerungsorgane zur Debatte. Eine Motion Gysin (sp, BS), welche die Erhaltung der bestehenden medizinischen Fakultäten von Basel, Bern, Zürich, Lausanne und Genf in einer aufeinander abgestimmten Form als „Medizinische Hochschule Schweiz“ sichern wollte, wurde vom Nationalrat abgelehnt. Wohl würde der Vorstoss richtige Fragen aufwerfen, meinte – ganz im Sinne des Bundesrats – Felix Gutzwiller (fdp, ZH) als Nationalrat und Mitglied einer der betroffenen medizinischen Fakultäten; doch liefen die Forderungen der Motion nach der Superstruktur „Medizinische Hochschule Schweiz“ den bereits laufenden Restrukturierungs- und Kooperationsprozessen zuwider. Definitiv besiegelt wurde der Zusammenschluss der veterinärmedizinischen Fakultäten der Universitäten Bern und Zürich unter dem Namen Vetsuisse.

Life-Science-Aktivitäten der ETHZ und der Universität Basel sollen in Basel zusammengeführt werden. Den „Kick-off“ zu diesem Projekt vollzogen Ende Jahr Spitzenvertreter des Bundes und des Kantons Basel-Stadt sowie der ETH und der Universität Basel. Im neuen Institut sollen Stärken des ETH-Bereichs wie der Universität Basel im biomedizinischen Bereich zusammengefasst werden. Wenn sich die Zusammenarbeit bewährt, soll sie im Hinblick auf die BFT-Botschaft für die Jahre 2008-2011 in die Bildung einer ETH-Institution in Basel münden.

Die Universität Basel machte zügig voran mit der Umsetzung der Bologna-Deklaration. Nachdem schon auf das Wintersemester 2000/01 das dreistufige System (Bachelor, Master, Doktorat) in den auf diesen Zeitpunkt neu eingerichteten Pflegewissenschaften eingeführt worden war, erfolgte auf das Wintersemester 2002/03 erstmals an einer Schweizer Universität die Umstellung in den gesamten Naturwissenschaften sowie im Bereich Sport. 2003 soll „Bologna“ auf die wirtschaftswissenschaftliche, juristische und geisteswissenschaftliche Fakultät ausgedehnt werden. Erleichtert wird die Umsetzung in Basel durch eine überwiegend positive Einstellung der Studierenden gegenüber dem Bologna-System. Der gesamtschweizerische „Verband der Schweizerischen StudentInnenschaft“ (VSS) und die aus dem Dachverband ausgetretene Genfer Studentenkonferenz äusserten demgegenüber nach wie vor grosse Vorbehalte gegen „Bologna“, da sie in der vorgesehenen Strukturänderung die Gefahr einer Verschulung der Studien und eine Beeinträchtigung der Chancengleichheit sehen.

Zur engeren Zusammenarbeit in der pharmazeutischen Lehre unterzeichneten die Leitungen der ETH Zürich und der Universität Basel eine Vereinbarung über ein Zentrum für pharmazeutische Wissenschaften. Das Zentrum setzt sich aus dem betreffenden ETH-Institut und dem analogen Basler Departement zusammen. Statt einer räumlichen Zentralisierung wird eine Verstärkung der Kooperation zwischen den beteiligten Einheiten angestrebt.

Eine im Auftrag der fünf Medizinischen Fakultäten Basel, Bern, Genf, Lausanne und Zürich durchgeführte Analyse der Ärzteausbildung in der Schweiz förderte bedenkliche Resultate zutage. Eine internationale Expertenkommission diagnostizierte sechs Hauptmängel – so die zu starke Ausrichtung der Studiengänge auf Examina, das Vorherrschen von Frontalunterricht, die ungenügende Nutzung computergestützter Lernmethoden, für die Ausbildung ungeeignete Universitätsspitäler, im ersten Jahr überlastete Studienpläne, mangelhafte Begleitung und Beratung der Studierenden sowie die Vernachlässigung der Hausarztmedizin und Grundversorgung im Unterricht. Die betroffenen Fakultäten nahmen die Kritik als Bekräftigung der bereits eingeleiteten Reformmassnahmen entgegen. Die Ergebnisse der im Herbst 1999 abgeschlossenen Vernehmlassung zum revidierten Medizinalberufsgesetz waren im Berichtsjahr Gegenstand einer Auswertung durch das Bundesamt für Gesundheit. Eine entsprechende Vorlage an das Parlament wurde für Spätsommer 2001 in Aussicht gestellt.