La reconnaissance des trois Etats baltes, des douze républiques de l'ex-URSS, puis, par la suite, des trois républiques de l'ex-Yougoslavie a posé certains problèmes de financement et de personnel lors de l'établissement de relations diplomatiques avec ces nouveaux Etats. En effet, le DFAE, qui estimait nécessaire la création d'environ 70 postes de diplomates et d'employés d'ambassade, a vu ses ambitions réduites par le DFF pour des motifs budgétaires. Face à l'impossibilité d'ouvrir des instances de représentation dans chacun de ces Etats, le Conseil fédéral a décidé de créer trois nouvelles ambassades en Lettonie, en Ukraine et en Albanie, et de transformer le consulat général de Zagreb en ambassade, laquelle sera responsable de la Croatie et de la Slovénie. L'ambassade suisse de Lettonie sera également responsable de la Lituanie; celle de la Finlande se chargeant de l'Estonie. A Kiev, la nouvelle ambassade s'occupera d'une ou deux républiques voisines; quant à l'ambassade de Moscou, qui sera renforcé en personnel, il continuera de s'occuper des autres républiques de l'exURSS.