Im Januar 2016 kam nach Monaten der Unsicherheit wieder Bewegung in den Besteuerungsstreit über den Euroairport Basel-Mulhouse (EAP) zwischen Frankreich und der Schweiz. Bei einem Treffen des französischen Präsidenten François Hollande und Bundesrat Schneider-Ammann in Colmar (F) wurde eine Erklärung zur Beilegung des Konflikts unterzeichnet. Dass der Erklärung aber über Monate kein Abkommen folgte, führte bei den am Flughafen angesiedelten Unternehmen zu Nervosität. Im November 2016 konnten schliesslich Staatssekretär Yves Rossier und Christian Masset, Generalsekretär des französischen Ministeriums für auswärtige Angelegenheiten und internationale Entwicklung, ein Abkommen erreichen, das den Streit beenden konnte. Gemäss dem Abkommen kommt im Schweizer Sektor des Flughafens weiterhin die Schweizer Mehrwertsteuer zur Anwendung. Die Unternehmenssteuereinnahmen des Flughafens werden zwischen Frankreich und der Schweiz aufgeteilt und es wird die französische Einkommenssteuer und die Schweizer Kapitalsteuer erhoben. Zudem wird der Aufwand der französischen Flugaufsichtsbehörde im Schweizer Sektor neu abgegolten.
Der Bundesrat genehmigte das Abkommen in seiner Sitzung vom 25. Januar 2017. Im Februar 2017 genehmigte die EU Frankreich eine Ausnahme, die es erlaubt, dass im Schweizer Sektor die Schweizer Mehrwertsteuer erhoben wird.

Als Mitglied des Einheitlichen Europäischen Luftraums Single European Sky (SES) übernahm die Schweiz im August des Berichtsjahrs die Verordnungen der EU für den funktionalen Luftraumblock für Zentraleuropa (Functional Airspace Block Europe Central, FABEC). Der Block soll künftig die Flugsicherung der Benelux-Staaten, Frankreichs, Deutschlands und der Schweiz zusammenfassen. Zum Mandatsentwurf zwecks Aufnahme von Verhandlungen mit der EU über Inlandflüge (Kabotage-Recht) siehe hier.

Dans le cadre du projet de Ciel unique européen, la Suisse, l’Allemagne, la France, la Belgique, les Pays-Bas et le Luxembourg ont signé un traité prévoyant la gestion en commun de leurs espaces aériens au sein du Bloc d’espace aérien fonctionnel Europe centrale (FABEC). Le FABEC, qui représente 55% du trafic aérien européen, vise à améliorer la coopération afin de faire face à la croissance attendue du trafic.

À l’occasion de leur rencontre à Vienne (A), les ministres des transports des pays alpins ont apporté leur soutien à l’introduction de systèmes de régulation du trafic tels qu’une bourse du transit alpin et l’échange de droits d’émissions afin de réduire l’impact écologique du trafic de marchandises et d’en améliorer la sécurité. Ils ont par ailleurs convenu de procéder en trois étapes. Dans un premier temps, il s’agit de favoriser l’utilisation des camions les moins polluants. Ensuite, la mise en œuvre du concept « Toll+ » par l’alignement des redevances nationales des autres pays alpins sur la redevance suisse pour les poids lourds liée aux prestations (RPLP) doit permettre d’internaliser les coûts externes du trafic. Enfin, un transfert notable de la route au rail sera réalisé grâce à l’introduction d’instruments de pilotage limitatifs tels que la bourse du transit alpin et le marché des droits d’émission. Moritz Leuenberger, qui a pris la présidence de la conférence des ministres des transports des pays alpins pour la période 2009-2011, a reçu de ses homologues le mandat d’étudier les conditions de mise en œuvre de la démarche et a fait part de sa volonté de présenter, d’ici à 2011, un projet réalisable. La principale difficulté de l’entreprise consiste à trouver une solution acceptable pour l’UE, notamment du point de vue de sa conformité au droit européen, l’UE ne menant pas pour l’heure une politique de transfert, contrairement à la Suisse et à l’Autriche.

En fin d’année, le directeur de l’OFAC et le chef de l’Etat-major des Forces aériennes ont signé conjointement avec leurs homologues allemands, belges, français, luxembourgeois et néerlandais une déclaration d’intention en vue de la création d’un bloc d’espace aérien couvrant les six Etats et baptisé FABEC (pour Functional Airspace Block Europe Central). Cette démarche est conçue dans la perspective du projet de Ciel unique européen (Single European Sky, SES) lancé par l’UE. Les prestataires de services de navigation aérienne concernés, notamment Skyguide, ont pour leur part conclu un accord jetant les bases d’une collaboration renforcée sur le plan opérationnel. Si les travaux ont déjà débuté, l’accord international créant formellement le FABEC sera soumis aux chambres fédérales en 2010.

Im Herbst beschlossen die sechs Verkehrsminister der Alpenländer Deutschland, Frankreich, Italien, Österreich, Slowenien und Schweiz, neue Lösungen für den Transitverkehr durch die Alpen zu erarbeiten. Eine gemeinsam zu erstellende Studie soll die Möglichkeiten einer Alpentransitbörse aufzeigen. EU-Verkehrskommissar Barrot sagte die finanzielle Unterstützung der Europäischen Union zu.

Après Air Littoral et Air Outre-Mer (AOM), Swissair a pris le contrôle de 86% des actions d'Air Liberté avec l'aide de la société d'investissement française Taitbout. Air Liberté rejoignait ainsi le Qualiflyer Group (Alliance aérienne de SAirgroup). Le rachat a été fait à British Airways. L'acquisition de ces trois compagnies d'aviation déficitaires permettait au SAirGroup d'avoir un pied en France et de faire concurrence à AirFrance. Durant l'été, la Commission Européenne a donnée son feu vert à la fusion des trois sous la même holding.

En décembre, lors de la réunion des ministres européens des affaires étrangères, le bouclement de l'ensemble des bilatérales a encore butté sur le transport aérien. Le refus de la France d'accorder à la Suisse les 5e et 7e libertés de vol dans le domaine a repoussé la conclusion définitive des bilatérales. Par la suite, à Vienne, la France leva ses dernières réserves, permettant de conclure les négociations bilatérales au niveau ministériel. Suite à cet accord, le Conseil fédéral a exprimé sa satisfaction et insisté sur l'importance de la conclusion des bilatérales pour améliorer la compétitivité de l'économie suisse et atténuer les effets négatifs d'un isolement en Europe. Finalement, le dossier sur le trafic aérien a répondu à toutes les revendications suisses.

Plusieurs pays membres de l'UE ont vivement contesté le compromis de Kloten. L'Allemagne jugeait la taxe trop élevée. L'Autriche redoutait que la taxe soit dissuasive, ne permettant pas de détourner le trafic du Brenner. Elle a déclaré qu'elle n'accepterait pas d'être moins bien traitée que la Suisse par l'UE. Relevons aussi que l’Autriche a dépassé le coût maximal autorisé par la directive sur l'eurovignette pour le passage du Brenner. Cela lui valu une plainte de Bruxelles auprès de la Cour européenne de justice. La France, l'Espagne et le Portugal ont contesté les concessions consenties à la Suisse dans le domaine aérien. Les transporteurs italiens, quant à eux, se sont opposés durement au projet, menaçant de prendre des mesures de rétorsion contre la Suisse. Ils ont revendiqué, entre autres, la suppression de l'interdiction de circuler la nuit.