Im Januar 2016 kam nach Monaten der Unsicherheit wieder Bewegung in den Besteuerungsstreit über den Euroairport Basel-Mulhouse (EAP) zwischen Frankreich und der Schweiz. Bei einem Treffen des französischen Präsidenten François Hollande und Bundesrat Schneider-Ammann in Colmar (F) wurde eine Erklärung zur Beilegung des Konflikts unterzeichnet. Dass der Erklärung aber über Monate kein Abkommen folgte, führte bei den am Flughafen angesiedelten Unternehmen zu Nervosität. Im November 2016 konnten schliesslich Staatssekretär Yves Rossier und Christian Masset, Generalsekretär des französischen Ministeriums für auswärtige Angelegenheiten und internationale Entwicklung, ein Abkommen erreichen, das den Streit beenden konnte. Gemäss dem Abkommen kommt im Schweizer Sektor des Flughafens weiterhin die Schweizer Mehrwertsteuer zur Anwendung. Die Unternehmenssteuereinnahmen des Flughafens werden zwischen Frankreich und der Schweiz aufgeteilt und es wird die französische Einkommenssteuer und die Schweizer Kapitalsteuer erhoben. Zudem wird der Aufwand der französischen Flugaufsichtsbehörde im Schweizer Sektor neu abgegolten.
Der Bundesrat genehmigte das Abkommen in seiner Sitzung vom 25. Januar 2017. Im Februar 2017 genehmigte die EU Frankreich eine Ausnahme, die es erlaubt, dass im Schweizer Sektor die Schweizer Mehrwertsteuer erhoben wird.

Als Mitglied des Einheitlichen Europäischen Luftraums Single European Sky (SES) übernahm die Schweiz im August des Berichtsjahrs die Verordnungen der EU für den funktionalen Luftraumblock für Zentraleuropa (Functional Airspace Block Europe Central, FABEC). Der Block soll künftig die Flugsicherung der Benelux-Staaten, Frankreichs, Deutschlands und der Schweiz zusammenfassen. Zum Mandatsentwurf zwecks Aufnahme von Verhandlungen mit der EU über Inlandflüge (Kabotage-Recht) siehe hier.

Dans le cadre du projet de Ciel unique européen, la Suisse, l’Allemagne, la France, la Belgique, les Pays-Bas et le Luxembourg ont signé un traité prévoyant la gestion en commun de leurs espaces aériens au sein du Bloc d’espace aérien fonctionnel Europe centrale (FABEC). Le FABEC, qui représente 55% du trafic aérien européen, vise à améliorer la coopération afin de faire face à la croissance attendue du trafic.

À l’occasion de leur rencontre à Vienne (A), les ministres des transports des pays alpins ont apporté leur soutien à l’introduction de systèmes de régulation du trafic tels qu’une bourse du transit alpin et l’échange de droits d’émissions afin de réduire l’impact écologique du trafic de marchandises et d’en améliorer la sécurité. Ils ont par ailleurs convenu de procéder en trois étapes. Dans un premier temps, il s’agit de favoriser l’utilisation des camions les moins polluants. Ensuite, la mise en œuvre du concept « Toll+ » par l’alignement des redevances nationales des autres pays alpins sur la redevance suisse pour les poids lourds liée aux prestations (RPLP) doit permettre d’internaliser les coûts externes du trafic. Enfin, un transfert notable de la route au rail sera réalisé grâce à l’introduction d’instruments de pilotage limitatifs tels que la bourse du transit alpin et le marché des droits d’émission. Moritz Leuenberger, qui a pris la présidence de la conférence des ministres des transports des pays alpins pour la période 2009-2011, a reçu de ses homologues le mandat d’étudier les conditions de mise en œuvre de la démarche et a fait part de sa volonté de présenter, d’ici à 2011, un projet réalisable. La principale difficulté de l’entreprise consiste à trouver une solution acceptable pour l’UE, notamment du point de vue de sa conformité au droit européen, l’UE ne menant pas pour l’heure une politique de transfert, contrairement à la Suisse et à l’Autriche.

En fin d’année, le directeur de l’OFAC et le chef de l’Etat-major des Forces aériennes ont signé conjointement avec leurs homologues allemands, belges, français, luxembourgeois et néerlandais une déclaration d’intention en vue de la création d’un bloc d’espace aérien couvrant les six Etats et baptisé FABEC (pour Functional Airspace Block Europe Central). Cette démarche est conçue dans la perspective du projet de Ciel unique européen (Single European Sky, SES) lancé par l’UE. Les prestataires de services de navigation aérienne concernés, notamment Skyguide, ont pour leur part conclu un accord jetant les bases d’une collaboration renforcée sur le plan opérationnel. Si les travaux ont déjà débuté, l’accord international créant formellement le FABEC sera soumis aux chambres fédérales en 2010.

Im Herbst beschlossen die sechs Verkehrsminister der Alpenländer Deutschland, Frankreich, Italien, Österreich, Slowenien und Schweiz, neue Lösungen für den Transitverkehr durch die Alpen zu erarbeiten. Eine gemeinsam zu erstellende Studie soll die Möglichkeiten einer Alpentransitbörse aufzeigen. EU-Verkehrskommissar Barrot sagte die finanzielle Unterstützung der Europäischen Union zu.

Après Air Littoral et Air Outre-Mer (AOM), Swissair a pris le contrôle de 86% des actions d'Air Liberté avec l'aide de la société d'investissement française Taitbout. Air Liberté rejoignait ainsi le Qualiflyer Group (Alliance aérienne de SAirgroup). Le rachat a été fait à British Airways. L'acquisition de ces trois compagnies d'aviation déficitaires permettait au SAirGroup d'avoir un pied en France et de faire concurrence à AirFrance. Durant l'été, la Commission Européenne a donnée son feu vert à la fusion des trois sous la même holding.

En décembre, lors de la réunion des ministres européens des affaires étrangères, le bouclement de l'ensemble des bilatérales a encore butté sur le transport aérien. Le refus de la France d'accorder à la Suisse les 5e et 7e libertés de vol dans le domaine a repoussé la conclusion définitive des bilatérales. Par la suite, à Vienne, la France leva ses dernières réserves, permettant de conclure les négociations bilatérales au niveau ministériel. Suite à cet accord, le Conseil fédéral a exprimé sa satisfaction et insisté sur l'importance de la conclusion des bilatérales pour améliorer la compétitivité de l'économie suisse et atténuer les effets négatifs d'un isolement en Europe. Finalement, le dossier sur le trafic aérien a répondu à toutes les revendications suisses.

Plusieurs pays membres de l'UE ont vivement contesté le compromis de Kloten. L'Allemagne jugeait la taxe trop élevée. L'Autriche redoutait que la taxe soit dissuasive, ne permettant pas de détourner le trafic du Brenner. Elle a déclaré qu'elle n'accepterait pas d'être moins bien traitée que la Suisse par l'UE. Relevons aussi que l’Autriche a dépassé le coût maximal autorisé par la directive sur l'eurovignette pour le passage du Brenner. Cela lui valu une plainte de Bruxelles auprès de la Cour européenne de justice. La France, l'Espagne et le Portugal ont contesté les concessions consenties à la Suisse dans le domaine aérien. Les transporteurs italiens, quant à eux, se sont opposés durement au projet, menaçant de prendre des mesures de rétorsion contre la Suisse. Ils ont revendiqué, entre autres, la suppression de l'interdiction de circuler la nuit.

L'UE ayant accepté en décembre 1996 de reconnaître à la Confédération le droit de substituer à la limite des 28 tonnes des mesures fiscales à même de promouvoir le transfert du trafic routier sur le rail, la Suisse se devait de préciser le montant maximal qu'elle entendait percevoir. Ceci fut fait à la fin janvier lorsque le Conseil fédéral proposa le montant de CHF 600, valable dès 2005 pour un 40 tonnes parcourant l'axe Bâle-Chiasso et comprenant tant la nouvelle taxe poids lourd (CHF 360) que la redevance alpine (CHF 200). Ayant à l'esprit une taxation ne dépassant pas les CHF 340, la Commission européenne, puis les ministres des transports des pays membres rejetèrent très sèchement la proposition helvétique, jugée prohibitive et ne diminuant en rien le trafic de détournement par l'Autriche et la France. A cette critique le conseiller fédéral M. Leuenberger répondit que les montants proposés par la Suisse étaient tout à fait semblables, voire inférieurs à ceux valables actuellement sur les axes du Brenner (A) et du Mont Blanc (F), si l'on prenait en compte notamment les péages autoroutiers des pays européens ainsi que les frais d'exploitation plus élevés sur ces axes.
Sur les deux autres principaux points d'achoppement du dossier – à savoir la possibilité pour un certain nombre de 40 tonnes de traverser la Suisse dès l'entrée en vigueur de l'accord et l'accès illimité aux villes du Plateau – l'Union européenne a également demandé à la Suisse de revoir sa copie. Acceptant certes de fondre ensemble les deux requêtes, l'UE a plus particulièrement demandé qu'un contingent de 100'000 poids lourds - et non uniquement les 30'000 proposés par le gouvernement helvétique et prévus d'ores et déjà par l'accord sur le transit – soit dès 1999 autorisé à circuler librement sur territoire suisse (trafic bilatéral et trafic de transit), ce chiffre devant être porté à 200'000 en 2000 et à 350'000 en 2001.

Signalons qu'en ce qui concerne l'exigence européenne de lever l'interdiction de circuler la nuit, le conseil fédéral a proposé, dans le cadre de la révision de l'ordonnance sur les règles de circulation routière, de raccourcir d'une heure la durée de l'interdiction. Devant l'écho plutôt négatif rencontré lors de la procédure de consultation, le gouvernement a toutefois préféré faire marche arrière. La plupart des milieux consultés, à l'exception du PRD et des milieux économiques, ont en effet relevé qu'il était inopportun de faire cette concession sans contrepartie européenne. La nouvelle ordonnance prévoit quand même d'assouplir les conditions prévalant pour les denrées périssables: celles-ci pourront être transportées nuitamment toute l'année. Notons également que le conseil fédéral a élargi de 10 à 30 kilomètres le rayon des zones autour des gares de transbordement au sein desquelles les 40 tonnes sont autorisés à acheminer leur chargement.

Réunis à nouveau au mois de juin à Luxembourg, les ministres des transports ont accueilli avec une grande satisfaction l'engagement ferme et précis des autorités helvétiques sur la question des 40 tonnes, regrettant toutefois que ces dernières se montrent si intransigeantes sur la question plus particulière du libre accès aux villes du Plateau. Tout autre en revanche fut le ton adopté par l'UE au sujet des propositions faites en matière de fiscalité routière, les Etats membres estimant inacceptables les nouvelles taxes envisagées par la Suisse. De nombreux pays (Allemagne, Italie, et Hollande), peu enclins à réaliser le principe de la vérité des coûts, ont souligné que la contrepartie fiscale exigée par la Confédération impliquerait un renchérissement très important du trafic routier. Plus favorables à une fiscalité visant à internaliser les coûts du trafic routier, la France et l'Autriche ont pour leur part relevé que l'introduction non concertée de telles mesures aurait pour conséquence un accroissement ultérieur du trafic sur leurs axes nationaux respectifs d'ores et déjà surchargés. Première concernée par la politique de la Confédération en la matière, l'Autriche a notamment précisé qu'elle s'opposerait fermement à toute concession faite à la Suisse sur cette question tant que l'UE lui interdirait de prendre des mesures similaires.

Mentionnons également que les Quinze ont rejeté un projet d'accord de la Commission européenne qui prévoyait, parallèlement à la hausse progressive du tonnage autorisé sur les routes helvétiques, l'adaptation concertée des fiscalités routières européennes et suisses au principe de la vérité des coûts. Selon les ministres respectifs des différents Etats-membres, un accord avec la Suisse ne devait pas entraîner des décisions précipitées liant les mains de l'UE en la matière, la question de la vérité des coûts n'ayant encore été que très peu discutée au sein de l'Union. La Commission envisageant par ailleurs de percevoir sur les axes de transit alpins une taxe spécifique à cet espace géographique, l'Allemagne et la Hollande ont pour leur part clairement fait savoir qu'elles s'opposeraient à toute solution limitée à l'arc alpin. Selon ces deux pays, les problèmes du trafic poids lourd ne sont pas limités aux Alpes.

Conscient de la détermination de l'UE sur la question des 28 tonnes, le Conseil fédéral a révisé le mandat de négociations de ses représentants, à la suite d'une large consultation intérieure avec les partis et les principaux milieux concernés. A la différence des propositions précédentes, le nouveau mandat prévoit explicitement d'abolir la limite des 28 tonnes. Plus précisément, cette limite devrait être dès 2001 rehaussée à 34 tonnes, puis en 2005 totalement abandonnée, la Suisse reprenant alors la législation européenne en matière de tonnage. Parallèlement, pour respecter les exigences de l'initiative des Alpes, des mesures fiscales – principalement la taxe poids lourd liée aux prestations et la redevance alpine – seraient progressivement introduites afin de réaliser le transfert du trafic de la route au rail (2001: taxe poids lourd; 2005: taxe sur le transit alpin). Le montant de ces nouvelles taxes devrait être harmonisé avec celui en vigueur en Europe afin d'éviter tout effet de contournement du trafic aux dépens de l'Autriche et de la France. Cependant, une clause de sauvegarde devrait permettre à la Confédération de prélever des taxes suffisamment élevées au plus tard en 2005, ce même dans l'hypothèse où l'UE n'aurait pu adapter sa fiscalité routière au principe de la vérité des coûts. En ce qui concerne l'accès immédiat au Plateau pour les 40 tonnes européens, le Conseil fédéral a en revanche refusé d'aller dans le sens désiré par les Quinze, estimant notamment impossible de s'assurer que les poids lourds de ce gabarit se limitent bel et bien aux seules grandes villes helvétiques.

Les négociations entre la Suisse et l'Union européenne sur la question des transports aériens et terrestres ont enfin pu débuter au printemps. Après deux ans de travaux préparatoires et d'atermoiements, dus entre autres à l'adoption de l'initiative des Alpes en 1994, les ministres des transports des Quinze ont adopté le mandat de négociations présenté par la Commission européenne. Cette ouverture des pourparlers, promise par les Etats-membres pour le début de l'année, était pourtant loin d'être acquise quelques semaines auparavant: la Suisse ayant paraphé avec les Etats-Unis en février un accord de libéralisation de l'espace aérien entre les deux pays, certains pays membres de l'Union, principalement l'Italie et le Portugal, qui craignaient des conséquences négatives pour leur compagnie nationale, ont fait pression pour que l'ouverture des négociations soit retardée jusqu'à ce que la Confédération dénonce cet accord. Heureusement pour la Suisse, les ministres européens, plus particulièrement ceux britannique et français, ont estimé qu'il n'était plus possible de repousser à plus tard la perspective d'un accord indispensable aux deux parties.
Les ministres européens ont néanmoins chargé la Commission de procéder à une étude sur les conséquences de l'accord «open sky» sur la marché aérien européen. Ils ont également exigé qu'une clause soit introduite dans le futur accord avec la Suisse afin de permettre à l'UE de rompre ce dernier si la Confédération devait signer un traité avec des pays tiers à même de porter préjudice à l'Union. En fin d'année, la Commission européenne a rendu publiques les conclusions de son étude, estimant que l'accord entre la Suisse et les Etats-Unis n'avait qu'une influence négligeable sur le marché aérien européen et que, par conséquent, il ne devait pas affecter les négociations entre l'UE et la Suisse.

Réagissant à l'acceptation de l'initiative des Alpes et doutant que cette dernière soit compatible avec l'accord sur le transit, la Commission européenne ainsi que le Conseil des ministres des transports européens ont regretté la décision du souverain helvétique et ont décidé de réévaluer l'ensemble des relations de l'UE avec la Suisse. De fait, les négociations bilatérales qui devaient débuter en avril ont été reportées. En outre, à l'exception de l'Autriche, qui connaît des problèmes identiques à ceux de la Suisse en matière de transit, et de la Grande-Bretagne, plutôt compréhensive, la plupart des pays européens ont fait part individuellement de leur désapprobation, voire de leur condamnation. La France et l'Allemagne, notamment, ont eu des mots sévères pour qualifier la décision suisse. Pour leur part, les transporteurs des pays européens ont proposé de mettre en oeuvre des mesures de rétorsion.