Le Conseil des Etats s'est penché sur le projet de la CIP-CE faisant suite aux initiatives cantonales (14.316 et 14.307) visant l'autonomie cantonale en matière de procédure électorale. Le débat sur l'entrée en matière a suscité de nombreuses discussions. Le résultat de la procédure de consultation a été à maintes reprises mobilisé pour soutenir la divergence de positions entre les cantons. La question de la garantie des droits fondamentaux inscrits dans la Constitution aux articles 8 et 34 a également été soulevée. Une comparaison avec la procédure électorale du Conseil national a également été faite, pour dénoncer l'ingérence du Tribunal fédéral dans l'organisation et les procédures électorales cantonales. L'entrée en matière a été finalement décidée par 26 voix contre 14.
Le débat s'est poursuivi lors de la discussion par article. L'alinéa 1bis ajouté à l'article 39 Cst sur proposition de la majorité de la commission est approuvé par 24 voix contre 16. Au vote d'ensemble, le projet de la CIP-CE est alors adopté par 26 voix contre 15. Les représentantes et représentants des cantons de Vaud, de Neuchâtel, du Jura, de Bâle-Ville et de Bâle-Campagne ont voté selon la position de leur canton lors de la procédure de consultation, à savoir contre une modification constitutionnelle ou en faveur de la proposition de la minorité. Robert Cramer (verts, GE) et Paul Rechsteiner (ps, SG) ont statué, comme leur canton, en faveur de la proposition de la minorité. Daniel Jositsch (ps, ZH) a défendu la position du canton de Zurich en faveur de la proposition de la minorité, a contrario de Ruedi Noser (plr, ZH). Finalement, Pascale Bruderer Wyss (ps, AG), Hans Stöckli (ps, BE) et Roberto Zanetti (ps, SO) n'ont pas représenté l'avis de leur canton, en votant contre le projet de la commission. Sous l'angle partisan, sept des huit parlementaires contre le projet, sont socialistes. Ces derniers ont supporté l'avis de leur parti. C'est au tour du Conseil national de se prononcer sur le projet.

En juin 2017, le Conseil national a choisi de ne pas entrer en matière sur une initiative parlementaire Eymann (plr, BS) demandant la représentation au sein du Conseil des hautes écoles pour toutes les collectivités responsables d'une haute école. Par une modification de l'article 12 de la loi sur l'encouragement et la coordination des hautes écoles (LEHE), le député bâlois souhaitait permettre une représentation selon lui plus fidèle des collectivités déterminantes notamment dans le financement des hautes écoles et universités. Il prend l'exemple du canton de Bâle-campagne, qui malgré l'importante part de son budget allouée à l'éducation tertiaire et au nombre d'étudiants qu'il compte, ne peut siéger au Conseil des hautes écoles (CSHE). Allant dans ce sens, une motion (11.3798) du député Janiak avait été déposée en 2011 et demandait la reconnaissance du canton en tant que canton universitaire. Ces deux objets n'ont pas passé la rampe, notamment parce que la chambre basse a estimé que la répartition des représentations est une compétence avant tout cantonale et que l'université de Bâle serait surreprésentée par une répartition différente. L'initiative parlementaire Eymann a été balayée par 121 voix contre 50 avec 7 abstentions.

Als Folge der abgelehnten Kantonsfusion der beiden Basel gewann die Idee eines Vollkantons oder zumindest einer je doppelten Ständeratsvertretung für Basel-Stadt und Basel-Landschaft wieder an Fahrt. Bereits 1995 hatte Hans Rudolf Gysin – damals noch Nationalrat für Basel-Landschaft – eine entsprechende parlamentarische Initiative eingereicht, die allerdings auch aufgrund des Widerstands der Regierung von Basel-Stadt gescheitert war. Derselbe Gysin hatte 2014 eine kantonale Initiative eingereicht, die den Baselbieter Regierungsrat auffordert, eine eidgenössische Volksinitiative zu lancieren, mit der ein Vollkanton Basel-Landschaft umgesetzt werden soll. Das in der BaZ als "Schnapsidee" bezeichnete Vorhaben stiess laut einer von derselben Zeitung bei nationalen Parlamentarierinnen und Parlamentariern durchgeführten Umfrage auf wenig Wohlwollen. Zwar sei die Wirtschaftskraft der Nordwestschweiz so gross, dass lediglich zwei Ständeräte die Bedeutung derer nicht widerspiegelten; mit diesem Argument müssten aber auch andere Kantone eine Auf- oder gar Abwertung bei der Zahl der Standesvertreter erhalten, was der Idee des Föderalismus widerspreche. Neben der parlamentarischen Unterstützung auf Bundesebene müsste aber auch der Nachbarkanton einverstanden sein. Einige Ereignisse im Laufe des Jahres 2015 zeigten jedoch auf, dass die beiden gewesenen Fusionspartner nicht (mehr) sehr gut aufeinander zu sprechen sind. So brachten etwa die Sparbeschlüsse der Baselbieter Regierung zu Lasten der Universität Basel und anderer gemeinsamer Institutionen den Stadtkanton in Rage. Die Hoffnung, dass die Ablehnung der Fusionsinitiative die Partnerschaft der beiden Nachbarn voranbringen soll, hatte sich bisher nicht bewährt – im Gegenteil: Die Fronten zwischen den beiden Basel schienen sich eher noch zu verhärten. Bereits Ende Mai hatte die Stadtregierung entsprechend signalisiert, dass sie von der Idee eines Vollkantons Basel-Landschaft nicht viel halte. Die Baselbieter Regierung, gezwungen durch die gültig eingereichte Initiative von Gysin, sondierte auch bei den anderen Nachbarkantonen und erhielt von Solothurn, Aargau und Jura durchgängig abschlägige Antworten. Wann die Initiative der Bevölkerung vorgelegt wird, war Ende 2015 noch nicht klar.

Die vier Staaten Deutschland, Frankreich, Luxemburg und Schweiz schlossen am 23. Januar einen "Karlsruher Abkommen" genannten Staatsvertrag ab, welcher die Zusammenarbeit zwischen kommunalen und regionalen Gebietskörperschaften in den Grenzregionen erleichtern soll. Das Vertragsgebiet umfasst Luxemburg, die französischen Regionen Lothringen und Elsass, die deutschen Bundesländer Saarland, Rheinland-Pfalz und Baden-Württemberg sowie die Kantone Aargau, Basel-Land, Basel-Stadt, Jura und Solothurn. Als wichtigste Neuerung erhalten die Gemeinden dieser Regionen die Kompetenz, ohne vorherige Bewilligung durch übergeordnete Instanzen grenzüberschreitende Zusammenarbeitsverträge abzuschliessen und bereits bestehenden Zweckverbänden beizutreten.