Nachdem die beiden katholischen Landeskirchen der Kantone Basel-Stadt und Baselland im Juni eine entsprechende Verfassungsänderung ratifiziert hatten, stimmten die Katholikinnen und Katholiken der beiden Kantone Ende September in zwei separaten Abstimmung über das Anliegen der Gleichstellungsinitiative ab. Da die katholische Kirche in Basel-Stadt bei Verfassungsänderungen ein bischöfliches Vetorecht vorsieht, war lange ungewiss, ob die Abstimmung überhaupt stattfinden kann. Bischof Gmür haderte, beschloss jedoch kurz vor der synodalen Abstimmung, das Veto nicht zu ergreifen. Dies aufgrund eines ausgearbeiteten Kompromissvorschlags, der von den Landeskirchen nicht mehr länger verlangte, dass sie auf die Zulassung des Priesteramtes unabhängig von Zivilstand und Geschlecht hinwirken, sondern die Anliegen lediglich den kirchlichen Organen "unterbreiten" sollen. Ferner gab Gmür bekannt, auch in zukünftigen Verfassungsfragen das Vetorecht nicht mehr einfordern zu wollen. Mit deutlichen Mehrheiten über 80% unterstützte die Basis beider Landeskirchen am 28. September 2014 das Anliegen der Gleichstellungsinitiative. Im Kanton Basel-Landschaft beteiligten sich knapp 30% der Berechtigten an der Abstimmung, im Kanton Basel-Stadt waren es lediglich etwas mehr als ein Fünftel. Eine direkt verbindliche Wirkung hätte die Abstimmung aufgrund Dualismus von Schweizer Staatskirchenrecht und des vom Vatikan festgelegten Kirchenrechts auch mit der ursprünglichen Formulierung der Gleichstellungsinitiative nicht gehabt. Nur der Vatikan kann die Zulassung zum Priesteramt ändern. Dennoch hatte die Abstimmung eine zentrale historische Bedeutung: In der Geschichte der Kirche war es das erste Mal, dass sich Landeskirchen dem demokratischen Instrument der kirchenrechtlichen Verfassungsinitiative bedienten, um via Änderung im Staatskirchenrecht ihre Reformwünsche zu platzieren.