Mit dem 1992 in Kraft getretenen Gewässerschutzgesetz wurden die Kantone zur Gewässersanierung angehalten, um in Flüssen unterhalb von bestehenden Kraftwerken bis Ende 2012 eine ausreichende Restwassermenge sicherzustellen. Im Berichtsjahr wurde bekannt, dass nur die Kantone Basel-Landschaft und Genf dieser Verpflichtung fristgerecht nachkommen können. In 16 Kantonen könne die Gewässersanierung voraussichtlich 2015 abgeschlossen werden; die restlichen Kantone – mit Ausnahme von Schaffhausen und Appenzell Innerrhoden, die keinen Sanierungsbedarf aufwiesen – befänden sich noch stärker im Verzug. Dieser Umstand, der zur Verendung von Tausenden von Fischen und Kleinlebewesen führe, erzürnte Umwelt- und Fischereiverbände. Die Kantone begründeten die Verzögerungen mit Kapazitätsengpässen, anderweitigen Prioritäten – namentlich die Gefahrenkarte und die Festlegung des Gewässerraumes – sowie mit schleppenden Verhandlungen mit den Kraftwerkbetreibern.

Der von Bundesrat Tschudi 1966 in Aussicht gestellte Bericht über den Stand des Gewässerschutzes in der Schweiz wurde bis Jahresende noch nicht vorgelegt, und auch die angekündigte Teilrevision des Gewässerschutzgesetzes von 1955 gedieh nicht über das verwaltungsinterne Stadium hinaus. Auf eine Kleine Anfrage von Nationalrat Borel (soz., GE) hin sprach sich der Bundesrat für den Erlass einer besonderen Verordnung über die Abbaubarkeit von Reinigungsmitteln aus, betonte aber dabei, dass dies zuvor eine Ergänzung des Gewässerschutzgesetzes erfordere. Gegenüber einer Kritik an der Gerichtspraxis in Fragen des Gewässerschutzes stellte Bundesrat Tschudi immerhin eine gewisse Verschärfung fest. Als besondere Gefahrenquelle für die Reinheit des Wassers erwiesen sich mehr und mehr eingebaute oder fahrende Öltanks; das eindrücklichste Beispiel dafür war der Ausfluss von über 1 Mio. l Öl aus einem Lager in Châteauneuf bei Sitten am 3. November. Einzelne Kantone haben zur Bekämpfung dieser Gefahren bereits besondere Ölwehren geschaffen; in verschiedenen Departementen der Bundesverwaltung wurden entsprechende Vorschriften ausgearbeitet. Am Ende des Jahres standen in der ganzen Schweiz 241 Abwasserreinigungsanlagen im Betrieb, an die 36.3 Prozent der Bevölkerung angeschlossen waren (Ende 1966: 208 Anlagen für 27.1%); 65 Anlagen für weitere 11.5 Prozent der Bevölkerung befanden sich im Bau (1966: 57 Anlagen für 17.8%). Die Spitze unter den Kantonen hielt Genf (mit betriebenen Anlagen für 98.1% der Bevölkerung), in geringem Abstand folgte Zürich (91.0%); in Glarus, Baselstadt und Appenzell Innerrhoden war noch keine Anlage fertiggestellt. Auf kantonaler Ebene wurden neue gesetzliche Regelungen in Zürich und Baselland rechtskräftig.