Le 4 mars 2016 le Conseil fédéral soumet au Parlement le protocole relatif à l'extension de l'accord sur la libre circulation des personnes (ALCP) à la Croatie.
Si, depuis la date du 1er juillet 2013, la Croatie est officiellement membre de l'UE, l'extension de l'ALCP à cet Etat des Balkans ne peut s'effectuer de manière automatique et nécessite la conclusion d'un protocole supplémentaire (protocole III à l'ALCP). Les négociations visant à définir les conditions de participation de la Croatie au régime de l'ALCP débutent dès le mois d'avril 2013. A la suite du "oui" à l'initiative contre l'immigration de masse, le Conseil fédéral interrompt cependant le processus de ratification du protocole III, ce dernier étant jugé contraire au texte accepté par le peuple suisse en date du 9 février 2014. Les représailles de l'UE ne se font guère attendre, et la Suisse se voit privée de sa participation au programme-cadre de recherche Horizon 2020, au programme de mobilité étudiante Erasmus+, ainsi qu'au programme de soutien au cinéma MEDIA. En avril 2014, le Conseil fédéral consent néanmoins au débloquement du crédit-cadre de 45 millions de francs en faveur de la Croatie, donnant à ses partenaires européens un signal positif en faveur de la libre circulation. Au printemps 2016, le dossier croate offre la possibilité à la Suisse de faire un pas de plus vers Bruxelles. Telle est du moins la volonté du Conseil fédéral, dont les discussions avec l'Union européenne pour une application de l'initiative du 9 février compatible avec la libre circulation des personnes sont gelées jusqu'au référendum britannique du 23 juin 2016. Rappelons également que la signature du protocole III pour l'extension de l'ALCP à la Croatie est conditionnellement liée à la participation de la Suisse à Horizon 2020. En effet, en l'absence de ratification du protocole en question, la Suisse, une fois passé le délai de février 2017, sera considérée comme un Etat tiers pour la mise en oeuvre du programme-cadre, dont la portée est jugée primordiale dans les domaines de la recherche et de l'économie.

Le Conseil national est le premier à se prononcer sur le sujet le 26 avril 2016. Les critiques émanent tout particulièrement des rangs de l'Union démocratique du centre (UDC), qui dénonce l'incompatibilité du protocole avec l'article 121a de la Constitution. Selon des propos traduits de l'allemand au français par la Tribune de Genève, le conseiller national Roger Köppel (udc, ZH) prend à partie la ministre en charge du DFJP, qui finit par quitter la salle du Conseil national. "Je m’étonne, je m’interroge, je m’émerveille de la frivolité avec laquelle vous faites fi de la Constitution", s'exclame le rédacteur en chef de la Weltwoche. S'il est vrai qu'à la suite de la votation du 9 février 2014, le Conseil fédéral avait dans un premier temps exclu l'extension de l'ALCP à la Croatie, Simonetta Sommaruga plaide désormais en faveur d'une "adaptation aux circonstances". Selon une majorité de la chambre du peuple, le rejet de l'extension de la libre circulation à la Croatie ne peut se justifier, d'autant plus si ce refus s'effectue au détriment de la voie bilatérale et de la participation de la Suisse à Horizon 2020. Le Conseil national se prononce donc en faveur du projet du Conseil fédéral (122 voix pour, 64 contre et 1 abstention). Du côté des titres de presse, si certains dénoncent un "zigzag politico-juridique", l'analyse semble quasi unanime: "la Suisse lâche du lest pour amadouer son partenaire" européen.
Le projet passe au Conseil des Etats qui, au début du mois de juin 2016, opte pour l'ajout d'une condition au projet initial, précisant que le Conseil fédéral n'est autorisé à ratifier l'extension de l'ALCP à la Croatie qu'après s'être accordé avec l'Union européenne sur une réglementation de la gestion de l'immigration compatible avec la Constitution fédérale. La chambre des cantons se conforme ainsi à l'avis de la CPE-CE (33 voix pour la modification, 10 en faveur de la décision du Conseil national et 0 abstention). Selon Christian Levrat (ps, FR), la précision votée par une majorité des sénatrices et sénateurs est essentielle: "le Parlement ne peut pas, en toute connaissance de cause, autoriser le Conseil fédéral à violer la Constitution."
Au début du mois de juin 2016, la chambre basse s'oppose, par 116 voix contre 68, à la modification du Conseil des Etats. La majorité du Conseil national rappelle l'importance de la ratification du protocole III pour l'avenir de la recherche suisse et qualifie l'adjonction demandée par le Conseil des Etats d'"obstacle inutile". Invoquant le respect inconditionnel de la constitution, l'UDC est le seul parti a se montrer favorable à la version de la chambre haute.
Le 16 juin 2016, les deux chambres du Parlement se résolvent finalement au pragmatisme et acceptent tour à tour la proposition énoncée par la conférence de conciliation. Le projet du gouvernement helvétique est modifié comme suit: le Conseil fédéral est autorisé à ratifier le protocole si une réglementation sur la gestion de l'immigration compatible avec l'ordre juridique suisse (et non plus avec la Constitution, comme demandé par le Conseil des Etats dans un premier temps) est établie avec l'Union européenne.

En décembre 2016, le Conseil fédéral opte en définitive pour la ratification du protocole III relatif à l'extension de la libre circulation des personnes à la Croatie. L'exécutif national considère en effet que la condition de compatibilité exigée par les chambres fédérales est remplie, le Parlement ayant accepté la loi d'application de l'art. 121 Cst. le 16 décembre 2016.

Accord sur la libre circulation. Extension à la Croatie