Les deux chambres du Parlement fédéral ont, au mois de mars 2018, pris acte du rapport sur la politique économique extérieure menée par la Suisse durant l'année 2017. Outre la priorité accordée à la protection des investissements internationaux, le compte rendu aborde également la thématique des relations économiques de la Suisse avec l'UE. Il est notamment mis en évidence que l'application dite "light" de l'initiative du 9 février 2014 a non seulement rendu possible le maintien des bilatérales, mais également l'entrée en vigueur de la mise à jour de l'accord sur les entraves techniques au commerce – soit l'un des sept accords constituant le paquet des «Accords bilatéraux I». A la fin de l'année 2017, l'Union européenne a néanmoins opté pour une reconnaissance limitée de l'équivalence de la bourse suisse, une décision qualifiée, dans le présent rapport, de «discriminatoire» et «injustifiée».
En ce qui concerne les perspectives pour l'année 2018, la Suisse s'engage, dans un contexte post-Brexit, au maintien des contacts avec le Royaume-Uni, afin «d'assurer une transition sans heurts des relations économiques bilatérales avec ce pays». Il est également précisé que le Conseil fédéral accordera une importance particulière à la conclusion de nouveaux accords de libre-échange, ainsi qu'au développement de mesures facilitant l'ouverture de marchés étrangers aux entreprises suisses – à ce titre, sont notamment cités l'Equateur, l'Indonésie, l'Inde, la Malaisie et le Vietnam.
Différents éléments ont été mis en lumière dans les rangs du Parlement. Si la qualité du rapport a volontiers été saluée, Denis de la Reussille (pst, NE), au nom du groupe des Verts, a notamment plaidé en faveur d'une politique suisse de protection des investissements respectueuse des aspects sociaux, environnementaux et de santé publique. Au Conseil des Etats, Didier Berberat (ps, NE) est lui revenu sur la double problématique entourant la question du libre-échange, en référence aux positions de certains élus généralement situés à la gauche du spectre politique helvétique, ainsi qu'à l'attitude de l'Union suisse des paysans dans le cadre des discussions relatives aux accords négociés avec le Mercosur: «D'un côté, vous avez ceux qui considèrent, souvent à juste titre, que les critères sociaux et environnementaux sont insuffisamment pris en compte dans les accords de libre-échange. De l'autre côté, vous avez les apôtres du protectionnisme conservateur.»

Le 4 mars 2016 le Conseil fédéral soumet au Parlement le protocole relatif à l'extension de l'accord sur la libre circulation des personnes (ALCP) à la Croatie.
Si, depuis la date du 1er juillet 2013, la Croatie est officiellement membre de l'UE, l'extension de l'ALCP à cet Etat des Balkans ne peut s'effectuer de manière automatique et nécessite la conclusion d'un protocole supplémentaire (protocole III à l'ALCP). Les négociations visant à définir les conditions de participation de la Croatie au régime de l'ALCP débutent dès le mois d'avril 2013. A la suite du "oui" à l'initiative contre l'immigration de masse, le Conseil fédéral interrompt cependant le processus de ratification du protocole III, ce dernier étant jugé contraire au texte accepté par le peuple suisse en date du 9 février 2014. Les représailles de l'UE ne se font guère attendre, et la Suisse se voit privée de sa participation au programme-cadre de recherche Horizon 2020, au programme de mobilité étudiante Erasmus+, ainsi qu'au programme de soutien au cinéma MEDIA. En avril 2014, le Conseil fédéral consent néanmoins au débloquement du crédit-cadre de 45 millions de francs en faveur de la Croatie, donnant à ses partenaires européens un signal positif en faveur de la libre circulation. Au printemps 2016, le dossier croate offre la possibilité à la Suisse de faire un pas de plus vers Bruxelles. Telle est du moins la volonté du Conseil fédéral, dont les discussions avec l'Union européenne pour une application de l'initiative du 9 février compatible avec la libre circulation des personnes sont gelées jusqu'au référendum britannique du 23 juin 2016. Rappelons également que la signature du protocole III pour l'extension de l'ALCP à la Croatie est conditionnellement liée à la participation de la Suisse à Horizon 2020. En effet, en l'absence de ratification du protocole en question, la Suisse, une fois passé le délai de février 2017, sera considérée comme un Etat tiers pour la mise en oeuvre du programme-cadre, dont la portée est jugée primordiale dans les domaines de la recherche et de l'économie.

Le Conseil national est le premier à se prononcer sur le sujet le 26 avril 2016. Les critiques émanent tout particulièrement des rangs de l'Union démocratique du centre (UDC), qui dénonce l'incompatibilité du protocole avec l'article 121a de la Constitution. Selon des propos traduits de l'allemand au français par la Tribune de Genève, le conseiller national Roger Köppel (udc, ZH) prend à partie la ministre en charge du DFJP, qui finit par quitter la salle du Conseil national. "Je m’étonne, je m’interroge, je m’émerveille de la frivolité avec laquelle vous faites fi de la Constitution", s'exclame le rédacteur en chef de la Weltwoche. S'il est vrai qu'à la suite de la votation du 9 février 2014, le Conseil fédéral avait dans un premier temps exclu l'extension de l'ALCP à la Croatie, Simonetta Sommaruga plaide désormais en faveur d'une "adaptation aux circonstances". Selon une majorité de la chambre du peuple, le rejet de l'extension de la libre circulation à la Croatie ne peut se justifier, d'autant plus si ce refus s'effectue au détriment de la voie bilatérale et de la participation de la Suisse à Horizon 2020. Le Conseil national se prononce donc en faveur du projet du Conseil fédéral (122 voix pour, 64 contre et 1 abstention). Du côté des titres de presse, si certains dénoncent un "zigzag politico-juridique", l'analyse semble quasi unanime: "la Suisse lâche du lest pour amadouer son partenaire" européen.
Le projet passe au Conseil des Etats qui, au début du mois de juin 2016, opte pour l'ajout d'une condition au projet initial, précisant que le Conseil fédéral n'est autorisé à ratifier l'extension de l'ALCP à la Croatie qu'après s'être accordé avec l'Union européenne sur une réglementation de la gestion de l'immigration compatible avec la Constitution fédérale. La chambre des cantons se conforme ainsi à l'avis de la CPE-CE (33 voix pour la modification, 10 en faveur de la décision du Conseil national et 0 abstention). Selon Christian Levrat (ps, FR), la précision votée par une majorité des sénatrices et sénateurs est essentielle: "le Parlement ne peut pas, en toute connaissance de cause, autoriser le Conseil fédéral à violer la Constitution."
Au début du mois de juin 2016, la chambre basse s'oppose, par 116 voix contre 68, à la modification du Conseil des Etats. La majorité du Conseil national rappelle l'importance de la ratification du protocole III pour l'avenir de la recherche suisse et qualifie l'adjonction demandée par le Conseil des Etats d'"obstacle inutile". Invoquant le respect inconditionnel de la constitution, l'UDC est le seul parti a se montrer favorable à la version de la chambre haute.
Le 16 juin 2016, les deux chambres du Parlement se résolvent finalement au pragmatisme et acceptent tour à tour la proposition énoncée par la conférence de conciliation. Le projet du gouvernement helvétique est modifié comme suit: le Conseil fédéral est autorisé à ratifier le protocole si une réglementation sur la gestion de l'immigration compatible avec l'ordre juridique suisse (et non plus avec la Constitution, comme demandé par le Conseil des Etats dans un premier temps) est établie avec l'Union européenne.

En décembre 2016, le Conseil fédéral opte en définitive pour la ratification du protocole III relatif à l'extension de la libre circulation des personnes à la Croatie. L'exécutif national considère en effet que la condition de compatibilité exigée par les chambres fédérales est remplie, le Parlement ayant accepté la loi d'application de l'art. 121 Cst. le 16 décembre 2016.

Après quatre années, les négociations sectorielles avec l’UE ont trouvé leur conclusion au niveau politique au mois de décembre à Vienne. La volonté de l’Angleterre, puis surtout de l’Autriche, d’aboutir à un compromis avant la fin de leur période de présidence de l’Union a constitué un élément important de cet aboutissement. En début d’année, le domaine des transports a été le principal objet de litige, rapport au coût estimé trop élevé par l’UE de la taxe poids lourds. Les ministres des Affaires étrangères des Quinze ont également exigé plus de souplesse de la part de la Suisse dans les dossiers de la libre circulation des personnes (statut des saisonniers), de l’agriculture (plus grande ouverture aux produits de l’UE) et des allocations chômage. Un coup de frein important a été enregistré au mois de mars avec le veto de l’Allemagne sur le compromis des transports. Le conseiller fédéral Moritz Leuenberger et le commissaire européen Neil Kinnock s’étaient pourtant mis d’accord à Kloten (ZH) à la fin du mois de janvier. Mais l’Allemagne a complètement contesté les bases du calcul du montant de la taxe poids lourds. Suite à ce blocage, les ministres des affaires étrangères de l’UE n’ont pas traité à la fin d’avril le point des bilatérales avec la Suisse, comme il était initialement prévu. Malgré ceci, les négociateurs suisses et européens sont parvenus en juin à un accord sur la libre circulation des personnes et sur l’agriculture. Concernant le premier point, la Suisse a surtout accepté de revoir sa position sur l’attribution des prestations de l’assurance chômage pour les travailleurs étrangers de courte durée. Ce faisant, elle a vaincu les principales réticences de l’Espagne et du Portugal. Sur le second point, elle a accepté la libéralisation du marché du fromage.

Deux semaines plus tard, les principales divergences ont été éliminées et ont ouvert la voie à une première conclusion générale. Celle-ci restait toutefois conditionnée à l’acceptation du compromis de Kloten par les Quinze et à la résolution de problèmes institutionnels ou techniques comme celui de l’appellation «Champagne» (revendiquée par la France et les vignerons d’un petit village vaudois) ou de la viande séchée des Grisons (conflit sur la question des règles d’origine). Dans cette optique, l’acceptation par le peuple de la redevance poids lourds liée aux prestations (RPLP) et du financement des transversales alpines (NLFA) ont fourni des arguments de poids à cette conclusion politique. De plus, l’arrivée au pouvoir de la gauche en Allemagne a fait tomber le veto qui bloquait le dossier des transports, lui apportant même un soutien conséquent. La Suisse a toutefois dû faire encore quelques concessions pour que soit définitivement clos le chapitre des transports.

Après la conclusion de ce point qui était de loin le plus sensible, une véritable course contre la montre s’est engagée afin de conclure les bilatérales avant la fin de l’année. L’Autriche, présidente de l’UE pour le deuxième semestre 1998, s’est montrée particulièrement déterminée à ce sujet. Une opposition tactique de la France sur le transport aérien a toutefois failli renvoyer la conclusion à 1999. Multipliant les réunions ministérielles et diplomatiques, les partenaires ont toutefois réussi à s’entendre à l’occasion du sommet européen de Vienne. La Suisse a encore concédé certains points marginaux dans la libre circulation des personnes. Par exemple, les ressortissants de l’UE déjà occupés en territoire helvétique ne seront pas concernés par les diverses restrictions et le calcul des contingents. La période transitoire de deux ans assurant une priorité aux travailleurs domiciliés dans le pays a toutefois pu être maintenue. Berne a par contre lâché du lest dans l’agriculture. L’ouverture aux produits communautaires (notamment fraises, tomates, vins doux) a été augmentée d’une valeur commerciale de quelques 100 millions de francs. L’interdiction pour les vignerons de Champagne (VD) d’utiliser ce nom a également été entérinée. Concernant la viande séchée des Grisons fabriquée avec de la viande argentine, les concessions ont été liées à la levée de l’embargo de certains pays de l’UE (suite à la maladie de la vache folle) sur l’importation de viande bovine suisse. En contrepartie, la Suisse a entre autres pu obtenir les 5e et 7e libertés dans le transport aérien. Malgré un dernier baroud d’honneur du Portugal, les négociations ont été définitivement conclues au niveau politique au soir du 11 décembre. Il faut rappeler que la clause «guillotine», exigée par l’UE, suppose que les sept dossiers constituent un paquet et ne pourront être traités séparément. Le Conseil fédéral a d’ailleurs communiqué qu’ils seront présentés comme tels dans l’arrêté fédéral y relatif. Des mesures d’accompagnement, concernant notamment le dumping salarial, feront partie d’un paquet distinct. Au lendemain de l’accord, les Démocrates suisses et la Lega ont annoncé le lancement d’un référendum contres les bilatérales.

Les Chambres fédérales ont approuvé les conventions de double imposition avec la Roumanie (93.092), le Mexique (93.087), l'Inde (94.087) et la Tunisie (94.043), ainsi que celle en matière d'impôts sur les successions avec la Grande-Bretagne (94.023). Elles ont également adopté la modification des conventions de double imposition avec l'Autriche (94.014) et la Grande-Bretagne (94.016).

La chambre du peuple a accepté le traité d'extradition conclu avec l'Australie. Jusqu'à présent, les relations dans ce domaine avec l'Océanie étaient régies par le traité de 1880 entre la Suisse et la Grande-Bretagne et ses conventions additionnelles de 1904 et 1934.