En se basant sur l’accord multilatéral entre autorités compétentes concernant l’échange automatique de renseignements relatifs aux comptes financiers (MCAA), ainsi que sur la loi fédérale sur l’échange international automatique de renseignements en matière fiscale (LEAR), le Conseil fédéral a soumis à l’approbation du parlement, le message relatif à l’introduction de l’échange automatique de renseignements (EAR) avec l’Islande, la Norvège, Guernesey, Jersey, l’île de Man, le Japon, le Canada et la République de Corée. Le Conseil national a donné son accord par 125 voix contre 43 et 22 abstentions pour l’Islande, par 143 voix contre 17 et 30 abstentions pour la Norvège, par 122 voix contre 65 et deux abstentions pour Guernesey et Jersey, par 122 voix contre 64 et trois abstentions pour l’île de Man, par 128 voix contre 24 et 37 abstentions pour le Japon, par 128 voix contre 25 et 36 abstentions pour le Canada et par 124 voix contre 28 et 37 abstentions pour la République de Corée. Dans la majorité des cas, les voix opposées aux accords ou qui se sont abstenues venaient de l’UDC. Pour sa part, le Conseil des Etats a donné son aval pour chaque accord à l’unanimité. Les premiers échanges automatiques de renseignements fiscaux devraient ainsi s’effectuer en 2018.

Le 3 juin 2016, le Conseil fédéral soumet aux chambres fédérales son message relatif à l‘approbation de l‘échange de notes entre la Suisse et l‘UE concernant la reprise du règlement (UE) n° 515/2014 (Développement de l’acquis de Schengen. Création du Fonds pour la sécurité intérieure).
En avril 2014, le Parlement européen et le Conseil de l'UE ratifient ce règlement, dont résulte la constitution, pour la période 2014-2020, du Fonds pour la sécurité intérieure dans le domaine des frontières extérieures et des visas (FSI Frontières). Succédant au Fonds pour les frontières extérieures, le FSI Frontières contribue au soutien financier des Etats qui, en raison de leur position géographique, endossent des coûts élevés pour la protection des frontières extérieures de l'espace Schengen. Considéré par l'UE comme un développement de l'acquis de Schengen, le nouveau règlement est notifié à la Suisse en mai 2014.
La Suisse se prononce en faveur de la reprise de l'acte juridique et dispose pour ce faire d'un délai fixé au 3 juillet 2017. A l'échelon helvétique, la reprise du règlement (UE) n° 515/2014 ne nécessite aucune modification législative. En revanche, afin de pouvoir pleinement prendre part au Fonds pour la sécurité intérieure, les Etats associés à Schengen – soit la Norvège, l'Islande, le Liechtenstein et la Suisse – sont tenus de conclure un accord supplémentaire avec l'UE. En ce qui concerne la Suisse, l'accord additionnel en question est joint au message du Conseil fédéral du 3 juin 2016 à titre informatif et sera présenté ultérieurement au Parlement pour approbation.
Pour la période 2014-2020, le montant de la participation de la Suisse au FSI Frontières est estimé, sur la base de la clé de répartition prévue par les accords d'association de la Suisse à Schengen, à 18.43 millions de francs par année. En échange, la Suisse devrait bénéficier d'un budget annuel d'environ 20 millions de francs à allouer à la protection des frontières extérieures de l'espace Schengen sur le territoire national – matérialisées exclusivement par les frontières internationales des aéroports.
En septembre 2016, le Conseil des Etats se prononce en faveur du projet du Conseil fédéral (39 voix pour, 2 contre, 0 abstention). Au mois de décembre de la même année, le Conseil national accepte à son tour le projet d'arrêté fédéral (110 voix pour, 70 contre et 5 abstentions lors du vote sur l'ensemble), faisant fi de la proposition de non entrée en matière portée par la minorité Amstutz (udc, BE).
L'arrêté est finalement adopté par les deux chambres fédérales lors du vote du 16 décembre 2016.

Johann Schneider-Ammann a participé à la Conférence ministérielle de l’AELE qui s'est tenue le 23 novembre à Genève. Il a été question des négociations en cours concernant les accords de libre-échange avec la Géorgie, l'Inde, l'Indonésie, la Malaisie, les Philippines et le Vietnam et des accords en vue avec la Turquie, le Canada et le Mexique. Par ailleurs, les ministres de l'AELE ont rencontré l'ambassadeur américain Michael Punke, représentant adjoint au commerce, qui les a informés de l'avancement des négociations de libre-échange entre les Etats-Unis et l'UE.

Le 22 juin, Johann Schneider-Ammann a pris part à la conférence des ministres de l’AELE à Schaan, au Liechtenstein. Les ministres se sont entretenus sur la politique de libre-échange et sur la relation entre l'AELE et l'Union européenne. Ils ont également signé une déclaration de coopération avec l’Équateur ainsi que le protocole d’adhésion du Guatemala à l’accord de libre-échange entre les pays de l’AELE et les pays d’Amérique centrale. À cette occasion, des représentants du Guatemala, du Costa Rica et du Panama s'étaient également déplacés.

En juin, le Conseil national et le Conseil des États ont accepté la conclusion d’une convention de double imposition avec l'Islande.

Le Conseil fédéral a proposé au parlement de ratifier le Protocole de Kyoto. Dans son message, il juge que les mesures nationales de protection du climat doivent en premier lieu viser la réduction des émissions de CO2. Moyennant des efforts, cet objectif peut être atteint grâce à la loi sur le CO2 et au programme SuisseEnergie. Les mesures touchant aux transports – le transfert du trafic de marchandises sur le rail et l’introduction de carburants désulfurés –, celles concernant l’agriculture et l’exploitation durable du bois (énergie et puits de carbone) vont aussi dans ce sens. Les mécanismes de flexibilité– projets à l’étranger réduisant les gaz à effet de serre et commerce des droits d’émission – sont également une manière de contribuer à la protection du climat. Le message présente les conditions d’application de trois d’entre eux en Suisse : application conjointe (Joint Implementation); mécanisme de développement propre (Clean Development Mechanism); négoce international de droits d’émission. Ces instruments permettent de prendre en compte les réductions d’émissions réalisées à l’étranger et sont accessibles en premier lieu à l’économie privée (industries, banques, assurances). Un secrétariat instauré à l’OFEFP est chargé de valider et d’enregistrer ces projets, ainsi que de tenir le registre des droits d’émission. L’objectif suisse doit cependant être réalisé prioritairement dans le pays. Le Conseil fédéral a tenu à souligner que la mise en œuvre du Protocole de Kyoto n’implique aucun effet négatif sur la compétitivité de l’économie suisse. Au niveau international, il avait déjà été ratifié par le Japon, la Tchéquie, la Slovaquie, la Roumanie, la Norvège, l’Islande, la Lettonie et l’UE. Lors de la Conférence de Johannesburg, le Canada, la Russie, puis plus tard la Nouvelle Zélande ont annoncé leur intention de ratifier le Protocole. Additionné avec les émissions européennes et celles japonaises, le Protocole a de bonnes chances de voir le jour. En effet, les règles de ratification stipulent que son entrée en vigueur est subordonnée à la ratification par 55 pays représentant au moins 55% des émissions de CO2 de 1990 des pays industrialisés.