In der Herbstsession 2019 gelangte das Geschäft zur Genehmigung der Beteiligung an der Europäischen Agentur für das Betriebsmanagement von IT-Grosssystemen in den Nationalrat. Die EU-Lisa ist für den Betrieb und die Weiterentwicklung zahlreicher zentraler Systeme des Schengenraums verantwortlich. Dazu gehören unter anderem das SIS, das Visa-Informationssysstem, die Fingerabdruck-Datenbank Eurodac und das Ein- und Ausreisesystem (EES). Hans-Peter Portmann (fdp, ZH), der Sprecher der APK-NR, wies darauf hin, dass die Schweiz seit 2012 als Beobachterin der Agentur an sämtlichen Projekten der EU-Lisa beteiligt sei und das Parlament der EU-Verordnung zur Errichtung der Agentur bereits zugestimmt habe. Gemäss der vorliegenden Vereinbarung solle die Schweiz sich zukünftig vollständig daran beteiligen und sich mit begrenztem Stimmrecht gleichberechtigt mit den EU-Mitgliedsstaaten engagieren können. Die Beteiligungskosten würden für die Schweiz wie bis anhin CHF 7-8 Mio. betragen, so Portmann weiter. Eine Kommissionsminderheit Estermann (svp, LU) hatte einen Nichteintretensantrag gestellt, obwohl man sich, so Estermann, der Vorteile des Abkommens bewusst sei. Jedoch sei die SVP-Delegation der Meinung, dass man keine weiteren Zahlungen an die EU leisten solle, solange man von dieser in verschiedener Hinsicht diskriminiert werde. Dieses Verhalten wurde von den anderen Ratsmitgliedern nicht goutiert. Walter Müller (fdp, SG) etwa befand das Ablehnen eines nach langer Verhandlung erarbeiteten Resultats für nicht konstruktiv. Der Rat beschloss mit 132 zu 51 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), auf das Geschäft einzutreten, wobei nur Mitglieder der SVP-Fraktion dagegen stimmten, und nahm es kurz darauf mit 133 zu 49 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Auch in der Schlussabstimmung drei Tage später fiel das Ergebnis im Nationalrat mit 138 zu 52 Stimmen (bei 7 Enthaltungen) eindeutig und im Ständerat gar einstimmig aus.

Au mois de juin 2019, le Conseil national s'est à son tour penché sur le projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange actualisé entre les Etats de l'AELE et la Turquie et de l'accord agricole révisé entre la Suisse et la Turquie. La chambre basse s'est dans un premier temps montrée favorable à l'entrée en matière (131 voix pour, 55 contre et 1 abstention), et ce aux dépens de la minorité Molina (ps, ZH), qui proposait aux conseillères et conseillers nationaux de renvoyer le projet au Conseil fédéral, afin que l'arrêté fédéral en question ne soit soumis une nouvelle fois à l'Assemblée fédérale uniquement lorsque le constat d'une amélioration de la situation des droits de l'homme en Turquie aurait été établi (la minorité s'en réfère alors au rapport de la Commissaire aux droits de l'homme du Conseil de l'Europe et/ou au rapport de la Haute-Commissaire des Nations Unies aux Droits de l'homme). Lors du vote sur l'ensemble, le Conseil national s'est prononcé de manière analogue à la majorité du Conseil des Etats et de la CPE-CN, en acceptant le projet d'arrêté fédéral par 129 voix contre 49 et 6 abstentions.
Les deux chambres ont confirmé l'adoption de la version définitive du texte à l'occasion du vote final du 21 juin 2019.

Au mois de juin 2019, le Conseil national s'est à son tour prononcé sur le projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange entre les États de l'AELE et l’Équateur. Tout comme la chambre haute, la chambre basse s'est ralliée à la version du projet élaboré par le Conseil fédéral (134 voix pour et 43 abstentions lors du vote sur l'ensemble). La proposition de la minorité Nussbaumer (ps, BL), qui prévoyait l'introduction d'un mécanisme institutionnel basé sur une collaboration entre partenaires sociaux et organisations spécialisées de la société civile afin d’observer la mise en œuvre des dispositions relatives aux normes de travail, aux droits de l’homme ou à la protection de l'environnement a ainsi été rejetée.
L'arrêté fédéral a définitivement été adopté par les chambres fédérales à l'occasion du vote final du 21 juin 2019.

En mai 2012 et en juillet 2016, le Conseil fédéral publiait deux messages concernant la reprise du règlement (UE) n°1077/2011 portant création de l'agence européenne «eu-LISA», pour une gestion opérationnelle des systèmes d’information à grande échelle au sein de l’espace de liberté, de sécurité et de justice (développement de l'acquis de Schengen et de l'acquis «Dublin/Eurodac»). Dans un tel contexte, la Suisse et les États associés à Schengen et Dublin – soit la Norvège, l'Islande et le Liechtenstein – ont conclu, avec l'Union européenne, un arrangement réglant les modalités de leur participation à l'eu-LISA. Soumis à l'approbation du Parlement fédéral, l'arrangement en question a été approuvé à l'unanimité (33 voix lors du vote sur l'ensemble) par le Conseil des États au mois de juin 2019.

Le 4 mars 2019, le Conseil des Etats s'est prononcé à l'unanimité (40 voix) en faveur du projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange entre les Etats de l'AELE et l'Equateur. Le projet passe au Conseil national.

Le 4 mars 2019, le Conseil des Etats s'est prononcé en faveur du projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange actualisé entre les Etats de l'AELE et la Turquie et de l'accord agricole révisé entre la Suisse et la Turquie. Avec un résultat de 27 voix pour, 1 contre et 13 abstentions, le sénateur genevois Robert Cramer (verts, GE) est le seul a avoir exprimé son opposition au projet qui, dès lors, passe au Conseil national.

En se basant sur l’accord multilatéral entre autorités compétentes concernant l’échange automatique de renseignements relatifs aux comptes financiers (MCAA), ainsi que sur la loi fédérale sur l’échange international automatique de renseignements en matière fiscale (LEAR), le Conseil fédéral a soumis à l’approbation du parlement, le message relatif à l’introduction de l’échange automatique de renseignements (EAR) avec l’Islande, la Norvège, Guernesey, Jersey, l’île de Man, le Japon, le Canada et la République de Corée. Le Conseil national a donné son accord par 125 voix contre 43 et 22 abstentions pour l’Islande, par 143 voix contre 17 et 30 abstentions pour la Norvège, par 122 voix contre 65 et deux abstentions pour Guernesey et Jersey, par 122 voix contre 64 et trois abstentions pour l’île de Man, par 128 voix contre 24 et 37 abstentions pour le Japon, par 128 voix contre 25 et 36 abstentions pour le Canada et par 124 voix contre 28 et 37 abstentions pour la République de Corée. Dans la majorité des cas, les voix opposées aux accords ou qui se sont abstenues venaient de l’UDC. Pour sa part, le Conseil des Etats a donné son aval pour chaque accord à l’unanimité. Les premiers échanges automatiques de renseignements fiscaux devraient ainsi s’effectuer en 2018.

Johann Schneider-Ammann a participé à la Conférence ministérielle de l’AELE qui s'est tenue le 23 novembre à Genève. Il a été question des négociations en cours concernant les accords de libre-échange avec la Géorgie, l'Inde, l'Indonésie, la Malaisie, les Philippines et le Vietnam et des accords en vue avec la Turquie, le Canada et le Mexique. Par ailleurs, les ministres de l'AELE ont rencontré l'ambassadeur américain Michael Punke, représentant adjoint au commerce, qui les a informés de l'avancement des négociations de libre-échange entre les Etats-Unis et l'UE.

Le 22 juin, Johann Schneider-Ammann a pris part à la conférence des ministres de l’AELE à Schaan, au Liechtenstein. Les ministres se sont entretenus sur la politique de libre-échange et sur la relation entre l'AELE et l'Union européenne. Ils ont également signé une déclaration de coopération avec l’Équateur ainsi que le protocole d’adhésion du Guatemala à l’accord de libre-échange entre les pays de l’AELE et les pays d’Amérique centrale. À cette occasion, des représentants du Guatemala, du Costa Rica et du Panama s'étaient également déplacés.

En juin, le Conseil national et le Conseil des États ont accepté la conclusion d’une convention de double imposition avec l'Islande.

En marge du 45e Symposium de Saint-Gall, une conférence annuelle autour du dialogue interculturel qui a lieu depuis 1970 sur le campus de l’Université de Saint-Gall (HSG), Johann Schneider-Ammann a mené des entretiens avec le premier ministre islandais, Sigmundur Davíð Gunnlaugsson, et le vice-premier ministre et ministre des Finances de Singapour, Tharman Shanmugaratnam.
Avec M. Gunnlaugsson, le chef du DEFR a surtout discuté des relations économiques bilatérales et des négociations en cours dans le cadre de AELE. Il a aussi été question des relations qu'ont les deux pays avec l'Union européenne.
Lors de l'autre rencontre, Johann Schneider-Ammann a discuté des relations économiques et commerciales entre la Suisse et Singapour avec son homologue singapourien.