Peu avant la conférence des Nations Unies contre le racisme à Genève, Hans-Rudolf Merz a rencontré le président iranien Mahmoud Ahmadinejad. Les discussions ont porté sur les relations bilatérales, la politique mondiale et les droits de l’homme. En marge du sommet, Micheline Calmy-Rey a répondu aux critiques de cette rencontre en affirmant que la Suisse menait une politique de dialogue ouvert avec l’Iran et représentait les intérêts américains en Iran. Lors de la conférence, elle a dénoncé les propos antisémites du président iranien. Cette rencontre a toutefois ravivé les tensions entre Israël et la Confédération.

Au mois de juin, la 29ème Conférence internationale de la Croix–Rouge et du Croissant-Rouge a eu lieu à Genève. Elle a permis l’adoption, non sans difficultés, d’un nouvel emblème de la Croix-Rouge, le « cristal rouge ». Plus que l’adoption de ce dernier, cette conférence a réussi à déboucher sur l’intégration, au sein du Mouvement de la Croix-Rouge duquel elle a toujours été exclue, de la société de secours israélienne Magen David. Pour faire bonne mesure, les Palestiniens, malgré que la Palestine ne soit pas un Etat souverain, ont été autorisés à rejoindre le Mouvement.

La Suisse a été chargée de convoquer une conférence diplomatique internationale, en vue de l’adoption d’un nouvel emblème, un cristal rouge, au sein du Mouvement de la Croix-Rouge. Malgré de nombreuses difficultés, notamment entre la Syrie et Israël, la Suisse a réussi à faire adopter ce nouvel emblème pour l’organisation israélienne en fin d’année.

Malgré les critiques du vice-premier ministre israélien Shimon Peres, et la motion (05.3306) du conseiller national Freysinger (udc, VS) qui demandait au Conseil fédéral que la Suisse se retire sans délai de l’Initiative de Genève, ce dernier a décidé de continuer à soutenir celle-ci. Le gouvernement a jugé essentiel de préserver l’espoir d’une résolution pacifique et globale du conflit israélo-palestinien.

Lancée officiellement à la fin 2003 et parrainée par la Suisse, l’initiative de Genève est restée plus ou moins au point mort durant l’année sous revue, malgré la réunion informelle, à Genève à la mi-mars, de vingt-quatre pays membres du réseau de soutien de l’initiative, puis d’une quarantaine au début septembre. Porteuse du texte, la Suisse y a déjà investi 3,3 millions de francs, dont la moitié de source privée. Le DFAE a précisé qu’il ne soutiendrait à l’avenir uniquement des projets « ficelés » à travers le Centre de dialogue humanitaire à Genève.

Un postulat Maury Pasquier (ps, GE) a demandé au Conseil fédéral d’effectuer au plus vite deux démarches relatives à la situation au Proche-Orient. Le Conseil fédéral devait tout d’abord évaluer la faisabilité d’une rencontre des parties contractantes des Conventions de Genève du 12 août 1949, pour examiner la question de la construction du mur israélien dans les territoires occupés. Il devait ensuite, le cas échéant, convoquer, en sa qualité d’Etat dépositaire des Conventions de Genève, une telle réunion. Le Conseil national a adopté ce postulat, comme le lui avait proposé le gouvernement.

La ministre des affaires étrangères a confirmé, à la mi-octobre, que la Suisse avait fourni une aide logistique et financière aux artisans d’un accord non officiel de paix israélo-palestinien. Des médiateurs avaient été mis à la disposition des deux parties lors de la phase finale de la négociation. Cet accord, passé entre des politiciens de la gauche israélienne et des politiciens palestiniens, dont un ancien ministre de chaque côté, constituait un plan de paix complet (création d’un Etat palestinien, démantèlement d’un grand nombre de colonies…) pour tenter de sortir le Moyen-Orient de l’impasse. La ministre des affaires étrangères a insisté sur le rôle de facilitateur joué par la Confédération, et non celui de moteur de cette initiative privée. Le DFAE n’a commencé à parrainer cette négociation, aussi appelée « Initiative de Genève », qu’à partir de 2002. Les discussions ont longtemps été tenues secrètes. Micheline Calmy-Rey a profité de plusieurs rencontres avec des homologues étrangers pour présenter le contenu de ces « Accords de Genève ». Le gouvernement israélien a condamné ce procédé et rappelé qu’il était le seul habilité à mener des négociations avec les Palestiniens. Le lancement officiel de l’Initiative de Genève a eu lieu au début du mois de décembre lors d’une cérémonie qui s’est déroulée à Genève en présence de Micheline Calmy-Rey, seule ministre en exercice présente. Elle était accompagnée de nombreuses personnalités, dont l’ancien président américain Jimmy Carter. Il était difficile d’évaluer les effets concrets de cet accord, étant donné sa nature non officielle et la complexité de la situation sur place.

Dans un contexte tendu, Joseph Deiss a effectué une visite en Israël et dans les territoires palestiniens. A Tel-Aviv et à Gaza, où le conseiller fédéral a rencontré Yasser Arafat, le responsable des affaires étrangères a abordé la question des droits de l’homme et l’éventualité d’une conférence sur la Quatrième Convention de Genève, dont le texte, reconnu par l’ensemble de la communauté internationale à l’exception d’Israël, aurait dû réglementer les agissements de l’Etat hébreu dans les territoires palestiniens. Sans l’agrément d’Israël, ni celui des Etats-Unis, cette conférence a eu lieu à Genève en fin d’année. La déclaration finale qui est sortie rappelle que la Quatrième Convention de Genève est applicable aux territoires palestiniens occupés, y compris Jérusalem-Est. Elle appelle toutes les parties en conflit à respecter les clauses et les garanties humanitaires de la Convention.

Suite à l'accord de Washington entre Israël et l'OLP et dans l'optique de soutenir le processus de paix au Proche-Orient, Otto Stich et Flavio Cotti ont accueilli officiellement Yasser Arafat pour la première fois dans l'histoire de la diplomatie suisse. A cette occasion, le chef de l'OLP a manifesté son intérêt pour l'aide de la Confédération. Lors de la tenue de la Conférence de Casablanca sur le développement économique du Proche-Orient, Jean-Pascal Delamuraz, en compagnie de Flavio Cotti, a, à son tour, rencontré le leader palestinien.

La tenue du World Economic Forum à Davos a fourni au conseiller fédéral Flavio Cotti l'occasion de recevoir à Berne les ministres des affaires étrangères israélien et égyptien, Shimon Peres et Amr Moussa, avec qui il a parlé du processus de paix au Proche-Orient.