Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Quatre ans après la fin du délai fixé dans la loi sur la protection des eaux (LEaux) pour l'assainissement des tronçons à débit résiduel en aval des prises d’eau concédées avant 1992, seuls trois quarts des prélèvements d'eau ont été assainis. En 2014, l'enquête de l'OFEV révélait la lenteur des cantons concernés – tous les cantons exceptés Schaffhouse, Bâle-Ville et Appenzell Rhodes-Intérieures – dans l'exécution de la tâche. Le Conseil fédéral avait donc exhorté les autorités compétentes de remplir leur obligation. Seuls Genève et Bâle-Ville ont respecté le délai. Les cantons de Soleure et d'Uri y sont parvenus avec deux ans de retard. Pour les autres cantons, les travaux d'assainissement sont encore en cours. Parmi les mauvais élèves figurent le Valais, le Jura et Appenzell Rhodes Extérieures. Depuis 2014, ils ont toutefois accéléré la cadence. Actuellement, le Valais doit encore procéder à un tiers des 250 prélèvements restants, et le canton des Grisons à un quart. La Confédération espère la fin de l'assainissement d'ici 2018.

Fabio Regazzi (cvp, TI), der seine Interessen als passionierter Fischer gleich zu Beginn der parlamentarischen Beratung seiner Motion darlegte, störte sich am Umstand, dass die Kantone gemäss einer 2014 erfolgten Änderung der Verordnung zum Bundesgesetz über die Fischerei (VBGF) nicht über die Zulassung von Widerhaken in Fliessgewässern bestimmen dürfen. Im Gegensatz dazu haben die Kantone die Kompetenz, Wiederhaken in gewissen Seen und Stauhaltungen zu erlauben. Ferner trage die Regelung dem Föderalismus auch insofern nicht Rechnung, als die Morphologie der Gewässer in den Kantonen sehr unterschiedlich sei. Nicht zuletzt verschwinde dadurch gerade im Tessin auch eine jahrhundertealte Tradition des Angelns mit toten Ködern. Der Nationalrat aus dem Südkanton wusste mit diesem Anliegen auch den Tessiner Anglerverband und den Staatsrat hinter sich.
Bundesrätin Leuthard hingegen konnte auf die Unterstützung des Schweizerischen Fischereiverbandes zählen und stellte sich dezidiert gegen das Anliegen. Ihr sei nicht bekannt, dass Fische im Tessin anders, resp. weniger, leiden als Fische in Fliessgewässern anderer Kantone. Sie verteidigte die bestehende Regelung im Namen des Tierschutzes – entgegen der Ansicht des Motionärs, der bereits in seiner Begründung argumentiert hatte, dass das Fischen mit Widerhaken kleinere Fische gar schütze. Eine fast geschlossen stimmende SVP sowie die Grossmehrheiten der CVP- und FDP-Fraktionen verhalfen der Motion zum Sieg in der grossen Kammer: Mit 98 zu 83 Stimmen bei 5 Enthaltungen nahm der Nationalrat das Anliegen in der Herbstsession 2016 an, womit dieses zur Beratung an den Zweitrat und dessen Kommission weitergereicht wurde.

Mit Inkrafttreten der revidierten Fremd- und Inhaltsstoffverordnung (FIV) per 1. Januar 2014 war der Grenzwert für Arsen von 50 auf 10 Mikrogramm gesenkt sowie ein Grenzwert für Uran festgelegt worden (30 Mikrogramm). Die neuen Grenzwerte entsprechen den durch die WHO festgelegten Richtwerte. Die Senkung hatte zur Folge, dass die Grenzwerte in Gewässern einzelner Versorgungsgebiete, die sich insbesondere in den alpinen Regionen der Kantone Graubünden, Tessin und Wallis befinden, überschritten wurden. Im April 2015 erschien in der Fachzeitschrift "Aqua & Gas" ein Artikel der EAWAG zu Methoden der Arsen- und Uranentfernung aus dem Trinkwasser. Die Studie folgert, dass der Arsengehalt in Gewässern am Besten mit Eisenoxidfiltern reduziert werden könne. Einer erhöhten Urankonzentration sei in erster Linie mit Ionentauschern zu begegnen.