Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Quatre ans après la fin du délai fixé dans la loi sur la protection des eaux (LEaux) pour l'assainissement des tronçons à débit résiduel en aval des prises d’eau concédées avant 1992, seuls trois quarts des prélèvements d'eau ont été assainis. En 2014, l'enquête de l'OFEV révélait la lenteur des cantons concernés – tous les cantons exceptés Schaffhouse, Bâle-Ville et Appenzell Rhodes-Intérieures – dans l'exécution de la tâche. Le Conseil fédéral avait donc exhorté les autorités compétentes de remplir leur obligation. Seuls Genève et Bâle-Ville ont respecté le délai. Les cantons de Soleure et d'Uri y sont parvenus avec deux ans de retard. Pour les autres cantons, les travaux d'assainissement sont encore en cours. Parmi les mauvais élèves figurent le Valais, le Jura et Appenzell Rhodes Extérieures. Depuis 2014, ils ont toutefois accéléré la cadence. Actuellement, le Valais doit encore procéder à un tiers des 250 prélèvements restants, et le canton des Grisons à un quart. La Confédération espère la fin de l'assainissement d'ici 2018.

Mit dem 1992 in Kraft getretenen Gewässerschutzgesetz wurden die Kantone zur Gewässersanierung angehalten, um in Flüssen unterhalb von bestehenden Kraftwerken bis Ende 2012 eine ausreichende Restwassermenge sicherzustellen. Im Berichtsjahr wurde bekannt, dass nur die Kantone Basel-Landschaft und Genf dieser Verpflichtung fristgerecht nachkommen können. In 16 Kantonen könne die Gewässersanierung voraussichtlich 2015 abgeschlossen werden; die restlichen Kantone – mit Ausnahme von Schaffhausen und Appenzell Innerrhoden, die keinen Sanierungsbedarf aufwiesen – befänden sich noch stärker im Verzug. Dieser Umstand, der zur Verendung von Tausenden von Fischen und Kleinlebewesen führe, erzürnte Umwelt- und Fischereiverbände. Die Kantone begründeten die Verzögerungen mit Kapazitätsengpässen, anderweitigen Prioritäten – namentlich die Gefahrenkarte und die Festlegung des Gewässerraumes – sowie mit schleppenden Verhandlungen mit den Kraftwerkbetreibern.

Der Bundesrat publizierte im 2011 die Vernehmlassungsergebnisse zur Ratifizierung der Europäischen Landschaftskonvention. In diesem ersten völkerrechtlichen Übereinkommen seiner Art verpflichten sich die Vertragspartner zum Schutz, zur Planung, sowie zur nachhaltigen Pflege und Entwicklung der Landschaften. Die 2004 in Kraft getretene Konvention wurde bereits von 34 der aktuell 47 Mitgliedstaaten des Europarates ratifiziert; vier weitere Staaten, darunter die Schweiz, haben das Übereinkommen unterzeichnet, jedoch noch nicht ratifiziert. Eine Ratifizierung der Konvention hätte für die Schweiz einen vorwiegend programmatischen Charakter und würde zur Unterstützung der entsprechenden kantonalen und eidgenössischen Politiken dienen; sie würde hingegen weder rechtliche noch instrumentelle Anpassungen nach sich ziehen. Die Vernehmlassungsergebnisse fielen grossmehrheitlich positiv aus. Mit Ausnahme des Kantons Appenzell Innerrhoden befürworteten alle Kantone die Ratifizierung der Konvention, wobei als wichtigster Grund das Subsidiaritätsprinzip angebracht wurde. Die SP, CSP, CVP und die Grünen begrüssten das Vorhaben der Regierung ebenfalls, da es in Einklang mit dem bisherigen Engagement der Schweiz stehe und diesem sogar noch Nachdruck verleihe. Abgelehnt wurde die Ratifizierung von der FDP und der SVP. Beide Parteien sahen in der Konvention keinen Zusatzgewinn, da das Abkommen durch die geltenden eidgenössischen Regelungen bereits erfüllt sei. Im Gegenteil würde eine Übereinkunft den Handlungsspielraum der Schweiz möglicherweise sogar einengen. Ebenfalls keinen Zusatznutzen sahen verschiedene Wirtschaftsverbände, die Befürchtungen zu zusätzlichen raumplanerischen Auflagen anmeldeten. Economiesuisse und hotelleriesuisse waren dem Anliegen gegenüber hingegen freundlich gestimmt.

Le DFI a ensuite mis en consultation l'ensemble des cinq protocoles de la Convention des Alpes (agriculture de montagne, protection de la nature et entretien des paysages, aménagement du territoire et développement durable, tourisme et transports) discutés à Paris. La majorité des cantons alpins (10 sur 15, soit UR, SZ, OW, GL, GR, TI, VS, NW, AR, AI et ZG comme canton non alpin) ainsi que le SAB, le PDC, le PRD, l'UDC, le PdL (ex-PA) et les organisations économiques les ont sévèrement critiqués et les ont rejetés. Malgré les amendements apportés, ils seraient, selon eux, beaucoup trop unilatéralement axés sur la protection et ne feraient pas de place pour le développement économique des régions alpines. En revanche, le PS, l'AdI, le PL, les DS, les Verts et les organisations de protection de l'environnement se sont prononcés favorablement sur ces protocoles et ont soutenu leur ratification.