Dans le cadre des discussions relatives à l'objet 16.028, il a été décidé de ne pas donner suite à la pétition Heinzelmann Regula, "soumettre au référendum obligatoire l'extension de la libre circulation des personnes à la Croatie", déposée au mois de mai 2016.

Le 4 mars 2016 le Conseil fédéral soumet au Parlement le protocole relatif à l'extension de l'accord sur la libre circulation des personnes (ALCP) à la Croatie.
Si, depuis la date du 1er juillet 2013, la Croatie est officiellement membre de l'UE, l'extension de l'ALCP à cet Etat des Balkans ne peut s'effectuer de manière automatique et nécessite la conclusion d'un protocole supplémentaire (protocole III à l'ALCP). Les négociations visant à définir les conditions de participation de la Croatie au régime de l'ALCP débutent dès le mois d'avril 2013. A la suite du "oui" à l'initiative contre l'immigration de masse, le Conseil fédéral interrompt cependant le processus de ratification du protocole III, ce dernier étant jugé contraire au texte accepté par le peuple suisse en date du 9 février 2014. Les représailles de l'UE ne se font guère attendre, et la Suisse se voit privée de sa participation au programme-cadre de recherche Horizon 2020, au programme de mobilité étudiante Erasmus+, ainsi qu'au programme de soutien au cinéma MEDIA. En avril 2014, le Conseil fédéral consent néanmoins au débloquement du crédit-cadre de 45 millions de francs en faveur de la Croatie, donnant à ses partenaires européens un signal positif en faveur de la libre circulation. Au printemps 2016, le dossier croate offre la possibilité à la Suisse de faire un pas de plus vers Bruxelles. Telle est du moins la volonté du Conseil fédéral, dont les discussions avec l'Union européenne pour une application de l'initiative du 9 février compatible avec la libre circulation des personnes sont gelées jusqu'au référendum britannique du 23 juin 2016. Rappelons également que la signature du protocole III pour l'extension de l'ALCP à la Croatie est conditionnellement liée à la participation de la Suisse à Horizon 2020. En effet, en l'absence de ratification du protocole en question, la Suisse, une fois passé le délai de février 2017, sera considérée comme un Etat tiers pour la mise en oeuvre du programme-cadre, dont la portée est jugée primordiale dans les domaines de la recherche et de l'économie.

Le Conseil national est le premier à se prononcer sur le sujet le 26 avril 2016. Les critiques émanent tout particulièrement des rangs de l'Union démocratique du centre (UDC), qui dénonce l'incompatibilité du protocole avec l'article 121a de la Constitution. Selon des propos traduits de l'allemand au français par la Tribune de Genève, le conseiller national Roger Köppel (udc, ZH) prend à partie la ministre en charge du DFJP, qui finit par quitter la salle du Conseil national. "Je m’étonne, je m’interroge, je m’émerveille de la frivolité avec laquelle vous faites fi de la Constitution", s'exclame le rédacteur en chef de la Weltwoche. S'il est vrai qu'à la suite de la votation du 9 février 2014, le Conseil fédéral avait dans un premier temps exclu l'extension de l'ALCP à la Croatie, Simonetta Sommaruga plaide désormais en faveur d'une "adaptation aux circonstances". Selon une majorité de la chambre du peuple, le rejet de l'extension de la libre circulation à la Croatie ne peut se justifier, d'autant plus si ce refus s'effectue au détriment de la voie bilatérale et de la participation de la Suisse à Horizon 2020. Le Conseil national se prononce donc en faveur du projet du Conseil fédéral (122 voix pour, 64 contre et 1 abstention). Du côté des titres de presse, si certains dénoncent un "zigzag politico-juridique", l'analyse semble quasi unanime: "la Suisse lâche du lest pour amadouer son partenaire" européen.
Le projet passe au Conseil des Etats qui, au début du mois de juin 2016, opte pour l'ajout d'une condition au projet initial, précisant que le Conseil fédéral n'est autorisé à ratifier l'extension de l'ALCP à la Croatie qu'après s'être accordé avec l'Union européenne sur une réglementation de la gestion de l'immigration compatible avec la Constitution fédérale. La chambre des cantons se conforme ainsi à l'avis de la CPE-CE (33 voix pour la modification, 10 en faveur de la décision du Conseil national et 0 abstention). Selon Christian Levrat (ps, FR), la précision votée par une majorité des sénatrices et sénateurs est essentielle: "le Parlement ne peut pas, en toute connaissance de cause, autoriser le Conseil fédéral à violer la Constitution."
Au début du mois de juin 2016, la chambre basse s'oppose, par 116 voix contre 68, à la modification du Conseil des Etats. La majorité du Conseil national rappelle l'importance de la ratification du protocole III pour l'avenir de la recherche suisse et qualifie l'adjonction demandée par le Conseil des Etats d'"obstacle inutile". Invoquant le respect inconditionnel de la constitution, l'UDC est le seul parti a se montrer favorable à la version de la chambre haute.
Le 16 juin 2016, les deux chambres du Parlement se résolvent finalement au pragmatisme et acceptent tour à tour la proposition énoncée par la conférence de conciliation. Le projet du gouvernement helvétique est modifié comme suit: le Conseil fédéral est autorisé à ratifier le protocole si une réglementation sur la gestion de l'immigration compatible avec l'ordre juridique suisse (et non plus avec la Constitution, comme demandé par le Conseil des Etats dans un premier temps) est établie avec l'Union européenne.

En décembre 2016, le Conseil fédéral opte en définitive pour la ratification du protocole III relatif à l'extension de la libre circulation des personnes à la Croatie. L'exécutif national considère en effet que la condition de compatibilité exigée par les chambres fédérales est remplie, le Parlement ayant accepté la loi d'application de l'art. 121 Cst. le 16 décembre 2016.

Le 28 mai, le Conseil fédéral a transmis au Parlement le message portant sur l'approbation d'un crédit-cadre de 45 millions de francs en faveur de la Croatie. Ainsi, la Croatie qui est membre de l'Union Européenne depuis 2013, bénéficierait du même soutien que les autres pays de l'Europe de l'Est qui ont adhéré à l'UE depuis 2004. Cette aide financière a pour but d'aider les pays de l'Est à se développer et à réduire les disparités économiques et sociales au sein de l'UE élargie. Il s'agit, par ce moyen, également de renforcer les relations que ces pays entretiennent avec la Suisse. Le sujet avait été mis de côté après le vote du 9 février, mais le Conseil fédéral a débloqué la situation fin avril en expliquant qu'il respecterait la libre circulation même sans accord et en confirmant qu'il verserait les 45 millions prévus.
La CPE-CE a proposé à son conseil d'adhérer au projet, ce qu'a fait le Conseil des Etats en donnant son feu vert au versement de 45 millions de francs à titre d'aide à la Croatie lors de la session d'automne 2014 par 39 voix contre 2. Il y a eu opposition de Thomas Minder (indépendant, SH) qui s'est montré sceptique envers l'approbation du peuple suisse sur ce versement, surtout après l'acceptation de l'initiative contre l'immigration de masse.
Le Conseil national a également approuvé le crédit lors de la session d'hiver par 132 voix contre 53 et 6 abstentions. L'UDC s'est opposée au versement en proclamant que cette aide financière était uniquement dans l'intérêt de l'UE et n'apportait aucun avantage à la Suisse. La demande de l'opposition formée par Büchel (udc, SG), Aebi (udc, BE), Estermann (udc,LU), Mörgeli (udc, ZH), Reimann (udc, SG) et Stamm (udc, AG) concernant la suspension de débat, jusqu'à ce que les négociations concernant la mise en œuvre de l'initiative contre l'immigration de masse aient abouti, a été rejetée par 128 voix contre 54.
L'aide financière devrait être utilisée à partir de mai 2017 pour financer des projets concrets visant à améliorer les conditions de vie sur place et à instaurer davantage de sécurité.

En août, le Conseil fédéral a mis en consultation l’extension de la libre-circulation des personnes à la Croatie qui a adhéré à l’UE le 1er juillet 2013. En réponse aux peurs de pression sur le marché du travail, la ministre Simonetta Sommaruga a négocié un accord permettant à la Suisse d’appliquer des contingents au nouvel Etat membre pendant sept ans au minimum. Si le PLR et le PDC ont manifesté leur soutien au projet, l’UDC a prévenu qu’un référendum serait sans doute inévitable. Quant au PS, il a certes appuyé sa ministre, mais a insisté sur la nécessité de renforcer les mesures d’accompagnement et de prendre en compte les problèmes d’infrastructure. Le PLR a annoncé qu’il ne cèderait pas aux menaces de la gauche.

En vue de l’adhésion de la Croatie à l’UE, le Conseil fédéral a proposé de débloquer 45 millions de francs afin de soutenir la Croatie dans son processus d’adhésion. Les commissions de politique extérieure des deux chambres ont soutenu le gouvernement dans sa démarche.

Suite au référendum sur l’adhésion à l’UE, le peuple croate a décidé de rejoindre l’UE en janvier 2012 par 66% des voix. Cette décision a réveillé les opposants suisses à la libre circulation des personnes. Face à la colère des zones frontalières, premières concernées par les pressions salariales, le président du PS, Christian Levrat, a également reconnu que la question de l’introduction d’un contingentement régional des travailleurs européens devait se poser.

Im Januar traf Bundespräsidentin Micheline Calmy-Rey bei einem Besuch in Berlin Bundeskanzlerin Angela Merkel. Im Zentrum der Gespräche stand die Schweizer Haltung zum Steuerstreit mit der EU und zum bilateralen Weg. Ebenfalls traf sich Calmy-Rey mit Bundespräsident Christian Wulff, mit dem deutschen Aussenminister Guido Westerwelle sowie mit Wirtschaftsminister Rainer Brüderle. Anfang Februar folgte die Aussenministerin der Einladung Ungarns und traf in Budapest den ungarischen Staatspräsidenten Pál Schmitt sowie den Aussenminister János Martonyi. Da Ungarn damals die EU präsidierte, standen die bilateralen Beziehungen zwischen der Schweiz und der EU im Zentrum des Besuchs. Der Bilateralismus mit der EU war ebenfalls ein zentraler Bestandteil der Gespräche, welche Bundespräsidentin Calmy-Rey im Februar in Brüssel mit dem Präsidenten des Europäischen Rates, Herman Van Rompuy, mit EU-Kommissionspräsident José Manuel Barroso sowie mit dem Präsidenten des Europäischen Parlaments Jerzy Buzek führte. Im selben Monat stattete die Bundesrätin dem spanischen König Juan Carlos I. einen offiziellen Besuch ab. Das Treffen diente unter anderem der Vorbereitung des königlichen Besuchs in der Schweiz im Mai. Im März stattete die Bundespräsidentin Aserbaidschan einen offiziellen Besuch ab. Anfang April weilte sie zur Eröffnung der Schweizer Botschaft in Eriwan, der Hauptstadt Armeniens. Mitte desselben Monats traf die Bundespräsidentin in Wien den österreichischen Bundespräsidenten Heinz Fischer sowie Bundeskanzler Werner Faymann. Sie nutzte zudem die Gelegenheit für einen Besuch beim Direktor der Internationalen Atomenergiebehörde (IAEA). Ende Mai besuchte die Aussenministerin in Tiflis die politische Führung Georgiens. Anfang Juni wurde sie vom italienischen Premierminister Silvio Berlusconi in Rom empfangen, mit welchem sie vor allem über Steuerfragen diskutierte. Dabei drückte sie ihr Missfallen über die italienische Haltung im Steuerstreit aus. Italien hatte die Schweiz aufgrund ihres Steuerregimes auf eine schwarze Liste gesetzt und übte insbesondere auf den Tessiner Finanzplatz Druck aus. Mitte des Monats stattete die Bundesrätin Polen einen offiziellen Besuch ab, welches Anfang Juni von Ungarn die EU-Ratspräsidentschaft übernommen hatte. Dementsprechend stand wiederum das Verhältnis Schweiz-EU im Zentrum des Gesprächs. Ende Juni besuchte Micheline Calmy-Rey aufgrund des 100-jährigen Jubiläums der diplomatischen Beziehungen zwischen Rumänien und der Schweiz Bukarest. Zusammen mit Bundesrat Schneider-Ammann traf die Bundespräsidentin Mitte Juli den russischen Präsidenten Dimitri Medwedew zwecks Einweihung einer Zement-Fabrik von Holcim im russischen Kolomna. Dabei wurden diverse bilaterale und multilaterale Fragen diskutiert. Anfang August bereiste die EDA-Chefin Kenia und besuchte dabei ein UNHCR-Flüchtlingslager, welches mehrere hunderttausend Menschen beherbergt, die das von einer schweren Hungersnot betroffene Gebiet am Horn von Afrika verlassen mussten. In Vaduz traf Micheline Calmy-Rey Ende September am traditionellen Vierländertreffen die deutschen und österreichischen Bundespräsidenten Christian Wulff und Heinz Fischer sowie Fürst Alois von Liechtenstein. Ebenfalls Ende September nahm sie in Tunis am Task-Force-Treffen EU-Tunesien teil, das die europäischen Unterstützungsmöglichkeiten für eine nachhaltige Demokratisierung des Landes aufzeigen sollte. Auf Einladung der Aussenpolitischen Kommission des Europäischen Parlaments besuchte Micheline Calmy-Rey im Oktober Brüssel und erläuterte dem Parlament die Ziele der Schweizer Aussenpolitik. Mitte November stattete die Magistratin Kroatien einen offiziellen Besuch ab und wurde in Zagreb vom kroatischen Präsidenten Ivo Josipovic empfangen. Ebenfalls im November reiste sie nach Serbien, wo sie mit der politischen Führung des Landes zusammentraf. Den letzten Besuch im Ausland in ihrem Amtsjahr als Bundespräsidentin stattete Micheline Calmy-Rey der Türkei ab, wo sie in Ankara Präsident Abdullah Gül traf.