Ab anfangs Oktober 2020 stiegen die Coronavirus-Fallzahlen in der Schweiz wieder drastisch an und erreichten ihren Höhepunkt anfangs November mit über 10'000 neu gemeldeten Fällen an einem Tag. Viele Kantone verschärften deshalb ihre Coronamassnahmen ab Mitte Oktober, beispielsweise durch die Einführung einer Maskenpflicht in allen Läden. Doch die Massnahmen in der Schweiz glichen weiterhin einem Flickenteppich, denn die Kantone vermochten sich nicht auf ein einheitliches Vorgehen zu einigen. Die GDK appellierte deshalb Mitte Oktober an den Bundesrat, flächendeckende Massnahmen zu ergreifen, wie etwa eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen oder Obergrenzen für private Feste. Dieser hatte zwar die Kantone nur zwei Tage zuvor noch explizit in die Pflicht genommen, reagierte dann aber schnell: Am Sonntag, dem 18. Oktober, traf er sich zu einer Notfallsitzung und entschied nach einer «Blitzkonsultation» über das Wochenende, schweizweit eine Maskenpflicht in öffentlichen Innenräumen und bei privaten Treffen ab 16 Personen einzuführen. Neu galt zudem Sitzpflicht in allen Gastrobetrieben. Ganz strikt griff der Bundesrat allerdings nicht durch: So verzichtete er bewusst darauf, erneut die ausserordentliche Lage auszurufen – die neusten Massnahmen konnte der Bundesrat gemäss Epidemiengesetz auch in der besonderen Lage aussprechen. Folglich blieben die Kantone weiterhin in vielen Bereichen in der Verantwortung, etwa bei den Massnahmen in Schulen oder bei den Öffnungszeiten von Clubs und Bars. Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga betonte jedoch, Bundesrat und Kantone müssten jetzt zusammenspannen, «damit das ‘Gstürm’ endlich aufhöre».
Da die Fallzahlen weiter stark anstiegen, schickte der Bundesrat bereits am Freitag der darauffolgenden Woche erneut strengere Massnahmen in die Konsultation bei den Kantonen. Diese beinhalteten unter anderem eine Limite von 10 respektive 50 Personen bei privaten und öffentlichen Veranstaltungen, Fernunterricht für Hochschulen, eine ausgedehnte Maskenpflicht und eine Sperrstunde von 23 bis 6 Uhr. Auch diesmal hielt der Bundesrat aber am Verbleib in der besonderen Lage fest.
Da eine Mehrheit der Kantone in der Zwischenzeit bereits ihre eigenen Massnahmen verschärft hatten und viele den Bundesrat aufgefordert hatten, strengere Massnahmen auf nationaler Ebene zu beschliessen, hielt sich ihr Widerstand gegen die neuen Massnahmen in Grenzen. Trotzdem gab es auch Kritik, wie etwa von der St. Galler Regierung, welche monierte, dass eine erneute Verschärfung der Massnahmen verfrüht sei, da ihre Spitalkapazitäten nicht ausgeschöpft seien und die Massnahmen deshalb «unnötigen Schaden» anrichteten. Die St. Galler Kantonsregierung ging gar noch weiter und stellte das gemeinsame Corona-Regime von Bund und Kantonen grundlegend infrage. Dass die Kantone selbst für die «Folgekosten» der Massnahmen aufkommen müssten, ohne diesen zugestimmt zu haben, verletze das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz, wonach diejenigen das Sagen haben sollten, welche die Kosten tragen. Der Bundesrat solle stattdessen wieder die ausserordentliche Lage ausrufen, woraufhin der Bund erneut für die gesellschaftlichen und gesamtwirtschaftlichen Folgen der Pandemiebekämpfung verantwortlich wäre und sich folglich an den entstandenen Kosten beteiligen müsste. Der Kanton Zürich kritisierte derweil, dass der Bundesrat beim Verbot von Grossanlässen eine Ausnahme für Demonstrationen beschlossen hatte. Seiner Meinung nach sollten für alle Grossanlässe die gleichen Regeln gelten. Auch in den folgenden Wochen gingen die Diskussionen zwischen Bund und Kantonen weiter. So rügte beispielsweise Gesundheitsminister Alain Berset am 4. November diejenigen Kantone, welche weiterhin nicht dringende Eingriffe und Operationen an Spitälern erlaubten und damit Ressourcen für mögliche Corona-Patientinnen und -Patienten besetzten.

Der Regierungspräsident des Kantons Thurgau, Jakob Stark (svp), wollte nichts von einer Fusion mit dem Kanton St. Gallen zu einem Kanton Ostschweiz wissen. Seiner Meinung nach könnten mit der Fusion keine Kosten gespart werden, da die Verwaltung des Kantons Thurgau genug effizient sei. Ausserdem müsste mit einer neuen Kantonseinteilung auch das politische System der Schweiz geändert werden.

Um die Interessen der Grossregion Zürich besser vertreten zu können und die gemeinde- und kantonsüberschreitende Zusammenarbeit zu fördern, gründeten acht Kantone und 65 Städte und Gemeinden aus der Nordost- und der Zentralschweiz anfangs Juli den Verein „Metropolitanraum Zürich“. Bei den beteiligten Kantonen handelt es sich um Zürich, Schaffhausen, Thurgau, St. Gallen, Schwyz, Zug, Luzern und Aargau.

Das im Vorjahr eingereichte Kantonsreferendum gegen das Steuerentlastungsprogramm des Bundes war erfolgreich. Das Volk lehnte am 16. Mai das Steuerpaket deutlich ab, in keinem einzigen Kanton ergab sich eine Ja-Mehrheit. (Zum Abstimmungsresultat siehe hier.)

Als Novum in der Geschichte des Bundesstaates machten zum ersten Mal Kantone Gebrauch von ihrem Recht, gegen einen Parlamentsbeschluss das Referendum einzureichen. Elf Kantone (notwendig für ein Kantonsreferendum wären acht gewesen) beantragten eine Volksabstimmung über das Steuerentlastungsprogramm, welches ihrer Meinung nach für die Kantone nicht verkraftbare Steuerausfälle bringen würde. Die Initiative dazu war von den Kantonsregierungen ausgegangen. Koordiniert durch die Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) hatten achtzehn Regierungen in den kantonalen Parlamenten entsprechende Vorlagen eingebracht.

Es ist nichts Neues, dass sich die Nordostschweizer Kantone (ohne Zürich) in der Bundespolitik oft benachteiligt vorkommen. Dies war zuletzt beispielsweise der Fall beim NEAT-Entscheid (Eisenbahntunnels durch die Alpen) und beim Vollzug des Krankenversicherungsgesetzes (Berechnungsformel für die Bundesbeiträge an die Prämienverbilligung). Die St. Galler Regierung schlug deshalb ihrem Parlament vor, eine ständige Vertretung in Bern zu schaffen, um die Interessen des Kantons besser zur Geltung zu bringen. Der Grosse Rat lehnte es aber ab, den dafür beantragten Kredit von CHF 320'000 zu bewilligen. Die Regierung schlug danach vor, dass einer aus ihrem Kreis von Amtes wegen im Ständerat sitzen sollte. Dieser würde einem neu zu schaffenden Departement für kantonsüberschreitende Zusammenarbeit vorstehen.