Ab anfangs Oktober 2020 stiegen die Coronavirus-Fallzahlen in der Schweiz wieder drastisch an und erreichten ihren Höhepunkt anfangs November mit über 10'000 neu gemeldeten Fällen an einem Tag. Viele Kantone verschärften deshalb ihre Coronamassnahmen ab Mitte Oktober, beispielsweise durch die Einführung einer Maskenpflicht in allen Läden. Doch die Massnahmen in der Schweiz glichen weiterhin einem Flickenteppich, denn die Kantone vermochten sich nicht auf ein einheitliches Vorgehen zu einigen. Die GDK appellierte deshalb Mitte Oktober an den Bundesrat, flächendeckende Massnahmen zu ergreifen, wie etwa eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen oder Obergrenzen für private Feste. Dieser hatte zwar die Kantone nur zwei Tage zuvor noch explizit in die Pflicht genommen, reagierte dann aber schnell: Am Sonntag, dem 18. Oktober, traf er sich zu einer Notfallsitzung und entschied nach einer «Blitzkonsultation» über das Wochenende, schweizweit eine Maskenpflicht in öffentlichen Innenräumen und bei privaten Treffen ab 16 Personen einzuführen. Neu galt zudem Sitzpflicht in allen Gastrobetrieben. Ganz strikt griff der Bundesrat allerdings nicht durch: So verzichtete er bewusst darauf, erneut die ausserordentliche Lage auszurufen – die neusten Massnahmen konnte der Bundesrat gemäss Epidemiengesetz auch in der besonderen Lage aussprechen. Folglich blieben die Kantone weiterhin in vielen Bereichen in der Verantwortung, etwa bei den Massnahmen in Schulen oder bei den Öffnungszeiten von Clubs und Bars. Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga betonte jedoch, Bundesrat und Kantone müssten jetzt zusammenspannen, «damit das ‘Gstürm’ endlich aufhöre».
Da die Fallzahlen weiter stark anstiegen, schickte der Bundesrat bereits am Freitag der darauffolgenden Woche erneut strengere Massnahmen in die Konsultation bei den Kantonen. Diese beinhalteten unter anderem eine Limite von 10 respektive 50 Personen bei privaten und öffentlichen Veranstaltungen, Fernunterricht für Hochschulen, eine ausgedehnte Maskenpflicht und eine Sperrstunde von 23 bis 6 Uhr. Auch diesmal hielt der Bundesrat aber am Verbleib in der besonderen Lage fest.
Da eine Mehrheit der Kantone in der Zwischenzeit bereits ihre eigenen Massnahmen verschärft hatten und viele den Bundesrat aufgefordert hatten, strengere Massnahmen auf nationaler Ebene zu beschliessen, hielt sich ihr Widerstand gegen die neuen Massnahmen in Grenzen. Trotzdem gab es auch Kritik, wie etwa von der St. Galler Regierung, welche monierte, dass eine erneute Verschärfung der Massnahmen verfrüht sei, da ihre Spitalkapazitäten nicht ausgeschöpft seien und die Massnahmen deshalb «unnötigen Schaden» anrichteten. Die St. Galler Kantonsregierung ging gar noch weiter und stellte das gemeinsame Corona-Regime von Bund und Kantonen grundlegend infrage. Dass die Kantone selbst für die «Folgekosten» der Massnahmen aufkommen müssten, ohne diesen zugestimmt zu haben, verletze das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz, wonach diejenigen das Sagen haben sollten, welche die Kosten tragen. Der Bundesrat solle stattdessen wieder die ausserordentliche Lage ausrufen, woraufhin der Bund erneut für die gesellschaftlichen und gesamtwirtschaftlichen Folgen der Pandemiebekämpfung verantwortlich wäre und sich folglich an den entstandenen Kosten beteiligen müsste. Der Kanton Zürich kritisierte derweil, dass der Bundesrat beim Verbot von Grossanlässen eine Ausnahme für Demonstrationen beschlossen hatte. Seiner Meinung nach sollten für alle Grossanlässe die gleichen Regeln gelten. Auch in den folgenden Wochen gingen die Diskussionen zwischen Bund und Kantonen weiter. So rügte beispielsweise Gesundheitsminister Alain Berset am 4. November diejenigen Kantone, welche weiterhin nicht dringende Eingriffe und Operationen an Spitälern erlaubten und damit Ressourcen für mögliche Corona-Patientinnen und -Patienten besetzten.

Als erster Deutschschweizer Kanton führte St. Gallen systematische Gratistests für die Früherkennung von Brustkrebs ein. Eine solche systematische Vorsorgeuntersuchung mittels einer Mammografie für Frauen ab 50 Jahren war umstritten. Obwohl von der Schweizer Krebsliga empfohlen, bestand das Programm bisher erst in sechs Westschweizer Kantonen. Kritiker merkten an, dass mit dem Aufruf zur flächendeckenden Frühdiagnose tausende gesunde Frauen verunsichert und unnötigen Behandlungen ausgesetzt werden.

Im Kanton Zürich schlug die Gesundheitsdirektion einen Umbau des gesamten Spitalwesens in zwei Schritten vor. Mit dem Systemwechsel zur leistungsorientierten Krankenhaussteuerung sollen Konzernstrukturen, Lean Management und Wettbewerb auch in den Spitälern Einzug halten, mit dem späteren Wechsel zur integrierten regionalen Leistungssteuerung Gesundheits- und Sozialwesen miteinander verschmolzen werden. Ziel der ersten Etappe ist ein (freiwilliger) Abbau von rund 1500 Akutbetten und Kosteneinsparungen bis zu 25 Prozent. Der Kanton St. Gallen führte seinerseits für drei Kantonsspitäler Globalbudgets ein.

Nachdem seine restriktive Regelung der Fortpflanzungsmedizin 1989 vom Bundesgericht abgelehnt worden war, stimmte das St. Galler Kantonsparlament – wenn auch widerwillig – einer liberaleren Lösung zu. Die In-vitro-Fertilisation sowie die Befruchtung mit dem Samen Dritter sollen erlaubt sein, allerdings nur bei Ehepaaren. Gegen die heterologe Insemination wurde noch eine zusätzliche Barriere eingebaut: Über den Samenspender soll eine Akte angelegt werden, in welche die Eltern und das künstlich gezeugte Kind Einblick nehmen können. Weiterhin verboten bleiben im Kanton St. Gallen die künstliche Befruchtung von Eizellen zu anderen Zwecken als zur Fortpflanzung, Massnahmen zur Beeinflussung des Geschlechts oder anderer Eigenschaften des Kindes, die Leihmutterschaft und die Aufzucht befruchteter Eizellen ausserhalb des Mutterleibes. Die St. Galler Regelung wird nur solange in Kraft bleiben, bis der Bund ein entsprechendes Gesetz verabschiedet hat.

Les décisions arrêtées par le Grand Conseil saint-gallois en matière de fécondation artificielle ont conduit un groupe de médecins et de patients à déposer deux recours de droit public auprès du Tribunal fédéral. Les recourants ont estimé que le parlement cantonal, en interdisant l'insémination artificielle et la fécondation in vitro, contrevenait au partage des compétences entre cantons et Confédération, la réglementation des techniques de reproduction humaine ne relevant, selon eux, non pas de la santé publique mais du droit civil et pénal. Ils ont encore ajouté que cette loi est contraire aux libertés individuelles. Les recourants ont partiellement obtenu gain de cause puisque le Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif en ce qui concerne la conservation des spermes autres que ceux du mari en traitement médical.