In seiner Botschaft zur Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ und zum direkten Gegenentwurf (Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI) vom Januar 2012 beantragte der Bundesrat dem Parlament, die Volksinitiative Volk und Ständen zur Ablehnung und den direkten Gegenentwurf zur Annahme zu empfehlen. Der Bundesrat wies in der Botschaft auf die Finanzierungslücke von bis zu CHF 500 Mio. pro Jahr hin, welche durch den notwendigen Ausbau, die Inbetriebnahme von neuen Projekten (Durchmesserlinie Zürich, NEAT Gotthard und Ceneri, CEVA (Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse) Genf) sowie durch den Unterhalt der immer stärker belasteten Infrastruktur anfalle. Neue Ausbauvorhaben wurden auf weitere CHF 500 Mio. pro Jahr geschätzt und der mittelfristige finanzielle Bedarf auf rund CHF eine Milliarde pro Jahr veranschlagt. Zudem verursachten Verzinsung und Rückzahlung des FinöV-Fonds ab 2019 jährlich Kosten von CHF 600-700 Mio. Der befristete FinöV-Fonds solle in den neuen, unbefristeten Bahninfrastrukturfonds BIF überführt werden. Der BIF solle künftig Betrieb, Unterhalt und Ausbau des Bahn- und Agglomerationsverkehrs finanziell tragen. Zu den Finanzierungsinstrumenten des BIF gehören die Quellen des FinöV (zwei Drittel der LSVA-Erträge, ein Mehrwertsteuerpromille sowie befristete Mittel aus der Mineralölsteuer), die ordentlichen Mittel des Bundeshaushalts für Betrieb und Erhaltung der Bahninfrastruktur sowie drei neue Instrumente: Mehreinnahmen aus der direkten Bundessteuer (aus dem verkleinerten Fahrkostenabzug), Mittel aus der Erhöhung der Trassenpreise und eine Neuregelung der Zuständigkeiten zwischen Bund und Kantonen, welche die Kantone zur Finanzierung der Publikumsanlagen der Bahn verpflichtet. Auch das strategische Entwicklungsprogramm Bahninfrastruktur „STEP“ war Teil der bundesrätlichen Botschaft. Akzente in der Langfristperspektive setzte der Bundesrat mit der Kapazitätssteigerung bei Schiene, Zügen und Bahnhöfen. Im Personenverkehr soll auf Strecken mit grosser Nachfrage der Viertelstundentakt eingeführt und der Güterverkehr gestärkt werden. STEP soll in mehreren Ausbauschritten erfolgen, wobei der Bundesrat diese dem Parlament alle vier oder acht Jahre unterbreiten will. Der Ausbauschritt 2025 beinhaltet die Einführung des Halbstundentaktes auf den Strecken Locarno–Lugano, Zürich–Chur, Zürich–Lugano und Bern–Luzern, den Ausbau der letzten eingleisigen Strecke für den Güterverkehr (Ligerz-Twann), sowie Massnahmen und Investitionen in betriebsnotwendige Anlagen bei Privatbahnen und auf dem gesamten Eisenbahnnetz. Die Diskussion der Vorlage wurde im November des Berichtjahres im Ständerat aufgenommen. Anfang Dezember 2012 fasste der Ständerat sowohl im Entwurf 2 (direkter Gegenentwurf zur Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“) als auch in den Entwürfen 3 (FABI) und 4 (Ausbauschritt 2025 der Eisenbahninfrastruktur) vom Entwurf des Bundesrates abweichende Beschlüsse. Der Ständerat folgte geschlossen seiner Kommission, welche aus taktischen Gründen so viele weitere Projekte aufnahm, dass das Investitionsvolumen mit CHF 6,4 Mrd. fast doppelt so hoch ausfiel, wie vom Bundesrat vorgesehen (CHF 3,5 Mrd.). Eingang in das Ausbaupaket fand im Ständerat die erste Etappe des sogenannten Bahn-Y (Bodensee-Rheintal-Verbindung bis Chur), was die Verbindung St. Gallen-Chur verbessern soll. Das Bahn-Y war von den St. Galler Standesvertretern Rechsteiner (sp) und Keller-Sutter (fdp) lanciert und mit geschicktem Lobbying in die Vorlage eingebracht worden. Da das Programm des Bundesrates den überwiegenden Teil der Investitionen in der Westschweiz bzw. im westlichen Mittelland vorsah, verbündeten sich die Ostschweizer Kantone, um mit dem Bahn-Y auch vom Ausbauprogramm zu profitieren. Folgende weiteren Projekte wurden vom Ständerat aufgenommen: Ein drittes Gleis zwischen Gümligen und Münsingen, der Ausbau des Bahnhofs Genf Cornavin, eine Überwerfung im Knotenpunkt Pratteln, Massnahmen zur Reisezeitverkürzung zwischen Bern und Lausanne sowie Ausbauten in Aarau. Um die Nordwestschweiz, Zürich und Luzern ins Boot zu holen, sah der Ständerat CHF 300 Mio. für Projektierungsarbeiten für den Brüttenertunnel (Zürich), den dritten Jura-Durchstich (Nordwestschweiz) und den Luzerner Tiefbahnhof vor. Nach dem Entscheid des Ständerates kommentierten kritische Stimmen in den Medien, das Paket sei überladen und bringe langfristig untragbare Unterhaltskosten mit sich. Der Nationalrat wird die Vorlage 2013 behandeln. Beide Räte verlängerten zudem die Behandlungsfrist der VCS-Initiative um ein Jahr (bis März 2014).

L’OFT et les CFF ont rendu public le concept « Rail 2030 ». Selon le mandat du Conseil fédéral, l’OFT a d’abord déterminé les besoins à l’horizon 2030 et les travaux nécessaires pour les satisfaire, avant d’élaborer deux variantes, respectivement à CHF 12 et à CHF 21 milliards, cette dernière incluant le trafic régional. Pour répondre à la croissance de la demande, le concept retenu privilégie l’augmentation du nombre de trains, l’allongement des trains et des quais de gare à 400 mètres, ainsi que la généralisation des trains à deux niveaux avec l’adaptation en conséquence des gabarits des tunnels. La construction de voies ferrées supplémentaires et de tunnels joue ainsi un rôle tout à fait secondaire dans la stratégie présentée (à l’exception des tunnels du Heitersberg, dans la variante 1, et du Zimmerberg, dans la variante 2). Les projets prioritaires de la variante 1 concernent les axes Genève-Lausanne-Viège et Genève-Berne-Zurich-St-Gall, pour le trafic voyageurs « grandes lignes », et les axes Lausanne-Neuchâtel-Bienne-Berne-Aarau-Zurich et Bâle-gare de triage du Limmattal-Rotkreuz, pour le trafic marchandises. La variante 2 comprend en outre des projets visant à développer le trafic marchandises au St-Gothard et le trafic régional dans les régions de Bâle, de Berne, de Lucerne, de Saint-Gall et de Zurich, ainsi que les liaisons de Zurich en direction de Zoug, de Lucerne et du Tessin et celle entre Lugano et Locarno. Plusieurs projets âprement discutés ces dernières années (troisième voie Lausanne-Genève, achèvement du Lötschberg, tunnel du Wisenberg, etc.) ont été exclus des variantes et relégués au troisième rang de priorité. Le concept ne règle pas la question du financement, mais l’OFT a communiqué diverses options encore à l’étude. En l’état, les investissements nécessaires sont estimés, selon la variante, de CHF 300 à 600 millions par an de 2017 à 2030. L’OFT a évoqué la possibilité de prolonger le fonds pour les transports publics (FTP) et de l’alimenter par la part fédérale aux recettes de la RPLP, une part de l’impôt sur les huiles minérales et 0,1% de TVA. L’introduction d’une redevance sur les titres de transports de 5-10% du prix (taxe sur la mobilité), l’affectation au FTP de la part des cantons à la RPLP, la hausse du prix du sillon ou la conclusion de partenariats publics-privés sont également étudiées. Après la soumission du concept aux cantons pour avis, la mise en consultation d’un avant-projet de message est prévue d’ici à l’été 2011.
Lors de la consultation, la priorité accordée au trafic voyageurs « grandes lignes » sur le plateau a été critiquée par les cantons de montagne et périphériques. La relégation des projets de développement de l’axe ferroviaire du Gothard dans la seconde variante a suscité la colère du Comité du St-Gothard, réunissant des représentants des treize cantons sis sur cet axe. Les cantons de Berne et du Valais ont quant à eux vivement déploré l’exclusion du projet d’achèvement du tunnel du Lötschberg, alors que les cantons de Glaris, des Grisons, de Saint-Gall, de Schwytz et de Zurich ont réclamé le passage à la cadence semi-horaire de la liaison Coire-Zurich par les trains Intercity. Si les cantons du plateau se sont montrés majoritairement favorables au concept, le canton de Genève a fustigé l’abandon du projet de troisième voie entre Lausanne et Genève et celui d’Argovie s’est élevé contre la relégation du tunnel du Wisenberg. Quant au financement, les cantons ont unanimement rejeté les mesures proposées par l’OFT, dénonçant une tentative de transfert de charges. La Conférence des directeurs cantonaux des transports a ainsi catégoriquement refusé l’affectation de la part cantonale de la RPLP à Rail 2030, rappelant que, s’agissant d’une tâche fédérale, il incombe à la Confédération de pourvoir à son financement.

Pour répondre aux exigences du chef du DFTCE et de la délégation des finances, les CFF ont présenté en juin leur projet nommé «Rail 2000-1re étape», où le projet initial est revu à la baisse pour ne plus coûter qu'environ CHF 7.4 milliards. Ainsi, la proposition de relier les principaux noeuds ferroviaires helvétiques en moins d'une heure et à une cadence de trains de 30 minutes n'est maintenue que pour les lignes où la demande est suffisante. De la sorte, les CFF abandonnent ou renvoient une bonne partie de la construction des tronçons prévus tels que les lignes Kloten-Winterthour ou Muttenz-Olten. En conséquence, il subsistera essentiellement la ligne Mattstetten-Rothrist, utile pour la liaison Berne-Olten et pour absorber le trafic du nouveau Lötschberg, le tunnel de Vauderens entre Lausanne et Fribourg et le triplement de la ligne Genève-Lausanne jusqu'à Coppet. Pour compenser l'abandon de la construction de certaines infrastructures lourdes, les CFF ont annoncé vouloir améliorer leur matériel roulant, notamment en acquérant des rames de type Pendolino et des wagons à deux étages, ce qui devrait permettre de réduire les temps de trajet et accroître les capacités. En outre, la ligne du pied du Jura serait mise à égalité avec celle passant par Fribourg et Berne en termes de temps de parcours. Selon les CFF, ce nouveau programme respecterait les objectifs de Rail 2000; l'offre ferroviaire serait substantiellement améliorée avec une diminution du temps de parcours de huit pour cent entre les 23 villes principales de Suisse et avec une augmentation de la capacité de 13 pour cent. Des critiques sont notamment venues de Bâle, de Thurgovie, de Lucerne et de la Suisse orientale en général. Le gouvernement Saint-Gallois s'est clairement opposé au projet des CFF.

Keineswegs befriedigt vom Projekt «Bahn 2000» zeigte sich die Tessiner Regierung. Sie besteht darauf, dass mit dem vorgesehenen Ausbau der Ost-West-Achse eine neue Eisenbahn-Alpentransversale verbunden wird und hält das Konzept eines Eisenbahnnetzes des 21. Jahrhunderts für unvollständig, wenn der Wunsch nach einer schnelleren Alpendurchquerung nicht einbezogen wird. Nachdem Bundesrat und Parlament ein neues Alpenbahnprojekt vorläufig zurückgestellt hatten, da die Transportkapazitäten mit dem Ausbau der Lötschberglinie auf Doppelspur bis nach der Jahrtausendwende genügten, kritisierten sowohl die Regierungen der Kantone im Einzugsgebiet des Gotthards als auch diejenigen der Ostschweiz diesen Entscheid als verfehlt: Der Bau einer neuen Alpentransversale dürfe nicht allein von Verkehrsprognosen und dem finanziellen Ertrag abhängen; entscheidend sei die neue Konkurrenzfähigkeit einer solchen Bahn gegenüber der Strasse und die Verminderung der sozialen Kosten vor allem in bezug auf die Belastung der Umwelt. Weil zudem die Kapazität der Gotthard-Autobahn wegen des rasch zunehmenden Schwerverkehrs in absehbarer Zeit voll ausgelastet sei und sich das Problem einer zweiten Autotunnelröhre stelle, drängten sie auf einen raschen Entscheid, denn nur mit einem vorher spruchreifen Bahn-Basistunnel könne der weitere Ausbau der N 2 und somit eine noch stärkere Abwanderung des Verkehrs auf die Strasse verhindert werden. Bezüglich der Linienführung (Gotthard- oder Splügen-Basistunnel) gingen die Meinungen allerdings nach wie vor auseinander. Mit einer Eingabe an den BR forderten die Ostschweizer Kantone (AI, AR, GL, GR, SG, SH, TG), die Planungsgrundlagen für die Splügenbahn voranzutreiben, damit beide Varianten vergleichbar werden und bald ein Entscheid getroffen werden könne.