Au mois de juin 2019, le Conseil national s'est à son tour penché sur le projet d'arrêté fédéral portant approbation de l'accord de libre-échange actualisé entre les Etats de l'AELE et la Turquie et de l'accord agricole révisé entre la Suisse et la Turquie. La chambre basse s'est dans un premier temps montrée favorable à l'entrée en matière (131 voix pour, 55 contre et 1 abstention), et ce aux dépens de la minorité Molina (ps, ZH), qui proposait aux conseillères et conseillers nationaux de renvoyer le projet au Conseil fédéral, afin que l'arrêté fédéral en question ne soit soumis une nouvelle fois à l'Assemblée fédérale uniquement lorsque le constat d'une amélioration de la situation des droits de l'homme en Turquie aurait été établi (la minorité s'en réfère alors au rapport de la Commissaire aux droits de l'homme du Conseil de l'Europe et/ou au rapport de la Haute-Commissaire des Nations Unies aux Droits de l'homme). Lors du vote sur l'ensemble, le Conseil national s'est prononcé de manière analogue à la majorité du Conseil des Etats et de la CPE-CN, en acceptant le projet d'arrêté fédéral par 129 voix contre 49 et 6 abstentions.
Les deux chambres ont confirmé l'adoption de la version définitive du texte à l'occasion du vote final du 21 juin 2019.
Freihandelsabkommen