La reconnaissance des trois Etats baltes, des douze républiques de l'ex-URSS, puis, par la suite, des trois républiques de l'ex-Yougoslavie a posé certains problèmes de financement et de personnel lors de l'établissement de relations diplomatiques avec ces nouveaux Etats. En effet, le DFAE, qui estimait nécessaire la création d'environ 70 postes de diplomates et d'employés d'ambassade, a vu ses ambitions réduites par le DFF pour des motifs budgétaires. Face à l'impossibilité d'ouvrir des instances de représentation dans chacun de ces Etats, le Conseil fédéral a décidé de créer trois nouvelles ambassades en Lettonie, en Ukraine et en Albanie, et de transformer le consulat général de Zagreb en ambassade, laquelle sera responsable de la Croatie et de la Slovénie. L'ambassade suisse de Lettonie sera également responsable de la Lituanie; celle de la Finlande se chargeant de l'Estonie. A Kiev, la nouvelle ambassade s'occupera d'une ou deux républiques voisines; quant à l'ambassade de Moscou, qui sera renforcé en personnel, il continuera de s'occuper des autres républiques de l'exURSS.

En août, le conseil fédéral a fermement condamné le coup d'Etat survenu en Union soviétique contre le président Gorbatchev. Le chef du DFAE a précisé à cette occasion qu'il serait souhaitable de recourir au mécanisme prévu par la CSCE. Peu de temps après la tentative de coup d'Etat manquée, le Conseil fédéral s'est décidé, en même temps que la plupart des Etats de la communauté internationale, à reconnaître officiellement l'indépendance des trois républiques baltes, la Lituanie, la Lettonie et l'Estonie.

Suite à l'intervention des troupes soviétiques dans les républiques baltes, le DFAE a exprimé ses vives inquiétudes sur la tournure prise par les événements auprès des représentants soviétiques en Suisse et a annoncé que l'utilisation de la violence par les troupes soviétiques auraient des conséquences négatives sur les relations diplomatiques entre la Suisse et l'URSS. Il a ensuite demandé de plus amples informations aux autorités soviétiques, comme le prévoit le premier stade du mécanisme d'intervention des accords de la CSCE. Dans leur réponse, celles-ci ont indiqué leur intention de respecter les droits de l'homme et les libertés fondamentales. Plusieurs parlementaires ont condamné ouvertement l'intervention des troupes dans les pays baltes en signalant qu'elle était contraire à la charte de la CSCE que l'URSS venait pourtant de signer; ils se sont aussi demandés si l'aide suisse à l'URSS ne devrait pas être remise en question. Bien que le Conseil fédéral ait affirmé en janvier qu'une reconnaissance de la Lituanie était prématurée, la question a tout de même été discutée au sein du DFAE.