En août, le conseil fédéral a fermement condamné le coup d'Etat survenu en Union soviétique contre le président Gorbatchev. Le chef du DFAE a précisé à cette occasion qu'il serait souhaitable de recourir au mécanisme prévu par la CSCE. Peu de temps après la tentative de coup d'Etat manquée, le Conseil fédéral s'est décidé, en même temps que la plupart des Etats de la communauté internationale, à reconnaître officiellement l'indépendance des trois républiques baltes, la Lituanie, la Lettonie et l'Estonie.

Suite à l'intervention des troupes soviétiques dans les républiques baltes, le DFAE a exprimé ses vives inquiétudes sur la tournure prise par les événements auprès des représentants soviétiques en Suisse et a annoncé que l'utilisation de la violence par les troupes soviétiques auraient des conséquences négatives sur les relations diplomatiques entre la Suisse et l'URSS. Il a ensuite demandé de plus amples informations aux autorités soviétiques, comme le prévoit le premier stade du mécanisme d'intervention des accords de la CSCE. Dans leur réponse, celles-ci ont indiqué leur intention de respecter les droits de l'homme et les libertés fondamentales. Plusieurs parlementaires ont condamné ouvertement l'intervention des troupes dans les pays baltes en signalant qu'elle était contraire à la charte de la CSCE que l'URSS venait pourtant de signer; ils se sont aussi demandés si l'aide suisse à l'URSS ne devrait pas être remise en question. Bien que le Conseil fédéral ait affirmé en janvier qu'une reconnaissance de la Lituanie était prématurée, la question a tout de même été discutée au sein du DFAE.

Lors de la session spéciale des Chambres fédérales du mois de janvier, la déclaration du Conseil fédéral sur la guerre du Golfe, prononcée par le président de la Confédération, F. Cotti, a été relativement bien accueillie. Le gouvernement a mis l'accent sur la tenue d'une conférence internationale sur le Moyen-Orient après la fin du conflit qui pourrait se tenir sur sol helvétique. Par la même occasion, il a également condamné l'intervention violente des troupes soviétiques dans les républiques baltes. La grande majorité des députés s'est montrée, dans l'ensemble, satisfaite de la position du Conseil fédéral durant la crise du Golfe. Cependant, quelques parlementaires ont reproché un certain manque de cohérence du Conseil fédéral dans l'application de la politique de neutralité.