Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Sollicité par les cantons de Genève et du Tessin, le Conseil fédéral a exprimé le souhait de permettre l’instauration de zones environnementales dans les villes, telles qu’il en existe à Berlin et Milan, afin d’améliorer la qualité de vie des habitants. Un projet d’ordonnance censé fournir la base juridique nécessaire a été mis en audition à la fin de l’été. Le gouvernement y prévoit l’introduction d’un système de vignettes permettant de classer les véhicules automobiles en fonction de leurs émissions polluantes (oxydes d’azote et particules fines en particulier). Sur la base de cette classification, les cantons pourront définir des objectifs en matière de qualité de l’air et exclure telle ou telle catégorie de véhicules d’un périmètre déterminé. En cas d’infraction, les contrevenants seront passibles d’une amende de 100 francs. Des exceptions sont toutefois prévues pour les services de secours. Le PS, les Verts et l’ATE ont salué le projet, rappelant que, dans les villes, les valeurs limites en matière pollution atmosphérique sont régulièrement dépassées. À l’inverse, le PLR a jugé le système proposé excessivement contraignant et émis des doutes sur ses effets concrets en faveur de l’environnement, tandis que l’UDC a dénoncé une attaque contre le trafic individuel et les entreprises. Le TCS a quant à lui mis en garde contre le risque d’un chaos routier et de tracasseries administratives inutiles. Quant aux cantons, outre Genève et le Tessin, Berne, Bâle-Ville, les Grisons et le Jura ont soutenu la proposition du Conseil fédéral, tandis que Zurich, Argovie et plusieurs petits cantons s’y sont opposés.