Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Ordonnance sur la protection des eaux (OEaux). Révision 2018

Peu après le vote de la commune de Wolfenschiessen, la Société coopérative pour la gestion des déchets nucléaires au Wellenberg (GNW) a présenté au Conseil fédéral une demande d'autorisation générale pour l'aménagement des constructions et installations nécessaires à un dépôt final pour déchets de faible et moyenne activité d'une capacité de 150'000 m3. Estimant que les aspects financiers et politiques l'avaient emporté sur la sécurité et les arguments scientifiques, les organisations écologistes et antinucléaires ont aussitôt réaffirmé leur opposition au projet. Mise à l'enquête publique, la demande d'autorisation a fait l'objet de près de 1000 oppositions émanant principalement du Comité «Stop Wellenberg». Par ailleurs, la Coalition Anti-Nucléaire (CAN), qui regroupe 25 associations écologistes et antinucléaires, et le WWF ont déposé deux recours auprès de l'Office fédéral de l'énergie. La commune d'Engelberg (OW), qui jouxte celle de Wolfenschiessen, a quant à elle souhaité recevoir des mesures financières compensatoires pour les pertes que l'établissement du dépôt engendrera sur son économie touristique. Cette requête a reçu l'appui du gouvernement du canton d'Obwald (La GNW a également déposé deux demandes de concession dans la commune de Wolfenschiessen, l'une relative à l'utilisation du sous-sol, l'autre à l'exploitation d'un dépôt pour déchets radioactifs).

Autorisation d'un dépôt pour déchets faiblement et moyennement radioactifs sur le site du Wellenberg (NW; depuis 1994)
Dossier: Debatte um die Lagerung von Nuklearabfällen, 1976–2000
Dossier: Debatte um die Entsorgung radioaktiver Abfälle ab dem Jahr 2000