Im Oktober 2020 wurde der Ergebnisbericht zur Vernehmlassung des indirekten Gegenvorschlags zur Organspende-Initiative, welche vom 13. September bis zum 13. Dezember 2019 gedauert hatte, veröffentlicht. Insgesamt hatten 81 Akteurinnen und Akteure Stellung genommen, wobei sich mit 53 von ihnen ein Grossteil der Vernehmlassungsteilnehmenden vollumfänglich oder grundsätzlich zustimmend zum Gegenvorschlag aussprachen. Zu ihnen gehörten 21 Kantone, die beiden Parteien GLP und GPS sowie dreissig Organisationen, darunter auch Swisstransplant, eine Unterstützerin der Volksinitiative. Explizit abgelehnt wurde die Vorlage von 16 Vernehmlassungsteilnehmenden. Als Gründe für die ablehnende Haltung wurden die Befürwortung der Volksinitiative (JU), des Erklärungsmodells (LU, CVP, EVP, CBCES, EKS, MERH_UZH, NEK) oder der parlamentarischen Initiative Nantermod (fdp, VS; pa.Iv. 18.443; FDP), aber auch die zu enge Zustimmungslösung (ÄPOL) und der Wunsch nach Beibehaltung der aktuell gültigen erweiterten Zustimmungslösung (HGS) aufgeführt. Weitere Argumente gegen den indirekten Gegenvorschlag liessen sich auf ethische Bedenken (SH, HLI, MIGUNIBE, SPO) oder auf die Forderung zurückführen, dass die Vorlage Teil eines Gesamtprojekts zur Einwilligung in der Gesundheits- und Humanforschung sein sollte (Privatim). Weder eine zustimmende noch eine ablehnende Haltung nahmen aus diversen Gründen zehn Vernehmlassungsteilnehmende ein (BL, TG, iEH2, SPS, BDP, SVP, GDK, insieme, SBK und SGG). Der SAV, santésuissse und der SSV verzichteten auf eine Stellungnahme.

Positiv aufgenommen wurde von der Mehrheit der Vernehmlassungsteilnehmenden die geplante Einbindung der Angehörigen. In diesem Zusammenhang kam denn auch mehrfach die Forderung auf, dass eine Organentnahme nur zulässig sein soll, wenn die Angehörigen erreicht werden können. Auch die gesetzliche Verankerung eines Registers wurde grösstenteils befürwortet, wobei verschiedene Änderungsvorschläge eingingen. Einer von ihnen bestand darin, dass neben der Dokumentation des Widerspruchs auch eine Zustimmung festgehalten werden können sollte. Von verschiedenen Seiten wurde zudem der Wunsch geäussert, dass der Stiftung Swisstransplant die Registerführung zukommen soll, weil sie bereits über ein Register verfüge. Ferner wurde der Information der Bevölkerung über das Widerspruchsmodell ein hoher Stellenwert beigemessen.

Auch 2015 stand Bischof Vitus Huonder aufgrund seiner kirchlich-religiös geprägten Überzeugungen im Fokus der Medien. So verschaffte ihm die Rezitation aus dem Levitikus (3. Buch Mose), welche er im Rahmen des Forums "Freude am Glauben" am 31. Juli 2015 im deutschen Fulda wiedergegeben hatte, ungewollte – und in diesem Masse wahrscheinlich auch nicht erwartete – negative Aufmerksamkeit. Wie diverse Medien berichteten, darunter beispielsweise auch die NZZ (04.08.15), war der Stein des Anstosses folgendes Zitat: "Schläft einer mit einem Mann, wie man mit einer Frau schläft, dann haben sie eine Greueltat begangen. Beide werden mit dem Tod bestraft. Ihr Blut soll auf sie kommen." Der eigentliche Eklat in dieser Angelegenheit ergab sich aber aus der anschliessenden Erläuterung Huonders, dass diese Zitation genüge, um "der Frage der Homosexualität aus der Sicht des Glaubens die rechte Wende zu geben". Nebst solch verbalen Entgleisungen brachte der Bischof seine erzkonservativen Ansichten auch insbesondere durch Aussagen zur Geltung, welche seine ablehnende Haltung gegenüber alternativen Lebensformen – also nicht dem traditionell katholischen Bild der Ehe und Familie entsprechenden Lebensformen – aufzeigten. Unter anderem hob er die sexuelle Beziehung zweier Menschen aus dem privaten Raum heraus, da diese zur Glaubensbekundung gehöre und nicht etwa für die persönliche Unterhaltung da sei.
Huonders Äusserungen lösten weit über die Bevölkerung hinaus grosses Entsetzen aus. So reichte, nebst Privatpersonen aus dem Raum St. Gallen, der Dachverband der schwulen Männer in der Schweiz (Pink Cross) eine Strafanzeige wegen homophober Äusserungen ein, welche den Bischof für die öffentliche Aufforderung zu Verbrechen und Gewalttätigkeit belangen sollte. Bastian Baumann, Geschäftsführer von Pink Cross, sah in Huonders Aussage sogar einen Aufruf zur Wiedereinführung der Todesstrafe gegen Homosexuelle. Auch das kurz nach den Ereignissen ausgesprochene Bedauern des Bischofs änderte nichts an der Situation. Huonder verkündete in seiner Stellungnahme, dass seine getätigten Aussagen nicht so gemeint gewesen seien und dass er keineswegs Menschen mit homosexueller Orientierung hätte herabsetzen wollen; er sei in der Frage der Homosexualität ganz beim Katechismus der katholischen Kirche. Die Schweizer Bischofskonferenz (SBK) hielt sich indes mit Stellungnahmen zur Person Huonder zurück und begründete ihr Schweigen damit, dass sie grundsätzlich keine Äusserungen zu einzelnen Bischöfen vornehme. Sie betonte jedoch auch, dass sie in Bezug auf Homosexuelle dem Katechismus verbunden sei. Markus Büchel, Präsident der Schweizer Bischofskonferenz, hob in einem offenen Brief an die Gläubigen heraus, dass das Wohl einer Person insbesondere mit deren verantwortungsvollem Umgang mit der Sexualität einhergehe und dass diese als ein Gottesgeschenk anzunehmen sei. In diesem Sinne müsse sich die Kirche bewusst ihren Defiziten im historisch bedingten Umgang mit Homosexualität stellen.
Wesentlich kritischer fielen die Aussagen anderer Würdenträger aus dem geistlichen Umfeld aus. So warf der Sprecher der Pfarrei-Initiative, Kapuziner Willi Anderau, dem Bischof Versäumnisse in der adäquaten Interpretation der zitierten Ausschnitte vor. Die fundamentalistische Art der Bibelzitation wäre einem Laien noch nachzusehen gewesen, für einen studierten Theologen wie Bischof Huonder grenze diese Form der Anwendung aber schon an einen Skandal. Abt Urban Federer betonte, dass jede Person vor Gott die gleiche Würde habe. In diesem Sinne habe die aktuelle Debatte nichts mit dem von ihm persönlich empfundenen und wahrgenommenen Christentum zu tun. Das Problem hierbei liege in erster Linie an der Missdeutung der Vorzeichen; als Vertreter der Kirche stehe für ihn das Für-etwas-Sein im Vordergrund und nicht etwa das Dagegen-Sein, genau so, wie Gott auch für den Menschen alles gebe. Selbst Guiseppe Gracia, der Mediensprecher des Bischofs, meldete sich zu Wort und bekundete, dass sein Vorgesetzter mit solch gefährlichen Äusserungen eine Grenze überschritten habe. Generalvikar Josef Annen und Synodalratspräsident Benno Schnüriger sahen sich sogar genötigt, im Namen der Zürcher Katholiken ein Communiqué herauszugeben, in welchem sie sich bei den Homosexuellen, aber auch bei allen anderen von diesem Skandal betroffenen Personen entschuldigten. Sie distanzierten sich vom Bischof und betonten, dass es die Frage nach dem Glauben im Gespräch mit der Vernunft zu suchen gelte und hierzu gehöre in der heutigen Zeit eben auch die Wahrnehmung der Vielfalt in Bezug auf das Familienleben.
Die Welle der Empörung manifestierte sich – wie bereits zu Beginn des Jahres 2015 im Rahmen der Entlassungsbestrebungen gegen den Urner Pfarrer Wendelin Bucheli – in Rücktrittsaufforderungen aus der breiten Bevölkerung. Da die SBK aber keine Aufsichtsfunktion innehabe, könne die Abberufung von Bischof Huonder lediglich durch den Papst persönlich vorgenommen werden. Bischof Huonder müsste jedoch aufgrund des geltenden Kirchenrechts mit 75 Jahren, folglich bereits 2017, seinen Rücktritt beim Papst einreichen, weshalb man davon ausgehe, dass der Vatikan die Situation aussitzen werde. Dies könnte sich insofern bewähren, da Bischof Huonder trotz aller Geschehnisse noch immer Rückendeckung erhält, beispielsweise von Weihbischof Marian Eleganti oder der katholischen Volksbewegung "Pro Ecclesia". Zudem hatte die Staatsanwaltschaft in Bezug auf die Pink-Cross-Anzeige vermelden lassen, dass die Ermittlungen eingestellt würden; die getätigten Aussagen hätten keine den Tatbestand erfüllende Eindringlichkeit.