A la suite des nombreuses discussions qui ont animé à la fois les chambres parlementaires, les cantons par l’intermédiaire de la Conférence des chefs de départements cantonaux de l’économie publique, l’économie privée et les hautes écoles liées au projet, le Conseil fédéral a fini de dessiner un projet pour le «Swiss Innovation Park». L’objectif sous-jacent d’un projet d’une telle envergure se résume en deux points inséparables: le maintien de la Suisse à la pointe de l’innovation et le gain de compétitivité dans les années à venir à travers notamment la facilitation du transfert de technologies vers l’économie privée. De plus, il est important de préciser que le Parc d’innovation helvétique serait divisé en deux pôles majeurs, liés aux écoles polytechniques fédérales (EPF) de Zürich et Lausanne, ainsi qu’en trois sites secondaires, à Bienne, Bâle et à l’Institut Paul Scherrer en Argovie. Si le Conseil fédéral soumet, en 2015, aux chambres fédérales, deux projets reliés à l’organisation et au soutien d’un Parc d’innovation suisse, c’est que celles-ci lui en ont octroyé le pouvoir, en 2012, par la validation d’une révision complète de la loi fédérale sur l’encouragement de la recherche et de l’innovation (LERI). Ce message s’inscrit donc dans la continuité des débats au Parlement. Deux projets sont soumis aux chambres. Tout d’abord, le Conseil fédéral souhaite libérer un crédit-cadre de 350 millions de francs pour le cautionnement de prêts nécessaires au financement d’infrastructures et d’équipements de recherche. En outre, le Conseil fédéral précise que ce crédit-cadre ne doit pas être alloué à la construction de bâtiments, mais véritablement permettre d’obtenir des prêts à des conditions préférentielles. Ensuite, le second projet concerne la cession de terrains, appartenant à la Confédération, en droit de superficie. Le terrain concerné, de 70 hectares, est celui de l’aérodrome militaire de Dübendorf (ZH). Finalement, le Conseil fédéral précise dans son message que son rôle n’est que de soutien, qu’il n’est que subsidiaire, la réalisation du Parc d’innovation revenant véritablement aux cantons d’accueil, aux hautes écoles concernées et aux milieux économiques impliqués.
Le Conseil national est la première chambre à s’être prononcé sur les deux projets. Alors que la Commission de la science, de l’éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-CN) avaient approuvé en amont le projet par 20 voix contre 5, la chambre du peuple a accepté d’une part l’octroi d’un crédit-cadre de 350 millions de francs par 153 voix contre 38 et 1 abstention, et d’autre part, la cession de biens-fonds par 140 voix contre 34. Au final, l’UDC s’est révélé être le seul parti opposé au projet. Il a notamment parlé de parc de subventions, allant même jusqu’au terme corruption, expliquant que la Confédération ne devrait pas interférer dans ce domaine, mais uniquement fournir des conditions cadres optimales. De plus, Christoph Mörgeli (udc, ZH) a critiqué la répartition des sites, discriminatoire selon lui. A l’opposé, l’équilibre linguistique, le rôle subsidiaire de la Confédération et la solidité du projet construit sur des pôles d’excellences (les deux EPF) existants ont été mis en avant. Néanmoins, il est nécessaire de préciser que le Conseil national a proposé une modification du projet initial. Cette divergence concerne la cession de biens-fonds. Plus précisément, la chambre basse estime que les produits financiers nés de la rente devraient être alloués au soutien de l’ensemble des sites, afin de garantir l’équilibre régional.
Le projet est parti du côté du Conseil des Etats. La chambre des cantons a ainsi largement soutenu le projet de soutien de la Confédération au parc d’innovation, à travers le crédit-cadre de 350 millions de francs, ainsi que la cession de biens-fonds. Ils ont été acceptés par 37 voix sans opposition. Ainsi, la chambre des cantons n’a pas souhaité suivre la volonté du Conseil national, qui avait proposé une réaffectation des produits financiers liés à l’aérodrome de Dübendorf (ZH). Même si Géraldine Savary (ps, VD) et Anne Seydoux-Christe (pdc, JU) ont respectivement parlé de «Lex Dübendorf» et de «déséquilibre majeur», les sénateurs ont estimé que l’argent de la Confédération devait revenir à la Confédération et non pas à une fondation privée. Ils ont donc rejeté la modification du Conseil national.
Le projet est alors retourné à la chambre du peuple. Au final, la divergence avec le projet initial a été biffée. En effet, malgré l’opposition des élus romands, le Conseil national a décidé que les produits financiers de la rente des droits de superficie de la Confédération, qui concernent principalement l’aérodrome militaire de Dübendorf (ZH), ne seraient pas redistribués à l’ensemble des sites. Fathi Derder (plr, VD) ou encore Matthias Aebischer (ps, BE) ont critiqué un traitement qu’ils jugent inéquitable des sites, alors que Jean-François Steiert (ps, FR) a parlé de déséquilibre régional. Le projet a été validé, en septembre, à une faible majorité, au Conseil national par 99 voix contre 88 et 2 abstentions.

L'établissement du « Swiss Innovation Park » a animé la sphère politique. Alors qu’il avait d’abord été envisagé du côté de Zürich, et de l’ancien aérodrome militaire de Dübendorf, l’option multi sites a finalement été retenue. La Conférence des chefs des départements de l’économie publique (CDEP) a appuyé cette alternative à travers une lettre transmise à la Confédération. Du côté des cantons romands, une alliance s’est dessinée autour de l’école polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL). Ce réseau dédié à l’innovation s’est dessiné à travers des accords avec les cantons de Genève, Fribourg, Valais, Neuchâtel et Vaud.

Le mandat de prestations de 2014 à 2017 d'Agroscope, institut de recherche dans le domaine agronomique et alimentaire, a été validé par le Conseil fédéral. Ainsi, plusieurs sites de recherches, comme ceux de Changins (VD), Posieux (VD), Avenches (VD), Liebefeld (BE), Wädenswill (ZH), Reckenholz (ZH) ou encore Tänikon (TG) travaillent désormais sous la même enseigne. Le directeur de cet institut, Michael Gysi, a précisé que ce regroupement avait pour objectif d’améliorer l’efficacité de la recherche dans le secteur agroalimentaire. Le mandat fédéral définit les différents axes thématiques sur lesquelles Agroscope entend se focaliser : production écologique, protection des ressources naturelles, anticipation des changements climatiques, sécurisation alimentaire, renforcement de la compétitivité des produits et assurance d’un revenu pour les agriculteurs.

La question du « Swiss Innovation Park » a continué d’animer les débats en 2013. Depuis 2008, de nombreux cantons se sont positionnés, afin d’obtenir une antenne régionale de ce parc d’innovations suisse. Si le site de Dübendorf (ZH), avec l’ETHZ, ainsi que l’EPFL à Lausanne ont semblé se démarquer au cœur du projet, d’autres cantons comme celui de Genève, du Valais, de Fribourg ou même des cantons alémaniques ont souhaité tirer leur épingle du jeu, afin de décrocher un site.

Im Februar erteilte das Bundesamt für Umwelt (Bafu) die definitive Bewilligung zur Aussaat von gentechnisch verändertem Weizen auf dem Gelände der Forschungsanstalt Agroscope in Reckenholz (ZH). Das Bafu hatte die Versuche bereits im September 2007 mit etlichen (Sicherheits-)Auflagen genehmigt. Die Forschenden der ETH und der Universität Zürich wurden aber damals verpflichtet, noch weitere Informationen zu den gentechnisch veränderten Pflanzen einzureichen. Im Anschluss an die definitive Bewilligung des Bafu reichten zwölf gentechkritische Verbände – darunter Greenpeace, Pro Natura, Bio Suisse, die Stiftung für Konsumentenschutz sowie die Ärztinnen und Ärzte für Umweltschutz – beim Uvek eine Aufsichtsbeschwerde ein. Sie forderten Bundesrat Leuenberger dazu auf, die Bewilligung für den Freisetzungsversuch bis auf weiteres zu sistieren.

Ende Februar wies das UVEK die Beschwerden gegen die Bewilligung des von der ETH Zürich geplanten Freilandversuchs mit gentechnisch verändertem Weizen in Lindau (ZH) ab. Gegen die Bewilligung durch das Buwal vom vergangenen Oktober hatten Greenpeace, die Bauernorganisation IP Suisse, die Arbeitsgruppe „Lindau gegen Gentech-Weizen“ sowie mehrere Nachbarn Beschwerde eingelegt. Die ETH zeigte sich erleichtert über den Entscheid und begann Mitte März ihr Feldexperiment, obwohl die Frist für eine Anfechtung der Bewilligung beim Bundesgericht noch lief; eine Gruppe von ETH-Angestellten kritisierte das Vorgehen ihres Arbeitgebers. Greenpeace verzichtete auf eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde, es ketteten sich jedoch rund 40 Aktivisten an den Gitterkäfig, in dem der Freilandversuch stattfand, und im Juni forderten Bio- und IP-Bauern abseits des Versuchsgeländes den Verzicht auf Gentechnik in der Landwirtschaft. Mitte Juli beendete die ETH ihren Feldversuch wie geplant. Die Forscher entnahmen noch vor der vollen Reife des Weizens die letzten Pflanzen- und Bodenproben, welche sie in der letzten Phase des Experiments im Labor auswerten wollten.

Im Februar schien die ETH mit ihrem Gesuch für einen Freisetzungsversuch von genverändertem Weizen in Lindau (ZH) endlich Erfolg zu haben. Das Gesuch wurde im zweiten Anlauf vom Buwal als Bewilligungsinstanz für Freisetzungsversuche gutgeheissen. Der Beschwerde eines Bauernehepaars, das in der Nähe der Versuchsanlage einen IP-Bauernhof führte, hatte das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (Uvek) die aufschiebende Wirkung entzogen. Dieser Entscheid wurde umgehend von der Umweltorganisation Greenpeace, dem Verband der integriert produzierenden Landwirte, IP Suisse und lokalen Beschwerdeführern aus Lindau beim Bundesgericht angefochten. Da sowohl dem Uvek als auch dem Buwal verfahrensrechtliche Fehler unterlaufen seien, beschloss das Bundesgericht, die aufschiebende Wirkung der privaten Beschwerde wiederherzustellen und damit das Verfahren für den Versuch von Grund auf neu aufrollen zu lassen. Die ETHZ hielt in der Folge an ihrem Gesuch fest, so dass das Buwal den Versuch im Juli neu ausschrieb. Greenpeace sowie die Arbeitsgruppe „Lindau gegen Gentech-Weizen“ kündigten ihrerseits erneuten Widerstand gegen den Versuch durch alle Instanzen an. Im Oktober bewilligte das Buwal den Versuch noch einmal. Gemäss Buwal-Direktor Philippe Roch hegte das Amt zwar Bedenken hinsichtlich der Qualität des Versuchs, doch sei es nicht Aufgabe des Bundesamts, den Nutzen eines Experiments zu beurteilen. Das Buwal habe in diesem Fall einzig Sicherheitsaspekte zu klären gehabt und habe die Bewilligung des Versuchs auch dementsprechend an strenge Sicherheitsauflagen geknüpft. So seien während der Blühphase die transgenen Pflanzen pollendicht abzudecken, sei die Freisetzungsfläche gegen das Eindringen von Vögeln und Nagetieren abzusichern und sei nach Versuchsende das gentechnisch veränderte Pflanzenmaterial zu vernichten sowie der Boden thermisch zu behandeln. Die ETHZ zeigte sich von der Verfügung des Buwal erleichtert, obwohl die Durchführung des Versuchs nach wie vor in den Sternen stand, da Greenpeace unmittelbar darauf die erneute Anfechtung des Entscheids beim Uvek ankündigte.