Der Bundesrat beantragte dem Parlament, den geänderten Kantonsverfassungen von drei Kantonen die Gewährleistung zu erteilen, da keine der Verfassungsänderungen mit dem Bundesrecht in Konflikt stehe.
Die Anpassung der Zürcher Kantonsverfassung beinhaltet eine Erweiterung der Finanzbefugnisse des Regierungsrats sowie der Stimmbevölkerung auf Kosten des Kantonsrats: Der Regierungsrat kann künftig neue einmalige Ausgaben bis CHF 4 Mio. (bisher 3 Mio.) und neue wiederkehrende Ausgaben bis jährlich CHF 400'000 (bisher 300'000) eigenständig beschliessen. Alle Ausgabenbeschlüsse, die diese Summen übersteigen, werden vom Kantonsrat gefällt und unterliegen künftig dem fakultativen Referendum; bisher hatte das fakultative Finanzreferendum in Zürich erst ab neuen einmaligen Ausgaben von CHF 6 Mio. und ab neuen wiederkehrenden Ausgaben von CHF 600'000 gegolten.
Der Kanton Graubünden wechselt mit der Änderung seiner Verfassung das Wahlsystem für den Grossen Rat: Statt des Majorzsystems gilt künftig das Proporzsystem. Graubünden macht diesen Schritt, nachdem die Einführung des Proporzes davor über Jahrzehnte hinweg immer wieder gescheitert, aufgrund eines Bundesgerichtsurteils aus dem Jahr 2019 (BGE 145 I 259) aber nötig geworden war. In der neuen Verfassungsbestimmung behält sich der Kanton noch in zwei Punkten vor, von einem reinen Verhältniswahlrecht abzuweichen, nämlich mit einem Mindestquorum und einer sogenannten Majorzbedingung. Wie der Bundesrat in seiner Botschaft ausführte, konkretisiert der Kanton Graubünden diese beiden Punkte auf Gesetzesstufe: Als Mindestquorum sieht der Kanton vor, dass nur Parteien, die kantonsweit einen Stimmenanteil von mindestens 3 Prozent erreichen, ins Parlament einziehen können. Gemäss der Majorzbedingung steht in jedem Wahlkreis der stimmenstärksten Liste dieses Wahlkreises mindestens ein Sitz zu; dies hat zur Folge, dass es Abweichungen von der grundsätzlich geltenden Sitzzuteilung nach dem Doppelten Pukelsheim geben kann und dass in jenen Wahlkreisen, die bloss über einen Sitz verfügen, auch weiterhin prinzipiell das Majorzverfahren zur Anwendung kommt. Weil die Majorzbedingung im kantonalen Gesetz aber ihrerseits eingeschränkt wird (sie kann demnach nicht dazu führen, dass eine Partei oder ein Wahlkreis letztlich insgesamt mehr Sitze erhält, als ihnen rechnerisch zustehen), beurteilte sie der Bundesrat als bundesrechtskonform.
Aus dem Kanton Neuenburg waren drei Verfassungsänderungen zu gewährleisten. Die erste schreibt vor, dass Windenergie-Anlagen an höchstens fünf Standorten im Kanton errichtet werden können; die zweite schafft die Möglichkeit, Mitglieder der Kantonsregierung, der kantonalen Gerichte sowie der Gemeindeexekutiven ihres Amtes zu entheben sowie die Kantonsregierung als Ganze vorzeitig abzuberufen; die dritte schliesslich hält fest, dass der Kanton seine Transportinfrastrukturen aufgrund einer langfristigen Mobilitätspolitik planen muss und dass er für den Bau einer direkten Eisenbahnverbindung zwischen Neuenburg und La Chaux-de-Fonds einen Kredit aufnehmen kann. Bemerkenswert ist an den Neuenburger Änderungen, dass sie von den kantonalen Stimmberechtigten schon 2014 beziehungsweise 2016 beschlossen worden waren, aber erst 2021 dem Bund zur Gewährleistung vorgelegt wurden. Auf die Hintergründe dieser Verzögerung ging die bundesrätliche Botschaft indessen nicht ein.

Wie er ein Jahr zuvor angekündigt hatte, empfahl der Bundesrat die Prämien-Entlastungs-Initiative in seiner im September 2021 publizierten Botschaft zur Ablehnung und stellte ihr einen indirekten Gegenvorschlag gegenüber. Er wolle das Anliegen der Initiative, die «Bevölkerung bei den Prämien zu entlasten», im Rahmen des KVG umsetzen, eine Verfassungsänderung sei dafür nicht notwendig. So wolle er dafür sorgen, dass die Anteile verschiedener Kantone an der Prämienverbilligung nicht weiter sinken. Demnach soll zukünftig ein Mindestbeitrag für die Kantone in Abhängigkeit der Bruttokosten der OKP für die im Kanton Versicherten sowie in Abhängigkeit der mit den Prämienverbilligungen verbleibenden Belastung der Versicherten festgesetzt werden.
In der dazu durchgeführten Vernehmlassung mit 57 Teilnehmenden, unter anderem der GDK, der SODK, allen Kantonen, sechs Parteien sowie verschiedenen Verbänden, war der Gegenvorschlag auf geteilte Meinungen gestossen. Ihre Unterstützung sagten die Kantone Waadt und Tessin, die SP und die Grüne Partei, der Gewerkschaftsbund sowie verschiedene Konsumenten- und andere Verbände zu und auch die FDP, die Mitte, die EVP und die Versichererverbände begrüssten gemäss Botschaft den Vorentwurf. Ablehnend reagierten elf Kantone (AR, BL, GL, LU, NW, OW, SG, SZ, UR, ZG, ZH), die SVP und der Gewerbeverband. Alternativvorschläge machten die CLASS, welche die Bundesbeiträge nach deren Bedarf an die Kantone verteilen wollte, und die GDK, die alle kantonalen Beiträge an die Prämien, auch diejenigen über die Sozialhilfe oder die EL, zur Berechnung des Mindestanteils einbeziehen wollte.

Au cours des mois d'octobre et de novembre 2020, des tensions avaient vu le jour entre la Confédération et les cantons quant aux mesures sanitaires à prendre face à la nouvelle augmentation du nombre de cas de Covid-19. Si un recul du nombre de cas a pu être observé au niveau national à partir de la mi-novembre, ces tensions n'ont pas disparu pour autant. Les situations sanitaires très hétérogènes ainsi que les restrictions plus ou moins strictes selon les régions ont provoqué de nouvelles frictions, entre les cantons qui tenaient absolument à conserver le maximum d'autonomie et ceux qui militaient pour que la Confédération reprenne la main afin de resserrer la vis à l'approche des fêtes de fin d'année.
Le vendredi 4 décembre 2020, constatant que le nombre de cas stagnait à un niveau élevé, le ministre de la santé Alain Berset appelait les cantons à prendre des nouvelles mesures, sans quoi la Confédération se verrait obligée d'intervenir. Cet appel s'adressait avant tout aux cantons alémaniques, qui connaissaient une recrudescence des cas, alors que la situation s'améliorait en Suisse romande, où des mesures plus strictes avaient été prises.
Pourtant, à peine des nouvelles mesures étaient-elles annoncées par les cantons que le Conseil fédéral, trouvant que celles-ci n'allaient pas assez loin, reprenait déjà la main. En effet, le mardi 8 décembre, le gouvernement annonçait une uniformisation des restrictions au niveau national: fermeture des magasins, restaurants et marchés à 19h, limitation des réunions privées à cinq personnes, etc. Alors que le canton de Zürich avait annoncé de nouvelles règles dans l'après-midi lors d'une conférence de presse, celles-ci furent rendues caduques quelques heures plus tard. Cette communication fut critiquée dans les médias zurichois, qui se demandaient comment leur gouvernement pouvait encore être pris au sérieux en étant pris à contre-pied de la sorte par le Conseil fédéral.
Cette annonce du Conseil fédéral provoqua également de vives réactions en Suisse romande. Après avoir pris des mesures très strictes durant les semaines précédentes, la plupart des cantons romands étaient sur le point de rouvrir leurs restaurants et avaient communiqué quelques jours auparavant un assouplissement des restrictions suite à la diminution du nombre d'infections. Le conseiller d'État neuchâtelois Laurent Kurth, président de la Conférence latine des affaires sanitaires et sociales, considérait ces décisions comme «du mépris envers les cantons» de la part des autorités fédérales. Son homologue jurassien Jacques Gerber déplorait que le Conseil fédéral ait exposé ses décisions «de manière abrupte, faisant fi du fédéralisme».
Suite à une consultation des cantons, le Conseil fédéral a alors opté le vendredi 11 décembre pour un compromis. Une exception permettait aux cantons dont le taux de reproduction de la maladie était inférieur à 1 durant sept jours d’affilés et dont le nombre de nouveaux cas était inférieur à la moyenne suisse d'ouvrir les restaurants jusqu'à 23h. L'éclaircie fut néanmoins de courte durée pour les restaurants, puisque le Conseil fédéral annonçait leur fermeture complète le 18 décembre. Les cantons qui bénéficiaient encore du régime d'exception s'y soumirent également les jours suivants – les cantons du Valais, de Neuchâtel, de Fribourg et de Vaud étant les derniers avec des restaurants ouverts jusqu'au 26 décembre.

Les événements évoqués ci-dessus ont provoqué de nombreuses discussions quant à l'efficacité du fédéralisme en temps de crise. C'est particulièrement le manque de coopération entre les cantons qui fut sous le feu des critiques. Il leur a été reproché de vouloir chacun régler leurs problèmes de leur côté. D'autres voix se sont cependant élevées pour saluer la volonté de prendre des mesures différenciées et adaptées à chaque situation, ce qui a suscité de longs et intenses débats, autant dans la sphère politique que dans les médias et la société en général.
Un rapport du KOF s'est intéressé à la question. Il en a conclu que les régimes fédéralistes, comme l'Allemagne, l'Autriche ou la Suisse, affichent de meilleurs résultats en gestion de crise que les systèmes centralisés. Cependant, les auteurs et les autrices de l'étude relèvent une différence entre les systèmes allemand et autrichien, où le fédéralisme repose sur la coopération entre les gouvernements, les Länder et les communes, et le système suisse, considéré comme concurrentiel. Selon Jan-Egbert Sturm, directeur du KOF, «dans ce système, les incitations sont fortes pour les cantons d’adopter une attitude passive, dans l’espoir peut-être que les régions voisines réagissent plus rapidement et que cela avantage son propre canton. Ou alors, à l’inverse, par manque de récompense, les cantons pourraient renoncer à prendre des mesures qui ont un coût financier car elles risqueraient de profiter aux voisins.» Le rapport conclut néanmoins que malgré la crise, ce système a fait ses preuves en de nombreuses situations et ne doit pas être remis en question. De nouveaux outils devraient cependant être mis au point, notamment pour déterminer à quel moment l'état doit reprendre la main.

Ab anfangs Oktober 2020 stiegen die Coronavirus-Fallzahlen in der Schweiz wieder drastisch an und erreichten ihren Höhepunkt anfangs November mit über 10'000 neu gemeldeten Fällen an einem Tag. Viele Kantone verschärften deshalb ihre Coronamassnahmen ab Mitte Oktober, beispielsweise durch die Einführung einer Maskenpflicht in allen Läden. Doch die Massnahmen in der Schweiz glichen weiterhin einem Flickenteppich, denn die Kantone vermochten sich nicht auf ein einheitliches Vorgehen zu einigen. Die GDK appellierte deshalb Mitte Oktober an den Bundesrat, flächendeckende Massnahmen zu ergreifen, wie etwa eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen oder Obergrenzen für private Feste. Dieser hatte zwar die Kantone nur zwei Tage zuvor noch explizit in die Pflicht genommen, reagierte dann aber schnell: Am Sonntag, dem 18. Oktober, traf er sich zu einer Notfallsitzung und entschied nach einer «Blitzkonsultation» über das Wochenende, schweizweit eine Maskenpflicht in öffentlichen Innenräumen und bei privaten Treffen ab 16 Personen einzuführen. Neu galt zudem Sitzpflicht in allen Gastrobetrieben. Ganz strikt griff der Bundesrat allerdings nicht durch: So verzichtete er bewusst darauf, erneut die ausserordentliche Lage auszurufen – die neusten Massnahmen konnte der Bundesrat gemäss Epidemiengesetz auch in der besonderen Lage aussprechen. Folglich blieben die Kantone weiterhin in vielen Bereichen in der Verantwortung, etwa bei den Massnahmen in Schulen oder bei den Öffnungszeiten von Clubs und Bars. Bundespräsidentin Simonetta Sommaruga betonte jedoch, Bundesrat und Kantone müssten jetzt zusammenspannen, «damit das ‘Gstürm’ endlich aufhöre».
Da die Fallzahlen weiter stark anstiegen, schickte der Bundesrat bereits am Freitag der darauffolgenden Woche erneut strengere Massnahmen in die Konsultation bei den Kantonen. Diese beinhalteten unter anderem eine Limite von 10 respektive 50 Personen bei privaten und öffentlichen Veranstaltungen, Fernunterricht für Hochschulen, eine ausgedehnte Maskenpflicht und eine Sperrstunde von 23 bis 6 Uhr. Auch diesmal hielt der Bundesrat aber am Verbleib in der besonderen Lage fest.
Da eine Mehrheit der Kantone in der Zwischenzeit bereits ihre eigenen Massnahmen verschärft hatten und viele den Bundesrat aufgefordert hatten, strengere Massnahmen auf nationaler Ebene zu beschliessen, hielt sich ihr Widerstand gegen die neuen Massnahmen in Grenzen. Trotzdem gab es auch Kritik, wie etwa von der St. Galler Regierung, welche monierte, dass eine erneute Verschärfung der Massnahmen verfrüht sei, da ihre Spitalkapazitäten nicht ausgeschöpft seien und die Massnahmen deshalb «unnötigen Schaden» anrichteten. Die St. Galler Kantonsregierung ging gar noch weiter und stellte das gemeinsame Corona-Regime von Bund und Kantonen grundlegend infrage. Dass die Kantone selbst für die «Folgekosten» der Massnahmen aufkommen müssten, ohne diesen zugestimmt zu haben, verletze das Prinzip der fiskalischen Äquivalenz, wonach diejenigen das Sagen haben sollten, welche die Kosten tragen. Der Bundesrat solle stattdessen wieder die ausserordentliche Lage ausrufen, woraufhin der Bund erneut für die gesellschaftlichen und gesamtwirtschaftlichen Folgen der Pandemiebekämpfung verantwortlich wäre und sich folglich an den entstandenen Kosten beteiligen müsste. Der Kanton Zürich kritisierte derweil, dass der Bundesrat beim Verbot von Grossanlässen eine Ausnahme für Demonstrationen beschlossen hatte. Seiner Meinung nach sollten für alle Grossanlässe die gleichen Regeln gelten. Auch in den folgenden Wochen gingen die Diskussionen zwischen Bund und Kantonen weiter. So rügte beispielsweise Gesundheitsminister Alain Berset am 4. November diejenigen Kantone, welche weiterhin nicht dringende Eingriffe und Operationen an Spitälern erlaubten und damit Ressourcen für mögliche Corona-Patientinnen und -Patienten besetzten.

Nachdem der Bundesrat die Rückkehr von der ausserordentlichen Lage in die besondere Lage auf den 19. Juni 2020 festlegte, übernahmen die Kantone – und damit auch die GDK – wieder grösstenteils die Verantwortung für die Bekämpfung der Covid-19-Pandemie. Der Bundesrat, das BAG und die aus Vertreterinnen und Vertretern der Wissenschaft bestehende Coronavirus-Task Force überwachten die Kantone jedoch laufend und gaben Empfehlungen ab. In den darauffolgenden Monaten wurde dieses föderalistische Corona-Regime immer wieder gefordert und kam teilweise auch an seine Grenzen, wie verschiedenste Medien berichteten.

Keine zwei Wochen nach der Aufhebung der ausserordentlichen Lage wurden erstmals seit Ende April wieder mehr als 100 Neuinfektionen an einem Tag gemeldet. Schon bald informierten einzelne Kantone, beispielsweise Zürich, dass sie beim Nachverfolgen der Infektionsketten (Contact Tracing) an ihre Grenzen stiessen. Die Kantone arbeiteten in der Folge daran, ihre Contact Tracing-Kapazitäten laufend auszubauen. Da aber auch die Fallzahlen über den Sommer stetig zunahmen, nahm der Druck auf das Contact Tracing nicht ab. Mitte August kritisierte Andy Fischer, der CEO des vom Bundesrat mit dem Betrieb der Infoline zur SwissCovid-App beauftragten Unternehmens Medgate, die Kantone und ihr Contact-Tracing scharf. Demnach würden sich die Kantone weigern, die SwissCovid-App mit einer wirksamen Rückverfolgung zu unterstützen – aus Angst vor einer Überbelastung des «klassischen» Contact Tracings. Die App sei damit praktisch nutzlos, monierte Fischer weiter. Verschiedene Kantonsärzte wehrten sich gegen diese Vorwürfe. Laut ihnen sei eine einzig auf Daten einer App beruhenden Quarantäneanordnung juristisch heikel, erklärten sie gegenüber den Medien.

Bei der Kontrolle der Einhaltung der Coronamassnahmen in Betrieben zeigte sich das BAG Ende Juli unzufrieden und forderte die Kantone auf, ihr Monitoring zu verstärken. Laut Auswertungen des SonntagsBlicks gebe es von Kanton zu Kanton riesige Unterschiede bei den Kontrollregimen und die Zahlen lägen sowohl bei der Anzahl Kontrollen als auch beim Anteil an Beanstandungen weit auseinander.

Für weitere Unstimmigkeiten zwischen den Kantonen und dem Bund sorgten die Daten zu Rückkehrern aus Risikoländern. Die Kantone waren auf die Passagierlisten von Einreisenden angewiesen, damit sie stichprobenartig die Einhaltung der Quarantänepflicht von aus Risikogebieten zurückgereisten Personen überprüfen konnten. Die GDK beschwerte sich beim Bund für dessen ungenügende Bereitstellung von Daten, womit eine seriöse Überprüfung kaum möglich sei. Die Zürcher Sicherheitsdirektion kündigte anfangs August an, Zürich werde sich die Flugpassagierdaten künftig selbst bei der Flughafenpolizei besorgen, und bot gleichzeitig anderen Kantonen an, die Daten an sie weiterzuleiten, wovon auch sechs Kantone Gebrauch machten (BE, AG, SH, TI, TG, GL). Der Bundesrat reagierte zuerst kritisch – als Grund gab er Datenschutzbedenken an –, schloss danach aber sogar eine Vereinbarung mit der Zürcher Regierung über eine Kooperation bei den Daten ab und wurde somit zum Leistungsbezüger.

Spätestens ab Ende Juli berichteten verschiedene Zeitungen, die Coronamassnahmen in den Kantonen ähnelten einem «Flickenteppich» – etwa bezüglich einer Maskenpflicht in Einkaufsläden und bei der Obergrenze an Personen oder einer Registrierungspflicht in Clubs und Bars. Das BAG forderte die Kantone deshalb auf, die Massnahmen zu vereinheitlichen und eine Maskenpflicht in allen öffentlichen Innenräumen einzuführen. Anders als bei der Maskenpflicht im öffentlichen Verkehr, die der Bundesrat am 6. Juli schweizweit verfügt hatte, wollte die Regierung aber in diesen Bereichen vorerst keine nationalen Vorschriften beschliessen. Die GDK betonte entsprechend auch, dass die unterschiedlichen Massnahmen in den Kantonen bisher noch problemlos funktionierten. Auch rund drei Wochen später beschränkte sich die GDK auf eine Empfehlung an ihre Mitglieder, gewisse Mindestmassnahmen zu treffen, wie etwa die obligatorische Registrierung in Clubs und eine Maskenpflicht in Einkaufsläden. Doch mehrere Kantone, vor allem in der Ost- und Innerschweiz, ignorierten diese Empfehlung weitgehend.

Obwohl hauptsächlich die Lockerung der Massnahmen auf Bundesebene zu diesem Flickenteppich geführt hatte, preschte der Bundesrat Mitte August vor und beschloss auf Anfang Oktober die Aufhebung der Obergrenze von 1000 Personen bei Grossveranstaltungen. Dies, obschon sich die GDK im Vorfeld gegen die Aufhebung gewehrt hatte, weil sie den Zeitpunkt für verfrüht hielt. Die Kantone konnten sich in der Folge denn auch nicht auf einheitliche Kriterien und Verfahren bei der Bewilligung von Grossanlässen einigen.

Im Oktober 2020 wurde der Ergebnisbericht zur Vernehmlassung des indirekten Gegenvorschlags zur Organspende-Initiative, welche vom 13. September bis zum 13. Dezember 2019 gedauert hatte, veröffentlicht. Insgesamt hatten 81 Akteurinnen und Akteure Stellung genommen, wobei sich mit 53 von ihnen ein Grossteil der Vernehmlassungsteilnehmenden vollumfänglich oder grundsätzlich zustimmend zum Gegenvorschlag aussprachen. Zu ihnen gehörten 21 Kantone, die beiden Parteien GLP und GPS sowie dreissig Organisationen, darunter auch Swisstransplant, eine Unterstützerin der Volksinitiative. Explizit abgelehnt wurde die Vorlage von 16 Vernehmlassungsteilnehmenden. Als Gründe für die ablehnende Haltung wurden die Befürwortung der Volksinitiative (JU), des Erklärungsmodells (LU, CVP, EVP, CBCES, EKS, MERH_UZH, NEK) oder der parlamentarischen Initiative Nantermod (fdp, VS; pa.Iv. 18.443; FDP), aber auch die zu enge Zustimmungslösung (ÄPOL) und der Wunsch nach Beibehaltung der aktuell gültigen erweiterten Zustimmungslösung (HGS) aufgeführt. Weitere Argumente gegen den indirekten Gegenvorschlag liessen sich auf ethische Bedenken (SH, HLI, MIGUNIBE, SPO) oder auf die Forderung zurückführen, dass die Vorlage Teil eines Gesamtprojekts zur Einwilligung in der Gesundheits- und Humanforschung sein sollte (Privatim). Weder eine zustimmende noch eine ablehnende Haltung nahmen aus diversen Gründen zehn Vernehmlassungsteilnehmende ein (BL, TG, iEH2, SPS, BDP, SVP, GDK, insieme, SBK und SGG). Der SAV, santésuissse und der SSV verzichteten auf eine Stellungnahme.

Positiv aufgenommen wurde von der Mehrheit der Vernehmlassungsteilnehmenden die geplante Einbindung der Angehörigen. In diesem Zusammenhang kam denn auch mehrfach die Forderung auf, dass eine Organentnahme nur zulässig sein soll, wenn die Angehörigen erreicht werden können. Auch die gesetzliche Verankerung eines Registers wurde grösstenteils befürwortet, wobei verschiedene Änderungsvorschläge eingingen. Einer von ihnen bestand darin, dass neben der Dokumentation des Widerspruchs auch eine Zustimmung festgehalten werden können sollte. Von verschiedenen Seiten wurde zudem der Wunsch geäussert, dass der Stiftung Swisstransplant die Registerführung zukommen soll, weil sie bereits über ein Register verfüge. Ferner wurde der Information der Bevölkerung über das Widerspruchsmodell ein hoher Stellenwert beigemessen.

Um zu verhindern, dass die seit dem 13. März 2020 vom Bundesrat verabschiedeten Verordnungen zur Bekämpfung der Covid-19-Epidemie, die sich direkt auf Artikel 185 Absatz 3 der Bundesverfassung stützen, welcher der Regierung das befristete Erlassen von Verordnungen und Verfügungen als Reaktion auf schwere Störungen der öffentlichen Ordnung erlaubt, nach sechs Monaten automatisch ausser Kraft treten, unterbreitete der Bundesrat dem Parlament eine Botschaft über die Rechtsgrundlagen dieser Verordnungen. Seit April 2020 hatten die Bundeskanzlei und das EJPD dieses dringliche Bundesgesetz über die gesetzlichen Grundlagen für Verordnungen des Bundesrates zur Bewältigung der Covid 19-Epidemie, kurz Covid-19-Gesetz, erarbeitet. Dieses soll den Bundesrat dazu befähigen, auch künftig entsprechende erforderliche Massnahmen weiterzuführen und anzupassen.

Zwischen dem 19. Juni 2020 und dem 10. Juli 2020 wurde der Gesetzesentwurf in eine verkürzte Vernehmlassung geschickt, in welcher über 1'000 Stellungnahmen eingingen. Der Grossteil der Stellungnehmenden waren Privatpersonen, die der Vorlage argwöhnisch gegenüberstanden. Bei den Kantonen stiess das Gesetz auf grössere Zustimmung, wobei alle von ihnen Änderungsvorschläge oder Kommentare einbrachten. 14 Kantone (ZH, BE, LU, OW, NW, GL, FR, SO, SH, AI, SG, GR, TG und GE) sprachen sich grundsätzlich für den Entwurf aus, da sie die Existenz einer rechtlichen Basis für das Weiterverfolgen der durch den Bundesrat getroffenen Massnahmen als eine Notwendigkeit erachteten. Weder eine ausdrückliche Zustimmung noch eine Ablehnung erfuhr die Vorlage von Seiten weiterer elf Kantone (UR, ZG, BS, BL, AR, AG, TI, VD, VS, NE und JU). Der Kanton Schwyz und die KdK sahen explizit von einer Stellungnahme ab. Letztere wird ihre Meinung aller Voraussicht nach zu einem späteren Zeitpunkt einbringen. Bei den Parteien stiess der Gesetzesentwurf auf unterschiedlich grosse Unterstützung. Während ihm die CVP und EVP bedingungslos zustimmten, knüpften die GLP, die Grünen und die EDU ihre Zustimmung an Vorbehalte. Gegen die Vorlage in der vorliegenden Form sprachen sich FDP.Liberale, SP und SVP aus. Die BDP, Ensemble à Gauche, die Lega und die PdA verzichteten trotz Einladung auf eine Stellungnahme zum Gesetzesentwurf. Von den 60 Organisationen, die am Vernehmlassungsverfahren teilnahmen, unterstützten 27 das Vorhaben, 33 stimmten ihm zwar nicht explizit zu, lehnten es aber auch nicht ausdrücklich ab – keine einzige stellte sich somit ausdrücklich dagegen.

Am 12. August 2020 verabschiedete der Bundesrat die Botschaft zum Gesetzesentwurf, nachdem er als Reaktion auf die Vernehmlassungsantworten einige Änderungen am Vorentwurf vorgenommen hatte – namentlich die Aufnahme des «generellen und verbindlichen Einbezug[s] der Kantone» und die vollständige Überarbeitung der Bestimmungen zum Gesundheitswesen, dem Arbeitnehmerinnen- und Arbeitnehmerschutz sowie dem Kulturbereich. Der Gesetzesentwurf besteht insgesamt aus 14 Artikeln, welche die Befugnisse der Landesregierung im Umgang mit der Covid-19-Epidemie insbesondere bezüglich der Eindämmung der Auswirkungen auf die Gesellschaft, Wirtschaft und die Behörden festlegen. Er betrifft überdies auch den Ausländerinnen-, Ausländer- und Asylbereich, die Entschädigung bei Erwerbsausfall, die Arbeitslosenversicherung sowie «justizielle, verfahrensrechtliche, gesellschaftsrechtliche und insolvenzrechtliche Massnahmen». Zudem wurde vorgesehen, dass das Gesetz lediglich bis Ende 2021, anstatt wie ursprünglich geplant bis Ende 2022, befristet werden soll. Für Bestimmungen im Bereich der Arbeitslosenversicherung wurde jedoch eine Befristung bis Ende 2022 festgehalten.

La CIP-CN, sous réserve de l'approbation du Conseil des Etats, propose à son conseil l'octroi de la garantie fédérale aux constitutions révisées des cantons d'Obwald, de Bâle-Campagne, du Tessin, de Neuchâtel, de Genève et de Zurich. Le Conseil national, comme le Conseil des Etats, adhère au projet du Conseil fédéral.

Le Conseil fédéral recommande à l'Assemblée fédérale d'accorder la garantie fédérale aux constitutions révisées des cantons d'Obwald, de Bâle-Campagne, du Tessin, de Neuchâtel, de Genève et de Zurich. Les modifications constitutionnelles concernent le réseau routier zurichois, la procédure de naturalisation pour le canton d'Obwald, les décisions financières et le plan de mission et de finances pour Bâle-Campagne, le service public tessinois, la réforme des institutions neuchâteloise et les droits populaires à Genève.

Anfang Oktober 2015 präsentierte die CVP ein bereits im Juli erstelltes Positionspapier zur Sicherheitspolitik. Konkret ging es der Familienpartei um die Bekämpfung häuslicher Gewalt. Opfer häuslicher Gewalt müssten besser über ihre Rechte und Möglichkeiten informiert und eng von Opferhilfestellen sowie Strafverfolgungsbehörden begleitet werden. Dadurch soll rasch festgestellt werden können, ob sie vom Täter unter Druck gesetzt werden. Weiter forderte die CVP, dass die Einstellung eines Verfahrens nur bei Ersttätern möglich ist. Wiederholungstäter dürften keine Schonung erwarten. Verlangt wurde auch die Einführung von kantonalen Gewaltschutzgesetzen, wie sie etwa der Kanton Zürich kennt. Zudem müssten Ärzte im Verdachtsfall immer nachfragen, ob Misshandlung vorliegt; dies werde in der Praxis nicht selten vernachlässigt.

Eine Untersuchung der Weltwoche ging der Verteilung der jährlich im Umfang von rund CHF 20 Mrd. an die Kantone überantworteten Bundesmittel nach. Damit wurde auf die gesamte Umverteilung von Mitteln von der Bundes- auf die Kantonsebene fokussiert und eine etwas globalere Sichweise auf den Streit um den Nationalen Finanzausgleich (NFA) ermöglicht. Zum Vergleich: Der NFA verteilt lediglich rund CHF 4,6 Mrd. um, wobei die Kantone 1,5 Mrd. beisteuern und 3,1 Mrd. aus Bundesquellen kommen. Im Schnitt stammt laut der Weltwoche rund ein Viertel aller kantonalen Einnahmen aus unterschiedlichen Bundestöpfen. Umgerechnet auf CHF pro Kantonsbewohner zeigte die Analyse der Weltwoche, dass ein Kanton pro Jahr im Schnitt CHF 2‘485 pro Kopf aus der Bundeskasse erhält. Die wenigsten Mittel erhalten die Kantone Aargau (CHF 1‘457 pro Kopf), Basel-Landschaft (CHF 1‘534 pro Kopf) und Zürich (CHF 1‘735 pro Kopf). Die finanzschwachen und topografisch eher benachteiligten Kantone Jura (CHF 5‘964 pro Kopf), Uri (CHF 5‘842 pro Kopf) und Graubünden (CHF 5‘830 pro Kopf) bilden das Spitzentrio der meistbegünstigten Kantone. Während der Kanton Uri mehr als die Hälfte seines Budgets aus Bundesmitteln bildet, machen die Bundeseinnahmen für den Kanton Basel-Stadt lediglich 13% des kantonalen Haushaltes aus.

Les deux chambres ont, comme proposé par le Conseil fédéral et les Commissions des institutions politiques, adopté l'arrêté fédéral accordant la garantie fédérale aux constitutions révisées des cantons de Zurich, de Berne, de Zoug, de Soleure, de Bâle-Campagne, des Grisons et de Vaud.

L'Assemblée fédérale est priée d'accorder la garantie fédérale aux modifications des constitutions de Zurich, de Berne, de Zoug, de Soleure, de Bâle-Campagne, des Grisons et de Vaud. Le canton de Zurich a supprimé de sa constitution, le référendum constructif. L'alternative au référendum ordinaire engendrait une procédure de votation complexe et la participation citoyenne n'était, à chaque fois, guère élevée. Au Grisons, le référendum extraordinaire a été abrogé sans jamais être utilisé. A Berne, dès à présent, le Conseil-exécutif peut approuver les modifications des frontières intercommunales. Quant au Grand conseil, il peut imposer la fusion de communes en cas d'intérêts communaux, régionaux ou cantonaux prépondérants. S'agissant de Zoug, les exécutifs seront désormais élus au scrutin majoritaire. Le nombre de députés au Grand conseil a été inscrit dans la constitution et la répartition des sièges se fera selon la méthode du «double Pukelsheim» afin d'être conforme à la Constitution fédérale. Les membres du Conseil d'Etat ne pourront pas exercer de mandat au niveau fédéral. Les dispositions relatives à l'incompatibilité de fonction pour les parents et alliés ont été assouplies. Outre le financement des écoles de pédagogie curative, le canton de Soleure assurera leur organisation et gestion. Bâle-Campagne a instauré une taxe de séjour, dont les recettes seront allouées au secteur du tourisme. Enfin, le canton de Vaud a adapté la terminologie constitutionnelle pour correspondre à celle du Code civil (CC) relative à la protection de l’adulte et de l’enfant.

Die Gewährleistung der kantonalen Verfassungen, die bei kantonalen Verfassungsänderungen – etwa durch kantonale Volksinitiativen oder Verfassungsrevisionen – von der Bundesversammlung vorgenommen werden muss, ist in der Regel eine Routineangelegenheit. Nur sehr selten gibt es überhaupt eine Debatte in den Räten. Dem Parlament wurde deshalb auch schon vorgeworfen, die Aufgabe der Überprüfung der Vereinbarkeit der Änderungen mit der Bundesverfassung nicht ernst genug zu nehmen. 2013 war diesbezüglich eine Ausnahme, weil die Räte die Wahlrechtsreform im Kanton Schwyz nicht gutgeheissen hatten. Die Gewährleistungen im Jahr 2014 entsprachen (fast) wieder der gängigen Tradition. Die Räte hiessen die unbestrittenen Teilrevisionen in sechs Kantonen diskussionslos gut (ZH, BE, SO, BL, GR, VD; BRG 14.037). Mehr zu reden – zumindest im Nationalrat – gab allerdings die neue Verfassung des Kantons Genf: Ein Minderheitsantrag Andreas Gross (sp, ZH) wollte Artikel 66 der neuen Genfer Verfassung, der ein Verbot des doppelten Neins für Abstimmungen über den Finanzhaushalt vorsieht, nicht gewährleisten. Der Passus sah vor, dass entweder ein Sanierungsvorschlag oder eine Steuererhöhung angenommen werden muss. Gross beanstandete, dass so die Entscheidung für den Status Quo ausgeschlossen sei. In seiner Botschaft machte der Bundesrat klar, dass dies nicht als Einschränkung der politischen Rechte angesehen werden solle und beurteilte den Passus deshalb als bundesrechtskonform. Die Mehrheit der grossen Kammer folgte dem Antrag des Bundesrates. Zudem sei Artikel 66 eins zu eins von der alten Verfassung übernommen und bei der alten Verfassung also schon gewährleistet worden. Gross, der vergeblich darauf hinwies, dass man alte Fehler nicht zu wiederholen brauche, erhielt lediglich 31 Stimmen aus seiner Fraktion. 126 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) gewährleisteten die gesamte Verfassung des Kantons Genf. Die umstrittenen Teilrevisionen in den Kantonen Bern bzw. Tessin, in denen eine Verschärfung von Einbürgerungen bzw. ein Burkaverbot festgeschrieben wird, standen 2014 noch nicht auf der parlamentarischen Traktandenliste. Allerdings hatte der Bundesrat in seiner Botschaft Ende Jahr die Gewährleistung des Tessiner Begehrens beantragt. Er halte das Vermummungsverbot zwar für nicht sinnvoll, so der Bundesrat, aber juristisch lasse es sich mit der Verfassung dann vereinbaren, wenn die Religionsfreiheit nicht tangiert werde. Die Regierung stützte sich bei ihrer Begründung auf das Urteil des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte, der unlängst ein Burkaverbot in Frankreich bestätigt hatte.

Die Suizidhilfe-Vereinbarung, welche die Zürcher Oberstaatsanwaltschaft und die Sterbehilfeorganisation Exit im Vorjahr zusammen abgeschlossen hatten, war vom Bundesgericht für nichtig erklärt worden. Gegen die beschlossenen Standesregeln hatten konservativ-religiöse Kreise eine Beschwerde an das Bundesgericht gerichtet. Dieses trat zwar auf die Beschwerde nicht ein, hielt aber fest, dass das geltende Recht eine Vereinbarung zwischen Privaten und Strafverfolgungsbehörden ausschliesse.

Die Zürcher Oberstaatsanwaltschaft und die Sterbehilfeorganisation Exit unterzeichnete ein 11-seitiges Dokument, das der klaren und transparenten Regelung der organisierten Suizidbeihilfe dienen soll. Das Dokument, das den assistierten Suizid minutiös regelt und damit die Standesregeln festhält, hatte wochenlang für Schlagzeilen in den Medien gesorgt. Eigens festgehalten wurde darin auch die ausschliessliche Verwendung von Natrium-Pentobarbital als Sterbemittel, die Höhe der Entschädigung für Sterbehelfer sowie die Vorschrift einer transparenten Buchhaltung.

Wie kaum anders zu erwarten war, stützten die beiden zur Standortfrage der hochspezialisierten Medizin in Auftrag gegebenen Gutachten die Sicht der jeweiligen Mandanten. Die „Berner“ Expertise vertrat die Auffassung, dass in der Schweiz nicht nur zwei Universitätskliniken (Zürich und Lausanne) modernste Spitzenmedizin, insbesondere Transplantationen, anbieten sollen, sondern auch Bern, Basel und Genf, wobei sich die fünf Spitäler in einem oder zwei Netzwerken zusammenschliessen müssten, um auszuhandeln, wer welchen Eingriff durchführt. Das „Zürcher“ Gutachten kam zum entgegengesetzten Schluss und empfahl eine Zentralisierung auf zwei Standorte.

Der Kanton Zürich hatte von Anbeginn seine Vorbehalte gegen die im Vorjahr getroffene Interkantonale Vereinbarung über die Koordination der hochspezialisierten Medizin (IVKKM) signalisiert. Das Konkordat sieht ein Netzwerk der fünf Hochschulkantone mit Universitätsspitälern vor, bei dem gewisse Leistungen, insbesondere die verschiedenen Sparten der Transplantationsmedizin, an nur noch einem bis zwei Standorten angeboten werden. Da für das Inkrafttreten der Vereinbarung die Zustimmung von 17 Kantonen notwendig ist, beschlossen Bern und die beiden Basel, mit gutem Beispiel voranzugehen und den Ratifizierungsprozess einzuleiten. Im Sommer verabschiedete sich Zürich von der IVKKM, welche Herztransplantationen nur noch in Basel und Bern zulassen wollte, und verlangte, die gesamte Spitzenmedizin sei auf zwei Zentren zu beschränken, eines in Zürich und eines in der Westschweiz, eine Forderung, auf welche die Gesundheitsdirektorenkonferenz und die Kantone nicht eintreten mochten.

Erstmals wurden in der Schweiz mehrere Spitäler wegen Überkapazitäten geschlossen. Den Anfang machte der Kanton Zürich, welcher Spitäler mit nur geringem Einzugsgebiet ganz abschaffte und die Akutabteilungen von sechs Regionalspitälern aufhob. Der Bundesrat hiess diese Konzentration gut, da mit der Schliessung ganzer Spitäler mehr Kosten gespart werden könnten als mit einem linearen Bettenabbau. Zu Ende des Frühjahrs gab auch der Kanton Bern bekannt, mehrere Regionalspitäler schliessen zu wollen. Einen ganz anderen Weg beschritt der Kanton Thurgau: ab 1.1.2000 sind die vier kantonalen Spitäler nicht mehr dem Gesundheitsdepartement unterstellt, sondern einer privatrechtlichen Aktiengesellschaft; von dieser grösseren Autonomie und unternehmerischen Freiheit erhofft man sich eine kostenbewusstere Führung der Spitäler.

Namentlich bei der internationalen Verfolgung von Geldwäscherei- und Drogenhandelsdelikten kann der Staat oft beträchtliche Summen deliktisch erworbener Vermögen einziehen. Nicht geregelt ist die Verteilung dieser Gelder, wenn mehrere Behörden an der Strafermittlung beteiligt waren. So entstand beispielsweise ein Streit zwischen den Kantonen Waadt und Zürich einerseits und dem Bund andererseits bei der Verteilung des schweizerischen Anteils von rund USD 85 Mio. an den im Zusammenhang mit den Ermittlungen gegen die Drogenhändlerin Arana de Nasser beschlagnahmten Guthaben. Der Bundesrat setzte eine Expertenkommission ein, welche allgemeine Vorschriften für eine lastengerechte Verteilung dieser Gelder zwischen Bund und Kantonen vorschlagen soll. Der Ständerat unterstützte dieses Vorgehen mit der diskussionslosen Überweisung einer Motion seiner Rechtskommission.

La Coopérative pour l'entreposage des déchets radioactifs (CEDRA), ayant terminé les mesures sismiques dans la région argovienne du Mettauertal, s'est concentrée sur la région du Weinland dans le canton de Zurich. Cette région est l'un des sites possibles en vue d'un dépôt final pour déchets hautement radioactifs prévu pour l'an 2045. Les forages d'essai ont suscité la colère des associations antinucléaires «Bedenken» et «Igel» qui ont manifesté sur les lieux et déposé une initiative cantonale dans le canton de Zurich intitulée «Pour la codécision en matière d'entrepôts nucléaires». Cette initiative réclame une modification de la Constitution cantonale et des lois s'y rapportant, afin de soumettre à l'approbation populaire la question de l'entreposage de déchets nucléaires. En outre, le recours, déposé en 1997 par «Bedenken» et 27 particuliers contre l'autorisation de construire une installation de forage octroyée par la commune de Benken (ZH), a été débouté en deuxième instance par le tribunal administratif cantonal.

In Erfüllung einer FDP-Motion von 1996 beantragte der Zürcher Regierungsrat dem Kantonsrat, der Bundesversammlung eine Standesinitiative zur Legalisierung von Cannabis und Marihuana einzureichen. Begleitend dazu müssten - ähnlich wie bei Alkohol - eine Qualitätskontrolle, der staatliche oder staatlich-kontrollierte Vertrieb sowie geeignete Jugendschutzmassnahmen angeordnet werden. Das Parlament des Kantons Basel-Landschaft stimmte ebenfalls einer analogen Standesinitiative zu.

Das neue KVG verpflichtet die Kantone zur bedarfsgerechten Spitalplanung und zur Erstellung einer Liste mit jenen Spitälern, die künftig die Berechtigung erhalten, Patienten zu Lasten der sozialen Krankenversicherung zu behandeln. Ende November stellte Zürich als erster grosser Kanton seine Spitalliste vor und gab diese in eine Vernehmlassung. Die Umsetzung dieser Vorschläge würde zu einem radikalen Reinemachen im Gesundheitswesen führen, soll doch bis ins Jahr 2005 in Zürich ein knappes Viertel der Akutbetten in den öffentlichen Spitälern verschwinden. Im Zeichen grösserer Effizienz durch Synergie will die Zürcher Gesundheitsdirektion im gleichen Zeitraum sechs Regionalspitäler schliessen oder zusammenlegen. Sie erhofft sich davon Einsparungen von 60 Mio. Fr. pro Jahr.

Wegen der Festsetzung ihres Beitrages auf die Hälfte der Bundessubventionen äusserten viele Kantone - wenn auch eher hinter vorgehaltener Hand - gewichtige Vorbehalte gegen das neue Gesetz. Die gezielte Prämienverbilligung fand zwar durchaus Beifall, doch sollte ihrer Meinung nach das Ausmass der Subventionen nicht über den heutigen Stand, wo der Bund 1,3 Mia. und die Kantone rund 600 Mio. Fr. bezahlen, ausgedehnt werden. Sie vertraten die Ansicht, eine zusätzliche finanzielle Belastung der Kantone sei nicht zu verkraften, da ihnen das neue Gesetz neben den bereits bestehenden Ausgaben im Gesundheitswesen, zum Beispiel durch die Übernahme der Spitaldefizite, zusätzliche Lasten aufbürde, so etwa die Begleichung der Mehrkosten bei medizinisch bedingten ausserkantonalen Spitalaufenthalten. Acht Kantonsregierungen - AG, BE, SH, SO, SG, SZ, TG und ZH - drohten schliesslich unverhohlen mit Steuererhöhungen, falls das revidierte KVG vom Volk angenommen werde.

Im Kanton Zürich schlug die Gesundheitsdirektion einen Umbau des gesamten Spitalwesens in zwei Schritten vor. Mit dem Systemwechsel zur leistungsorientierten Krankenhaussteuerung sollen Konzernstrukturen, Lean Management und Wettbewerb auch in den Spitälern Einzug halten, mit dem späteren Wechsel zur integrierten regionalen Leistungssteuerung Gesundheits- und Sozialwesen miteinander verschmolzen werden. Ziel der ersten Etappe ist ein (freiwilliger) Abbau von rund 1500 Akutbetten und Kosteneinsparungen bis zu 25 Prozent. Der Kanton St. Gallen führte seinerseits für drei Kantonsspitäler Globalbudgets ein.