Im Oktober 2020 wurde der Ergebnisbericht zur Vernehmlassung des indirekten Gegenvorschlags zur Organspende-Initiative, welche vom 13. September bis zum 13. Dezember 2019 gedauert hatte, veröffentlicht. Insgesamt hatten 81 Akteurinnen und Akteure Stellung genommen, wobei sich mit 53 von ihnen ein Grossteil der Vernehmlassungsteilnehmenden vollumfänglich oder grundsätzlich zustimmend zum Gegenvorschlag aussprachen. Zu ihnen gehörten 21 Kantone, die beiden Parteien GLP und GPS sowie dreissig Organisationen, darunter auch Swisstransplant, eine Unterstützerin der Volksinitiative. Explizit abgelehnt wurde die Vorlage von 16 Vernehmlassungsteilnehmenden. Als Gründe für die ablehnende Haltung wurden die Befürwortung der Volksinitiative (JU), des Erklärungsmodells (LU, CVP, EVP, CBCES, EKS, MERH_UZH, NEK) oder der parlamentarischen Initiative Nantermod (fdp, VS; pa.Iv. 18.443; FDP), aber auch die zu enge Zustimmungslösung (ÄPOL) und der Wunsch nach Beibehaltung der aktuell gültigen erweiterten Zustimmungslösung (HGS) aufgeführt. Weitere Argumente gegen den indirekten Gegenvorschlag liessen sich auf ethische Bedenken (SH, HLI, MIGUNIBE, SPO) oder auf die Forderung zurückführen, dass die Vorlage Teil eines Gesamtprojekts zur Einwilligung in der Gesundheits- und Humanforschung sein sollte (Privatim). Weder eine zustimmende noch eine ablehnende Haltung nahmen aus diversen Gründen zehn Vernehmlassungsteilnehmende ein (BL, TG, iEH2, SPS, BDP, SVP, GDK, insieme, SBK und SGG). Der SAV, santésuissse und der SSV verzichteten auf eine Stellungnahme.

Positiv aufgenommen wurde von der Mehrheit der Vernehmlassungsteilnehmenden die geplante Einbindung der Angehörigen. In diesem Zusammenhang kam denn auch mehrfach die Forderung auf, dass eine Organentnahme nur zulässig sein soll, wenn die Angehörigen erreicht werden können. Auch die gesetzliche Verankerung eines Registers wurde grösstenteils befürwortet, wobei verschiedene Änderungsvorschläge eingingen. Einer von ihnen bestand darin, dass neben der Dokumentation des Widerspruchs auch eine Zustimmung festgehalten werden können sollte. Von verschiedenen Seiten wurde zudem der Wunsch geäussert, dass der Stiftung Swisstransplant die Registerführung zukommen soll, weil sie bereits über ein Register verfüge. Ferner wurde der Information der Bevölkerung über das Widerspruchsmodell ein hoher Stellenwert beigemessen.

Wie kaum anders zu erwarten war, stützten die beiden zur Standortfrage der hochspezialisierten Medizin in Auftrag gegebenen Gutachten die Sicht der jeweiligen Mandanten. Die „Berner“ Expertise vertrat die Auffassung, dass in der Schweiz nicht nur zwei Universitätskliniken (Zürich und Lausanne) modernste Spitzenmedizin, insbesondere Transplantationen, anbieten sollen, sondern auch Bern, Basel und Genf, wobei sich die fünf Spitäler in einem oder zwei Netzwerken zusammenschliessen müssten, um auszuhandeln, wer welchen Eingriff durchführt. Das „Zürcher“ Gutachten kam zum entgegengesetzten Schluss und empfahl eine Zentralisierung auf zwei Standorte.

Der Kanton Zürich hatte von Anbeginn seine Vorbehalte gegen die im Vorjahr getroffene Interkantonale Vereinbarung über die Koordination der hochspezialisierten Medizin (IVKKM) signalisiert. Das Konkordat sieht ein Netzwerk der fünf Hochschulkantone mit Universitätsspitälern vor, bei dem gewisse Leistungen, insbesondere die verschiedenen Sparten der Transplantationsmedizin, an nur noch einem bis zwei Standorten angeboten werden. Da für das Inkrafttreten der Vereinbarung die Zustimmung von 17 Kantonen notwendig ist, beschlossen Bern und die beiden Basel, mit gutem Beispiel voranzugehen und den Ratifizierungsprozess einzuleiten. Im Sommer verabschiedete sich Zürich von der IVKKM, welche Herztransplantationen nur noch in Basel und Bern zulassen wollte, und verlangte, die gesamte Spitzenmedizin sei auf zwei Zentren zu beschränken, eines in Zürich und eines in der Westschweiz, eine Forderung, auf welche die Gesundheitsdirektorenkonferenz und die Kantone nicht eintreten mochten.