Mitte Dezember 2017 gab der Bundesrat den Medien bekannt, dass er die Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» ablehne, ihr aber mit einem indirekten Gegenvorschlag begegnen möchte. Die Initiative für ein nationales Verbot sei abzulehnen, weil die Kantone selber entscheiden können sollten, ob sie die Gesichtsverhüllung im öffentlichen Raum verbieten wollen oder nicht. So hätten die Kantone Tessin und St. Gallen ein solches Verbot befürwortet, während es in Zürich, Solothurn, Schwyz, Basel-Stadt und Glarus abgelehnt worden sei. Diesen unterschiedlichen Befindlichkeiten gelte es Rechnung zu tragen. Der Bundesrat anerkenne jedoch, dass die Gesichtsverhüllung problematisch sein könne, und zwar zum einen, wenn jemand zur Verhüllung gezwungen werde, und zum anderen im Kontakt mit den Behörden. Er wollte sich dieser Problematik daher mit einem indirekten Gegenvorschlag annehmen, der Regelungen auf Gesetzesebene vorsehe, ohne den Kompetenzbereich des Bundes zu überschreiten. Konkret solle es im Strafgesetzbuch ausdrücklich verboten werden, jemanden zur Verhüllung des Gesichts zu zwingen. Zudem solle der Kontakt mit Bundesbehörden und Bundesrecht vollziehenden Behörden unter Androhung von Strafe unverhüllt erfolgen müssen. Der Bundesrat beauftragte das EJPD mit der Ausarbeitung einer entsprechenden Vernehmlassungsvorlage bis Ende Juni 2018.
Bei den Initianten vermochte der Vorschlag des Bundesrats wenig Eindruck zu erwecken; er sei «schwammig» und entspreche nicht dem Anliegen der Initiative, so Walter Wobmann (svp, SO) gegenüber der Basler Zeitung. Das Komitee halte an der Initiative fest und blicke der Abstimmung nach wie vor zuversichtlich entgegen. Die SVP lehnte den bundesrätlichen Vorschlag ebenfalls als «wirkungslos» ab, wie in der Presse zu lesen war. Auf wenig Gegenliebe stiess der Vorschlag indes auch bei den Grünen. Nationalrat Balthasar Glättli (gp, ZH) bezeichnete ihn gegenüber der Basler Zeitung als «falsch und überflüssig», weil Nötigung ohnehin strafbar sei, und machte ihm in der Aargauer Zeitung den gleichen Vorwurf wie der Initiative selbst, nämlich zur «Stimmungsmache gegen Muslime in der Schweiz» beizutragen. Positiver äusserten sich die CVP und die SP zur Stossrichtung des Bundesrates, wenngleich sich die SP weiter auf ihren eigenen direkten Gegenentwurf zur Verbesserung der Gleichstellung der Frauen konzentrieren wollte. SP-Nationalrat Cédric Wermuth (sp, AG) bedauerte im Tages-Anzeiger, dass der Bundesrat sich nicht getraut habe, «die Debatte neu auszurichten», und dass der Gegenvorschlag «keine Antwort auf das Unbehagen» liefere, das hinter der Initiative stehe. Von verschiedenen Seiten wurde der bundesrätliche Vorschlag auch als nicht oder nur schwer umsetzbar kritisiert, da Frauen, die gezwungen werden, sich zu verschleiern, dies eher nicht bei der Polizei zur Anzeige bringen würden. Ständerat Andrea Caroni (fdp, AR), der bereits ein Gegenkomitee zur Initiative gegründet hatte, begrüsste dagegen den Vorschlag des Bundesrates. Er sei zwar nicht «das Ei des Kolumbus», eröffne aber die Möglichkeit für eine gezielte Debatte über die Probleme im Zusammenhang mit der Gesichtsverhüllung und über allfällige Lösungen, so Caroni gegenüber «Le Temps».

Der Kanton Zürich unternahm den Versuch, das Verhältnis zwischen Kirche und Staat im Sinn einer Entflechtung und einer Anerkennung zusätzlicher Glaubensgemeinschaften grundsätzlich neu zu regeln. Diese Vorlage war im Kampf gegen die letzte Volksinitiative zur Trennung von Kirche und Staat in Aussicht gestellt worden, die 1995 mit zwei Drittel Nein-Stimmen verworfen worden war. Zentraler Streitpunkt in den Debatten war die staatliche Anerkennung ausserchristlicher Religionsgemeinschaftensowie die (eng damit zusammenhängende) Autonomie aller anerkannter Gruppen, auch ausländischen Mitgliedern das Stimm- und Wahlrecht zuzubilligen. Die Hürden für die Anerkennung neuer Glaubensgemeinschaften wären hoch gelegen: 30 Jahre Wirken in der Schweiz, mehr als 3000 Mitglieder im Kanton Zürich, Anerkennung der Grundwerte der Schweizer Rechtsordnung, Bejahen des Religionsfriedens, Pflege einer inneren Demokratie und Offenlegung der Finanzen, weshalb eine baldige Anerkennung des Islam wohl kaum in Frage gekommen wäre. Für die Anerkennung weiterer religiöser Gemeinschaften votierten im Kantonsrat SP, Grüne, CVP und eine Mehrheit der FDP; die SVP und eine Mehrheit der EVP stellten sich wegen einer möglichen Offizialisierung des Islam dagegen. Dem Souverän wurden drei zusammenhängende Vorlagen unterbreitet: eine Verfassungsänderung (Grundsatz der Anerkennung weiterer Glaubengemeinschaften und Ausländerstimmrecht) sowie zwei Gesetzesrevisionen (Verhältnis zwischen dem Kanton und den bereits anerkannten Kirchen sowie Verfahren der Anerkennung neuer Religionsgemeinschaften). EVP, EDU und vor allem SVP bekämpften die Vorlage auch im Abstimmungskampf mit dem Slogan «Kein Geld für Koranschulen» aufs heftigste. Unterstützung erhielten sie von einem Teil der FDP, der eine völlige Trennung von Kirche und Staat anstrebt. Vor diesem Hintergrund hatten die Vorlagen keine Chance an der Urne: Die Verfassungsänderung scheiterte mit 55 Prozent Nein-Stimmen, das Kirchengesetz mit knapp 54 Prozent und das Anerkennungsgesetz mit 64 Prozent.

Der Regierungsrat des Kantons Zürich beantragte dem Kantonsrat, die vor Jahresfrist eingereichte Volksinitiative zur Trennung von Kirche und Staat ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung zu empfehlen. Zuvor hatten sich schon die katholische Zentralkonferenz und die protestantische Synode dezidiert gegen die Initiative ausgesprochen. Im Kanton Aargau lehnten Regierung und Kirchen eine analoge Motion der SD ebenfalls ab.

Im Kanton Zürich wurde eine Volksinitiative auf Trennung von Kirche und Staat eingereicht. Offiziell wurde dabei der Grundsatz der Rechtsgleichheit angesprochen, gegen welchen der Staat, nach Ansicht der Initianten, durch die finanzielle Bevorzugung einzelner Religionsgemeinschaften verstösst. Dem rechtsbürgerlichen Initiativkomitee wurde allerdings unterstellt, dass es ihm in erster Linie darum gehe, die Kirchen über eine Schmälerung ihrer materiellen Basis politisch mundtot zu machen, da die engagierten Stellungnahmen kirchlicher Kreise zu Zeitfragen vielen bürgerlichen Kritikern schon lange ein Dorn im Auge seien. Die Kantonsregierung und die Landeskirchen sprachen sich gegen die Initiative aus. Gewissermassen als Gegengewicht zur Volksinitiative verlangte eine parlamentarische Initiative aus CVP-Kreisen, dass neben den drei Landeskirchen auch weiteren Religionsgemeinschaften die Möglichkeit einer öffentlichrechtlichen Anerkennung zu gewähren sei.

Die eskalierenden Spannungen im Bistum Chur veranlassten den Bundesrat nach Rücksprache mit den betroffenen Kantonsregierungen gegen Ende Jahr erstmals, in dieser Angelegenheit offiziell in Rom vorstellig zu werden. Der Sonderbotschafter beim Vatikan übermittelte dem Papst eine Botschaft, in welcher die Landesregierung der Sorge der sieben Bistumskantone (Graubünden, Glarus, Zürich, Uri, Schwyz, Ob- und Nidwalden) Ausdruck verlieh. Der Bundesrat bezog in der Intervention selber aber keine Stellung, da er die Affäre Haas nach wie vor als innerkirchliche Angelegenheit betrachtet.