Bereits kurz vor dem Abstimmungssonntag im November 2020 zur Konzernverantwortungsinitiative reichten die Jungfreisinnigen in fünf Kantonen (AG, BE, SG, TG, ZH) eine Stimmrechtsbeschwerde gegen die Landeskirchen und deren aktive Beteiligung am Abstimmungskampf zu Gunsten der Initiative ein. Als die Kantonsregierungen nicht darauf eintraten, da diese Frage auf nationaler Ebene geregelt werde, richtete die Jungpartei ihre Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beschuldigte die Kirchen, gegen Artikel 34 der Bundesverfassung – welcher Sachlichkeit, Transparenz und Verhältnismässigkeit vorschreibt – verstossen zu haben, und verlangten, dass sich die Religionsgemeinschaften in zukünftigen Abstimmungskämpfen neutral verhalten müssten. In einer Stellungnahme an das Bundesgericht, welche in den Medien teilweise veröffentlicht wurde, teilte die Bundeskanzlei (BK) die Vorwürfe der Jungpartei und stellte fest, dass das Engagement der katholischen und reformierten Landeskirchen im Zuge des Abstimmungskampfes zur KVI «zumindest grenzwertig» gewesen sei, insbesondere da Gegenargumente keinen Eingang in ihre Argumentation gefunden hätten. Die Kirche sei eine öffentlich-rechtlich anerkannte Körperschaft, welche einen staatlichen Auftrag wahrnehme. Dafür erhalte sie gewisse Privilegien, wie etwa das Recht, Steuern erheben zu dürfen, was sie dazu verpflichte, sich an Grundrechte wie die Gewährung der Abstimmungsfreiheit zu halten. Inwiefern die Kirchen im Rahmen ihrer Werbung für die KVI gegen diese Vorgaben verstossen hätten, sei zu klären.

Im März 2021 schrieb das Bundesgericht die fünf Stimmrechtsbeschwerden der Jungfreisinnigen als gegenstandslos ab. Das aktuelle Interesse, welches nötig sei, um ein solches Leiturteil zu fällen, sei nicht gegeben, da die Initiative am Ständemehr gescheitert sei. Das Bundesgericht stimmte jedoch zu, dass ein Interesse bestehen könnte, in diesem Feld Klarheit zu schaffen – jedoch sei dies nur möglich, wenn sich die kirchlichen Interventionen im Abstimmungskampf auf das Ergebnis auswirken würden. Während die Jungfreisinnigen das Urteil bedauerten und weiterhin auf ihrer Forderung nach Neutralität der Kirchen bestanden, begrüsste das Komitee «Kirche für Konzernverantwortung», dem über 700 Kirchgemeinden und Pfarreien angehörten, das Ergebnis. Es sei selbstverständlich, dass sich die Kirche in einer Demokratie zu politischen Fragen äussere und an öffentlichen Debatten teilnehme. Gleichzeitig seien sich die Kirchen auch bewusst, dass eine Aufarbeitung angezeigt sei – eine solche versprachen in der Folge Daniel Kosch, Generalsekretär der Römisch-Katholischen Zentralkonferenz (RKZ), sowie Rita Famos, die neue Präsidentin der Evangelisch-reformierten Kirche Schweiz (EKS).

Nach elf Amtsjahren kündete Benno Schnüriger, etwas früher als geplant, im Herbst 2017 seinen Rücktritt vom Amt des Synodalratspräsidenten der Zürcher Katholikinnen und Katholiken an und ebnete damit einem historischen Entscheid den Weg: Zum allerersten Mal wählte die Synode des Kantons Zürich im April 2018 eine Frau an die Spitze der katholischen Exekutive. Das bisherige Synodalratsmitglied Franziska Driessen-Reding würde also ab Juli 2018 das Amt der obersten Zürcher Katholikin innehaben. Um der neuen Vorsteherin der Glaubensgemeinschaft etwas auf den Zahn zu fühlen, lud die Luzerner Zeitung im Mai zu einem umfassenden Interview ein. Die designierte Präsidentin nutzte diese Gelegenheit, um über Fragen zur römisch-katholischen Kirche im Allgemeinen und zu ihrer Rolle und Funktion in und für die Schweizer Gesellschaft zu sprechen. Dabei äusserte sie sich zu Themen wie der Rolle der Frauen in der katholischen Kirche und der damit einhergehenden Entwicklung der Frauenordination im Schatten der Männerdominanz, zum Verhältnis der Schweizer Landeskirche zu Rom und ihrer persönlichen Haltung zu den Päpsten Franziskus und Benedikt, zum Verhältnis zu Bischof Vitus Huonder und der Forderung nach einem eigenständigen Bistum Zürich oder zur Akzeptanz verschiedener Religionsgemeinschaften in der Schweiz und der Rolle der Kirche im Feld der Flüchtlings- und Asylpolitik. Während das gesamte Interview zwar auch kritisch, aber im Grossen und Ganzen sachlich geführt wurde, lösten die Antworten der Zürcherin zur Flüchtlings- und Asylfrage im Nachgang des Interviews einen regelrechten Eklat aus.
Gefragt, ob sich denn die Schweizer Asylpolitik mit den katholischen Werten decke und die Katholiken dem persönlichen Beispiel Driessens folgen und Flüchtlinge aufnehmen sollten, antwortete sie: «Wir Kirchen müssen uns in solchen Debatten einbringen. Zwar werden wir kritisiert, die Kirche habe in der Politik nichts zu melden und solle getrennt sein vom Staat. Aber wenn es um Menschenrechte geht, müssen wir laut werden [...]. Der Churer Weihbischof Peter Henrici sagte 2004, ein guter Christ könne nicht SVP wählen. Ich glaube, ich könnte ihm recht geben. Es bereitet mir Mühe, wie man sich als Teil einer Kirche sehen kann, wenn man deren wichtigsten Grundwert nicht achtet: für den Nächsten da zu sein.»
Das sei anmassend und verletzend, polterte tags darauf Thomas Burgherr, Präsident der Aargauer SVP, in der Aargauer Zeitung und forderte Driessen via Facebook zu einer öffentlichen Entschuldigung auf. Die Kirche habe für alle Menschen und Meinungen offen zu sein. Es sei ihm nicht wirklich klar geworden, ob «diese Frau» tatsächlich an Gott glaube, sie klassifiziere zwar, wer ein guter Christ sei, zeige selbst aber kein klares Bekenntnis zu Gott. Er selbst sehe absolut keinen Konflikt zwischen den christlichen Werten und der SVP-Asylpolitik: Jene Flüchtlinge, die an Leib und Leben bedroht seien, müsse man schützen. Was jedoch nicht gehe, seien die vielen Wirtschaftsflüchtlinge, die lediglich das System missbrauchten. Auch die von Driessen angesprochene Anerkennung vom Islam und von orthodoxen Gemeinden unterstütze er nicht, schliesslich seien wir ein «christliches Abendland und wollen das auch bleiben». Die Aargauer Zeitung verwies darauf, dass Driessen betonte, sie wolle niemanden aus der Kirche ausstossen, das Gastrecht aber verteidigen; sie sehe daher auch keinen Grund für eine Entschuldigung. Nationalrätin Flückiger (svp, AG) kündigte in der Luzerner Zeitung indes erste Konsequenzen an: Sie sei masslos enttäuscht über Frau Driessens Aussage und habe bereits das Formular für den Kirchenaustritt heruntergeladen und überlege sich nun, zu den Reformierten zu wechseln. Zwischenzeitlich erwarte sie eine Entschuldigung und eine Stellungnahme des Bistums Basel. Roberto Martullo-Blocher, Ehemann von Nationalrätin Magdalena Martullo-Blocher (svp, GR), forderte gar den Rücktritt der Synodalratspräsidentin und ermahnte sie, nicht zu vergessen, woher denn die meisten Steuergelder für ihre Kantonalkirche kämen – «von den SVP-Leuten». Er selbst war bereits im Januar aus der Kirche ausgetreten, da die Führung der Kantonalkirche stets gegen den Bischof von Chur schiesse, um damit eine Abspaltung vom Bistum zu provozieren. Der Bischof von Chur, Vitus Huonder, hingegen bedauerte es sehr, dass der Eindruck entstanden sei, dass eine Bundesratspartei nicht wählbar sei. Die katholische Kirche halte alle Parteien, die rechtsstaatliche Grundlagen einhalten, für wählbar und bevormunde die Gläubigen politisch nicht. Dennoch versäumte er es nicht, an den vorherrschenden Konflikt zwischen der römisch-katholischen Kirche und den Kantonalkirchen zu erinnern: Die Zürcher Kantonalkirche sei vom Staat geschaffen und somit kein Teil der römisch-katholischen Kirche; Driessen repräsentiere daher nur sich selbst.
Rund zwei Wochen nach Erscheinen des Interviews nahm schliesslich auch der Bischof von Basel, Felix Gmür, im Rahmen eines eigenen Interviews, mit dem Schwerpunkt Asylpolitik, in der Solothurner Zeitung Stellung. Gefragt, ob ein Christ guten Gewissens SVP wählen könne, fragte er lediglich: «Weshalb diese Frage? Die Kirche macht keine Parteipolitik». Darauf hingewiesen, dass Frau Driessen dieser Ansicht sei, erwiderte er lediglich, ob sie denn auch gesagt habe, warum sie dieser Meinung sei. Ansonsten sei diese Aussage nur plakativ. Die Kirche schliesse Menschen mit unterschiedlichen Ansichten nicht aus, man müsse mit diesen ins Gespräch kommen. In gewissen Punkten gebe es sicherlich übereinstimmende Ansichten von Kirche und Parteiprogrammen, in anderen wiederum könnten diese gänzlich divergierend sein; es sei aber nicht die Aufgabe der Kirche, politisches Geschehen zu gestalten. Auf die Anmerkung, dass sich zahlreiche Politiker oft auf die christlich-abendländischen Werte beziehen und ob das denn nicht zu einer Instrumentalisierung der Kirche führe, erwiderte er, dass nicht die Kirche selbst, sondern kirchliche Symbole instrumentalisiert würden, was ein gänzlich falsches Mittel zur Abgrenzung sei. Christliche Identität zeige man am besten, in dem man als Christ lebe, beispielsweise, indem man mehr Ausbildungsmöglichkeiten für junge Asylbewerber anbiete: Das sei eine konkrete Hilfe am Nächsten, weil die Leute so nicht mehr ausgegrenzt würden und von Fürsorge leben müssten. Auf die Anmerkung, dass das jetzt aber schon politisch sei, antwortete er, dass die Kirche lediglich Vorschläge mache und ansage, welchen Weg sie für gut befinde; was umgesetzt werde, bestimme aber die Politik.

Auch 2015 stand Bischof Vitus Huonder aufgrund seiner kirchlich-religiös geprägten Überzeugungen im Fokus der Medien. So verschaffte ihm die Rezitation aus dem Levitikus (3. Buch Mose), welche er im Rahmen des Forums "Freude am Glauben" am 31. Juli 2015 im deutschen Fulda wiedergegeben hatte, ungewollte – und in diesem Masse wahrscheinlich auch nicht erwartete – negative Aufmerksamkeit. Wie diverse Medien berichteten, darunter beispielsweise auch die NZZ (04.08.15), war der Stein des Anstosses folgendes Zitat: "Schläft einer mit einem Mann, wie man mit einer Frau schläft, dann haben sie eine Greueltat begangen. Beide werden mit dem Tod bestraft. Ihr Blut soll auf sie kommen." Der eigentliche Eklat in dieser Angelegenheit ergab sich aber aus der anschliessenden Erläuterung Huonders, dass diese Zitation genüge, um "der Frage der Homosexualität aus der Sicht des Glaubens die rechte Wende zu geben". Nebst solch verbalen Entgleisungen brachte der Bischof seine erzkonservativen Ansichten auch insbesondere durch Aussagen zur Geltung, welche seine ablehnende Haltung gegenüber alternativen Lebensformen – also nicht dem traditionell katholischen Bild der Ehe und Familie entsprechenden Lebensformen – aufzeigten. Unter anderem hob er die sexuelle Beziehung zweier Menschen aus dem privaten Raum heraus, da diese zur Glaubensbekundung gehöre und nicht etwa für die persönliche Unterhaltung da sei.
Huonders Äusserungen lösten weit über die Bevölkerung hinaus grosses Entsetzen aus. So reichte, nebst Privatpersonen aus dem Raum St. Gallen, der Dachverband der schwulen Männer in der Schweiz (Pink Cross) eine Strafanzeige wegen homophober Äusserungen ein, welche den Bischof für die öffentliche Aufforderung zu Verbrechen und Gewalttätigkeit belangen sollte. Bastian Baumann, Geschäftsführer von Pink Cross, sah in Huonders Aussage sogar einen Aufruf zur Wiedereinführung der Todesstrafe gegen Homosexuelle. Auch das kurz nach den Ereignissen ausgesprochene Bedauern des Bischofs änderte nichts an der Situation. Huonder verkündete in seiner Stellungnahme, dass seine getätigten Aussagen nicht so gemeint gewesen seien und dass er keineswegs Menschen mit homosexueller Orientierung hätte herabsetzen wollen; er sei in der Frage der Homosexualität ganz beim Katechismus der katholischen Kirche. Die Schweizer Bischofskonferenz (SBK) hielt sich indes mit Stellungnahmen zur Person Huonder zurück und begründete ihr Schweigen damit, dass sie grundsätzlich keine Äusserungen zu einzelnen Bischöfen vornehme. Sie betonte jedoch auch, dass sie in Bezug auf Homosexuelle dem Katechismus verbunden sei. Markus Büchel, Präsident der Schweizer Bischofskonferenz, hob in einem offenen Brief an die Gläubigen heraus, dass das Wohl einer Person insbesondere mit deren verantwortungsvollem Umgang mit der Sexualität einhergehe und dass diese als ein Gottesgeschenk anzunehmen sei. In diesem Sinne müsse sich die Kirche bewusst ihren Defiziten im historisch bedingten Umgang mit Homosexualität stellen.
Wesentlich kritischer fielen die Aussagen anderer Würdenträger aus dem geistlichen Umfeld aus. So warf der Sprecher der Pfarrei-Initiative, Kapuziner Willi Anderau, dem Bischof Versäumnisse in der adäquaten Interpretation der zitierten Ausschnitte vor. Die fundamentalistische Art der Bibelzitation wäre einem Laien noch nachzusehen gewesen, für einen studierten Theologen wie Bischof Huonder grenze diese Form der Anwendung aber schon an einen Skandal. Abt Urban Federer betonte, dass jede Person vor Gott die gleiche Würde habe. In diesem Sinne habe die aktuelle Debatte nichts mit dem von ihm persönlich empfundenen und wahrgenommenen Christentum zu tun. Das Problem hierbei liege in erster Linie an der Missdeutung der Vorzeichen; als Vertreter der Kirche stehe für ihn das Für-etwas-Sein im Vordergrund und nicht etwa das Dagegen-Sein, genau so, wie Gott auch für den Menschen alles gebe. Selbst Guiseppe Gracia, der Mediensprecher des Bischofs, meldete sich zu Wort und bekundete, dass sein Vorgesetzter mit solch gefährlichen Äusserungen eine Grenze überschritten habe. Generalvikar Josef Annen und Synodalratspräsident Benno Schnüriger sahen sich sogar genötigt, im Namen der Zürcher Katholiken ein Communiqué herauszugeben, in welchem sie sich bei den Homosexuellen, aber auch bei allen anderen von diesem Skandal betroffenen Personen entschuldigten. Sie distanzierten sich vom Bischof und betonten, dass es die Frage nach dem Glauben im Gespräch mit der Vernunft zu suchen gelte und hierzu gehöre in der heutigen Zeit eben auch die Wahrnehmung der Vielfalt in Bezug auf das Familienleben.
Die Welle der Empörung manifestierte sich – wie bereits zu Beginn des Jahres 2015 im Rahmen der Entlassungsbestrebungen gegen den Urner Pfarrer Wendelin Bucheli – in Rücktrittsaufforderungen aus der breiten Bevölkerung. Da die SBK aber keine Aufsichtsfunktion innehabe, könne die Abberufung von Bischof Huonder lediglich durch den Papst persönlich vorgenommen werden. Bischof Huonder müsste jedoch aufgrund des geltenden Kirchenrechts mit 75 Jahren, folglich bereits 2017, seinen Rücktritt beim Papst einreichen, weshalb man davon ausgehe, dass der Vatikan die Situation aussitzen werde. Dies könnte sich insofern bewähren, da Bischof Huonder trotz aller Geschehnisse noch immer Rückendeckung erhält, beispielsweise von Weihbischof Marian Eleganti oder der katholischen Volksbewegung "Pro Ecclesia". Zudem hatte die Staatsanwaltschaft in Bezug auf die Pink-Cross-Anzeige vermelden lassen, dass die Ermittlungen eingestellt würden; die getätigten Aussagen hätten keine den Tatbestand erfüllende Eindringlichkeit.

Sowohl das Bündner wie auch das Zürcher Stimmvolk äusserten sich im Berichtsjahr zur Frage, ob die Kirchensteuer für juristische Personen abgeschafft werden soll. Dabei zeigte sich in beiden Kantonen ein auffallend ähnliches Bild der beiden vom Jungfreisinn lancierten Volksinitiativen: Der städtische Kanton Zürich schmetterte das Anliegen im Mai mit 71,8% Nein-Stimmen annähernd so deutlich ab wie das ländlich geprägte Graubünden an der Februarabstimmung mit 73,6%. Parallelen zeigten sich anfänglich ebenfalls bezüglich Unterstützung durch die Mutterparteien. Entgegen einem früher gefassten Beschluss stellte sich die FDP-Fraktion im Zürcher Kantonsrat gegen das Anliegen ihrer Jungpartei. Mit 59 zu 49 Stimmen beschloss die Zürcher FDP schliesslich an ihrer Delegiertenversammlung nach emotionaler Diskussion die Ja-Parole. Die Bündner FDP äusserte sich an ihrer Delegiertenversammlung hingegen mit ähnlichem Stimmverhältnis ablehnend zur Volksinitiative. Sowohl Bündner wie auch Zürcher Wirtschaftsverbände lehnten das Volksanliegen klar ab. Gemäss der Zürcher Handelskammer und des Bündner Gewerbeverbands zahlt ein Grossteil der kleinen Betriebe keine Kirchensteuer, womit die Initiative in erster Linie Grossunternehmen entlasten würde. Darüber hinaus anerkenne man durchaus die Leistungen der Kirche für das Gemeinwesen. Im Kanton Zürich zahlte das Gewerbe 2012 über CHF 100 Mio. Kirchensteuern an die beiden grossen Zürcher Landeskirchen, womit diese 40% ihrer Ausgaben für gesamtgesellschaftliche Leistungen finanzierten. Unter diese nicht-kultischen Ausgaben in den Bereichen Bildung, Kultur und Soziales fallen auch die Auslagen für die Instandhaltung von Kirchen, Pfarrhäusern und Kirchgemeindehäusern. Detaillierte Angaben zu den Auslagen nach Posten wurden während des Abstimmungskampfes nicht bekannt. Nicht eingerechnet in die Auslagen der Kirchen ist hingegen die Freiwilligenarbeit. Gemäss Angaben im Abstimmungsbüchlein summiert sich diese allein für die evangelisch-reformierte Kirche im Kanton Zürich auf rund 1 Mio. Stunden jährlich.

Die Kirchensteuer für juristische Personen gelangte auch im Berichtsjahr auf die politische Agenda einzelner Kantone. In den Kantonen Graubünden und Zürich stehen Abstimmungen zu Volksinitiativen bevor, welche die Aufhebung dieser Steuer fordern. Darüber hinaus gab die Staatskanzlei des katholisch geprägten Kantons Nidwalden im Juni des Berichtsjahrs das Zustandekommen eines ähnlich lautenden Volksanliegens bekannt. Ende Jahr zogen die Initianten ihr Anliegen jedoch wieder zurück, mit der Begründung, im Moment könne im Kanton keine Mehrheit für das Begehren gefunden werden.

Die Regierung des Kantons Zürich änderte die Bestattungsverordnung und schuf damit für die Gemeinden die Möglichkeit, separate Gräberfelder für Angehörige ausserchristlicher Glaubensgemeinschaften einzurichten. Sie kam damit einem Wunsch strenggläubiger Muslime nach, die eine gemeinsame Bestattung mit Angehörigen anderer Religionen ablehnen. In einer gemeinsamen Medienmitteilung befürworteten der Evangelisch-Reformierte Kirchenrat und die Römisch-Katholische Zentralkommission diese Liberalisierung als wichtigen Beitrag für das friedliche Nebeneinander der verschiedenen Religionen und Kulturen. In Basel setzten die Landeskirchen je einen Muslimbeauftragten ein, um die gegenseitige Verständigung zu fördern und in Genf beschloss der Kantonsrat, ein entsprechendes Integrationsbüro einzurichten.

Der Regierungsrat des Kantons Zürich beantragte dem Kantonsrat, die vor Jahresfrist eingereichte Volksinitiative zur Trennung von Kirche und Staat ohne Gegenvorschlag zur Ablehnung zu empfehlen. Zuvor hatten sich schon die katholische Zentralkonferenz und die protestantische Synode dezidiert gegen die Initiative ausgesprochen. Im Kanton Aargau lehnten Regierung und Kirchen eine analoge Motion der SD ebenfalls ab.

Im Kanton Zürich wurde eine Volksinitiative auf Trennung von Kirche und Staat eingereicht. Offiziell wurde dabei der Grundsatz der Rechtsgleichheit angesprochen, gegen welchen der Staat, nach Ansicht der Initianten, durch die finanzielle Bevorzugung einzelner Religionsgemeinschaften verstösst. Dem rechtsbürgerlichen Initiativkomitee wurde allerdings unterstellt, dass es ihm in erster Linie darum gehe, die Kirchen über eine Schmälerung ihrer materiellen Basis politisch mundtot zu machen, da die engagierten Stellungnahmen kirchlicher Kreise zu Zeitfragen vielen bürgerlichen Kritikern schon lange ein Dorn im Auge seien. Die Kantonsregierung und die Landeskirchen sprachen sich gegen die Initiative aus. Gewissermassen als Gegengewicht zur Volksinitiative verlangte eine parlamentarische Initiative aus CVP-Kreisen, dass neben den drei Landeskirchen auch weiteren Religionsgemeinschaften die Möglichkeit einer öffentlichrechtlichen Anerkennung zu gewähren sei.

Die eskalierenden Spannungen im Bistum Chur veranlassten den Bundesrat nach Rücksprache mit den betroffenen Kantonsregierungen gegen Ende Jahr erstmals, in dieser Angelegenheit offiziell in Rom vorstellig zu werden. Der Sonderbotschafter beim Vatikan übermittelte dem Papst eine Botschaft, in welcher die Landesregierung der Sorge der sieben Bistumskantone (Graubünden, Glarus, Zürich, Uri, Schwyz, Ob- und Nidwalden) Ausdruck verlieh. Der Bundesrat bezog in der Intervention selber aber keine Stellung, da er die Affäre Haas nach wie vor als innerkirchliche Angelegenheit betrachtet.