Bei den Zürcher Regierungsratswahlen vom 15. April traten 5 der 7 Bisherigen noch einmal an: Ursula Gut (fdp), Rita Fuhrer (svp), Markus Notter (sp), Regine Aeppli (sp) und Hans Hollenstein (cvp). Die Sitze von Verena Diener (glp) und Ruedi Jeker (fdp) wurden frei. FDP und SVP bildeten zusammen ein Viererticket mit dem Namen „4 gewinnt“, dies mit dem Ziel, den Sitz von Diener zur SVP zu holen und damit gemeinsam die Mehrheit im Regierungsrat zu erringen. Die Kandidaten von SVP und FDP waren neben den bisherigen Regierungsrätinnen Fuhrer (svp) und Gut (fdp) Markus Kägi (svp) und Thomas Heiniger (fdp). Hans Hollenstein (cvp) wurde von FDP und SVP nicht unterstützt, weil er sich nicht zur Forderung nach Steuersenkungen bekennen wollte. Allerdings sympathisierten zahlreiche FDP-Kantonsräte mit Hollenstein und gehörten teilweise sogar dessen Unterstützungskomitee an, was zu einem Zwist mit der SVP führte. Hans Hollenstein (cvp) erhielt auch Unterstützung aus den Reihen der SP. Die SP beschränkte sich darauf, die Sitze ihrer beiden bisherigen Regierungsräte zu verteidigen und führte keinen starken Wahlkampf. Die Grünliberalen traten mit Martin Bäumle als Ersatz für Verena Diener an, die Grünen nominierten Martin Graf, Stadtpräsident von Illnau-Effretikon. Beide Kandidaten mussten viele Stimmen aus der bürgerlichen Mitte holen, um sich gegen Kägi (svp) oder Heiniger (fdp) durchsetzen zu können. Zudem konkurrenzierten sich Graf (gp) und Bäumle (glp) gegenseitig. Trotzdem schien das Rennen um die zwei freien Sitze im Regierungsrat lange relativ offen. Als chancenlos galten nur die Kandidaturen von Johannes Zollinger (evp) und Markus Alder (sd). Bei den Wahlen im April verfehlten Martin Graf (gp) und Martin Bäumle (glp) den Einzug in den Regierungsrat dann aber deutlich. Graf lag leicht vor Bäumle, beide erreichten das absolute Mehr, schieden aber als überzählig aus. Die fünf Bisherigen und die neuen Kandidaten von SVP und FDP, Markus Kägi (svp) und Thomas Heiniger (fdp), wurden gewählt. FDP und SVP erreichten damit ihr Ziel, die Mehrheit im Regierungsrat. Die Freisinnige Ursula Gut erzielte bei den Wahlen das beste Ergebnis vor Hans Hollenstein (cvp), dem die fehlende offizielle Unterstützung durch SVP und FDP nicht schadete. Am schlechtesten schnitt Rita Fuhrer (svp) ab. Die SP-Regierungsräte Markus Notter und Regine Aeppli wurden komfortabel gewählt. Dass Fuhrer (svp) und Kägi (svp) wesentlich schlechtere Resultate als ihre Kollegen aus der FDP erzielten, wies darauf hin, dass die SVP-Wähler die FDP-Kandidaten stärker unterstützt hatten als umgekehrt. Da als Ersatz für Verena Diener (glp) ein Mann gewählt wurde, stellen die Frauen mit einer Dreiervertretung nicht mehr die Mehrheit im Zürcher Regierungsrat.

Anfang Mai trat FDP-Regierungsrätin Dorothée Fierz nach starken Spannungen innerhalb der Kantonsregierung und dem Vorwurf der Amtsgeheimnisverletzung von ihrem Amt als Baudirektorin zurück. Aus der Vielzahl möglicher Kandidatinnen und Kandidaten verschiedener Parteien kristallisierten sich schliesslich Nationalrätin Ruth Genner (gp) und Ursula Gut (fdp) heraus. Während Ruth Genner von Beginn an als Kandidatin der Grünen feststand, taten sich die bürgerlichen Parteien mit der Auswahl lange schwer. Die SVP, deren Verhältnis zur FDP auch durch die Auseinandersetzungen rund um Dorothée Fierz getrübt war, brachte einige Kandidaten ins Spiel, bis sie sich ebenso wie die EDU zur Unterstützung der Freisinnigen Ursula Gut entschloss. EVP, CVP und die Grün-Liberalen Zürich (GliZ) entschieden sich zur Stimmfreigabe, die SP stellte sich hinter Ruth Genner. Ursula Gut und Ruth Genner führten einen sachbetonten Wahlkampf mit thematischen Schwerpunkten bei der kantonalen Finanzlage, der Flughafenerweiterung, dem Planungs- und Baugesetz und dem Ausländerstimmrecht. Dabei stellten sie ihre unterschiedlichen Positionen klar heraus und die Zürcherinnen und Zürcher vor eine Richtungswahl, die zugleich über das Fortbestehen der bürgerlichen Mehrheit im Regierungsrat (2 SP, 1 GliZ, 1 CVP, 2 FDP, 1 SVP) entschied. Bei einer Wahlbeteiligung von lediglich 28% fiel die Entscheidung deutlich aus: 56,6% stimmten für Ursula Gut und 42,1% für Ruth Genner. Damit konnte die FDP ihren frei gewordenen Sitz im Zürcher Regierungsrat verteidigen.

Ende September 2004 erklärte Finanzdirektor Christian Huber (svp) überraschend seinen Rücktritt. Weil er als Regierungsrat verschiedentlich Positionen habe vertreten müssen, die von der Haltung seiner Partei abwichen, sei er bei Mitgliedern der Parteileitung nicht nur auf kantonaler, sondern auch auf eidgenössischer Ebene auf Unverständnis gestossen und persönlich diffamiert worden. Noch bevor die SVP Nationalrat Toni Bortoluzzi als Kandidaten für die Nachfolge nominierte, schickte die CVP den Winterthurer Stadtrat (Exekutive) Hans Hollenstein ins Rennen, dem es 2003 nur knapp nicht gelungen war, den Sitz des damals zurückgetretenen Ernst Buschor (cvp) zu verteidigen. Als dritte Kandidatin bewarb sich die Parteipräsidentin der Grünen Schweiz, Ruth Genner, um das Amt. Während sich die FDP nach einigem Zögern für den Kandidaten der SVP aussprach, unterstützten SP, EVP und die von den Grünen abgesplitterten Grün-Liberalen Zürich (GLiZ) den Christlichdemokraten; damit anerkannten sie den Anspruch der Bürgerlichen auf den Regierungssitz, wollten der SVP aber für ihre Oppositionspolitik im Kantonsrat einen Denkzettel verpassen.

Im ersten Wahlgang von Ende Februar erreichte niemand das absolute Mehr. Bei einer Wahlbeteiligung von 33,6% konnte Hans Hollenstein (cvp) am meisten Stimmen auf sich vereinen (45%; der Wähleranteil der CVP beträgt 6,5%); er liess damit den Vertreter der stärksten Partei im Kanton (Wähleranteil: 30,3%), Toni Bortoluzzi (svp), hinter sich – dies sogar in dessen eigenem Bezirk Affoltern – Bortoluzzi erreichte 38% der Stimmen. Ruth Genner (gp) erhielt 14% der Stimmen und trat für den zweiten Wahlgang nicht mehr an. Aufgrund seines enttäuschenden Resultats gab auch Bortoluzzi seinen Verzicht bekannt. Für die Stichwahl nominierte die SVP den Klotener Stadtpräsidenten Bruno Heinzelmann. Im April wählten Zürcherinnen und Zürcher bei einer Stimmbeteiligung von 35,7% Hans Hollenstein (cvp) zum Nachfolger von Christian Huber (svp). Hollenstein, den nun auch die Grünen unterstützt hatten, erzielte fast doppelt so viele Stimmen (65%) wie Heinzelmann (34%), der trotz höherer Wahlbeteiligung weniger Stimmen erhielt als Bortoluzzi im ersten Gang. Damit gelang es der CVP, den 2003 verlorenen Sitz wieder zurückzuerobern, während die SVP nur noch mit einem Mitglied in der Zürcher Regierung vertreten ist; diese besteht nun aus 2 FDP, 2 SP, 1 CVP, 1 GLiZ und 1 SVP.