Als Reaktion auf die Vernehmlassung wurde in den Medien anfänglich insbesondere der sogenannte «Plan C», der Vorschlag der CVP zur Aufteilung der Reform, diskutiert. Eva Herzog (BS, sp) erklärte als Vizepräsidentin der FDK, dass die Kantone eine Aufteilung der Reform nicht goutieren würden. Da nicht alle von ihnen die Gewinnsteuern beliebig senken könnten, seien spezifische Steuerinstrumente wie die Patentbox und die zinsbereinigte Gewinnsteuer vonnöten. Ausführlich debattiert wurde auch die Problematik des Zeitdrucks. Im Dezember 2017 war bekannt geworden, dass die EU die Schweiz auf die sogenannte «graue Liste» der steuerlich nicht konformen Drittstaaten gesetzt hatte. Würden die verpönten Privilegien nicht bis Ende 2018 abgeschafft, wozu sich die Schweiz 2014 verpflichtet hatte – jedoch ohne einen zeitlichen Rahmen zu nennen –, seien Sanktionen durch die EU-Mitgliedstaaten möglich. Ebenfalls verstärkt wurde der Zeitdruck durch den internationalen Trend zur Senkung der Unternehmenssteuern – besonders prominent in den Medien behandelt wurde der Entscheid der USA, die Konzerngewinnsteuern per 1. Januar 2018 von 35 auf 20 Prozent zu senken. Die Schweiz müsse somit bezüglich Unternehmenssteuern möglichst rasch Rechts- und Planungssicherheit schaffen, erklärte zum Beispiel Eva Herzog. Dem pflichtete auch Finanzminister Maurer bei: Falls möglich sei die SV17 in nur zwei Sessionen vom Parlament zu verabschieden. Man müsse zudem darum besorgt sein, dass kein Referendum gegen das Gesetz ergriffen werde. Dadurch könnten erste Massnahmen anfangs 2019, der Hauptteil des Gesetzes anfangs 2020 in Kraft treten.
Inhaltlich wurde in den Medien insbesondere über die Massnahmen zur sozialen Kompensation diskutiert. Die Vernehmlassungsteilnehmenden hatten sich mit der Erhöhung der minimalen Kinderzulagen nicht zufrieden gezeigt. Der Vorschlag sei sachfremd und habe auch mit Sozialpolitik nichts zu tun, war zum Beispiel in der NZZ zu lesen. Als Alternative hatten TravailSuisse und Centre Patronal in der Vernehmlassung die Einführung eines Vaterschaftsurlaubs – wie ihn ihre Initiative vorsieht – vorgeschlagen. Ein Vaterschaftsurlaub von 20 Tagen, bezahlt über die Erwerbsersatzordnung, in die Arbeitgeber und Arbeitnehmer je 0.0275 Lohnprozente zusätzlich zu bezahlen hätten, würde gemäss Adrian Wüthrich (BE, sp), Präsident der TravailSuisse, einen regelrechten «Referendumsblocker» darstellen. Der Vorschlag fand in den Medien jedoch kaum Anklang: Jean-François Rime (svp, FR) zum Beispiel betonte als Präsident des Gewerbeverbandes, dass durch eine solche Regelung die SV17 den KMU nur noch mehr Nachteile bringen würde. Auch die SP zeigte sich mit dem Vorschlag nicht zufrieden: Man unterstütze zwar einen Vaterschaftsurlaub, dieser müsse jedoch nicht in Kombination mit der Steuervorlage 17 eingeführt werden, erklärte SP-Vizepräsident Beat Jans (sp, BS). Auch Pirmin Bischof (cvp, SO) schlug eine alternative Massnahme zur sozialen Kompensation vor: Der Bund solle den Kantonen Geld für soziale Massnahmen bezahlen, die Kantone sollen aber selbst entschieden können, für welche sozialen Zwecke sie dieses Geld einsetzten.
Die grössten Chancen schrieben die Medien gemeinhin einer Korrektur des Kapitaleinlageprinzips (KEP) zu: In der Unternehmenssteuerreform II war eine Möglichkeit für Unternehmen geschaffen worden, Kapitaleinlagen an die Aktionäre zurückzuzahlen, ohne dass diese verrechnungs- oder einkommenssteuerpflichtig sind – was faktisch eine steuerfreie Auszahlung von Dividenden bedeutet. Dadurch entstehen dem Bund, wie eine Schätzung der ESTV zeigte, Steuerausfälle zwischen CHF 400 Mio. und CHF 600 Mio. pro Jahr, wobei Neuzuzüge nicht berücksichtigt sind. Werden diese eingerechnet, geht die ESTV trotz mangelnder Daten davon aus, dass die Steuerausfälle durch eine Steigerung des BIP und der Steuereinnahmen kompensiert werden können. Eine Korrektur des KEP sei im Parlament nicht chancenlos, erklärte zum Beispiel der Tages-Anzeiger, zumal Pirmin Bischof 2011 mit seiner Motion (Mo. 11.3462), die ebenfalls eine Einschränkung des KEP gefordert hatte, nur knapp gescheitert war. Sollte es dadurch gelingen, die SP ins Boot zu holen und von der Ergreifung eines Referendums abzubringen, wäre das womöglich für die Bürgerlichen ein gangbarer Weg, war mehrfach zu lesen. Beat Jans zumindest nannte die Korrektur des KEP «eine der wichtigsten Massnahmen» zur Findung eines Kompromisses bei der Steuervorlage 17. Andererseits befürchtete zum Beispiel Hannes Germann (svp, SH), dass eine solche Regelung grosse Verunsicherung bei den Unternehmen, insbesondere bei denjenigen, die unter anderem aufgrund der bestehenden Regelung zum KEP in die Schweiz gekommen waren, auslösen würde.
Thematisiert wurden in den Medien schliesslich auch Auswirkungen auf die NFA: Um Verzerrungen in der NFA durch Änderungen der Unternehmenssteuern zu verhindern, muss das Gewicht der Unternehmenssteuern im Finanzausgleich reduziert werden. Dies soll in der NFA zu Verschiebungen in zwei- bis dreistelliger Millionenhöhe führen, wovon gemäss Berechnungen des Tages-Anzeigers mit Zahlen der Finanzverwaltung vor allem Geberkantone profitierten. Die Nehmerkantone würden demnach deutlich weniger erhalten als bisher, teilweise seien ihre Verluste in der NFA sogar grösser als die zusätzlichen Einnahmen durch die Erhöhung des Kantonsanteils. Um diese Problematik abzuschwächen, enthält die SV17 einen Ergänzungsbeitrag für ressourcenschwache Kantone in der Höhe von CHF 180 Mio., der aus dem auslaufenden Härteausgleich finanziert wird und die Situation der betroffenen Kantone während sieben Jahren verbessert.

Im März 2018 präsentierte der Bundesrat schliesslich seine Botschaft zur Steuervorlage 17. Dabei nahm er nur eine gewichtige Änderung gegenüber der Vernehmlassungsvorlage vor: Er steigerte den Kantonsanteil an den direkten Steuern von 20.5 Prozent auf 21.2 Prozent, wie es unter anderem die Kantone in der Vernehmlassung deutlich gefordert hatten. Überrascht zeigten sich die Medien vor allem darüber, dass der Bundesrat trotz breiter Forderungen auf eine Einführung der zinsbereinigten Gewinnsteuer verzichtete. Die Version der Steuervorlage 17, die der Bundesrat dem Parlament zur Beratung vorlegte, beinhaltete somit als Ausgleich zur Abschaffung der Steuerprivilegien für Statusgesellschaften eine Steigerung des Kantonsanteils an den direkten Bundessteuern von 17 auf 21.2 Prozent, was den Kantonen CHF 990 Mio. pro Jahr einbringt und es ihnen erlauben soll, ihre Gewinnsteuern zu senken. Ressourcenschwache Kantone erhalten im Rahmen der NFA zudem während sieben Jahren zusätzlich CHF 180 Mio. Die Kantone führen obligatorisch Patentboxen für in der Schweiz patentierte Erfindungen sowie fakultativ einen Steuerabzug von maximal 50 Prozent auf in der Schweiz getätigte Forschung und Entwicklung ein. Im Vergleich zur Unternehmenssteuerreform III wird auf die stark umstrittene zinsbereinigte Gewinnsteuer verzichtet. Die Steuerabzüge dürfen zusammen nicht mehr als 70 Prozent des steuerbaren Gewinns ausmachen (USR III: 80%). Ebenfalls im Unterschied zur USR III wird eine Gegenfinanzierung durch die Unternehmen eingeführt: Die Dividendenbesteuerung wird beim Bund auf 70 Prozent (Status Quo: 60%) und bei den Kantonen auf mindestens 70 Prozent erhöht (Status Quo: zwischen 35% und 70%). Zudem werden als sozialpolitische Kompensation die Mindestvorgaben für die Kinder- und Ausbildungszulage um CHF 30 auf CHF 230 respektive CHF 280 erhöht. Im Unterschied zum abgelehnten Vorschlag der USR III enthält die Steuervorlage 17 somit deutlich weniger neue Steuerprivilegien sowie eine Erhöhung der Dividendenbesteuerung und der minimalen Kinderzulagen. Infolgedessen weist diese Version der SV17 eine gewisse Ähnlichkeit mit dem kurz nach Ablehnung der USR III als «Plan B» bezeichneten Szenario auf.
Die Voto-Analyse zur USR III hatte gezeigt, dass die Stimmbürger sich insbesondere auch vor den unsicheren Konsequenzen der Vorlage gefürchtet hatten. Aus diesem Grund hatte Bundesrat Maurer die Kantone im Rahmen der SV17 beauftragt, ihm ihre Reformpläne mitzuteilen, so dass diese bei der Berechnung der finanziellen Auswirkungen ebenfalls berücksichtigt werden können. Ausser den Kantonen Obwalden, Luzern und Appenzell-Ausserrhoden, die schon über tiefe bis rekordtiefe Gewinnsteuern verfügen, gaben alle Kantone an, eine Reduktion ihrer Gewinnsteuern zu planen. In 17 Kantonen sollen die Gewinnsteuern sogar unter 14 Prozent gesenkt werden, wodurch diese gemäss Tages-Anzeiger weltweit zu den steuergünstigsten Standorten gehören würden. Durchschnittlich planen die Kantone, ihre Gewinnsteuern von 19.6 auf 14.5 Prozent zu senken. Dies bringe gemäss Berechnungen, welche die ESTV als Grundlage für die bundesrätliche Botschaft vorgenommen hatte, jährliche statische Kosten von CHF 1.8 Mrd. mit sich: CHF 700 Mio. auf Bundes- und CHF 1.1 Mrd. auf Kantonsebene. Diese Schätzung ergänzte die ESTV durch dynamische Elemente wie steigende Investitionsvolumen der Unternehmen durch die tieferen Steuern, Standortverlagerungen verschiedener Unternehmen in die Schweiz oder die Umleitung von Gewinnen in die Schweiz und erstellte 40 Szenarien zur Entwicklung der Einnahmen von Bund, Kantonen und Gemeinden. Im schlechtesten Szenario wird der Bund auch langfristig Verluste von CHF 1 Mrd. pro Jahr einfahren. Im mittleren Szenario, das Finanzminister Maurer präsentierte, werden durch die SV17 langfristig Mehreinnahmen von CHF 1.4 Mrd. pro Jahr generiert, im besten Szenario sogar Mehreinnahmen von CHF 6 Mrd. Ab wann genau diese positiven Effekte eintreten, ist unsicher; kurz- und mittelfristig rechnet die ESTV im mittleren Szenario jedoch mit Mindereinnahmen in der Höhe von CHF 2.5 Mrd. jährlich.
Diese Schätzungen wurden von mehreren Seiten kritisiert, da sie neben Annahmen zu den Reaktionen der Unternehmen auch auf Annahmen zu Gewinnsteuersätzen und Steuerprivilegien im Ausland beruhen. Zudem gehe die Studie gemäss Gewerkschaftsbund davon aus, dass die staatliche Bildung irrelevant sei oder nicht von der Steuerreform beeinflusst werde. Sie berücksichtige den kantonalen Steuerwettbewerb nicht und überschätze die Kosten einer Ablehnung der SV17 – diese werden von der Studie im mittleren Szenario auf CHF 9 Mrd. geschätzt. Finanzminister Maurer nannte die Studie «wissenschaftlich erhärtet», aus Zeitgründen sei sie jedoch nicht von Externen überprüft worden. Was die Studie gemäss SGB jedoch gut aufzeige, sei, dass die Steuerbelastung für bisher «normal» besteuerte Unternehmen – für inlandorientierte KMU, wie es die NZZ erklärte – deutlich sinke, während sie für die bisher steuerprivilegierten Firmen – für internationale Grosskonzerne – steige.

Unmittelbar nach dem Nein der Stimmbevölkerung zur Unternehmenssteuerreform III an der Urne betonten sowohl Gewinner als auch Verlierer die Wichtigkeit des Projektes und die Dringlichkeit einer neuen Vorlage. Einig war man sich mehr oder weniger darüber, dass kein kompletter Neubeginn nötig sei, sondern dass man entsprechend dem sogenannten Plan B auf der bisherigen Vorlage aufbauen könne. Bezüglich der effektiven Ausgestaltung der neuen Vorlage gingen die Meinungen aber weit auseinander. So meldeten sich zahlreiche Parteien, Verbände und Interessenorganisationen mit eigenen Positionspapieren, Eckpunkten und Vorschlägen zu Wort, darunter der Gewerbeverband, die SP oder auch die kantonalen Finanzdirektoren zusammen mit den Städte- und Gemeindevertretern.

Die neue Steuerungsgruppe von Finanzminister Maurer, welche mit Eva Herzog (BS, sp), Serge Dal Busco (GE, cvp), Heinz Tännler (ZG, svp) und Benedikt Würth (SG, cvp) vier Vertreterinnen und Vertreter der Finanzdirektorenkonferenz (FDK) umfasste, präsentierte Ende Mai – und somit in Rekordzeit – die Eckwerte der neuen, als „Steuervorlage 17” betitelten Vorlage. Diese hatte sich am Vorbild des Kantons Waadt orientiert, dem es durch ein soziales Abfedern der Steuerausfälle durch höhere Kinderzulagen gelungen war, sowohl bei der kantonalen Vorlage zur Umsetzung der Unternehmenssteuerreform III als auch bei der entsprechenden nationalen Vorlage an der Urne eine Mehrheit zu erzielen. Entsprechend beschränkte sich der Vorschlag der Steuerungsgruppe nicht nur auf eine Reduktion der den Kantonen zur Verfügung stehenden Entlastungsmassnahmen: eine engere Fassung des Patentabzugs sowie des Abzugs für Forschung und Entwicklung, ein Verzicht auf die Möglichkeit zur Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer sowie vor allem eine Beschränkung der maximalen Steuerentlastung durch die neuen Steuerabzüge auf 70 Prozent anstelle von zuvor 80 Prozent. Vielmehr verstärkte die Steuerungsgruppe mit der Steigerung der Dividendenbesteuerung von 60 auf 70 Prozent auch die Gegenfinanzierung und sorgte mit der von der SP geforderten Erhöhung der Kinderzulagen um CHF 30 für eine Entlastung der Familien. Zusätzlich wurden durch die Aufnahme einer Klausel zur ausdrücklichen Berücksichtigung von Städten und Gemeinden auch deren Bedenken berücksichtigt. Ansonsten übernahm die Steuervorlage 17 die Bestimmungen aus dem Unternehmenssteuerreformgesetz III, insbesondere bezüglich der Abschaffung der kritisierten Steuerprivilegien sowie bezüglich der Kompensation der Kantone durch eine Steigerung des Kantonsanteils an den Bundessteuern von 17 Prozent auf 21.2 Prozent.

Kurz darauf präsentierte der Bundesrat die neue Vorlage, die weitgehend auf dem Vorschlag der Steuerungsgruppe beruhte. Einen entscheidenden Unterschied wies die bundesrätliche Vorlage jedoch auf: Sie sah vor, den Kantonsanteil an den Bundessteuern nur auf 20.5 Prozent zu steigern, wodurch die Kantone anstelle von der ursprünglich vorgesehenen CHF 1 Mrd. noch CHF 820 Mio. erhalten würden. Entsprechend empört zeigten sich die Kantone von dieser Klausel, zumal sie in der kurzen Diskussion dazu in der Steuerungsgruppe keinerlei Anklang gefunden hatte, wie Heinz Tännler und Benedikt Würth erklärten. Die Kantone waren jedoch nicht als Einzige unzufrieden mit dem bundesrätlichen Vorschlag: Die SP und die Gewerkschaften hiessen zwar die Richtung der Verbesserungen gut, befürchteten jedoch, dass die Kantone ihre Unternehmenssteuern dadurch trotzdem stark senken würden. Zudem sollten die Kinderzulagen und die Dividendenbesteuerung stärker erhöht werden. Der Gewerbeverband sorgte sich aufgrund der steigenden Dividendenbesteuerung um die Zukunft der KMU, während die internationalen Grosskonzerne davon nicht stark betroffen seien. Kritisch beurteilte der Finanzdirektor des Kantons Zürich, Ernst Stocker (ZH, svp), vor allem den Verzicht auf die zinsbereinigte Gewinnsteuer. Da sich der Kanton Zürich in einer speziellen Situation befindet, indem er besonders stark von der Abschaffung der alten Steuerprivilegien betroffen ist, sich gleichzeitig aber keine grosse Senkung der ordentlichen Gewinnsteuersätze leisten kann, ist er stark auf den Eigenkapitalzinsabzug angewiesen. Anfangs September 2017 schickte der Bundesrat die Vorlage schliesslich in die Vernehmlassung, während der die interessierten Kreise bis Dezember 2017 die Möglichkeit haben, ihre Kritik anzubringen.

Im Februar erteilte das Bundesamt für Umwelt (Bafu) die definitive Bewilligung zur Aussaat von gentechnisch verändertem Weizen auf dem Gelände der Forschungsanstalt Agroscope in Reckenholz (ZH). Das Bafu hatte die Versuche bereits im September 2007 mit etlichen (Sicherheits-)Auflagen genehmigt. Die Forschenden der ETH und der Universität Zürich wurden aber damals verpflichtet, noch weitere Informationen zu den gentechnisch veränderten Pflanzen einzureichen. Im Anschluss an die definitive Bewilligung des Bafu reichten zwölf gentechkritische Verbände – darunter Greenpeace, Pro Natura, Bio Suisse, die Stiftung für Konsumentenschutz sowie die Ärztinnen und Ärzte für Umweltschutz – beim Uvek eine Aufsichtsbeschwerde ein. Sie forderten Bundesrat Leuenberger dazu auf, die Bewilligung für den Freisetzungsversuch bis auf weiteres zu sistieren.

Evoquée par les autorités zurichoises, Moritz Leuenberger a défini, de concert avec les représentants du canton de Zurich, de l’aéroport de Zurich, de Skyguide et de l’OFAC, les prochaines étapes et la répartition des compétences dans le cadre des travaux de planification relatifs à la procédure d’approche coudée par le nord de Zurich. Les appareils longeraient, survolant le territoire suisse, la frontière sud de l’Allemagne puis bifurqueraient quelques kilomètres avant l’atterrissage pour s’aligner sur l’axe de la piste. Cette solution constituerait une nouveauté absolue et dérogerait aux prescriptions internationales. Elle exige de ce fait une analyse approfondie de la sécurité, ainsi que de la répartition des flux de trafic, de la redéfinition de la structure de l’espace aérien et des capacités que permettrait un tel concept. L’aéroport de Zurich a indiqué travailler également à l’élaboration d’une approche coudée à vue, qui pourrait être introduite à titre de solution transitoire. Les cantons d’Argovie, de Schaffhouse et de Thurgovie ont renouvelé leurs réticences à l’encontre de l’approche coudée par le nord. (Voir aussi ici.)

Le Tribunal administratif de Mannheim a débouté pour la seconde fois Swiss et Unique. Il a rejeté les arguments des plaignants (réduction de capacité d’un tiers de l’aéroport et retards en cascade) et confirmé les nouvelles restrictions de vols. Malgré cet échec, l’aéroport de Kloten restait convaincu de la viabilité des mouvements par le nord. Il plaidait pour une approche coudée au nord en bordure de la frontière. La ville de Zurich, le parlement et le gouvernement du Canton de Zurich militaient aussi dans ce sens. Suite aux réticences des adversaires des approches par le sud, Moritz Leuenberger a exigé leur réexamen. L’Office fédéral a levé les craintes en concluant (L’OFAC a approuvé en juin les procédures d’approches sur la base d’une première analyse. L’examen de sécurité effectué par Skyguide était en cours), à l’image des autres études réalisées par l’aéroport, le DETEC et Skyguide, que celles-ci étaient sûres. Répondant à un mandat donné par Markus Mohler, le délégué à la sécurité auprès du DETEC, une entreprise anglaise spécialisée a procédé à une analyse, fin septembre, pour s’assurer que les examens de sécurité s’étaient déroulés en parfaite conformité avec les normes déterminantes de l’aviation civile internationale. L’OFAC et Skyguide ont édicté certaines mesures d’accompagnement à cet effet. Quelques jours après l’annonce de l’OFAC, la réussite de l’ultime contrôle de sécurité effectué par Skyguide a définitivement avalisé les approches par le sud. A partir du 30 octobre, les approches ont été faites par le sud le matin, entre 6 et 7 heures les jours ouvrables, et entre 6 et 9 heures les week-ends et jours fériés. Les avions ont atterri depuis l’est le soir dès 21 heures les jours ouvrables et dès 20 heures les week-ends et jours fériés. En cas de conditions météorologiques normales, cela représente 20 à 60 approches par le sud (respectivement les jours ouvrables et les week-ends) et de 6 à 28 approches par l’est.

Les juges allemands du Tribunal administratif de Mannheim ont rejeté la plainte de Swiss et de l’aéroport de Zurich (Unique) à l’encontre des restrictions de survol du sud de l’Allemagne. Les plaignants y voyaient une entrave au développement de l’aéroport et de sa principale compagnie Swiss. Le Tribunal de Mannheim a expliqué que les restrictions étaient valables pour toutes les compagnies et que la liberté du trafic aérien n’était pas violée. Les entretiens exploratoires entre Moritz Leuenberger et son homologue allemand, Manfred Stolpe, n’ont pas permis de rapprocher les points de vue. L’hostilité zurichoise et la fermeté du Bade-Wurtemberg, qui n’était pas disposé à faire des concessions sur la réglementation des vols du week-end, ont eu raison des tentatives de renégociation de l’accord aérien entre la Suisse et l’Allemagne. Au plan national, la fronde d’opposition zurichoise (Unique, Swiss et les autorités cantonales zurichoises) a réussi à peser sur la CEATE-CE, puis sur le Conseil des Etats afin qu’il donne le coup de grâce à l’accord aérien. Avec 30 voix contre 13 (5 PS, 4 PRD, 3 PDC et 1 UDC), les élus bourgeois ont enterré le traité, le jugeant discriminatoire et préjudiciable à la Suisse. Les critiques bourgeoises ont porté sur le fait que l’accord reposait sur des mouvements d’avions et non sur des normes de bruit. Aucun aéroport allemand ne devait respecter des directives aussi strictes que celles prévues pour Kloten.