Le Conseil des Etats s'empare de la modification de la loi sur la chasse, d'après un projet du Conseil fédéral retravaillé en quelques points par la CEATE-CE, qui a mené les auditions avec divers acteurs impliqués dans ces questions. Ce projet répond notamment à divers objets parlementaires acceptés par les chambres, dont les motions Engler (pdc, GR) 14.3151, Fournier (pdc, VS) 10.3264, et Landolt (pbd, GL) 14.3830 ainsi que le postulat Landolt 14.3818 et l'initiative cantonale thurgovienne 15.300. De l'aveu même du rapporteur de la commission Roland Eberle (udc, TG), le point le plus important de cette révision est le nouvel article 7a qui concerne la régulation des espèces protégées dont fait partie le loup. Mais, cette modification contient toute une série d'autres points, dont le soutien financier de la Confédération en cas de dégâts engendrés par les castors, le changement du terme «district franc» en «sites de protection de la faune sauvage» ainsi que l'adaptation des périodes temporelles de chasse et des espèces protégées ou non. Le sénateur Eberle précise également qu'une minorité Cramer (verts, GE) souhaite le renvoi du projet au Conseil fédéral, celle-ci le trouvant trop peu équilibré et critiquant la délégation de compétences aux cantons en ce qui concerne la régulation du loup. A cela s'ajouterait une discussion émotionnelle quant à ce grand prédateur, les chiffres disponibles concernant le nombre de moutons tués par le loup étant dérisoires en comparaison au nombre de moutons mourant chaque année d'autres causes. Robert Cramer estime, de plus, que la révision proposée ne va pas dans le sens d'une augmentation de la protection des mammifères, contrairement à l'intitulé de la présente loi («loi fédérale sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages»).
Bien qu'admettant que les préoccupations autour du loup sont légèrement exagérées au vu des chiffres le concernant, la conseillère fédérale Doris Leuthard, considère que ce débat très émotionnel doit trouver une issue. Les loups s'approchent de plus en plus des zones habitées et il s'agit de garantir la sécurité de la population d'une part, tout en prenant des mesures pour limiter l'ampleur des dégâts engendrés d'autre part. De plus, elle estime que cette révision est équilibrée, bien qu'elle ne soit pas d'accord avec tous les points modifiés par la commission compétente. Elle précise que l'ajout de l'article 7a sur la régulation des espèces protégées respecte la Convention de Berne, les autorités ayant utilisé la marge de manœuvre à disposition. Pour cela, le Conseil fédéral va déposer auprès du Conseil de l'Europe une demande de rétrogradation du statut du loup, qui passerait de «strictement protégé» à «protégé».
Lors du vote, la proposition de la minorité – à savoir, renvoyer le projet au Conseil fédéral – est rejetée par 29 voix contre 14, permettant la discussion par article. Ainsi est accepté par une courte majorité – 22 voix contre 19 – le remplacement du terme «districts francs» par «sites de protection de la faune sauvage», la minorité redoutait que ce changement n'ouvre la porte à plus de restrictions dans ces zones. La proposition de la minorité concernant l'article 4 (biffer les propositions du Conseil fédéral et le conserver tel qu'existant) passe la rampe par 24 voix contre 19. Ainsi, contrairement à ce que souhaitait le Conseil fédéral, il ne sera pas demandé aux cantons une reconnaissance mutuelle du permis de chasse, leur laissant la liberté de le faire ou non.
Aux articles 5 et 7 alinéa 2 et 3, toute une série de modifications ont été apportées quant aux diverses listes des périodes de chasse et des animaux concernés. Les propositions de la commission ont toutes trouvé l'approbation des sénateurs et sénatrices à l'exception de l'alinéa 7 de l'article 5, pour lequel la proposition de la minorité Rieder (pdc, VS) introduisant la non-possibilité de recours en cas de décision de la part des autorités cantonales de tir d'un animal pouvant être chassé. Le nerf de la guerre se situait à l'article 7a. En effet, comme souligné par le rapporteur de la commission, une majorité de celle-ci souhaite rajouter au projet du Conseil fédéral d'autres espèces protégées que seul le loup. La chambre haute accepte donc l'ajout du castor et du lynx, en plus du loup (pour qui la période de chasse est rallongée) et du bouquetin initialement inclus dans le projet du Conseil fédéral dans la liste des animaux protégés pouvant être régulés.
Pour l'article 11, il a été décidé de suivre la minorité qui proposait de rendre l'abattage des loups, en plus de celui des bouquetins, possible dans les districts francs, l'argument invoqué par Beat Rieder faisant mouche. Le sénateur fait remarquer que les loups s'adapteraient à la situation et resteraient dans ces zones intouchables, bien que, comme rappelé par Doris Leuthard, le plus grand district franc qui existe actuellement en Suisse est plus petit que le territoire utilisé par un loup. Parmi les autres modifications votées par le Conseil des Etats, se trouve l'article 11a, qui donne à la Confédération la tâche, d'entente avec les cantons, de désigner des corridors faunistiques suprarégionaux permettant de relier la faune sauvage sur un vaste périmètre. Finalement, plusieurs mesures ont été rajoutées dans la loi en ce qui concerne la gestion des dégâts engendrés par les animaux sauvages (en particulier les grands prédateurs et le castor).
Au vote sur l'ensemble, les différentes modifications de la loi sur la chasse ont été approuvées par 28 voix contre 14 et 2 abstentions.
A la suite de l'acceptation de ces modifications, les milieux écologistes ainsi que les Verts ont fait savoir qu'ils allaient s'emparer du référendum afin de combattre ce qu'ils considèrent être une politique de «suppression des nuisibles». Les médias, quant à eux, présentent ce débat comme une confrontation entre deux visions: celle des urbains souhaitant protéger les grands prédateurs et la biodiversité contre celle des montagnards voulant contrôler les espèces présentes sur leur territoire.

Le Conseil fédéral souhaite restructurer Agroscope, comme il l'a fait savoir lors d'une conférence de presse organisée sous la pression des médias ayant eu vent de ses plans. Quelques 600 places de travail seraient ainsi touchées – soit la moitié des emplois –, une réduction des coûts de l'ordre de 20% étant planifiée principalement dans le domaine des charges opérationnelles. A cela s'ajoute la volonté de centraliser le gros des activités à Posieux dans le canton de Fribourg, alors qu'Agroscope s'étend actuellement sur douze sites répartis dans toute la Suisse. Le front d'opposition contre les plans du Conseil fédéral est large. Premiers touchés, les sites concernés par un éventuel transfert vers Posieux, tels que Tänikon dans le canton de Thurgovie, se dressent avec véhémence contre cette centralisation. Les élu.e.s de Thurgovie font remarquer que la Confédération vient d'investir dans ce pôle de recherche dans le cadre du projet «Swiss Future Farm» et font part de leur incompréhension, d'autant plus que des accords entre le canton et la Confédération ont été conclus en 2016 afin de maintenir les 100 places de travail à Tänikon; accords que la Confédération devrait donc rompre, comme l'explique le conseiller d'Etat thurgovien Walter Schönholzer (TG, plr). De plus, les élu.e.s de ce canton font remarquer que les conditions climatiques sont autres entre Fribourg et la Thurgovie, insistant de ce fait sur l'importance d'une recherche au niveau local. La conseillère aux Etats Brigitte Häberli-Koller (pdc, TG) s'est emparée de cette question en posant une série de questions au Conseil fédéral sur cette centralisation via une interpellation (18.3375). De plus, un interpellation d'urgence a été déposée par des député.e.s du parlement cantonal, texte demandant aux autorités cantonales de faire pression sur le Conseil fédéral afin de sauvegarder le centre de recherche. Porté par son parlement, Walter Schönholzer en appelle aux cantons voisins afin de s'opposer à cette restructuration, notamment à Zurich. La réaction y est, par ailleurs, semblable là-bas, 70 député.e.s de tous bords ayant signé un postulat d'urgence afin que le gouvernement zurichois fasse pression sur les autorités fédérales pour que les centres de recherche de Zürich-Reckenholz et Wädenswil soient maintenus. Cette fronde s'étend également en Romandie, qui accueille plusieurs pôles d'Agroscope, entre autres à Chagin, en Valais, mais également à Avenches avec le Haras national – le centre de recherche équin. Concernant ce dernier, le Conseil et observatoire suisse de la filière du cheval (COFICHEV) redoute un morcellement des activités du Haras en cas de baisse du budget; l'institution ayant, par ailleurs déjà subit des restructurations ces dernières années.
Lors de la deuxième rencontre du comité de projet externe – regroupant toute une série d'acteurs concernés – quant au futur d'Agroscope, Johann Schneider-Ammann a eu l'occasion de rappeler les objectifs visés par cette restructuration: à savoir, renforcer la recherche agricole suisse en réduisant les coûts liés aux infrastructures et en focalisant les domaines de recherche. Les cantons ayant participé à la rencontre ont ainsi pu exprimer leurs craintes concernant la centralisation de la recherche.