In seiner Botschaft zur Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“ und zum direkten Gegenentwurf (Bundesbeschluss über Finanzierung und Ausbau der Eisenbahninfrastruktur FABI) vom Januar 2012 beantragte der Bundesrat dem Parlament, die Volksinitiative Volk und Ständen zur Ablehnung und den direkten Gegenentwurf zur Annahme zu empfehlen. Der Bundesrat wies in der Botschaft auf die Finanzierungslücke von bis zu CHF 500 Mio. pro Jahr hin, welche durch den notwendigen Ausbau, die Inbetriebnahme von neuen Projekten (Durchmesserlinie Zürich, NEAT Gotthard und Ceneri, CEVA (Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse) Genf) sowie durch den Unterhalt der immer stärker belasteten Infrastruktur anfalle. Neue Ausbauvorhaben wurden auf weitere CHF 500 Mio. pro Jahr geschätzt und der mittelfristige finanzielle Bedarf auf rund CHF eine Milliarde pro Jahr veranschlagt. Zudem verursachten Verzinsung und Rückzahlung des FinöV-Fonds ab 2019 jährlich Kosten von CHF 600-700 Mio. Der befristete FinöV-Fonds solle in den neuen, unbefristeten Bahninfrastrukturfonds BIF überführt werden. Der BIF solle künftig Betrieb, Unterhalt und Ausbau des Bahn- und Agglomerationsverkehrs finanziell tragen. Zu den Finanzierungsinstrumenten des BIF gehören die Quellen des FinöV (zwei Drittel der LSVA-Erträge, ein Mehrwertsteuerpromille sowie befristete Mittel aus der Mineralölsteuer), die ordentlichen Mittel des Bundeshaushalts für Betrieb und Erhaltung der Bahninfrastruktur sowie drei neue Instrumente: Mehreinnahmen aus der direkten Bundessteuer (aus dem verkleinerten Fahrkostenabzug), Mittel aus der Erhöhung der Trassenpreise und eine Neuregelung der Zuständigkeiten zwischen Bund und Kantonen, welche die Kantone zur Finanzierung der Publikumsanlagen der Bahn verpflichtet. Auch das strategische Entwicklungsprogramm Bahninfrastruktur „STEP“ war Teil der bundesrätlichen Botschaft. Akzente in der Langfristperspektive setzte der Bundesrat mit der Kapazitätssteigerung bei Schiene, Zügen und Bahnhöfen. Im Personenverkehr soll auf Strecken mit grosser Nachfrage der Viertelstundentakt eingeführt und der Güterverkehr gestärkt werden. STEP soll in mehreren Ausbauschritten erfolgen, wobei der Bundesrat diese dem Parlament alle vier oder acht Jahre unterbreiten will. Der Ausbauschritt 2025 beinhaltet die Einführung des Halbstundentaktes auf den Strecken Locarno–Lugano, Zürich–Chur, Zürich–Lugano und Bern–Luzern, den Ausbau der letzten eingleisigen Strecke für den Güterverkehr (Ligerz-Twann), sowie Massnahmen und Investitionen in betriebsnotwendige Anlagen bei Privatbahnen und auf dem gesamten Eisenbahnnetz. Die Diskussion der Vorlage wurde im November des Berichtjahres im Ständerat aufgenommen. Anfang Dezember 2012 fasste der Ständerat sowohl im Entwurf 2 (direkter Gegenentwurf zur Volksinitiative „Für den öffentlichen Verkehr“) als auch in den Entwürfen 3 (FABI) und 4 (Ausbauschritt 2025 der Eisenbahninfrastruktur) vom Entwurf des Bundesrates abweichende Beschlüsse. Der Ständerat folgte geschlossen seiner Kommission, welche aus taktischen Gründen so viele weitere Projekte aufnahm, dass das Investitionsvolumen mit CHF 6,4 Mrd. fast doppelt so hoch ausfiel, wie vom Bundesrat vorgesehen (CHF 3,5 Mrd.). Eingang in das Ausbaupaket fand im Ständerat die erste Etappe des sogenannten Bahn-Y (Bodensee-Rheintal-Verbindung bis Chur), was die Verbindung St. Gallen-Chur verbessern soll. Das Bahn-Y war von den St. Galler Standesvertretern Rechsteiner (sp) und Keller-Sutter (fdp) lanciert und mit geschicktem Lobbying in die Vorlage eingebracht worden. Da das Programm des Bundesrates den überwiegenden Teil der Investitionen in der Westschweiz bzw. im westlichen Mittelland vorsah, verbündeten sich die Ostschweizer Kantone, um mit dem Bahn-Y auch vom Ausbauprogramm zu profitieren. Folgende weiteren Projekte wurden vom Ständerat aufgenommen: Ein drittes Gleis zwischen Gümligen und Münsingen, der Ausbau des Bahnhofs Genf Cornavin, eine Überwerfung im Knotenpunkt Pratteln, Massnahmen zur Reisezeitverkürzung zwischen Bern und Lausanne sowie Ausbauten in Aarau. Um die Nordwestschweiz, Zürich und Luzern ins Boot zu holen, sah der Ständerat CHF 300 Mio. für Projektierungsarbeiten für den Brüttenertunnel (Zürich), den dritten Jura-Durchstich (Nordwestschweiz) und den Luzerner Tiefbahnhof vor. Nach dem Entscheid des Ständerates kommentierten kritische Stimmen in den Medien, das Paket sei überladen und bringe langfristig untragbare Unterhaltskosten mit sich. Der Nationalrat wird die Vorlage 2013 behandeln. Beide Räte verlängerten zudem die Behandlungsfrist der VCS-Initiative um ein Jahr (bis März 2014).

Pour répondre aux exigences du chef du DFTCE et de la délégation des finances, les CFF ont présenté en juin leur projet nommé «Rail 2000-1re étape», où le projet initial est revu à la baisse pour ne plus coûter qu'environ CHF 7.4 milliards. Ainsi, la proposition de relier les principaux noeuds ferroviaires helvétiques en moins d'une heure et à une cadence de trains de 30 minutes n'est maintenue que pour les lignes où la demande est suffisante. De la sorte, les CFF abandonnent ou renvoient une bonne partie de la construction des tronçons prévus tels que les lignes Kloten-Winterthour ou Muttenz-Olten. En conséquence, il subsistera essentiellement la ligne Mattstetten-Rothrist, utile pour la liaison Berne-Olten et pour absorber le trafic du nouveau Lötschberg, le tunnel de Vauderens entre Lausanne et Fribourg et le triplement de la ligne Genève-Lausanne jusqu'à Coppet. Pour compenser l'abandon de la construction de certaines infrastructures lourdes, les CFF ont annoncé vouloir améliorer leur matériel roulant, notamment en acquérant des rames de type Pendolino et des wagons à deux étages, ce qui devrait permettre de réduire les temps de trajet et accroître les capacités. En outre, la ligne du pied du Jura serait mise à égalité avec celle passant par Fribourg et Berne en termes de temps de parcours. Selon les CFF, ce nouveau programme respecterait les objectifs de Rail 2000; l'offre ferroviaire serait substantiellement améliorée avec une diminution du temps de parcours de huit pour cent entre les 23 villes principales de Suisse et avec une augmentation de la capacité de 13 pour cent. Des critiques sont notamment venues de Bâle, de Thurgovie, de Lucerne et de la Suisse orientale en général. Le gouvernement Saint-Gallois s'est clairement opposé au projet des CFF.

Keineswegs befriedigt vom Projekt «Bahn 2000» zeigte sich die Tessiner Regierung. Sie besteht darauf, dass mit dem vorgesehenen Ausbau der Ost-West-Achse eine neue Eisenbahn-Alpentransversale verbunden wird und hält das Konzept eines Eisenbahnnetzes des 21. Jahrhunderts für unvollständig, wenn der Wunsch nach einer schnelleren Alpendurchquerung nicht einbezogen wird. Nachdem Bundesrat und Parlament ein neues Alpenbahnprojekt vorläufig zurückgestellt hatten, da die Transportkapazitäten mit dem Ausbau der Lötschberglinie auf Doppelspur bis nach der Jahrtausendwende genügten, kritisierten sowohl die Regierungen der Kantone im Einzugsgebiet des Gotthards als auch diejenigen der Ostschweiz diesen Entscheid als verfehlt: Der Bau einer neuen Alpentransversale dürfe nicht allein von Verkehrsprognosen und dem finanziellen Ertrag abhängen; entscheidend sei die neue Konkurrenzfähigkeit einer solchen Bahn gegenüber der Strasse und die Verminderung der sozialen Kosten vor allem in bezug auf die Belastung der Umwelt. Weil zudem die Kapazität der Gotthard-Autobahn wegen des rasch zunehmenden Schwerverkehrs in absehbarer Zeit voll ausgelastet sei und sich das Problem einer zweiten Autotunnelröhre stelle, drängten sie auf einen raschen Entscheid, denn nur mit einem vorher spruchreifen Bahn-Basistunnel könne der weitere Ausbau der N 2 und somit eine noch stärkere Abwanderung des Verkehrs auf die Strasse verhindert werden. Bezüglich der Linienführung (Gotthard- oder Splügen-Basistunnel) gingen die Meinungen allerdings nach wie vor auseinander. Mit einer Eingabe an den BR forderten die Ostschweizer Kantone (AI, AR, GL, GR, SG, SH, TG), die Planungsgrundlagen für die Splügenbahn voranzutreiben, damit beide Varianten vergleichbar werden und bald ein Entscheid getroffen werden könne.