Le Conseil des Etats s'empare de la modification de la loi sur la chasse, d'après un projet du Conseil fédéral retravaillé en quelques points par la CEATE-CE, qui a mené les auditions avec divers acteurs impliqués dans ces questions. Ce projet répond notamment à divers objets parlementaires acceptés par les chambres, dont les motions Engler (pdc, GR) 14.3151, Fournier (pdc, VS) 10.3264, et Landolt (pbd, GL) 14.3830 ainsi que le postulat Landolt 14.3818 et l'initiative cantonale thurgovienne 15.300. De l'aveu même du rapporteur de la commission Roland Eberle (udc, TG), le point le plus important de cette révision est le nouvel article 7a qui concerne la régulation des espèces protégées dont fait partie le loup. Mais, cette modification contient toute une série d'autres points, dont le soutien financier de la Confédération en cas de dégâts engendrés par les castors, le changement du terme «district franc» en «sites de protection de la faune sauvage» ainsi que l'adaptation des périodes temporelles de chasse et des espèces protégées ou non. Le sénateur Eberle précise également qu'une minorité Cramer (verts, GE) souhaite le renvoi du projet au Conseil fédéral, celle-ci le trouvant trop peu équilibré et critiquant la délégation de compétences aux cantons en ce qui concerne la régulation du loup. A cela s'ajouterait une discussion émotionnelle quant à ce grand prédateur, les chiffres disponibles concernant le nombre de moutons tués par le loup étant dérisoires en comparaison au nombre de moutons mourant chaque année d'autres causes. Robert Cramer estime, de plus, que la révision proposée ne va pas dans le sens d'une augmentation de la protection des mammifères, contrairement à l'intitulé de la présente loi («loi fédérale sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages»).
Bien qu'admettant que les préoccupations autour du loup sont légèrement exagérées au vu des chiffres le concernant, la conseillère fédérale Doris Leuthard, considère que ce débat très émotionnel doit trouver une issue. Les loups s'approchent de plus en plus des zones habitées et il s'agit de garantir la sécurité de la population d'une part, tout en prenant des mesures pour limiter l'ampleur des dégâts engendrés d'autre part. De plus, elle estime que cette révision est équilibrée, bien qu'elle ne soit pas d'accord avec tous les points modifiés par la commission compétente. Elle précise que l'ajout de l'article 7a sur la régulation des espèces protégées respecte la Convention de Berne, les autorités ayant utilisé la marge de manœuvre à disposition. Pour cela, le Conseil fédéral va déposer auprès du Conseil de l'Europe une demande de rétrogradation du statut du loup, qui passerait de «strictement protégé» à «protégé».
Lors du vote, la proposition de la minorité – à savoir, renvoyer le projet au Conseil fédéral – est rejetée par 29 voix contre 14, permettant la discussion par article. Ainsi est accepté par une courte majorité – 22 voix contre 19 – le remplacement du terme «districts francs» par «sites de protection de la faune sauvage», la minorité redoutait que ce changement n'ouvre la porte à plus de restrictions dans ces zones. La proposition de la minorité concernant l'article 4 (biffer les propositions du Conseil fédéral et le conserver tel qu'existant) passe la rampe par 24 voix contre 19. Ainsi, contrairement à ce que souhaitait le Conseil fédéral, il ne sera pas demandé aux cantons une reconnaissance mutuelle du permis de chasse, leur laissant la liberté de le faire ou non.
Aux articles 5 et 7 alinéa 2 et 3, toute une série de modifications ont été apportées quant aux diverses listes des périodes de chasse et des animaux concernés. Les propositions de la commission ont toutes trouvé l'approbation des sénateurs et sénatrices à l'exception de l'alinéa 7 de l'article 5, pour lequel la proposition de la minorité Rieder (pdc, VS) introduisant la non-possibilité de recours en cas de décision de la part des autorités cantonales de tir d'un animal pouvant être chassé. Le nerf de la guerre se situait à l'article 7a. En effet, comme souligné par le rapporteur de la commission, une majorité de celle-ci souhaite rajouter au projet du Conseil fédéral d'autres espèces protégées que seul le loup. La chambre haute accepte donc l'ajout du castor et du lynx, en plus du loup (pour qui la période de chasse est rallongée) et du bouquetin initialement inclus dans le projet du Conseil fédéral dans la liste des animaux protégés pouvant être régulés.
Pour l'article 11, il a été décidé de suivre la minorité qui proposait de rendre l'abattage des loups, en plus de celui des bouquetins, possible dans les districts francs, l'argument invoqué par Beat Rieder faisant mouche. Le sénateur fait remarquer que les loups s'adapteraient à la situation et resteraient dans ces zones intouchables, bien que, comme rappelé par Doris Leuthard, le plus grand district franc qui existe actuellement en Suisse est plus petit que le territoire utilisé par un loup. Parmi les autres modifications votées par le Conseil des Etats, se trouve l'article 11a, qui donne à la Confédération la tâche, d'entente avec les cantons, de désigner des corridors faunistiques suprarégionaux permettant de relier la faune sauvage sur un vaste périmètre. Finalement, plusieurs mesures ont été rajoutées dans la loi en ce qui concerne la gestion des dégâts engendrés par les animaux sauvages (en particulier les grands prédateurs et le castor).
Au vote sur l'ensemble, les différentes modifications de la loi sur la chasse ont été approuvées par 28 voix contre 14 et 2 abstentions.
A la suite de l'acceptation de ces modifications, les milieux écologistes ainsi que les Verts ont fait savoir qu'ils allaient s'emparer du référendum afin de combattre ce qu'ils considèrent être une politique de «suppression des nuisibles». Les médias, quant à eux, présentent ce débat comme une confrontation entre deux visions: celle des urbains souhaitant protéger les grands prédateurs et la biodiversité contre celle des montagnards voulant contrôler les espèces présentes sur leur territoire.

Anfang Berichtsjahr verständigten sich Bundesrätin Leuthard als Vorsteherin des UVEK und der deutsche Verkehrsminister Ramsauer darauf, die Bemühungen zur Lösung des deutsch-schweizerischen Fluglärmstreits zu intensivieren. Eine Absichtserklärung dazu wurde am World Economic Forum (WEF) in Davos unterzeichnet. Da für Deutschland eine zahlenmässige Beschränkung der Anzahl Nordanflüge prioritär war und die in Aussicht gestellten Zugeständnisse der Schweiz den deutschen Verhandlungspartnern nicht weit genug gingen, gestalteten sich die Verhandlungen schwierig. Den Durchbruch brachte der Ansatz, Deutschland mit anflugfreien Zeitfenstern zu entlasten. Beide Parteien konnten sich auf die weitere Anwendung der geltenden Anflugregime einigen, da die Evaluierung von Optionen für eine Neuordnung der Anflugverfahren über Süddeutschland durch die Deutsche Flugsicherung DFS und Skyguide keine bessere Lösung hervorbrachte. Am 2. Juli 2012 wurde ein Staatsvertrag entworfen und am 4. September 2012 wurde dieser unterzeichnet. Zum Verhandlungsergebnis gehören folgende Punkte: Über deutschem Staatsgebiet sind Nordanflüge an Werktagen von 6:30 bis 18:00 Uhr zulässig, an Wochenenden und Feiertagen von 9:00 bis 18:00 Uhr. Die Anflüge müssen somit an Werktagen drei und an Wochenenden zwei Stunden früher über die Schweiz erfolgen. Gut 17 Prozent der Anflüge auf den Flughafen Zürich müssen somit auf andere Anflugwege verschoben werden. Um dies zu bewältigen, sind Infrastrukturausbauten an den Pisten erforderlich. Die Schweiz erhält eine Übergangsfrist bis Ende 2019, damit diese realisiert werden können. Ab dem Zeitpunkt der Ratifikation des Vertrages werden die Anflüge ganzwöchig ab 20 Uhr nicht mehr über Deutschland durchgeführt. Im Vertrag ist weiter der „gekrümmte Nordanflug“ als Option vorgesehen. Dieser führt nur über Schweizer Gebiet. Der Vertrag ist zudem bis 2030 nicht kündbar. Dieser Punkt erhöht die Planungs- und Rechtssicherheit enorm. Mit der Festlegung anflugfreier Zeiten verringert sich die Zahl der möglichen Anflüge über Deutschland massiv (20'000 Flugbewegungen weniger pro Jahr ab 2020), doch ausserhalb der Sperrzeiten bleibt dem Flughafen ein gewisses Wachstumspotenzial: Die Regelung mit Sperrzeiten lässt mehr Handlungsspielraum offen als eine Kontingentierung der Anflüge. Die neuen Verhandlungen zogen zu jedem Zeitpunkt Kritik auf sich: Schon die Absichtserklärung wurde im Landkreis Waldshut deutlich kritisiert, auch die Ostschweizer Kantone fürchteten sich vor einer massiven Zunahme des Fluglärms über ihrem Gebiet. In einer „Klotener Erklärung“ forderten die Kantone Zürich, Aargau, Schaffhausen, St. Gallen, Thurgau und Zug faire Verhandlungen. Sie bezeichneten die „Stuttgarter Erklärung“, an welcher sich die deutsche Seite orientierte, als inakzeptabel einseitig und stärkten damit Bundesrätin Leuthards Verhandlungsposition. Als Anfang Juli der gekröpfte Nordanflug wieder ins Spiel gebracht wurde, reagierten sowohl süddeutsche als auch Schweizer Gemeinden nördlich des Flughafens mit massiver Kritik, welche sich mit der Unterzeichnung des Vertrages noch verstärkte. Insbesondere der Kanton Aargau, vom gekröpften Nordanflug betroffen und Heimatkanton von Bundesrätin Leuthard, sah sich geprellt. Im August berief die Verkehrsministerin ein Treffen der Begleitgruppe ein, welcher die betroffenen Kantone angehören. Ziel sei die Verteilung des Lärms in der Schweiz. Die innerschweizerischen Verhandlungen gestalteten sich ebenfalls schwierig. Derweil zeichnete sich im deutschen Parlament ab, dass der Staatsvertrag einen schweren Stand haben würde: Die Landesgruppe Baden-Württemberg der CDU kündigte an, sie werde dem Vertrag im Bundestag nicht zustimmen. Die SPD und die Grünen nahmen Befürchtungen aus der Bevölkerung auf und verlangten Nachverhandlungen. Nachdem auch die FDP die Zustimmung verweigerte, war unwahrscheinlich, dass der Staatsvertrag noch eine Mehrheit im Bundestag finden konnte. Der unter Druck geratene deutsche Verkehrsminister bezeichnete vom Bundesrat in der Vernehmlassung erwähnte Zahlen als „Unfug“. Die Ratifizierung des Staatsvertrages wurde in Deutschland aufgrund noch offener Fragen ausgesetzt. Deutschland bat um Nachverhandlungen, die Schweiz lehnte solche indes kategorisch ab. Kantone, Verbände, FDP und CVP äusserten in der Vernehmlassung ihre Zustimmung zum Staatsvertrag, SVP und Grüne signalisierten Ablehnung und die SP legte sich noch nicht fest. Die Botschaft des Bundesrates zum Staatsvertrag (12.099) wurde am 19. Dezember des Berichtjahres eingereicht, das Geschäft wird 2013 im Parlament behandelt.

Im Mai des Berichtsjahrs wählte Baden-Württemberg den Grünen Winfried Kretschmann zum Ministerpräsidenten und es zeichnete sich ab, dass die Verhandlungen im Fluglärmdossier für die Schweizer Seite schwieriger werden dürften. So hielt die baden-württembergische Regierungskoalition aus Grünen und SP in ihrer Regierungserklärung denn auch fest, an der durch Deutschland einseitig verordneten Flugraumsperrung festhalten zu wollen. Später stellte sich die neue baden-württembergische Regierung auf Druck der deutschen Fluglärmgegner auch hinter die Forderungen der Stuttgarter Erklärung von 2009, die zusätzlich zur Flugraumsperrung eine Begrenzung der Anflüge über Süddeutschland auf 80'000 im Jahr fordert. Hinter die Stuttgarter Erklärung stellten sich auch der deutsche Bundestag mit der Unterstützung einer entsprechenden Petition sowie der deutsche Verkehrsminister Peter Ramsauer nach einem Treffen mit süddeutschen Bürgerinitiativen. Im August sorgte Bundesrätin Leuthard für weitere Verstimmung, als sie die süddeutschen Fluglärmgegner ihrer fehlenden Kompromissbereitschaft wegen mit Taliban verglich. Die Wogen vermochten sich erst nach einer öffentlichen Entschuldigung Leuthards sowie einem Gesprächsangebot aus Baden-Württemberg Anfang September wieder zu glätten. Unzufrieden mit den schleppenden Verhandlungen des Fluglärmdossiers formierten sich Anfang Oktober Politiker aus den Kantonen Zürich, Aargau, Thurgau und Schaffhausen zum parlamentarischen „Arbeitskreis Flugverkehr“. Mit dem ähnlichen Ziel, den Streit endlich einer einvernehmlichen, konstruktiven Lösung zuzuführen, schloss sich zur gleichen Zeit das Netzwerk „Wirtschaft am Hochrhein“ zusammen. Die darin vereinten 19 Wirtschaftsverbände riefen die Schweizer Verkehrsministerin und ihren deutschen Amtskollegen in einem öffentlichen Brief dazu auf, das Dossier endlich einer nachhaltigen Lösung zuzuführen. Anfang Dezember legten die Verkehrsminister beider Länder das weitere Vorgehen fest, indem sie darüber informierten, bis Jahresende die Grundlagen zur Ausarbeitung einer einvernehmlichen Lösung präsentieren zu wollen.