À l’approche du Championnat d’Europe de football 2008, le parlement a approuvé sans discussion l’Accord entre la Suisse et l’Autriche relatif à la collaboration en matière de sûreté aérienne contre les menaces non militaires. Identique à l’accord avec l’Allemagne ratifié l’année précédente, le contenu de celui-ci prévoit notamment l’échange systématique de renseignements entre les deux pays et l’amélioration de leurs capacités d’intervention respectives face à une menace concrète.

Le Conseil fédéral a publié un communiqué à l’attention du gouvernement autrichien, suite à l’entrée du parti FPÖ au sein de ce dernier. Laconique quant aux sanctions politiques qui se sont abattues sur l’Autriche de la part de l’UE, le communiqué exprime surtout « la confiance » de Berne vis-à-vis de Vienne, que le Conseil fédéral entend juger sur ses actes et non sur des intentions supposées. Rappelant que le gouvernement suisse «rejette avec la plus grande fermeté toute attitude caractérisée par l’intolérance et la xénophobie», il entend conserver de bonnes relations avec l’Autriche. Preuve de cet engagement, le gouvernement a reçu quelques semaines plus tard la visite du chancelier autrichien Wolfgang Schüssel. Celui-ci a été accueilli par Adolf Ogi, Pascal Couchepin et Joseph Deiss qui se sont entretenus avec lui des relations bilatérales entre Berne et Vienne, de la collaboration au sein de l’OSCE et de l’entrée du FPÖ dans le gouvernement autrichien.

Quelques jours plus tard, après plusieurs séances extraordinaires consacrées à la crise du Golfe, le Conseil fédéral a pris le contre-pied des déclarations de son secrétaire d'Etat aux affaires étrangères et s'est prononcé pour une neutralité stricte, exprimant ainsi sa fidélité à une application traditionnelle du droit de neutralité, codifié dans le traité de la Haye (1907). Le Conseil fédéral a justifié sa décision comme suit: il faut distinguer sanctions économiques et autorisation de survol; le conflit du Golfe peut toujours se transformer en un conflit entre deux Etats; le maintien de la stricte neutralité réduit les risques de terrorisme; une telle position de la Suisse augmente ses chances de pouvoir jouer un rôle d'intermédiaire et, enfin, le cas de l'Autriche est différent car elle est membre de l'ONU. Tous les partis gouvernementaux ont approuvé la position du Conseil fédéral; cependant le porte-parole du Parti radical a estimé que la position de stricte neutralité était en contradiction avec l'adoption des sanctions économiques contre l'Irak.

La guerre du Golfe a relancé les débats sur la politique de neutralité de la Suisse. Après avoir participé pleinement, mais de manière autonome, aux sanctions économiques décrétées par l'ONU, la question s'est alors posée de savoir si le Conseil fédéral n'allait pas poursuivre son action dans la même logique en autorisant le survol du territoire helvétique par des avions militaires de la coalition internationale. Lors d'une émission à la radio alémanique, le secrétaire d'Etat, K. Jacobi, s'est même déclaré favorable à une telle autorisation. Selon lui, la guerre du Golfe revêtait un caractère particulier car elle ne mettait pas au prise deux Etats, mais un seul, l'Irak, face à l'ensemble de la communauté internationale; il se serait donc agi d'une action de police de l'ONU, raison pour laquelle la Suisse aurait pu soutenir la coalition en permettant le survol de son territoire, à l'instar de l'Autriche, autre pays neutre.