Au lendemain de l'acceptation du financement des grands projets ferroviaires (dont les NLFA), lors de la votation du 29 novembre 1998, les ministres européens des transports et une délégation suisse, menée par Moritz Leuenberger, se sont réunis à Bruxelles pour débattre à nouveau du compromis de Kloten et de l'eurovignette. Au terme d'un marathon nocturne, l'accord bilatéral Suisse-UE sur les transports était sous toit, les Quinze se sont mis d'accord à l'unanimité. Quelques allégements ont été apportés au compromis de Kloten. Premièrement, la taxe maximale de CHF 330 pour le transit Bâle-Chiasso ne sera effective que lorsque le tunnel de base du Lötschberg des NLFA entrera en service, c'est-à-dire pas avant 2006 ou 2007. En attendant, la Suisse ouvrira ses frontières aux 40 tonnes dès 2005, mais avec une taxe réduite de 10% environ. La Suisse autorisera aussi un plus grand nombre de 40 tonnes à circuler sur son territoire avant 2005: entre 200 000 et 300 000 par an pour 2001 et 2002, et entre 300 000 et 400 000 pour 2002 et 2003. Le transit de camions vides bénéficiera d'un tarif de «faveur» durant la période transitoire; 200 000 camions annuellement pourront bénéficier de ce régime. Concernant l'interdiction de rouler la nuit, la Suisse s'est engagée à simplifier ses formalités douanières (dédouanement possible avant 5 heures du matin) et à octroyer des dérogations pour les camions transportant certains biens périssables. Notons que les membres de l’UE se sont aussi entendus sur le dossier de l'eurovignette. L'Autriche a renoncé à une clause de sauvegarde pour protéger le col du Brenner, puisque la Suisse a accepté, dès 2001, un contingent de 200 000 camions de 40 tonnes. En Suisse, l'accord bilatéral sur les transports a été accueilli favorablement par les milieux économiques et par tous les partis gouvernementaux, à l'exception de l'UDC. Toutefois, les organisations écologistes ont exprimé leurs craintes face à une avalanche de camions.
Accord sur les transports terrestres et Accord sur le transport aérien (Accords bilatéraux I & mesures d’accompagnement; MCF 99.028-3 & 99.028-7 & 99.028-9)
Dossier: Die Europäische Gemeinschaft und das Problem des Transits durch die Schweiz
Dossier: Die Bilateralen Verträge I und die sektoriellen Verhandlungen mit der EU 1993 bis 1998