Les pourparlers sur les transports ont débuté quelques jours après l'adoption du mandat de négociations par les ministres de Quinze. Sans surprise, ces tractations ont figuré parmi celles les plus difficiles et n'ont pu être conclues pendant l'année sous revue, à l'instar des autres objets en discussion. En effet, dès le début des négociations, les représentants européens - en réponse aux déclarations helvétiques selon lesquelles il n'était pas question de déroger à l'Accord de transit en ce qui concerne la limite des 28 tonnes - ont fait savoir que la suppression de cette limite constituait l'objectif principal de l'UE. Outre l'argument selon lequel l'entrée en vigueur de l'initiative des Alpes rendait caduque cette mesure, Bruxelles a justifié son intransigeance en affirmant que les incertitudes qui pesaient en Suisse sur la construction des NLFA pouvaient faire craindre le pire, ou du moins ne garantissaient pas l'existence d'infrastructures permettant un volume de transport de marchandises satisfaisant. Elle a également fait référence à la situation de plus en plus intenable de l'Autriche, qui du fait de l'interdiction des 40 tonnes sur le territoire helvétique, avait vu, depuis son entrée dans l'UE, le volume du trafic sur le Brenner augmenter de 20 pour cent. Un autre point qui a empêché toute possibilité d'accord a été la question du cabotage terrestre, l'Union refusant de satisfaire les exigences de la Confédération. Aussi, mis à part des questions de détails, les principaux points de convergence ont concerné les principes du trafic combiné et de la vérité des coûts, Bruxelles, tout en divergeant sur les moyens permettant de mettre en oeuvre ces principes, se rapprochant de la position helvétique. En outre, les deux parties se seraient mises d'accord au sujet du libre accès aux infrastructures ferroviaires. Concernant le volet aérien, la partie suisse n'a pu obtenir un assouplissement de la position de l'UE sur la question du droit de cabotage. L'aspect institutionnel des exigences de l'Union a également posé problème, la Suisse n'acceptant pas que ce soit la Cour européenne de justice de Luxembourg qui soit compétente en cas de litige. Il semble néanmoins que sur cette dernière question, la Confédération ait assoupli sa position.
A ce sujet, il est à noter que la Commission a publié en fin d'année un livre vert sur le trafic routier. Adhérant au principe de la vérité des coûts, la Commission est favorable à une taxation très différenciée selon le kilométrage parcouru, le lieu (régions périphériques ou ville), l'heure de la journée, le bruit et le degré de pollution du véhicule. Mais cette taxation doit, selon la Commission, couvrir les coûts externes du trafic routier, et non pas, contrairement à ce que prône la politique helvétique, avoir comme objectif principal le transfert de la route au rail. Aussi, elle doit respecter le principe du libre choix du moyen de transport.
Devant cette impasse, les autorités helvétiques ont tenté de débloquer la situation en proposant de mettre entre parenthèses les questions problématiques, espérant ainsi pouvoir aboutir à un accord minimal, notamment sur le trafic aérien. La Commission a rejeté cette demande, estimant qu'en vertu du principe du parallélisme, le domaine des transports ne pouvait être traité indépendamment des autres objets en discussion. A la fin de l'année, il semblait que seule une redéfinition des mandats de négociations respectifs - c'est-à-dire seule une décision politique comprenant du côté helvétique la levée de la limite des 28 tonnes notamment - pouvait relancer les tractations.
Accord sur les transports terrestres et Accord sur le transport aérien (Accords bilatéraux I & mesures d’accompagnement; MCF 99.028-3 & 99.028-7 & 99.028-9)
Dossier: Die Europäische Gemeinschaft und das Problem des Transits durch die Schweiz
Dossier: Die Bilateralen Verträge I und die sektoriellen Verhandlungen mit der EU 1993 bis 1998