Bereits im April des Berichtjahres eröffnete der Bundesrat die Vernehmlassung zum Bundesbeschluss über das zweite Programm zur Beseitigung von Engpässen im Nationalstrassennetz. Der Bundesrat ist durch das Infrastrukturfondsgesetz verpflichtet, den Räten alle vier Jahre ein aktualisiertes Programm zur Engpassbeseitigung vorzulegen. Wie im ersten Programm von 2009 hielt der Bundesrat an der Einteilung der Ausbauprojekte nach Priorität in vier Module fest. Aufgrund der nach oben korrigierten Stauprognosen wollte der Bundesrat drei zusätzliche Projekte im Umfang von CHF 995 Mio. ins Modul 1 aufnehmen: Es sind Projekte zwischen Meyrin/Vernier und Le Vengeron (GE), Luterbach und Härkingen (SO) sowie Andelfingen und Winterthur (ZH). Später umgesetzt werden sollen die Projekte des Moduls 2 (CHF 3.2 Mrd.) und planerisch weiter zu verfolgen sind die Projekte des Moduls 3 (CHF 6 Mrd.). Es handelt sich dabei hauptsächlich um Projekte in städtischen Gebieten und Agglomerationen. Das Programm stiess bei den Vernehmlassungsteilnehmern grösstenteils auf Zustimmung, insbesondere die Massnahmen des Moduls 1 waren mehrheitlich unumstritten. Von den Parteien haben FDP, CVP und SVP das Programm insgesamt positiv aufgenommen. Die GLP ist mit der vorgeschlagenen Engpassbeseitigung einverstanden, sofern vorab Massnahmen zur Verkehrsvermeidung ergriffen würden und sichergestellt sei, dass die Infrastruktur optimal genutzt werde. Die SP hielt fest, dass sie dem Infrastrukturfondsgesetz mit Blick auf die Agglomerationsprogramme zugestimmt habe, und dass die vorgeschlagenen Massnahmen zur Engpassbeseitigung die Verkehrsprobleme eher verschärfen als vermindern würden. Die Befürchtung, dass die Beseitigung von Engpässen das Verkehrsaufkommen erhöhen und damit an anderen Stellen zu Problemen führen, teilen strassenverkehrskritische und umweltpolitische Verbände und Organisationen, aber auch der Kanton Freiburg wies auf diese Problematik hin. Aus den Kantonen kamen viele Vorschläge zur Umteilung von Projekten in höher priorisierte Module bzw. zur Aufnahme von weiteren Projekten. Nicht einverstanden mit dem Programm war der Kanton Tessin, welcher bemängelte, dass die Kriterien für die Priorisierung zu wenig klar und mögliche Alternativen zu den Projekten nicht berücksichtigt worden seien. Der Kanton Tessin schlug vor, die Engpassbeseitigungsvorlage in die Vorlage zum Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds NAF aufzunehmen. Besonders aus der Ostschweiz kamen viele zustimmende Antworten aus Parteien, Kantonen, Gemeinden und Verbänden, die meisten davon zeigten sich erfreut über die Umteilung der dritten Röhre des Rosenbergtunnels (SG) von Modul 3 in Modul 2. Der Bundesrat will die Vorlage bis zum März 2014 dem Parlament vorlegen.

Im Juni des Berichtjahres verhandelten die eidgenössischen Räte den Bericht zur Verkehrsverlagerung 2011 des Bundesrates. Mit zwei gleichlautenden Motionen reagierten die Kommissionen für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF) beider Räte und beauftragten den Bundesrat mit der Konkretisierung der Umsetzung der Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene in der kommenden Berichtsperiode (12.3330 / 12.3401). Neben der Umsetzung der im Verlagerungsbericht 2011 aufgeführten Massnahmen sollen der Ausbau der Gotthardachse zwischen Basel und Chiasso zu einem durchgängigen 4-Meter-Korridor beschleunigt sowie zusätzliche Umschlagkapazitäten für den kombinierten Verkehr (vor allem auf der Alpensüdseite) geschaffen werden. Im September gab der Bundesrat ein Massnahmenpaket in die Vernehmlassung, in welchem er die Profil-Erweiterung der Gotthardachse für den durchgängigen 4-Meter-Korridor präzisiert. Für rund CHF 710 Mio. sollen die Strecken in der Schweiz und für CHF 230 Mio. Anschlüsse in Italien aufgerüstet werden. Grösster Brocken im Paket ist der Neubau des Bözbergtunnels – ein Ausbau des bestehenden würde die Eröffnung des durchgängigen 4-Meter-Korridors um bis zu fünf Jahre verzögern. Finanziert werden könnte das Paket aus Finöv und FABI. Die Reaktionen auf die im Dezember beendete Vernehmlassung fielen grösstenteils positiv aus. Vorbehalte äusserte die SVP. Sie störte sich hauptsächlich an der Finanzierung aus dem Bahninfrastrukturfonds, welcher unter anderem mit Einnahmen aus dem Strassenverkehr alimentiert wird. Die KVF-Motionen verlangen weiter einen Bundesbeschluss über die Verlängerung und Erhöhung des Zahlungsrahmens zur Förderung des alpenquerenden Schienengüterverkehrs, damit die Planungssicherheit im Schienengüterverkehr zunehme. Zudem sollen Massnahmen ergriffen werden, welche die Ausschöpfung der gemäss Landverkehrsabkommen zulässigen Höchstbeträge der Gebühren für den Schwerverkehr erlauben. Der Bundesrat beantragte die Annahme dieser Forderungen, empfahl aber weitere Punkte der Motionen zur Ablehnung: Diese verlangen eine Vereinheitlichung der Emissionsgrenzwerte, die Statuierung eines gemeinsamen Verlagerungszieles, die Entwicklung eines gemeinsamen Reduktionzieles sowie Verhandlungen über die Einführung einer Alpentransitbörse oder eines anderen marktwirtschaftlichen Instruments zur Verkehrsverlagerung mit den anderen Alpenländern und der EU. Der Bundesrat hielt diese Forderungen für unrealistisch. Mehrheiten in beiden Räten nahmen die Motionen vollumfänglich an, wobei die Punkte betreffend Verhandlungen und Vereinheitlichungen mit der EU umstritten waren. Abgelehnt wurde die Motion im Nationalrat von der FDP/Liberalen- und der SVP-Fraktion. Im Zuge der Diskussion des Verlagerungsberichts wurde von Vertretern der SVP das Verlagerungsziel an sich angegriffen: Dieses sei unsinnig, da nicht zu erreichen. Diesen Voten wurde von verschiedener Seite entgegengehalten, dass die Verkehrsverlagerung dem Volkswillen entspräche und deshalb zu respektieren sei. Der Verlagerungsbericht selber wurde von den Räten zur Kenntnis genommen. Das von der KVF-NR eingereichte Postulat zur Stärkung der Verlagerungsanreize für den alpenquerenden Schwerverkehr durch Innovation im Schienengüterverkehr (12.3331) wurde in derselben Debatte überwiesen. Das Postulat der KVF-SR zur Gleichbehandlung aller Güterverkehrsarten bei Betriebsabgeltungen zur Güterverkehrsverlagerung (12.3402) wurde vom Ständerat ebenfalls in der Debatte um den Verlagerungsbericht 2011 verhandelt und überwiesen. Beide Kammern schrieben zudem zwei Standesinitiativen der Kantone Tessin (08.304) und Uri (08.305) ab, da alle mehrheitsfähigen Anliegen in die Motionen aufgenommen worden seien und die darin verlangten Fristen (Umsetzung der Verlagerung auf die Schiene bis 2012) zum Zeitpunkt der Abschreibung hinfällig geworden waren.

Im Februar 2012 reichte die Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen des Nationalrats (KVF-NR) ein Postulat ein, welches vom Bundesrat die Gegenüberstellung zweier Varianten der Sanierung des Gotthard-Strassentunnels verlangt: Die Sanierung ohne zweite Röhre und die Sanierung mit einer kapazitätsneutralen zweiten Gotthardröhre. Der Bundesrat beantragte Anfang April die Annahme des Postulats und kündete einen konkreten Entscheid zum weiteren Vorgehen bei der Sanierung des Gotthardstrassentunnels für Mitte 2012 an. Das Postulat wurde im September des Berichtsjahrs überwiesen. Ebenfalls im Februar des Berichtjahres erlangte eine Studie der Economiesuisse viel Aufmerksamkeit, welche darlegte, wie eine zweite Röhre am Gotthard von Privaten finanziert und betrieben werden könnte. Neben der privaten Finanzierung stand vor allem die in der Studie errechnete notwendige Maut von CHF 14 - 21 pro Durchfahrt im Zentrum des Interesses. Während FDP und BDP sich der Idee gegenüber offen zeigten, lehnten die anderen Parteien den Vorschlag ab. Die CVP führte an, das Stimmvolk habe sich schon mehrfach gegen eine zweite Röhre geäussert. Die GLP ortete in der privaten Maut am Gotthard Rosinenpickerei. Die SVP lehnte die private Finanzierung mit der Begründung ab, die Autofahrer dürften nicht erneut zur Kasse gebeten werden. Am 27. Juni teilte der Bundesrat entgegen seiner bisher ablehnenden Haltung mit, dass die Sanierungsvariante mit einer zweiten Röhre (aber ohne Kapazitätserweiterung) bezüglich Aufwand, Kosten und Sicherheit die langfristig sinnvollste Lösung sei. Der Bundesrat will den Alpenschutzartikel mit einer gesetzlich verankerten Beschränkung auf eine Fahrspur pro Richtung wahren. Für diese Variante spricht laut Bundesrat die Nachhaltigkeit der Investitionen: Während teure flankierende Massnahmen bei der Sanierung ohne zweite Röhre nach der Sanierung keinen Mehrwert hinterlassen, bietet die teurere Variante mit einer zweiten Röhre nach der Sanierung einen bleibenden grossen Vorteil in der Sicherheit und im Unterhalt. Die neue Tunnelröhre kann bestenfalls 2017 in Betrieb genommen werden, die alte Röhre wird im Anschluss während rund zweieinhalb Jahren saniert. Danach sollen beide Röhren je einspurig in je eine Richtung geöffnet werden. Der Entscheid des Bundesrates provozierte ein breites mediales Echo. So schrieb etwa die NZZ in einem Kommentar, der Bundesrat riskiere am Gotthard einen Dammbruch und erteile einer effizienten Verkehrspolitik eine Absage. Das bürgerliche Lager mit CVP, SVP und FDP begrüsste die Sanierungsvariante mit zweiter Röhre und die Wirtschaftsverbände zeigten sich erfreut. SP und Grüne sowie der VCS und die Alpen-Initiative lehnten die zweite Röhre ab und kritisierten den Entscheid als falsch, blauäugig und den Volkswillen verachtend. Während das Tessin mit Genugtuung auf den Entscheid reagierte, dominierte in Uri Enttäuschung. Städte und Agglomerationen äusserten Bedenken, dass durch den Bau einer zweiten Röhre die finanziellen Mittel für andere wichtige Strasseninfrastrukturprojekte fehlen werden. Das UVEK eröffnete im Dezember 2012 eine Vernehmlassung, welche bis April 2013 dauert.

Le Conseil fédéral a mis en consultation les propositions de ce rapport, réaffirmant toutefois sa préférence pour la construction simultanée des deux tunnels. Il a en outre ajouté que les trois nouvelles mesures de financement proposées - à savoir la hausse de 10 centimes sur les carburants, la taxe ferroviaire et le prélèvement des 2/3 du produit de la taxe poids lourd - seraient soumises sous la forme d'un seul article constitutionnel à l'approbation du peuple et des cantons.

Lors de la procédure de consultation, les réactions n'ont de loin pas été positives. Ainsi, les cantons romands et bernois ont accueilli assez froidement les propositions du groupe de travail, rejetant catégoriquement la variante consistant à construire prioritairement le tunnel du Gothard ainsi qu'émettant des doutes sur la sécurité et la rentabilité d'un tunnel du Lötschberg sur une seule voie. Les cantons de Suisse orientale ont quant à eux rejeté la proposition de renoncer au raccordement avec leur région. Enfin, ceux de Suisse centrale, de concert avec le Tessin et Zurich, ont exigé que les voies d'accès soient réalisées en même temps que le tunnel de base, même s'il fallait renoncer pour ce faire à toute construction au Lötschberg. Sur la question du financement, les cantons se sont exprimés de manière plus unanime et plus positive, même si certains ont proposé un recours plus massif à l'emprunt ou une hausse de la TVA. Les associations de défense des utilisateurs de la route ont à l'inverse critiqué principalement le mode de financement. Le Touring Club suisse (TCS), l'Association suisse des transports routiers (ASTAG) et la Fédération routière suisse (FRS) ont rejeté la proposition d'augmenter le prix de l'essence, estimant inadmissible que ce soient les utilisateurs de la route qui financent pour près de 70 pour cent les projets ferroviaires. L'ASTAG a réitéré son opposition catégorique au montant de la taxe poids lourd. Selon le lobby routier, une taxe sur la consommation, sous la forme d'une hausse de la TVA ou d' une taxe sur l'énergie fossile, ainsi qu' un recours plus important à l'emprunt seraient préférables. L'Association Transport Environnement (ATE) et le Service d'information des transports publics (LITRA) ont en revanche accueilli favorablement les propositions du Conseil fédéral en matière de financement, envisageant même une hausse du prix de l'essence plus importante. Concernant la question des deux variantes, l'ACS, la FRS et l'ATE se sont exprimés en faveur de la construction en priorité du tunnel de base du Gothard, les autres organisations s'abstenant de prendre position sur ce point.

Suite à la consultation, les CFF ont résolu, pour le Gothard, de s'en tenir à la variante de base et de ne pas répondre aux voeux des cantons, à l'exception de deux modifications. La première concerne le prolongement du tunnel du Monte Ceneri vers Lugano (TI). La seconde prévoit la construction du tunnel de l'Urniberg dans le canton de Schwytz. Ces nouveaux éléments devraient faire croître le coût du projet jusqu'à CHF 9.97 milliards contre 9.7 pour la variante de base. Les cantons de Schwytz, d'Uri et du Tessin ont protesté contre la décision de la régie et ont demandé que toutes leurs exigences soient prises en compte. Pour le Lötschberg, les CFF ont proposé aux autorités fédérales deux variantes qui rejoignent celles mises en consultation. La première, dont le prix serait de CHF 4.15 milliards, renonce au tunnel du Niesen (BE) et à celui de Mundbach (VS), alors que la seconde (4.7 milliards) les intègre. Le Conseil fédéral devrait trancher en 1995 et le tout être mis à l'enquête en 1995–1996. Les travaux pourraient ainsi commencer en 1996. L'exploitation du Lötschberg pourrait être effective dès 2005, alors que celle du Gothard devrait intervenir deux ans plus tard.

Soutenus par leur population et les communes concernées, les cantons consultés ont tous demandé plus de tunnels (au total 30 km supplémentaires pour le Gothard et 12 pour le Lötschberg) et ont rejeté les variantes proposées. Pour le Lötschberg, Berne et le Valais se sont opposés à l'abandon provisoire prévu par la variante de base du tunnel de Niesen dans le Kandertal (BE) ainsi que celui allant vers Mundbach (VS). Ils ont également réclamé que le Gothard et le Lötschberg soient traités sur un pied d'égalité. Concernant le Gothard, les exigences des cantons conduiraient à ce que pratiquement toute la ligne soit enterrée. Uri a considéré que les variantes des CFF ne respectaient ni l'homme, ni l'environnement et a refusé qu'elles passent dans la vallée de la Reuss. Il a lui-même débloqué des fonds pour étudier un tracé dans la montagne. Schwytz a rejeté particulièrement le viaduc entre Brunnen et Schwytz et a également souhaité une ligne souterraine. Il a en outre exigé un raccordement entier pour Arth-Goldau. Le Tessin s'est prononcé pour l'enterrement de la ligne peu après Biasca et le prolongement du tunnel jusqu'à Lugano et non jusqu'à Taverne. La traversée de la plaine de Magadino a également été contestée. De plus, selon les voeux du canton, Bellinzone devrait être contourné par l'ouest plutôt que par l'est et la ligne devrait être prolongée jusqu'à Chiasso.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.