La nouvelle ordonnance sur la protection de l'air (OPair) est entrée en vigueur suite à l'approbation du Conseil fédéral. L'ordonnance a subi quelques modifications pour tenir compte de l'état actuel de la technique et pour améliorer la qualité de l'air. Des valeurs limites pour les poussières fines ont été notamment définies pour les petites installations de chauffage de bois. Dorénavant, ces installations subiront des contrôles périodiques. Ceux pour les chauffages au gaz seront espacés en raison des progrès techniques. L'ordonnance révisée intègre également des nouvelles prescriptions européennes pour les nouveaux appareils et machines à moteur à combustion, et étend les contrôles antipollution pour les machines de chantier à tous les types de machines. Des dispositions relatives aux installations industrielles et artisanales, et aux combustibles liquides sont modifiées. La Suisse s'aligne sur les recommandations de l'organisation de la santé (OMS) en introduisant une valeur limite d'immission pour les poussières fines d'un diamètre inférieur à 2.5 micromètres. Les normes sur la mise dans le commerce d'installations de chauffage sont reprises dans l'ordonnance sur les exigences relatives à l'efficacité énergétique (OEEE).
Lors de la procédure de consultation, le projet de révision avait rencontré globalement un large soutien. Seuls les cantons du Jura et de Lucerne rejetaient en grande partie le projet. Le canton alémanique jugeait les restrictions prévues pour les chauffages au bois contre-productives pour la politique énergétique et climatique. Le Jura s'inquiétait des conséquences pour la population et les exploitants des installations. Les autres cantons croyaient en l'amélioration de la qualité de l'air. Du côté des partis politiques, les Verts et le PS avaient salué le projet. Le PDC considérait que les modifications apportées allaient trop loin dans le domaine des installations de combustion alimentées au bois. La plupart des associations économiques ou professionnelles étaient favorables au projet tout en proposant d'autres modifications. Les organisations environnementales et de la santé considéraient le projet prometteur mais incomplet vis-à-vis des derniers développements techniques. Finalement, les entreprises ont en grande partie salué le projet, avec quelques réserves.

Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Après huit ans, les représentants de la chimie bâloise, de Greenpeace et de la Fondation Edith Maryon sont finalement parvenus à un accord concernant l’assainissement de la décharge de Bonfol (JU) grâce à la médiation de la justice jurassienne. Greenpeace a obtenu l’élimination par oxydation de quelque 2000 litres de mazout. La chimie bâloise a en outre concédé des analyses et mesures d’émissions sur la propriété de la Fondation Maryon. Au total, la société chargée de l’assainissement de la décharge (BCI) a dépensé 8 millions de francs pour obtenir la levée des oppositions et le droit de lancer ses travaux. Le canton ayant octroyé les autorisations nécessaires, les travaux ont débuté rapidement et dureront jusqu’en 2014.

En début d'année, l'industrie chimique bâloise (BCI) a rendu public son premier rapport sur l'avancement des travaux d'assainissement de la décharge de Bonfol (JU). L'élément central du rapport était l'évaluation en parallèle des deux procédés d'assainissement potentiels: la variante de l'incinération et de la vitrification. Alors que le canton du Jura et la Confédération avait recommandé l’abandon du procédé de vitrification, la BCI a tenu à poursuivre à titre expérimental la vitrification sur le site de matériaux excavés. Greenpeace a dénoncé, deux ans après avoir lancé l'affaire, l'absence de volonté de la chimie bâloise de faire avancer l'assainissement du site. Durant l'été, la BCI a jeté le trouble en étudiant une nouvelle répartition des coûts d'assainissement estimés à 250 millions. Un article de l'accord cadre signé en 2000 entre la BCI et le canton était interprété différemment par les parties. Le canton estimait que la BCI devait payer l'intégralité, alors que la BCI faisait une lecture nuancée en acceptant de ne payer que pour ce dont elle est juridiquement responsable. L'entreprise Leclanché, l'armée et la commune de Bonfol, en tant que propriétaire du site, étaient visées. Pour prendre de la mesure de la nuance, tant la Confédération que la BCI ont fait plancher des juristes sur la question des responsabilités financières. Les partenaires sont parvenus en fin d'année à une lecture commune du droit, mais l’application demeurait toutefois conflictuelle. La BCI exigeait que le financement de chaque étape fasse l'objet d'un accord particulier, inscrit dans l'accord cadre. Dès janvier 2003, l'Office des eaux et de la protection de la nature sera directement impliqué dans l'assainissement, par l'entremise d'un spécialiste engagé pour assurer le suivi du projet. L'office devra définir quelle surveillance adopter et la préparer en associant les autorités françaises.

Alerté par les écologistes de Franche-Comté (F), Pierre Kohler (pdc), président du gouvernement et chef du département cantonal jurassien de l'environnement, a sommé la Basler Chemische Industrie (BCI) – les entreprises de la chimie bâloise (Novartis, Ciba, Clariant, Hoffmann-Roche, Rohner, Säure et Henkel&Cie) – d'assainir définitivement la décharge industrielle de Bonfol (JU). Le canton avait déjà demandé à la chimie bâloise en 1995 et 1998, suite à l'entre en vigueur de l'ordonnance sur les sites contaminés, de nettoyer la décharge. Le ministre jurassien entendait par là appliquer la nouvelle ordonnance fédérale sur les sites contaminés qui prônait le principe du pollueur-payeur. De 1961 à 1976, 114 000 tonnes de déchets toxiques ont été déposés sur les 20 000 m2 de la décharge jurassienne de Bonfol qui jouxte la commune de Pfetterhouse du côté de la frontière française. La majeure partie des déchets provenaient de l'industrie bâloise, mais aussi de l'armée suisse et de l'industrie horlogère. Ils ont ensuite été recouverts d'argile. La densité de la couverture n'étant pas optimale, elle a permis des infiltrations d'eau. A la mi-avril, le groupe de travail mandaté par le canton du Jura a livré ses premiers résultats; le site était pollué et ne répondait plus aux exigences légales. Dans le même temps, la commune de Bonfol, bénéficiaire d'importantes taxes et d'un forfait annuel pour la décharge, a demandé à être associé aux décisions prises. Les militants de Greenpeace se sont aussi manifestés en occupant la décharge afin que les déchets soient débarrassés.
A mi-mai, la BCI a donné son accord formel pour un assainissement total de la décharge chimique, mais elle a refusé d'adhérer au calendrier d'assainissement. Pour elle, l'acceptation de la responsabilité de pollueur-payeur allait de concert avec l'idée de pollueur décideur. Les résultats finaux de l'évaluation du site ont conclu que la décharge était bien polluée et devait être assainie dans les délais les plus brefs. Le Parlement jurassien a voté unanimement une résolution exigeant l'assainissement dans un délai de cinq ans et chargeait la BCI d'entreprendre les travaux nécessaires. Condition du départ de Greenpeace du site, la BCI s'est engagée par un accord avec Greenpeace et le Collectif Bonfol à financer outre l'étude de variantes d'assainissement de la décharge, des analyses complémentaires sur la nature géologique et hydrologique du sous-sol de la décharge. En octobre, le ministre jurassien et la BCI ont signé une convention dans laquelle la chimie bâloise s'engage à assainir d'une "manière complète et définitive" la décharge ajoulote dans les meilleurs délais. La seule concession obtenu par la BCI a été que le canton du Jura supprime l'échéance fixée à six ans. La convention prévoyait une étude neutre analysant et déterminant les variantes d'assainissement, tenant compte d'impératifs techniques, écologiques et de sécurité. Elle devra aussi fixer le délai d'achèvement des travaux. Leur commencement est prévu pour le printemps 2002. Le Jura est l'autorité de surveillance et la BCI s'est engagée à remplir ses obligations à l'égard de la commune de Bonfol. Un accord particulier entre la BCI et cette dernière a été mis en préparation. Le gouvernement et la BCI ont également décidé de préparer un accord de garantie financière à long terme. Le canton voulait se prémunir en cas de disparition de l'une ou l'autre des entreprises responsables de la décharge chimique.

Déjà occupée en août 1994 par des militants de Greenpeace, la décharge pour déchets spéciaux de Saint-Ursanne (JU) a continué d'être l'objet d'une vive polémique entre écologistes et autorités jurassiennes. Suite à une nouvelle occupation du site par Greenpeace qui devait durer trois semaines, les deux parties ont signé une convention prévoyant de soumettre les études et concepts de la décharge à des experts neutres. Désignés par l'OFEFP et le canton du Jura, ces derniers ont conclu dans un premier temps que si la décharge ne présentait aucun danger immédiat majeur, sa sécurité à long terme ne pouvait toutefois être garantie. Des travaux supplémentaires devaient révéler, en fin d'année, l'existence d'un lien hydraulique entre la décharge et la nappe phréatique alimentant plusieurs communes de la région en eau potable.

Le PES, soutenu par Greenpeace, le WWF ainsi que des comités uranais et schwytzois, a lancé un référendum contre les NLFA. Selon eux, ce projet n'offrirait pas de garanties suffisantes pour la protection de l'environnement, sa construction serait insoutenable pour les Alpes et son prix et sa consommation énergétique seraient trop élevés. Surtout, il ne résoudrait aucun problème, car il ne contribuerait en rien à freiner la croissance de la mobilité que l'on peut observer en Suisse et en Europe. Les Verts se sont ainsi attirés de nombreuses critiques et d'aucuns ont estimé leur position contradictoire, compte tenu du fait qu'ils ont toujours défendu le transfert du trafic de la route au rail.