Le Conseil fédéral n'émet aucune proposition concernant le projet de la CIP-CE relatif à l'autonomie cantonale en matière de procédure électorale. Il partage la revendication de la commission quant à la préservation de la marge de manœuvre des cantons. Toutefois, il insiste sur le rôle du Tribunal fédéral en la matière et sur le respect des exigences juridiques minimales. Selon lui, un système électoral doit respecter les principes démocratiques tout en tenant compte du contexte historique et social d'une collectivité locale.

Le Conseil des Etats s'est penché sur le projet de la CIP-CE faisant suite aux initiatives cantonales (14.316 et 14.307) visant l'autonomie cantonale en matière de procédure électorale. Le débat sur l'entrée en matière a suscité de nombreuses discussions. Le résultat de la procédure de consultation a été à maintes reprises mobilisé pour soutenir la divergence de positions entre les cantons. La question de la garantie des droits fondamentaux inscrits dans la Constitution aux articles 8 et 34 a également été soulevée. Une comparaison avec la procédure électorale du Conseil national a également été faite, pour dénoncer l'ingérence du Tribunal fédéral dans l'organisation et les procédures électorales cantonales. L'entrée en matière a été finalement décidée par 26 voix contre 14.
Le débat s'est poursuivi lors de la discussion par article. L'alinéa 1bis ajouté à l'article 39 Cst sur proposition de la majorité de la commission est approuvé par 24 voix contre 16. Au vote d'ensemble, le projet de la CIP-CE est alors adopté par 26 voix contre 15. Les représentantes et représentants des cantons de Vaud, de Neuchâtel, du Jura, de Bâle-Ville et de Bâle-Campagne ont voté selon la position de leur canton lors de la procédure de consultation, à savoir contre une modification constitutionnelle ou en faveur de la proposition de la minorité. Robert Cramer (verts, GE) et Paul Rechsteiner (ps, SG) ont statué, comme leur canton, en faveur de la proposition de la minorité. Daniel Jositsch (ps, ZH) a défendu la position du canton de Zurich en faveur de la proposition de la minorité, a contrario de Ruedi Noser (plr, ZH). Finalement, Pascale Bruderer Wyss (ps, AG), Hans Stöckli (ps, BE) et Roberto Zanetti (ps, SO) n'ont pas représenté l'avis de leur canton, en votant contre le projet de la commission. Sous l'angle partisan, sept des huit parlementaires contre le projet, sont socialistes. Ces derniers ont supporté l'avis de leur parti. C'est au tour du Conseil national de se prononcer sur le projet.

Lors de la consultation de l'avant-projet pour l'autonomie cantonale en matière d'organisation et de procédures électorales, 13 cantons (BE, LU, UR, SZ, OW, ZG, SO, AR, AI, GR, AG, TI, VS) ont statué en faveur de la proposition de la majorité de la CIP-CE. Quatre autres cantons (ZH, SG, VD, GE) ont préféré ancrer la pratique du Tribunal fédéral dans la Constitution fédérale, selon le souhait de la minorité de la commission. Neuchâtel s'est positionné plutôt en défaveur de l'avant-projet. Les autres cantons (BS, GL, FR, TH, SH, NW, JU, BL) se sont opposés à celui-ci, et donc à une modification constitutionnelle. Au niveau des partis nationaux, le PDC et l'UDC se sont prononcés en faveur de l'avant-projet. Le premier soutenait la variante de la majorité, le second celle de la minorité. Le PLR, le PS, le PEV, les Verts et le PVL étaient contre une modification constitutionnelle. Les sections cantonales grisonnes des Verts, de l'UDC et du PS étaient contre l'avant-projet. Les partis socialistes uranais et st-gallois partageaient également cette position. Les associations qui se sont exprimées, ont plutôt émis des avis positifs. L'Union suisse des arts et métiers (USAM), l'Union suisse des paysans (USP), le Centre patronal et economiesuisse ont approuvé la proposition de la majorité de la CIP-CE. L'Union suisse des villes (USV) et le particulier s'étant exprimé, se sont positionnés contre l'avant-projet. L'Organisation des suisses de l'étranger (OSE) a saisi l'occasion pour rappeler que tous les cantons ne permettaient pas aux Suisses de l'étranger de participer aux élections du Conseil des Etats.
Dans les prises de positions favorables à la proposition de la majorité, des arguments liés au respect du fédéralisme, de l'autonomie cantonale et de la légitimité des systèmes électoraux cantonaux ont été avancés. Le manque de cohérence et de clarté de la jurisprudence y relative du Tribunal fédéral a également été soulevé. Pour les partisans de la variante de la minorité, la proposition en question aurait permis de limiter la jurisprudence du Tribunal fédéral. Outre l'amélioration de la sécurité juridique, elle aurait également favorisé le respect des intérêts cantonaux et des principes constitutionnels. Du côté des opposants à l'avant-projet, l'interprétation du Tribunal fédéral n'aurait pas entravé la souveraineté cantonale. Le principe d'équivalence d'influence sur le résultat est important et l'avant-projet n'aurait pas amélioré la sécurité juridique.
A l'appui des résultats de la procédure de consultation, par 7 voix contre 5, la CIP-CE a décidé de maintenir la teneur de la modification soumise à consultation. Par 7 voix contre 3 et 2 abstentions, les membres de la Commission ont choisi de transmettre au Conseil des Etats le projet reposant sur la variante de la majorité. Au Conseil fédéral de formuler son avis.

Die Vernehmlassung zur Totalrevision des Datenschutzgesetzes (DSG) und zur Änderung weiterer Erlasse zum Datenschutz umfasste neben diesem Hauptentwurf auch einen Entwurf für einen Bundesbeschluss betreffend die Genehmigung und Umsetzung des Notenaustausches zwischen der Schweiz und der EU zur Übernahme der Richtlinie (EU) 2016/680 sowie einen Entwurf für die Revision des Übereinkommens SEV 108 des Europarates zum Schutz des Menschen bei der automatischen Verarbeitung personenbezogener Daten. Im Zentrum des Gesetzgebungsprojektes stehen die Verbesserung der Transparenz von Datenbearbeitungen, die Förderung der Selbstregulierung bei den Verantwortlichen in Form von Empfehlungen der guten Praxis sowie die Stärkung der Position und Unabhängigkeit des EDÖB. Im Einklang mit den europäischen Datenschutzbestimmungen soll darüber hinaus der Schutz von Daten juristischer Personen aufgehoben werden, um insbesondere den Datenaustausch mit dem Ausland zu erleichtern. Einige Anforderungen der EU-Richtlinie 2016/680 erfordern ausserdem Anpassungen im Strafgesetzbuch, in der Strafprozessordnung, im Rechtshilfegesetz und im Schengen-Informationsaustauschgesetz.
Unter den insgesamt 222 Vernehmlassungsteilnehmerinnen und -teilnehmern befanden sich alle Kantone, acht politische Parteien (BDP, CVP, FDP, GLP, GP, SP, SVP, PP), drei eidgenössische Gerichte (Bundesgericht, Bundespatentgericht, Bundesverwaltungsgericht) sowie zahlreiche weitere Organisationen aus den betroffenen Kreisen. Während die Übernahme der EU-Richtlinie 2016/680 sowie der Anforderungen im SEV 108 unumstritten waren, wurde die Revision des DSG und weiterer Erlasse zum Datenschutz von der Mehrheit der Vernehmlasserinnen und Vernehmlasser im Grundsatz ebenfalls begrüsst. Vielerseits gelobt wurde beispielsweise das Vorhaben, das schweizerische Datenschutzrecht so weit an die europäischen Vorgaben anzupassen, dass die Schweiz von der EU weiterhin als Drittstaat mit angemessenem Datenschutzniveau anerkannt wird. Vorbehalte bestanden jedoch gegenüber dem – insbesondere für KMU – grossen Verwaltungsaufwand sowie gegenüber dem «Swiss Finish»: Rund die Hälfte der Teilnehmenden bemängelte, dass der Entwurf unnötigerweise über die europäischen Anforderungen hinaus gehe. Demgegenüber ging er rund einem Fünftel der Teilnehmenden – hauptsächlich aus Konsumentenschutzkreisen – zu wenig weit. Auf harsche Kritik von verschiedensten Seiten stiess das vorgesehene Sanktionensystem. Laut Bericht wünschten sich «sehr viele Teilnehmer» dessen «vollständige Überarbeitung», darunter BDP, CVP, FDP, GP und SP, 18 Kantone sowie Economiesuisse, der Verein Unternehmens-Datenschutz, die FRC, Privatim und die Stiftung für Konsumentenschutz. Hauptsächlich wurde kritisiert, dass keine direkte Strafbarkeit für Unternehmen vorgesehen ist, sondern strafrechtliche Sanktionen, die in erster Linie auf natürliche Personen ausgerichtet sind. In diesem Zusammenhang herrschte die Befürchtung, es könnten einfache Angestellte ohne Entscheidungs- und Vertretungsbefugnis verurteilt werden. Dies wiederum erschwere es den Unternehmen, qualifiziertes und motiviertes Personal – insbesondere Datenschutzverantwortliche – zu rekrutieren. Der häufigste Änderungsvorschlag zielte daher auf ein Modell mit Verwaltungssanktionen anstatt Strafverfahren, die direkt gegen die Unternehmen und nicht gegen Privatpersonen verhängt werden könnten. Verwaltungssanktionen, so die Hoffnung, hätten eine grössere Wirksamkeit als das bislang für die Strafbestimmungen im DSG nur selten angewandte Strafverfahren. Weitere umstrittene Punkte waren auch die Höhe der Bussen – welche einerseits als zu hoch und andererseits als zu niedrig kritisiert wurde – sowie der Katalog der strafbaren Verhaltensweisen, welcher ebenfalls wahlweise als unvollständig bzw. zu umfangreich bezeichnet wurde. Kritisiert wurden des Weiteren auch die mangelhafte Regulierungsfolgeabschätzung und die fehlenden Ausführungen zum Verhältnis zwischen dem Datenschutzrecht des Bundes und jenem auf kantonaler Ebene. Hierzu äusserten auch die Kantone Glarus, Solothurn und Zürich Bedenken, dass die Frist für die Anpassung des kantonalen Rechts zu kurz bemessen sei. Die SVP, die Kantone Schwyz und Waadt sowie einige betroffene Kreise – darunter der AGVS, Auto Schweiz, die FER, PharmaSuisse, Santésuisse sowie der VSV – lehnten den Vorentwurf in der vorliegenden Form ausdrücklich ab, befanden sich damit jedoch klar in der Minderheit aller Vernehmlassungsteilnehmenden.

En mars 2016, le Conseil national avait donné suite aux initiatives cantonales des cantons de Zoug (14.307) et d'Uri (14.316). Elles demandaient la suppression des exigences trop restrictives du Tribunal fédéral concernant l'organisation et les procédures électorales, ainsi qu'une formulation plus précise de l'art. 34 Cst, de sorte que l'autonomie des cantons en matière de procédure électorale soit à nouveau affirmée. Dans sa jurisprudence, le Tribunal fédéral a renforcé les exigences relatives aux systèmes électoraux (la taille des circonscriptions électorales dans les systèmes proportionnels, par exemple) et a imposé à certains cantons l'application de mécanismes de compensation comme le regroupement de circonscriptions ou la méthode biproportionnelle. Récemment, il a même remis en doute l'admissibilité des systèmes majoritaire et mixte, rendant la situation floue pour les cantons.
En juin 2017, par 8 voix contre 2 et 3 abstentions, la Commission des institutions politiques du Conseil des Etats (CIP-CE) a adopté un avant-projet contenant deux variantes, avec pour objectif de modifier la Constitution fédérale afin de lever toute incertitude. La procédure de consultation s'achèvera en octobre 2017. La variante soutenue par une majorité de la commission propose que, par la modification de l'art. 39 Cst, le Tribunal fédéral ne puisse plus, à l’avenir, imposer aux cantons des règles concernant l’organisation de leurs procédures électorales. La compétence de la Confédération ne serait plus mentionnée à l'alinéa 1 art. 39 Cst. Par l'ajout de l'alinéa 1bis, l'autonomie des cantons en la matière serait renforcée. Le choix entre un système majoritaire, proportionnel ou mixte reviendrait aux cantons. Aucune restriction ne pourrait être imposée par le Tribunal fédéral en vertu des articles 8 et 34 Cst. De plus, les cantons seraient libres de déterminer leurs circonscriptions électorales, ainsi que certaines règles électorales particulières (pour protéger les minorités régionales par exemple). Ils devraient simplement satisfaire aux exigences des dispositions prévues aux articles 8 et 34 Cst. Une minorité de la commission veut ancrer la pratique du Tribunal fédéral dans la Constitution. La proposition de la minorité reprendrait la reformulation de l'alinéa 1 art. 39 Cst. A l'alinéa 1bis, les cantons pourraient choisir entre les différents systèmes électoraux, à savoir majoritaire, proportionnel ou mixte. Ils pourraient déterminer leurs circonscriptions électorales en tenant compte de leurs spécificités historiques, fédéralistes, régionales, culturelles, linguistiques, ethniques ou religieuses. Des règles électorales particulières pourraient être instaurées en tenant compte des spécificités mentionnées. En mettant à jour l'article 39 Cst au regard de la jurisprudence actuelle du Tribunal fédéral, ce dernier ne pourrait pas faire une appréciation plus stricte de l'autonomie des cantons au vu des articles 8 et 34 Cst. Contrairement à la proposition de la majorité, celle de la minorité, ne prévoit pas une autonomie complète des cantons en matière de procédures électorales.

Weil die SPK-NR im Gegensatz zu ihrer Schwesterkommission im Ständerat den beiden Standesinitiativen der Kantone Uri (14.316) und Zug (14.307) nicht Folge geben wollte, gelangten die beiden Geschäfte zur Frage der Souveränität der Kantone bei der Ausgestaltung ihrer Wahlsysteme in den Nationalrat. Die Kommissionssprecher erklärten, dass man bereits 2013 bei der Diskussion um die Gewährleistung der Verfassung des Kantons Schwyz über die Angelegenheit diskutiert habe. Man habe sich bereits damals für eine faire Ausgestaltung des Wahlrechts eingesetzt. Das Recht der Kantone, ihr eigenes Wahlsystem auszuwählen, werde nur dann beschnitten, wenn die Wahlrechtsgleichheit bedroht sei: Bei Proporzwahlen müssen die Stimmen aller Bürgerinnen und Bürger ein vergleichbares Gewicht haben. Nur so würden auch die Grundbedingungen der Verfassung gewahrt. Gerhard Pfister (cvp, ZG), Anführer der Kommissionsminderheit, wies darauf hin, dass die Ursache der Initiative Entscheide des Bundesgerichtes in den letzten 10 Jahren gewesen seien, die in die kantonale Autonomie eingegriffen hätten. Diese Rechtsprechung sei zudem widersprüchlich geworden, weil das Bundesgericht einerseits Majorzwahlen gestatte, die im Sinne der Repräsentation ungerechter seien als Proporzwahlen. Andererseits zeige das Gericht die Tendenz, nur noch bestimmte Proporzsysteme zulassen zu wollen. Nicht nur den Eingriffen des Bundesgerichtes sei ein Riegel zu schieben, sondern die kantonale Autonomie abzusichern. Die Standesinitiativen verlangen eine Präzisierung von Artikel 34 BV, der eine unverfälschte Stimmabgabe gewährleistet. Die Argumentation der Kommissionsminderheit schien in der Volkskammer zu verfangen. Beiden Standesinitiativen wurde mit 99 zu 87 Stimmen bei 4 Enthaltungen (Zug) bzw. 98 zu 90 Stimmen bei 3 Enthaltungen (Uri) Folge gegeben. Dank der deutlichen Mehrheiten der SVP- und der CVP-Fraktion, unterstützt von einigen FDP-Abweichlern muss nun eine Verfassungsänderung in Angriff genommen werden. In der Presse wurde der Entscheid als Trotzreaktion auf die Bundesgerichtsurteile der letzten Jahre kommentiert. Der Versuch, kantonale Autonomie über die Demokratie zu stellen sei allerdings gefährlich: Wenn die Kantone beim Wahlrecht einen Freipass erhielten, könnten sie auch das Frauenwahlrecht wieder abschaffen, gab etwa der Staatsrechtler Andreas Auer zu bedenken.

In ihrem Mitte Januar 2016 vorliegenden Bericht sprach sich die staatspolitische Kommission des Nationalrates (SPK-NR) gegen Folge geben der beiden Standesinitiativen aus Zug und Uri aus. Im Gegensatz zu den Kantonsvertretern, die dem Anliegen einer Verankerung der Autonomie der Kantone in Wahlfragen in der Bundesverfassung im Vorjahr Folge gegeben hatten, lehnte in der SPK-NR eine Mehrheit von 14 zu 9 Stimmen das Anliegen ab. Die Kantone verfügten über eine nach wie vor hohe Souveränität bei Wahlfragen, sie müssten sich aber an Grundsätze wie der Beachtung der Wahlrechtsgleichheit halten. Die jüngsten kantonalen Entwicklungen hin zu einem konsequenteren Proporz seien zu begrüssen und nicht mit neuen Regelungen zu verhindern – so die Kommissionsmehrheit. Die vor allem aus SVP-Vertretern bestehende Minderheit monierte, dass kantonale Wahlverfahren nicht vom Bundesgericht oktroyiert werden sollten.

Mit dem 2013 an der Urne befürworteten Raumplanungsgesetz (RPG) waren die Kantone beauftragt worden, innert fünf Jahren ihre Richtpläne zu überarbeiten. Bis zur Genehmigung der kantonalen Richtpläne durch den Bund sieht das Gesetz ein Bauzonenmoratorium vor; eine neue Einzonung verlangt demnach die gleichzeitige Auszonung einer mindestens gleich grossen Fläche. Das Bundesgericht kam in seinem Urteil zum Bauzonenmoratorium vom Oktober 2015 zum Schluss, dass den Kantonen wenig Spielraum bleibe, um ein solches zu umgehen. Konkret hatte sich die oberste Gerichtsinstanz mit dem Thema zu beschäftigen, weil das Freiburger Kantonsgericht im Vorjahr die Einzonung einer grossen Parzelle bewilligt hatte und nun umstritten war, ob das Moratorium auch für Beschwerdefälle gelte, die vor Inkrafttreten des Gesetzes bereits hängig waren. Das Bundesgericht vertrat die Ansicht, dass viele Kantone, der Kanton Freiburg eingeschlossen, über zu grosse Bauzonen verfügten und es absehbar sei, dass die Behörden in naher Zukunft etliche Rückzonungen beschliessen müssten, was in der Regel teuer und schwer durchsetzbar sei. Das im Gesetz statuierte Moratorium sei von überwiegendem öffentlichem Interesse und gelte demnach auch für diese Fälle.

Im Mai des Folgejahres bewertete das Bundesgericht auch eine Neueinzonung ohne entsprechende zeitgleiche Auszonung im Kanton Waadt als unzulässig. Die Waadtländer Behörden hatten die Neueinzonung als dringlich eingestuft – was eine Aufschiebung der notwendigen Auszonung möglich machen würde –, da mit einer Unternehmensexpansion zusätzliche Arbeitsplätze geschaffen werden könnten. Das Bundesgericht vertrat die Ansicht, dass Einzonungen aus diesen Gründen nicht in jedem Fall als dringlich bewertet werden können und verneinte im konkreten Fall die Dringlichkeit.

Ende Juni 2015 sprach sich die staatspolitische Kommission des Ständerats (SPK-SR) für mehr kantonale Autonomie bezüglich der Ausgestaltung der kantonalen Wahlsysteme aus. Sie gab entsprechend den beiden 2014 von den Kantonen Zug (14.307) und Uri (14.316) eingereichten Standesinitiativen mit 7 zu 4 Stimmen Folge und unterstützte die Forderung, in der Verfassung festzuhalten, dass Kantone frei sind zu entscheiden, mit welchem System sie kantonale Wahlen durchführen. Zug und Uri sahen sich zu dieser Forderung veranlasst, weil sie ihre Wahlrechtsreform aufgrund eines bundesgerichtlichen Eingreifens anpassen mussten. Die SPK-SR wollte zuerst mit einer eigenen parlamentarischen Initiative das Problem auf Gesetzesebene lösen, musste dann allerdings zur Kenntnis nehmen, dass der Bund keine verfassungsmässige Kompetenz hat, kantonale Wahlverfahren gesetzlich zu regeln.

Als Postulat überwiesen wurde eine Motion von Nationalrat und Helsana-Präsident David (cvp, SG), welcher den Bundesrat verpflichten wollte, die binnenmarktlichen Hindernisse für neue Vertriebsformen im Medikamentenhandel aufzuheben (Mo. 98.3147). Die Helsana betreibt seit dem letzten Jahr im solothurnischen Zuchwil eine Versand-Apotheke (MediServiceAG), von der aus sie ihre Kunden direkt beliefert. Die Apotheker des Kantons Solothurn reichten dagegen Beschwerde ein, blitzten beim Verwaltungsgericht aber ab, worauf sie ihre Einsprache ans Bundesgericht weiterzogen, wo sie allerdings erneut unterlagen. Aber auch die MediServiceAG bemühte die Richter in Lausanne. Sie verlangte vergeblich die aufschiebende Wirkung für ein neues Reglement des Kantons Waadt, das seit Januar die Postzustellung von Medikamenten verbietet. Die Interkantonale Kontrollstelle für Heilmittel (IKS) möchte im neuen Heilmittelgesetz grundsätzlich ein Verbot des Versandhandels von Medikamenten vorsehen. Ausnahmen sollten nur möglich sein, wo sehr strenge Auflagen (ärztliches Rezept, Beratung und Überwachung) gewährleistet sind; ob dies auf die MediServiceAG zutreffen würde, liess die IKS offen. Eine etwas andere Betrachtungsweise nahm die Eidg. Kartellkommission ein. Ende Jahr befand sie, alle Kantone sollten den Versandhandel mit Medikamenten zulassen, da jede andere gesetzliche Regelung dem Binnenmarktgesetz zuwiderlaufe.
Praktisch unkontrollierbar läuft der Versandhandel mit rezeptpflichtigen oder sogar verbotenen Medikamenten über Internet ab. Die Behörden stehen diesen Angeboten meist machtlos gegenüber und können nur darauf reagieren, wenn der Anbieter seine Identität preisgibt

Die jurassische Regierung beschloss, den zu einer Freiheitsstrafe von 22 Monaten verurteilten Pascal Hêche nicht an den Kanton Bern auszuliefern und ihn seine Strafe unter Aufsicht der jurassischen Vollzugsbehörden absitzen zu lassen. Dieser Entscheid, der dem Bundesgerichtsurteil vom Vorjahr entsprach, trug ihr heftige Kritik des Bélier und des RJ (Rassemblement jurassien) ein, welche einen neuen Prozess forderten. Das jurassische Kantonsparlament beschloss kurz nach dem Strafantritt, auf ein Gnadengesuch Hêches einzutreten und ihm mit dem Argument, dass seine Tat politisch motiviert gewesen sei, die Hälfte der Strafe zu erlassen. Die Berner Regierung bestritt die Kompetenz des jurassischen Parlaments zu dieser Begnadigung; sie verzichtete aber auf eine Beschwerde beim Bundesgericht, da die Erfahrung mit der Initiative "Unir" gezeigt habe, dass sich dieses Parlament ohnehin nicht an Urteile dieser Instanz halten würde.

Der Wechsel des Laufentals von Bern zu Basel-Land kam weiterhin planmässig voran. Die Kantonsbehörden der beiden betroffenen Kantone einigten sich auf das Vorgehen und den Zeitplan bei der Obernahme der Verwaltung und bei der Vermögensausscheidung.
Mit der neuen Kantonszugehörigkeit haben sich allerdings noch nicht alle Gemeinden des Laufentals abgefunden. Die Gemeinde Roggenburg hatte sich in den Plebisziten der siebziger Jahre für einen Wechsel vom Bezirk Delémont (JU) zu Laufen entschieden, um im Kanton Bern zu bleiben. In den Volksabstimmungen für den Anschluss des Laufentals an Basel-Land hatten sich die Roggenburger jeweils mit klaren Mehrheiten gegen einen Kantonswechsel ausgesprochen. Nun verlangten sie in einer von der Gemeinde durchgeführten Konsultativabstimmung mit 78:22 Stimmen, dass ihr historisch nicht zum Bezirk Laufen gehörendes Dorf beim Kanton Bern bleiben darf. Das RJ (Rassemblement jurassien) seinerseits forderte den Anschluss der deutschsprachigen Gemeinde Roggenburg an den Kanton Jura. Das RJ hielt auch fest, dass es einen Kantonswechsel von Ederswiler, der einzigen deutschsprachigen Gemeinde des Kantons Jura, nicht akzeptieren wird. In den Dörfern Brislach und Wahlen dauerte die Opposition gegen den Anschluss an Basel-Land ebenfalls noch an; beide würden einen Wechsel in den angrenzenden Kanton Solothurn vorziehen. Der bernische Regierungsrat verbot allerdings die Durchführung einer Volksabstimmung, da das Gesetz für den Entscheid über die Kantonszugehörigkeit des Laufentals keine "opting-out-Klauseln" für dissidente Gemeinden vorsehe. Die Initianten zogen diesen Entscheid an das Bundesgericht weiter, erlitten aber auch dort eine Niederlage.

Das Bundesgericht hatte Ende 1991 die Strafe von 22 Monaten Zuchthaus gegen ein wegen der Zerstörung eines mittelalterlichen Brunnens in der Berner Altstadt verurteiltes Mitglied der Gruppe Bélier bestätigt. Der Verurteilte, Pascal Hêche, reichte daraufhin bei den jurassischen Behörden ein Asylgesuch ein. Er brachte damit die Kantonsregierung in eine schwierige Lage. Diese ist einerseits gegenüber dem Kanton Bern, der ein Auslieferungsgesuch gestellt hatte, gemäss dem Gesetz über die Bundesrechtspflege zu Rechtshilfe verpflichtet. Andererseits würde sie bei einer Auslieferung eines militanten Kämpfers für die jurassische Einheit an Bern unter massiven Beschuss aus den eigenen Reihen geraten. Ein Ausweg aus diesem Dilemma tat sich auf, als nachträglich von Juristen eine seit Jahrzehnten nicht mehr angewendete Verfassungsbestimmung (Art. 67 BV) entdeckt wurde, die es den Kantonen ermöglicht, bei politischen Delikten auf eine Auslieferung zu verzichten. Das letzte Mal war diese Bestimmung vor 70 Jahren angewendet worden, als der Kanton Schaffhausen die Auslieferung eines im Aargau wegen "landesverräterischer" Publikationen verurteilten Politikers verweigerte. Die jurassischen Behörden kündigten an, mit dem Entscheid über die Auslieferung zu warten, bis das Bundesgericht entschieden hat, ob es sich bei der Tat um, wie von den bernischen Gerichten behauptet, einen Vandalenakt oder um ein politisches Delikt gehandelt hat. Die Berner Regierung ersuchte in der Folge das Bundesgericht um ein diesbezügliches Urteil. Im Dezember entschied dieses, dass es sich bei der Tat im weitesten Sinne um ein politisches Delikt gehandelt hat. Dies habe zwar keine Strafmilderung zur Folge, erlaube aber dem Kanton Jura, auf die Auslieferung an Bern zu verzichten und die Strafe selbst zu vollziehen. Eine Neubeurteilung des Falls durch ein jurassisches Gericht kommt gemäss dem Urteil des Bundesgerichts nicht in Frage, da damit die Grundregel verletzt würde, dass jemand für eine Tat nicht zweimal strafrechtlich verfolgt werden darf. (Zur Zerstörung des Berner Gerechtigkeitsbrunnens siehe auch hier.)

Die 1990 vom jurassischen Parlament für gültig erklärte Volksinitiative "Unir" des RJ, welche von den Kantonsbehörden eine aktive Politik für eine Eingliederung der beim Kanton Bern verbliebenen südjurassischen Bezirke fordert, war von der bernisehen Regierung mit einer staatsrechtlichen Klage beim Bundesgericht angefochten worden. Dieses erklärte am 17. Juni die Initiative "Unir" für ungültig, weil sie gegen die in der Bundesverfassung verankerte Bestandesgarantie für die Kantone verstosse, und forderte die jurassischen Behörden auf, ihr keine Folge zu geben. In der schriftlichen Begründung führten die Richter aus, unzulässig sei nicht der Wunsch nach einer Vereinigung an sich, sondern dass dieses Ziel nicht in einem einvernehmlichen Verfahren mit Bern und dem Bund angestrebt werden soll, sondern mit Propagandaaktionen auf dem Gebiet des Kantons Bern.
Bereits vor diesem Entscheid hatte die jurassische Regierung dem Parlamentsauftrag von 1990 entsprochen und ein Ausführungsgesetz zur Initiative "Unir" vorgelegt. Dieses proklamiert, dass das Erreichen der "institutionellen Einheit" des Juras (d.h. des Zusammenschlusses aller sechs Bezirke) eines der wichtigsten Ziele des Kantons sein soll. Für die Koordination der diesbezüglichen kantonalen Aktivitäten ist die Einsetzung eines Delegierten für die Wiedervereinigung vorgesehen. Nicht allein diese Aktivitäten, sondern auch private Organisationen, welche sich für diese Ziele einsetzen, will die Regierung über einen speziellen Budgetposten finanzieren. Zudem soll ein aus Vertretern des Kantons Jura und Bewohnern der drei bernjurassischen Bezirke gebildeter Rat Vorschläge für die Organisation eines gemeinsamen Kantons erarbeiten.
Das Parlament des Kantons Jura hiess dieses Gesetz in erster Lesung bei Stimmenthaltung der Freisinnigen gut. Nach dem Bundesgerichtsurteil über die Initiative "Unir" drängte das RJ auf eine unveränderte Verabschiedung in zweiter Lesung. Die Regierung und die vorberatende Kommission schlugen hingegen vor, das Gesetz etwas zu entschärfen, indem die gemeinsame Kommission nicht vom Kanton Jura sondern von der vom Bundesrat eingesetzten Konsultativkommission ernannt werden soll; überdies wurde jede Erwähnung der Initiative selbst vermieden. Das Parlament hiess in zweiter Lesung das so überarbeitete Gesetz mit 40 zu 12 Stimmen bei drei Enthaltungen gut. Der Widerstand kam von der FDP, welche nicht gegen das Gesetz an sich opponierte, sondern vor allem gegen die finanzielle Unterstützung von privaten Organisationen, welche für eine Vereinigung kämpfen. Die Aktivitäten dieser Organisationen (RJ, Bélier, Unité jurassienne) hätten sich nach Ansicht der FDP bisher nur kontraproduktiv auf das auch vom jurassischen Freisinn befürwortete Ziel einer Wiedervereinigung ausgewirkt. Die bernische Regierung reichte unverzüglich eine Beschwerde beim Bundesrat ein, worin sie von ihm Massnahmen zur Durchsetzung des Bundesgerichtsentscheides forderte.

Nach dem Bekanntwerden der verdeckten Zahlungen der Berner Regierung an die berntreuen Organisationen hatte die jurassische Regierung beim Bundesgericht Beschwerde gegen die Plebiszite von 1974 und 1975, welche zum Verbleiben der drei südlichen jurassischen Bezirke bei Bern geführt hatten, erhoben. Am 13. März beschloss das Bundesgericht einstimmig, aus formalen Gründen auf diese Beschwerde nicht einzutreten. Da der Kanton Jura zur Zeit der Plebiszite noch nicht existiert hat, kommt ihm gemäss dem Urteil keine Klagelegitimation zu; eine Beschwerde hätte demnach zeitgerecht, d.h. nach der Aufdeckung der verdeckten Zahlungen, von einer 1974 stimmberechtigten Person eingereicht werden müssen. Das Bundesgericht wies gleichzeitig auch die jurassische Klage auf Rückerstattung eines Teils der Schwarzgelder ab.

Die bernische Regierung reichte beim Bundesgericht staatsrechtliche Klage gegen die Gutheissung der Volksinitiative "Unir" durch das jurassische Parlament und gegen die staatlichen Beiträge an den "Wiedervereinigungsfonds" ein. Sie sieht darin einen Verstoss gegen die in der Bundesverfassung verankerte Garantie des kantonalen Territoriums, welcher noch gravierender sei, als der 1977 von der Bundesversammlung gestrichene Wiedervereinigungsartikel der jurassischen Kantonsverfassung. Bereits vorher war die bernische Exekutive vom Grossen Rat mit einer von SVP, SP und FDP unterstützten Motion Houriet (fdp) aufgefordert worden, sich mit konkreten Massnahmen gegen die Gebietsansprüche des Kantons Jura zu widersetzen. Ebenfalls mit einer Motion hatte ein anderer Berner Jurassier (Benoit, svp) verlangt, dass als Gegengewicht zum jurassischen Wiedervereinigungsfonds ein bernischer Fonds zur Verteidigung der territorialen Integrität zu gründen sei. Auf Antrag der Regierung, welche auf die schlechten Erfahrungen mit staatlichen Propagandafonds hinwies, lehnte der Grosse Rat diesen Vorstoss ab.