La nouvelle ordonnance sur la protection de l'air (OPair) est entrée en vigueur suite à l'approbation du Conseil fédéral. L'ordonnance a subi quelques modifications pour tenir compte de l'état actuel de la technique et pour améliorer la qualité de l'air. Des valeurs limites pour les poussières fines ont été notamment définies pour les petites installations de chauffage de bois. Dorénavant, ces installations subiront des contrôles périodiques. Ceux pour les chauffages au gaz seront espacés en raison des progrès techniques. L'ordonnance révisée intègre également des nouvelles prescriptions européennes pour les nouveaux appareils et machines à moteur à combustion, et étend les contrôles antipollution pour les machines de chantier à tous les types de machines. Des dispositions relatives aux installations industrielles et artisanales, et aux combustibles liquides sont modifiées. La Suisse s'aligne sur les recommandations de l'organisation de la santé (OMS) en introduisant une valeur limite d'immission pour les poussières fines d'un diamètre inférieur à 2.5 micromètres. Les normes sur la mise dans le commerce d'installations de chauffage sont reprises dans l'ordonnance sur les exigences relatives à l'efficacité énergétique (OEEE).
Lors de la procédure de consultation, le projet de révision avait rencontré globalement un large soutien. Seuls les cantons du Jura et de Lucerne rejetaient en grande partie le projet. Le canton alémanique jugeait les restrictions prévues pour les chauffages au bois contre-productives pour la politique énergétique et climatique. Le Jura s'inquiétait des conséquences pour la population et les exploitants des installations. Les autres cantons croyaient en l'amélioration de la qualité de l'air. Du côté des partis politiques, les Verts et le PS avaient salué le projet. Le PDC considérait que les modifications apportées allaient trop loin dans le domaine des installations de combustion alimentées au bois. La plupart des associations économiques ou professionnelles étaient favorables au projet tout en proposant d'autres modifications. Les organisations environnementales et de la santé considéraient le projet prometteur mais incomplet vis-à-vis des derniers développements techniques. Finalement, les entreprises ont en grande partie salué le projet, avec quelques réserves.

Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Suite à des massacres de troupeaux de moutons par une meute de loups dans le val d’Illiez (VS) et par un loup seul dans la région d’Entlebuch (LU), les autorités des deux cantons ont délivré des autorisations de tir. Peu après, le WWF et Pro Natura ont déposé des recours à l’encontre de ces décisions, estimant que celles-ci portaient atteinte aux droits national et international, que les troupeaux attaqués n’étaient, dans la plupart des cas, pas protégés de manière efficace, et que l’autorisation de tir avait été délivrée de manière peu transparente. Ces associations réclamaient en outre que les recours en la matière soient assortis à l’avenir d’un effet suspensif sur les autorisations de tir.
Les réactions politiques n’ont pas tardé et trois interventions parlementaires, pas encore traitées par le parlement, ont été déposées dans la foulée : une motion Freysinger (udc, VS) (Mo. 09.3790), qui demande que la Suisse dénonce la Convention de Berne protégeant le loup, une motion Schmidt (pdc, VS) (Mo. 09.3813), qui charge le gouvernement d'adresser une demande au Conseil de l'Europe pour que le loup passe de la liste des "espèces de faune strictement protégées" (tel que spécifié dans la Convention de Berne), à celle des "espèces de faune protégées", et une motion Lustenberger (pdc, LU) (Mo. 09.3951), qui préconise une adaptation des dispositions régissant la régulation du loup au travers d’une modification de l'ordonnance sur la chasse. Dans sa prise de position, le Conseil fédéral a préconisé le rejet de la motion Freysinger et l’acceptation des deux autres motions. Il s’est ainsi déclaré favorable à une rétrogradation du loup du statut d' « espèce de faune strictement protégée » à celui d' « espèce de faune protégée ». Le Conseil fédéral a par conséquent proposé que la délégation suisse aborde le sujet du loup et de son statut de protection en Europe dans le cadre de la nouvelle plate-forme « Grands prédateurs », créée sous l'égide de la Convention alpine, et soutienne une proposition commune des pays alpins visant à faire modifier le statut de protection auprès du Comité permanent de la Convention de Berne à Strasbourg. Pour la révision du plan de loup, voir ici.

En mars, l’Association parc naturel des Muverans, regroupant 15 communes vaudoises et valaisannes, ainsi que les cantons de Vaud et du Valais, a vu le jour. Elle a comme tâche de définir les différentes zones du parc avec les communes afin de conduire le projet à sa réalisation d’ici 2005. Trois mois après sa création, le comité a unanimement pris la décision de quitter le concours de Pro Natura. L’association préférait faire cavalier seul et présenter son propre projet de parc à la Confédération à l’aune des modalités que la loi offrirait. Comme pour la région de Bagnes, le développement durable et l’intégration des activités de la population étaient des conditions sans lesquelles la région ne voulait pas entrer en matière.

Le Conseil communal de Bagnes (VS) a retiré sa candidature à l’appel d’offre lancé par Pro Natura pour la création d’un deuxième parc national. Les élus ont pris leur décision en se basant sur les directives en préparation : ils déploraient la rigueur des critères prévus par l’Office fédéral de l’environnement pour le parc national. Concrètement, ils jugeaient inacceptable les exigences excluant toute agriculture, sylviculture, ainsi que certaines activités comme le VTT ou le parapente dans le noyau central du parc. La principale pierre d’achoppement était cependant la fin programmée du barrage de Mauvoisin. En effet, le parc national n’aurait pas permis le renouvellement des concessions hydrauliques dans la zone centrale. Cela signifie que le captage de cours d’eau, nécessaire à l’alimentation du barrage, aurait été impossible. Or, le barrage apporte à la commune plus de trois millions de francs de redevance par année.

La deuxième mouture du plan de protection de la Grande Cariçaie a suscité une nouvelle avalanche d’oppositions. Les cantons concernés, Vaud et Fribourg ont reçu, respectivement 20 000 et 6000 recours. La quasi-totalité des opposants a déposé un texte standard basé sur quatre arguments principaux, relayés par Aqua Nostra, le lobby des usagers de la nature : une inégalité de traitement entre les cantons de Vaud et de Fribourg, l’absence d’étude économique sur les effets de la protection des marais, une trop grande restriction de baignade et la suppression des chalets au bord des berges, prévue pour 2008. En réponse à ces oppositions et pour marquer leur soutien au projet officiel de protection de la rive du lac de Neuchâtel, Pro Natura, le WWF et l’Association suisse pour la protection des oiseaux ont réuni par pétition 70 000 signatures. Le Service fribourgeois, comme l’oblige la loi lors du traitement des oppositions, a reçu Aqua Nostra afin d’aplanir les divergences. La négociation n’a donné aucun résultat. En théorie, le canton de Fribourg devrait entendre individuellement chaque opposant, mais en pratique on s’achemine uniquement vers des rencontres avec les acteurs disposant d’une qualité d’agir. La procédure vaudoise n’oblige pas à de tels entretiens avec les opposants, mais le canton doit en revanche leur répondre individuellement.

Pour préparer la troisième version du projet de réserve naturelle de la Grande Cariçaie (rive sud du lac de Neuchâtel), l'OFEFP a rencontré les opposants; à savoir les privés, les communes riveraines et Aqua Nostra, ainsi que les associations environnementales telles que Pro Natura et WWF. Version de compromis entre les parties, les plans et le règlement de la Grande Cariçaie, le plus grand marais suisse, ont été mis en consultation durant l'été et ensuite mis à l'enquête en novembre. La modification principale était l'établissement d'un unique règlement pour les cinq réserves, alors qu'en 1998 il y avait sept zones à classer avec autant de règlements à clé. Les autres modifications par rapport au projet antécédent portaient sur une autorisation de navigation et de baignade entre le 1er juin et le 3ème week-end de septembre, en plus des autres secteurs accessibles de la rive, dans le secteur de la baie d'Yvonand et de Crevel, dans la partie nord-ouest de réserve de Chevroux et à Portalban; une autorisation de navigation et d'ancrage dès 50 mètres au large des communes de Champmartin, Cudrefin et Chabrey; sur la création d'un chemin pédestre entre Cheseau et Noréaz et sur l'ouverture au public des forêts de la pente de Chevroux. Les éléments qui n'avaient pas changé par rapport au projet contesté de 1998 étaient le statut des résidences secondaires ainsi que les dispositions concordataires sur la chasse et la pêche. Pour des motifs différents, Aqua Nostra et le WWF ont décidé de faire opposition, entraînant par conséquent une réévaluation du projet.

Les cantons de Vaud et de Fribourg avaient mis à l’enquête publique à la fin 1998 un plan de protection de la réserve naturelle au sud du lac de Neuchâtel, la Grande Cariçaie, qui forme le plus grand marais lacustre de suisse. Toutefois, quelque 100 000 oppositions sont parvenues auprès des services cantonaux compétents. L’association Aqua Nostra, constituée par les détracteurs du plan de protection, a représenté près de 90% de la masse des oppositions. Dans le courant de l’été, les cantons de Fribourg et de Vaud, les communes riveraines du sud du lac de Neuchâtel et le directeur de l’OFEFP ont toutefois trouvé un compromis pour concrétiser la constitution de réserves naturelles. L’OFEFP a accepté d’octroyer d’importantes concessions aux usagers du lac afin de faire avancer le dossier: certaines zones de réserves des oiseaux d’eau ne seront plus interdites à la navigation comme le prévoyaient les premières dispositions de protection, l’utilisation des rives par la population locale pourra se poursuivre. Le port de Gletterens sera maintenu, mais son accès sera limité afin de diminuer les nuisances. Le compromis en question a toutefois été rejeté par l’association Aqua Nostra qui a réclamé une étude sur les conséquences économiques, sociales et écologiques des projets de réserves naturelles, ainsi que l’élaboration d’une politique globale des réserves sur tout le pourtour du lac. En outre, l’association a demandé d’être associée à ces projets au même titre que Pro Natura et le WWF.