In Beantwortung eines Postulats der KVF-SR hatte der Bundesrat Ende 2010 seinen Grundlagenbericht zu den anstehenden Sanierungs- und Instandsetzungsarbeiten am Gotthard-Strassentunnel präsentiert. Während der Zeitplan (2020–2050) weitgehend unbestritten war, gaben die Frage nach dem Sinn und Zweck einer zweiten Tunnelröhre sowie deren Vereinbarkeit mit dem Alpenschutzartikel Anlass zu heftigen Diskussionen. Unterstützt von VCS, WWF und weiteren Umweltschutzorganisationen propagierte die Alpeninitiative die komplette und dauerhafte Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene, begleitet von einem Fahrverbot für überregional verkehrende Lastwagen zwischen Biasca und Erstfeld sowie einem Verladeshuttle für PKWs auf der alten Bahnstrecke zwischen Airolo und Göschenen. Der Bundesrat hielt im Bericht fest, den kostspieligen Bau einer zweiten Röhre, dessen Investitionskosten das Bundesamt für Strassen (Astra) auf CHF 2 Mrd. (bei jährlichen Unterhaltskosten CHF von 10 Mio.) schätzt, mit seinem Verlagerungskonzept (Güter durch den neuen Eisenbahn-Basistunnel, Personen durch den Eisenbahn-Scheiteltunnel) vermeiden zu wollen. Zudem wies die Regierung auch auf die möglichen verfassungsrechtlichen Konsequenzen einer zweiten Strassentunnelröhre in Bezug auf den Alpenschutzartikel hin. Wirtschaftskreise und mit ihnen viele bürgerliche Politiker aus den hauptsächlich vom Transitverkehr betroffenen Kantonen sahen bei einer richtungsgetrennten, einspurigen Verkehrsführung keinen Widerspruch zum Alpenschutzartikel und forderten den Bau einer zweiten Tunnelröhre (dessen Baukosten sie auf die Hälfte des vom Astra errechneten Betrags schätzten) vor Beginn der Sanierungsarbeiten. Im Verlauf des Berichtsjahrs tendierten die Tessiner, Urner und Bündner Regierungen verstärkt zur Option zweite Röhre. Dabei betonten die beiden Letzteren, am Alpenschutzartikel festhalten zu wollen. Die Bündner Regierung drohte für den Fall der Vollsperrung des Strassentunnels mit der Kontingentierung von Güterfahrten auf der A13 am San Bernardino. Das Gotthard-Komitee, die Interessengemeinschaft der 13 Kantone und der Wirtschaft entlang der Gotthard-Achse, vermochte im Sommer des Berichtsjahrs keinen Entscheid für oder gegen den Bau eines zweiten Strassentunnels zu fällen.

Trente ans après sa mise en service, en 1980, le tunnel routier du Saint-Gothard a une nouvelle fois suscité de vives discussions au cours de l’année sous revue. Après que l’OFROU a annoncé que sa réfection nécessiterait la fermeture complète du tunnel, les partis bourgeois se sont mobilisés en faveur de la construction d’un second tube tant au niveau cantonal que fédéral. Au parlement, 100 conseillers nationaux et 28 sénateurs, tous issus des rangs bourgeois, ont déposé à l’automne des propositions individuelles en ce sens. À l’inverse, les partis de gauche, les organisations de protection de l’environnement et l’Initiative des Alpes ont rejeté cette proposition au motif qu’elle allait à l’encontre l’objectif de transfert de la route au rail et violait en ce sens l’article constitutionnel sur la protection des Alpes. Dans le canton d’Uri, l’initiative populaire cantonale lancée par les jeunes UDC en faveur d’un second tube a abouti, tandis que les sections tessinoises des partis bourgeois et la Lega dei Ticinesi ont pris position dans le même sens. Au mois de septembre, le Conseil national a adopté, par 90 voix contre 56, un postulat Rime (udc, FR) (08.3560) visant à ce que le Conseil fédéral examine la possibilité du percement d'un second tube. En fin d’année, le Conseil fédéral a présenté un rapport complet concernant la réfection du tunnel routier du Saint-Gothard en réponse au postulat de la CTT-CE que lui avait transmis la chambre des cantons l’année précédente. Prévue entre 2020 et 2025, la réfection vise à rehausser le plafond intermédiaire du tunnel, à renouveler le système d’évacuation des eaux et à conformer les installations de sécurité aux normes actuelles. Compte tenu de l’ampleur de l’entreprise, le gouvernement juge nécessaire la fermeture complète du tunnel durant environ 900 jours, évoquant deux options quant à la planification des travaux. La première consiste en la fermeture annuelle du tunnel durant environ deux ans et demi. Réalisés d’une traite, les travaux coûteraient CHF 650 millions. La seconde option prévoit quant à elle la fermeture du tunnel 280 jours par an (de mi-septembre à fin juin) durant trois ans et demi et des coûts de réfection de CHF 752 millions. Quant à la gestion du trafic durant la réfection, le Conseil fédéral propose le transfert de la route au rail du transport des personnes, via le tunnel de faîte du Saint-Gothard (Göschenen-Airolo), et des marchandises, grâce au tunnel de base du Gothard (Erstfeld-Bodio). Le gouvernement juge cependant que ces solutions ne suffiront pas à empêcher les répercussions négatives de la fermeture du tunnel routier pour les cantons d’Uri et du Tessin. La construction d’un second tube n’est toutefois pas nécessaire : outre son coût élevé (environ CHF 2 milliards), elle exigerait une modification de la Constitution et ne serait pas achevée d’ici au lancement des travaux de réfection. Le Conseil fédéral a par ailleurs assuré que les cantons concernés et les commissions des transports des chambres seront associés aux discussions concernant les deux options préalablement à la décision définitive du collège gouvernemental.

Le Conseil fédéral a mis à l’enquête la "variante plaine" dans le cadre du tracé des NLFA à Uri. Il n’en a pas fait de même avec la "variante montagne", car pour lui l’option plaine primait et il voulait aller de l’avant afin de tenir les délais. Un commencement rapide des travaux entre Altdorf et Erstfeld était crucial pour respecter les délais de la réalisation du tunnel de base du Gothard. Or, le risque d’un retard de deux ans, à cause de la longueur de la procédure dans le canton d’Uri, planait sur la mise en service des NLFA, prévue pour 2010-2011. La réponse des uranais (citoyens, communes, organisations de protection de l’environnement, associations et canton) à la variante plaine s’est soldée par 900 oppositions. Ces derniers ont réaffirmé leur préférence pour la variante montagne, à savoir un passage intégral ou partiel dans la montagne. Le tracé mis à l’enquête entre le tunnel de l’Axen à Flüelen et le portail du futur tunnel de base (au nord d’Erstfeld) prévoit de traverser Uri à l’air libre sur six ou sept kilomètres. La digue où circuleront les trains rapides sera beaucoup plus élevée que l’actuelle, atteignant six mètres de haut (plus de deux mètres de parois antibruit). Près d’Erstfeld, la plate-forme s’élargira de 60 mètres, car on y installera des voies d’attente où les futurs longs convois de marchandises (1,5 km) céderont la place aux trains voyageurs. La variante montagne a reçu un appui inattendu sous la forme des résultats d’une étude commandée par la Confédération. Ceux-ci estimaient les variantes partiellement ou entièrement souterraines (dans la montagne) comme "techniquement réalisables". Toutefois, les experts reconnaissaient qu’aucune conclusion définitive ne pouvait être tirée quant à la variante idéale et, que si ce tracé réduisait les nuisances, son financement coûterait entre CHF 550 et 700 millions de plus que la variante plaine. Sur base de ces résultats, la commission des transports du National a demandé au Conseil fédéral d’étudier l’intégration de ce tronçon dans le plan sectoriel. Le gouvernement pouvait encore le faire, car le financement du projet devait encore passer devant le parlement. Pendant ce temps, Peter Föhn (udc, SZ) a retiré son initiative parlementaire intitulée "Tracé de la NLFA dans le canton d’Uri. Variante montagne" (01.425). A la lumière de ce rapport et des oppositions lors de la mise à l’enquête, le Conseil fédéral a annoncé qu’il allait en tenir compte comme base de décision pour la suite des travaux.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.