Die WAK-SR hat die Ergebnisse ihrer im Frühling 2019 eingeleiteten Vernehmlassung zur Kenntnis genommen. Heute bezahlen Besitzer von Wohneigentum, in dem sie selber wohnen, Einkommensteuern auf einen fiktiven Mietertrag (sog. Eigenmietwert). Die Kommission schlug vor, den Eigenmietwert für am Wohnsitz selbstbewohntes Wohneigentum zusammen mit verschiedenen Abzugsmöglichkeiten (z.B. für den Unterhalt oder die Instandstellung) abzuschaffen. Ausserfiskalisch motivierte Abzüge (z.B. für Energiesparen) würden lediglich auf Bundesebene abgeschafft; die Kantone könnten sie weiterhin erlauben. Zweitliegenschaften wären zwar vom Systemwechsel nicht betroffen, doch würden ausserfiskalisch motivierte Abzüge trotzdem nicht mehr erlaubt. Schliesslich sollte auch die Abzugsfähigkeit von Schuldzinsen mehr oder weniger eingeschränkt werden; hierzu erarbeitete die Kommission fünf Varianten. Als Ausgleich würde ein neuer «Ersterwerberabzug» von CHF 10'000 für Ehepaare (CHF 5'000 CHF Alleinstehende) eingeführt, der aber nach 10 Jahren endet. Insgesamt gingen 110 Stellungnahmen ein. Der kurze Zeit später veröffentlichte Vernehmlassungsbericht zeigt auf, dass 21 Kantone, FDK, SP und die Grünen sowie der Mieterverband und SGB die Vorlage ablehnen. Einzig die Kantone GE, NW, OW, SZ und ZH unterstützen den Systemwechsel, doch auch sie lediglich mit gewichtigen Vorbehalten, allen voran bezüglich Ersterwerberabzugs. Das gleiche gilt für die grundsätzlich befürwortenden Parteien (SVP, FDP, CVP, BDP und Grünliberale). Am positivsten haben Verbände der Hauseigentümerinnen und Hauseigentümer (HEV) und Economiesuisse reagiert. In Anbetracht der zahlreichen umstrittenen Fragen hat die WAK-SR jedoch die Verwaltung damit beauftragt, weitere Abklärungen vorzunehmen. Diese sollen vor allem folgende Punkte betreffen: Zweitliegenschaften, Schuldzinsenabzüge und ausserfiskalisch motivierte Abzüge für Energiespar- und Umweltschutzmassnahmen.

Das im Vorjahr eingereichte Kantonsreferendum gegen das Steuerentlastungsprogramm des Bundes war erfolgreich. Das Volk lehnte am 16. Mai das Steuerpaket deutlich ab, in keinem einzigen Kanton ergab sich eine Ja-Mehrheit. (Zum Abstimmungsresultat siehe hier.)

Am 16. Mai 2004 entschied das Volk über das Steuerpaket. Insbesondere aufgrund der befürchteten Einbussen bei der Wohneigentumsbesteuerung sprachen sich neben den elf Kantonen (BS, BE, GL, GR, JU, OW, SG, SH, SO, VD, VS), welche erstmals seit 1874 das Standesreferendum ergriffen hatten, auch neun weitere für die Ablehnung der Vorlage aus. Linke und Grüne, welche ebenfalls das Referendum ergriffen hatten, Gewerkschaften und der Schweizerische Mieterverband gaben die Nein-Parole heraus. Zur Befürworterseite zählten die FDP und die SVP sowie die Wirtschafts- und Arbeitgeberverbände und der Schweizerische Hauseigentümerverband. Auch die CVP befürwortete das Steuerpaket, allerdings hatten viele Kantonalsektionen die Nein-Parole herausgegeben.

Der Schweizerische Hauseigentümerverband zeigte sich über das Ja des Parlaments zum Steuerpaket befriedigt und sistierte die geplante Lancierung eigener Volksinitiativen im Bereich des Bausparens und der Eigenmietwertbesteuerung. Die kantonalen Finanzdirektoren hingegen lehnten die Steuerreform ab. Einen reinen Systemwechsel hätten sie unterstützt, nicht jedoch das nun vorliegende Modell, das trotz Abschaffung des Eigenmietwerts weiterhin grosszügige Abzüge für Unterhaltskosten und Schuldzinsen erlaubt. Die entsprechenden Steuerausfälle seien für die Kantone nicht tragbar. In der Folge reichten die Regierungen resp. Parlamente von Bern, Graubünden, Solothurn, Basel-Stadt, Glarus, Jura, Schaffhausen, Wallis, Obwalden, Sankt Gallen und Waadt erstmals in der Geschichte des Bundesstaates ein Kantonsreferendum ein. Da das Zustandekommen des Kantonsreferendums bis im September unklar war, reichte ein links-grünes Komitee ebenfalls das Referendum gegen das Steuerpaket ein.

Als Novum in der Geschichte des Bundesstaates machten zum ersten Mal Kantone Gebrauch von ihrem Recht, gegen einen Parlamentsbeschluss das Referendum einzureichen. Elf Kantone (notwendig für ein Kantonsreferendum wären acht gewesen) beantragten eine Volksabstimmung über das Steuerentlastungsprogramm, welches ihrer Meinung nach für die Kantone nicht verkraftbare Steuerausfälle bringen würde. Die Initiative dazu war von den Kantonsregierungen ausgegangen. Koordiniert durch die Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) hatten achtzehn Regierungen in den kantonalen Parlamenten entsprechende Vorlagen eingebracht.