Im März wählten Waadtländerinnen und Waadtländer eine neue Regierung. Mit dem Rücktritt des freisinnigen Finanzdirektors Charles Favre und des liberalen Staatsrats Claude Ruey wurden zwei Sitze in der 7-köpfigen Exekutive frei. Auf der bürgerlichen Siebnerliste kandidierte die FDP mit Wirtschaftsdirektorin Jacqueline Maurer und zwei dem Zentrum nahe stehenden neuen Bewerbern, Kantonalbank-Vizedirektor Pascal Broulis und Anwalt Eric Golaz. Die Liberalen schickten Gesundheitsdirektor Charles-Louis Rochat und als Nachfolgerin Rueys die Direktorin der kantonalen Immobilienkammer Claudine Amstein ins Rennen. Ebenfalls auf der bürgerlichen Liste figurierten der gemässigte SVP-Staatsrat Jean-Claude Mermoud und Mario-Charles Pertusio (cvp). Bei der Linken spannten SP und Grüne zusammen: Für die Sozialdemokraten, die ihren 1998 verlorenen zweiten Sitz zurückerobern wollten, kandidierte Erziehungsdirektorin Francine Jeanprêtre, Nationalrat Pierre Chiffelle und die aus der Europabewegung stammende Anne-Catherine Lyon; für die Grünen trat der auch von den Bürgerlichen geschätzte Staatsrat Philippe Biéler an. Nationalrat Josef Zisyadis (pda) versuchte im Alleingang, nach seiner Abwahl 1998 wieder in die Exekutive zurückzukehren. Im ersten Wahlgang vom 3. März verfehlten alle Kandidierenden das absolute Mehr – ein Novum in der Waadt, wo es bisher stets zumindest einem Bürgerlichen gelungen war, diese Hürde zu nehmen. Das beste Resultat erzielte der Grüne Philippe Biéler. Auf ihn folgten die Bisherigen Jacqueline Maurer (fdp), Jean-Claude Mermoud (svp) und Charles-Louis Rochat (lp), dann auf den Rängen fünf bis neun die Neuen Pascal Broulis (fdp), Pierre Chiffelle (sp), Claudine Amstein (lp), Anne-Catherine Lyon (sp) und Eric Golaz (fdp). Erst auf dem zehnten Rang landete Erziehungsdirektorin Francine Jeanprêtre (sp). Sie gab für den zweiten Wahlgang ihren Verzicht bekannt. Auch der Freisinnige Eric Golaz zog seine Kandidatur angesichts des schlechten Abschneidens der FDP in den Grossratswahlen zurück.

Für den zweiten Wahlgang präsentierten die Bürgerlichen eine Fünferliste, während sich die PdA der links-grünen Allianz anschloss. Das Resultat vom 17. März fiel bei einer Wahlbeteiligung von lediglich 28,1% überraschend aus: Zwar behielten die Bürgerlichen knapp die Mehrheit, doch mussten die Liberalen ihren zweiten Sitz, den sie in den vergangenen Wahlen auf Kosten der SP gewonnen hatten, wieder abtreten. Nach Ansicht von Kommentatoren war dies auch eine Quittung für das als unkollegial empfundene Verhalten der Liberalen, weil sie die am Runden Tisch zu den Finanzen ausgehandelten Vereinbarungen nicht eingehalten hatten. Das beste Ergebnis erzielte wiederum Philippe Biéler (gp), gefolgt von den Neuen Anne-Catherine Lyon und Pierre Chiffelle (beide sp) sowie dem Freisinnigen Pascal Broulis; erst auf dem fünften bis siebten Platz landeten die Bisherigen Jacqueline Maurer (fdp), Jean-Claude Mermoud (svp) und Charles-Louis Rochat (lp). Nationalrat Zisyadis (pda) verfehlte den Wiedereinstieg nach vier Jahren nur äusserst knapp.

In der Waadt gelang es der Linken, der bürgerlichen Entente bei den Staatsratswahlen einen Sitz abzunehmen und damit die seit 1962 geltende "Zauberformel" (3 FDP, 1 LP, 1 SVP, 2 SP) zu durchbrechen. Dieser Verlauf zeichnete sich bereits nach dem ersten Wahlgang ab, bei dem nur drei der fünf bürgerlichen Kandidaten, der Liberale Claude Ruey, Jacques Martin (fdp) und Pierre-François Veillon (svp) das absolute Mehr erreichten. Die Bisherigen Philippe Pidoux (fdp) und Daniel Schmutz (sp) sowie knapp auch der neue FDP-Kandidat Charles Favre verpassten die Wahl im ersten Durchgang. Der Grüne Philippe Biéler wurde zwar nicht gewählt, konnte sich aber an fünfter Stelle plazieren. Im zweiten Wahlgang wurde von den Bürgerlichen nur Charles Favre gewählt; das beste Resultat erzielte Daniel Schmutz (sp). Der Grüne Biéler, bekannt als Mieteranwalt, setzte sich noch vor den zweiten SP-Vertreter Jean-Jacques Schwaab. Erstmals zog somit die Grüne Partei in die Waadtländer Regierung ein. Der PdA-Kandidat und Nationalrat Josef Zisyadis erreichte in beiden Wahlgängen einen Achtungserfolg. Nicht wiedergewählt wurde Philippe Pidoux, welcher bei den Wahlberechtigten vor allem wegen seiner Spitalpolitik in Ungnade gefallen war. Damit wurde in der Waadt erstmals seit 110 Jahren ein Regierungsrat abgewählt. Der auf vier Vertreter geschwächten Entente steht nun eine gestärkte rot-grüne Minderheit gegenüber. Eine weitere kleine Sensation bildete für den Kanton Waadt die Wahl zweier Katholiken (Favre und Schwaab); der letzte katholische Staatsrat amtierte 1803.