Drei Urner Regierungsräte traten für die Gesamterneuerungswahlen am 11.3.12 nicht mehr an. Während Stefan Fryberg (fdp) und Josef Arnold (cvp) nach zwöf- bzw. achtjähriger Amtszeit zurücktraten, wollte sich der im Herbst 2011 in den Ständerat gewählt Isidor Baumann (cvp) auf die nationale Politik konzentrieren. Die andern vier Regierungsmitglieder – Heidi Z’graggen (cvp), Josef Dittli (fdp), Markus Züst (sp) und Beat Arnold (svp) – stellten sich für eine weitere Amtszeit zur Verfügung. Anders als vor vier Jahren, als alle Bisherigen wieder antraten und ohne Konkurrenz bestätigt wurden, verhiessen die drei nicht durch Bisherige zu verteidigende Sitze, die total elf Kandidaturen und der Angriff der SVP, die als zweitstärkste Fraktion im Landrat eine adäquatere Vertretung in der Regierung und eine neue parteipolitische Zusammensetzung (bisher: 3 CVP, 2 FDP, 1 SP, 1 SVP) anstrebte, Spannung. Neben ihrem Bisherigen Arnold, der 2010 bei Ersatzwahlen für den damals aus der Regierung ausgeschiedenen, parteilosen Ständerat Markus Stadler (glp) als erster Urner SVP-Regierungsrat in die Exekutive gewählt wurde, schickte die SVP den 51-jährigen Präsidenten des Landrates, Josef Schuler, ins Rennen. Dessen Chancen wurden jedoch als gering eingeschätzt, weil vermutet wurde, dass sich die Stimmen des bürgerlichen Lagers, auf die er angewiesen war, auf die CVP und die FDP konzentrieren würden. Die CVP trat mit einem Quartett zur Verteidigung ihrer drei Sitze an. Neben der bisherigen Z’graggen sollten die Kantonsparteipräsidentin Patrizia Danioth Halter, der Gemeindepräsident von Gurtnellen, Beat Jörg, sowie der Landratsvizepräsident Urban Camenzind mindestens die beiden vakanten Sitze verteidigen, besser noch die bis 2004 traditionelle Mehrheit in der Urner Exekutive wieder herstellen. Die FDP schickte neben ihrem Bisherigen Dittli den 55-jährigen Thomas Arnold ins Rennen, um ihren Besitzstand zu wahren. Markus Züst (sp) wurde von der Wahlallianz aus SP, GP, Juso und Urner Gewerkschaftsbund unterstützt. Zwei weitere Kandidaturen ergänzten das Karussell. Sowohl Barbara Bär (fdp), Gemeindepräsidentin von Altdorf als auch Erich Herger (cvp), Gemeindepräsident von Bürglen und ehemaliger Chefredaktor des Urner Wochenblattes, waren in der parteiinternen Ausmarchung ihrer Konkurrenz knapp unterlegen und versuchten ihr Glück mit wilden Kandidaturen, die in Uri – so zeigt etwa das Beispiel des zurückgetretenen Stefan Fryberg (gewählt als wilder Kandidat) – durchaus Erfolg haben können.

Angesichts der Kandidatenflut wurde ein zweiter Wahlgang nötig. Im ersten Wahlgang wurden nur die Bisherigen, die jeweils alle von allen Parteien unterstützt wurden – mit Ausnahme der SVP, die eine Unterstützung von Züst (sp) explizit verweigerte – ohne Probleme wiedergewählt: Am meisten Stimmen erhielt Josef Dittli (10'083 Stimmen), gefolgt von Heidi Z’graggen (7'611 Stimmen), Beat Arnold (7'606 Stimmen) und Markus Züst (7'424 Stimmen). Dittli wurde zum Landammann und Z’graggen zum Landesstatthalter gewählt. Ebenfalls bereits in der ersten Runde übersprang Beat Jörg (6'335 Stimmen) das absolute Mehr, das bei 6'277 Stimmen lag. Er dürfte vom Umstand profitiert haben, dass er der einzige Kandidat aus dem Urner Oberland war, dem die Urner Stimmbürgerschaft traditionellerweise ein Regierungsmitglied zugesteht. Für die restlichen sechs Kandidierenden war die Hürde zu hoch. Urban Camenzind (5'108) Stimmen konnte sich für den zweiten Umgang die besten Chancen ausrechnen, gefolgt von Barbara Bär (4'976), die als wilde Kandidatin den offiziell von der FDP portierten abgeschlagenen Thomas Arnold (3'170 Stimmen) hinter sich liess. Auch der ebenfalls wild kandidierende Erich Herger (4'698 Stimmen) verzeichnete mehr als ein Achtungsresultat und liess nicht nur die offizielle CVP-Kandidatin Patrizia Danioth Halter (4'468 Stimmen), sondern auch den SVP-Kandidaten Josef Schuler (4'460 Stimmen) hinter sich. In der Folge wurden Urban Camenzind und Josef Schuler von ihren Parteien noch einmal aufgestellt. Die FDP schwenkte von Thomas Arnold auf die nach der internen Ausmarchung vor dem ersten Wahlgang ursprünglich nicht unterstützte Barbara Bär um. Erich Herger trat noch einmal wild an. Dank dieser Kandidatur verhiess auch der zweite Umgang Spannung. Zwar traten Bär und Camenzind gemeinsam auf einer Liste an, die interne CVP-Konkurrenz durch Herger erhöhte aber die Wahrscheinlichkeit eines Aufsplittens der CVP-Stimmen und somit die Chancen des SVP-Anwärters. Beim zweiten Wahlgang am 15. April setzte die Urner Wahlbürgerschaft aber dann doch überraschend deutlich auf Kontinuität und wählte Barbara Bär (5'142) vor Urban Camenzind (4'937 Stimmen) in den Regierungsrat. Herger (3'921 Stimmen) und Schuler (3'696 Stimmen) waren abgeschlagen. Damit blieb die Sitzverteilung – 3 CVP, 2 FDP, 1 SP, 1 SVP – bestehen. Neu und erstmals in der gesamten Innerschweiz sassen zwei Frauen in der Exekutive. Die Stimmbeteiligung war beim zweiten Wahlgang (41,1%) leicht geringer als noch beim ersten (49,4%).

Im Kanton Uri stellten sich alle amtierenden Regierungsräte zur Wiederwahl: Josef Arnold, Isidor Baumann, Heidi Z’Graggen (alle cvp), Josef Dittli, Stefan Fryberg (beide fdp), Markus Züst (sp) sowie Markus Stadler (parteilos). Die Regierungsräte kündigten ihre gemeinsame Kandidatur ohne Absprache mit den Parteien ab, was zu einer kurzen Aufregung führte. Insgesamt verliefen die Wahlen aber sehr ruhig: Im Gegensatz zu der Wahl vier Jahre zuvor, als vier neue Mitglieder in die Regierung gewählt worden waren, konnten sich dieses Mal die Mitglieder der Exekutive ihrer Wiederwahl sicher sein. Es gab keine Gegenkandidaten, die SVP verzichtete auf Kampfkandidaturen. Dass die Regierung fest im Sattel sass, hing nicht zuletzt mit den durch die Planung eines Ferienresorts in Andermatt durch den Ägypter Samih Sawiris verbesserten ökonomischen Perspektiven des Kantons Uri zusammen. Die Regierung wurde bei den Wahlen denn auch deutlich bestätigt. Das beste Ergebnis erzielte Josef Dittli (fdp), die Stimmendifferenzen zwischen den Regierungsmitgliedern waren klein. Isidor Baumann (cvp) wurde zum Landammann gewählt. Die Stimmbeteiligung war mit 34,4% tief.

Die Ausgangslage für die Urner Regierungsratswahlen gestaltete sich spannend: Justizdirektor Martin Furrer (cvp) trat nach zwölf Jahren Amtszeit nicht mehr an, ebenso wenig die in den Nationalrat gewählte Finanzdirektorin Gabi Huber (fdp). Insgesamt kandidierten zehn Personen für die 7-köpfige Exekutive. Die CVP wollte ihre Mehrheit in der Regierung verteidigen und trat mit den drei Bisherigen Josef Arnold, Isidor Baumann und Oskar Epp sowie der Präsidentin der Kantonalpartei, Heidi Z’graggen, an. Die Freisinnigen schickten Sicherheitsdirektor Peter Mattli und den Attinghauser Berufsoffizier Josef Dittli ins Rennen. Der Altdorfer FDP-Landrat Stefan Fryberg, der Dittli am Nominationsparteitag unterlegen war, kandidierte wild. Markus Züst, ehemaliger Altdorfer Gemeindepräsident, Anwalt und Notar wollte den Sitz der SP, den sie vor vier Jahren verloren hatte, wieder zurückerobern. Die SVP schliesslich erhoffte sich, mit dem Bauleiter Paul Dubacher, der bereits bei den Regierungsratswahlen 1996 als Parteiloser angetreten war, den Sprung in die Exekutive zu schaffen.

Im ersten Wahlgang von Ende März krempelten die Urnerinnen und Urner ihre Regierung um: Sie bestätigten lediglich zwei bisherige Regierungsmitglieder und wählten vier neue hinzu: Das beste Resultat erzielte Bildungsdirektor Josef Arnold (cvp), gefolgt von Heidi Z’graggen (cvp), Gesundheitsdirektor Markus Stadler (parteilos), Josef Dittli (fdp), Markus Züst (sp) und Stefan Fryberg (fdp). Volkswirtschaftsdirektor Isidor Baumann (cvp) verpasste das absolute Mehr um wenige Stimmen. Auf ihn folgte Paul Dubacher (svp). Die beiden bisherigen Regierungsräte Oskar Epp (cvp) und Peter Mattli (fdp) sahen sich auf die Schlussränge verwiesen; gemäss Presseberichten war Baudirektor Epp das Debakel um die Sanierung der Bristenstrasse, die dreimal so teuer ausgefallen war wie geplant, zum Verhängnis worden, und Mattli seine erneute Kandidatur nach siebzehn Amtsjahren. Dass amtierende Regierungsräte abgewählt wurden, hat es im Kanton Uri seit 1915 nicht mehr gegeben. Damit war klar, dass die CVP ihre Mehrheit verloren hatte und dass die SP wieder in die Regierung einziehen würde. Im zweiten Wahlgang von Mitte Mai bestätigte die Urner Bevölkerung den Bisherigen Isidor Baumann (cvp) als letzten Regierungsrat. Baumann erhielt 5603 Stimmen, der SVP-Kandidat Paul Dubacher deren 4747. Damit setzt sich die neue Urner Regierung aus 3 CVP, 2 FDP, 1 SP und 1 Parteilosen zusammen.