La procédure de consultation sur les deux ordonnances relatives à l'a loi sur l'agriculture instituant des paiements directs complémentaires et des contributions pour prestations écologiques a donné lieu à de nombreuses critiques de la part des organisations paysannes, des partis politiques et des cantons. Ainsi, l’USP et l'UDC ont jugé insuffisant le montant destiné aux paiements directs; de son côté, le VKMB, tout comme les partis socialiste et écologiste, ont demandé que la somme versée pour les contributions écologiques soit plus élevée. Quant à lui, le PRD a estimé que les réglementations pour obtenir des contributions pour prestations écologiques étaient beaucoup trop compliquées. Pour les cantons de Vaud, de Genève et du Valais, les ordonnances prétériteraient les grandes exploitations et les cultures spéciales, comme la vigne, les fruits et les légumes, très présentes en Suisse romande. Enfin, les cantons de la Suisse centrale (UR, AI, NW, OW) se sont inquiétés de la faible part prévue pour les régions de montagne.