Mitte Dezember 2017 gab der Bundesrat den Medien bekannt, dass er die Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot» ablehne, ihr aber mit einem indirekten Gegenvorschlag begegnen möchte. Die Initiative für ein nationales Verbot sei abzulehnen, weil die Kantone selber entscheiden können sollten, ob sie die Gesichtsverhüllung im öffentlichen Raum verbieten wollen oder nicht. So hätten die Kantone Tessin und St. Gallen ein solches Verbot befürwortet, während es in Zürich, Solothurn, Schwyz, Basel-Stadt und Glarus abgelehnt worden sei. Diesen unterschiedlichen Befindlichkeiten gelte es Rechnung zu tragen. Der Bundesrat anerkenne jedoch, dass die Gesichtsverhüllung problematisch sein könne, und zwar zum einen, wenn jemand zur Verhüllung gezwungen werde, und zum anderen im Kontakt mit den Behörden. Er wollte sich dieser Problematik daher mit einem indirekten Gegenvorschlag annehmen, der Regelungen auf Gesetzesebene vorsehe, ohne den Kompetenzbereich des Bundes zu überschreiten. Konkret solle es im Strafgesetzbuch ausdrücklich verboten werden, jemanden zur Verhüllung des Gesichts zu zwingen. Zudem solle der Kontakt mit Bundesbehörden und Bundesrecht vollziehenden Behörden unter Androhung von Strafe unverhüllt erfolgen müssen. Der Bundesrat beauftragte das EJPD mit der Ausarbeitung einer entsprechenden Vernehmlassungsvorlage bis Ende Juni 2018.
Bei den Initianten vermochte der Vorschlag des Bundesrats wenig Eindruck zu erwecken; er sei «schwammig» und entspreche nicht dem Anliegen der Initiative, so Walter Wobmann (svp, SO) gegenüber der Basler Zeitung. Das Komitee halte an der Initiative fest und blicke der Abstimmung nach wie vor zuversichtlich entgegen. Die SVP lehnte den bundesrätlichen Vorschlag ebenfalls als «wirkungslos» ab, wie in der Presse zu lesen war. Auf wenig Gegenliebe stiess der Vorschlag indes auch bei den Grünen. Nationalrat Balthasar Glättli (gp, ZH) bezeichnete ihn gegenüber der Basler Zeitung als «falsch und überflüssig», weil Nötigung ohnehin strafbar sei, und machte ihm in der Aargauer Zeitung den gleichen Vorwurf wie der Initiative selbst, nämlich zur «Stimmungsmache gegen Muslime in der Schweiz» beizutragen. Positiver äusserten sich die CVP und die SP zur Stossrichtung des Bundesrates, wenngleich sich die SP weiter auf ihren eigenen direkten Gegenentwurf zur Verbesserung der Gleichstellung der Frauen konzentrieren wollte. SP-Nationalrat Cédric Wermuth (sp, AG) bedauerte im Tages-Anzeiger, dass der Bundesrat sich nicht getraut habe, «die Debatte neu auszurichten», und dass der Gegenvorschlag «keine Antwort auf das Unbehagen» liefere, das hinter der Initiative stehe. Von verschiedenen Seiten wurde der bundesrätliche Vorschlag auch als nicht oder nur schwer umsetzbar kritisiert, da Frauen, die gezwungen werden, sich zu verschleiern, dies eher nicht bei der Polizei zur Anzeige bringen würden. Ständerat Andrea Caroni (fdp, AR), der bereits ein Gegenkomitee zur Initiative gegründet hatte, begrüsste dagegen den Vorschlag des Bundesrates. Er sei zwar nicht «das Ei des Kolumbus», eröffne aber die Möglichkeit für eine gezielte Debatte über die Probleme im Zusammenhang mit der Gesichtsverhüllung und über allfällige Lösungen, so Caroni gegenüber «Le Temps».

In aller Regel wirft die Gewährleistung der kantonalen Verfassungsänderungen nach Abstimmungen durch das nationale Parlament keine hohen Wellen. Aufgrund umstrittener Volksentscheide in den Kantonen Bern und Tessin herrschte aber in der Frühlingsession insbesondere im Nationalrat grosser Diskussionsbedarf. Im Kanton Bern hatte im November 2013 eine Initiative der jungen SVP, die ein Verbot von Einbürgerungen für Kriminelle, Sozialhilfeempfänger und Personen ohne Aufenthaltsbewilligung forderte, überraschend eine Mehrheit erhalten.
Im Kanton Tessin war im September 2013 ein kantonales Vermummungsverbot gutgeheissen worden, das Burka- und Niqabträgerinnen als Zielgruppe anvisierte. Der Bundesrat hatte in seiner Botschaft in beiden Fällen eine Gewährleistung empfohlen. Eine links-grüne Minderheit der SPK-NR argumentierte jedoch, dass die Verweigerung der Einbürgerung von Sozialhilfeempfängern eine Diskriminierung darstelle und ein generelles Verhüllungsverbot der Religionsfreiheit widerspreche und unverhältnismässig sei. In der Debatte erinnerte Bundesrätin Simonetta Sommaruga daran, dass die Aufgabe des eidgenössischen Parlaments lediglich sei, zu beruteilen, ob eine kantonale Verfassung bundesrechtskonform umgesetzt werden könne – und nicht, ob man mit der Änderung einverstanden sei oder diese gut finde. Der Bundesrat sei sowohl im Falle des Kantons Tessin als auch des Kantons Bern zum Schluss gekommen, dass eine sorgfältige Umsetzung der von der Mehrheit der kantonalen Bevölkerung angenommenen Verfassungsänderungen durchaus im Sinne des Bundesrechts möglich sei. Aus diesem Grund seien die kantonalen Verfassungen zu gewährleisten. Die beiden Minderheitenanträge wurden in der Folge mit 131 zu 42 Stimmen (bei 13 Enthaltungen) im Falle des Kantons Bern bzw. mit 117 zu 56 Stimmen (bei 12 Enthaltungen) im Falle des Kantons Tessin abgelehnt und alle Verfassungen gewährleistet.

Im Ständerat stand – neben den Verfassungsänderungen in den Kantonen Bern und Tessin – noch eine weitere kantonale Änderung im Fokus. Bei der Abstimmung vom November 2013 über die Aufnahme eines Verfahrens für eine Zusammenarbeit zwischen dem Kanton Jura und Gemeinden aus dem Berner Jura wurde im Kanton Jura ein neuer Verfassungsartikel angenommen, mit dem die Aufnahme eines Fusionsprozesses angestossen werden soll. Weil aber die Stimmbevölkerung im Berner Jura zeitgleich ein solches Verfahren ablehnte, wäre der Artikel in der jurassischen Verfassung eigentlich hinfällig. Die Frage war nun, ob ein solcher hinfälliger Artikel gewährleistet werden soll. Bundesrätin Simonetta Sommaruga legte in der ständerätlichen Beratung dar, dass die Gewährleistung formaljuristisch nicht daran gebunden sei, ob ein Artikel umgesetzt werde oder nicht, sondern lediglich bedeute, dass eine Änderung mit der Bundesverfassung konform sei. Die Tatsache, dass die Regierung des Kantons Jura in einem Schreiben signalisiert habe, dass dieser Artikel nicht zur Anwendung kommen werde, stehe einer Gewährleistung nicht im Wege. Anders als im Jahr 1977, als ein ähnlicher Artikel nicht gewährleistet worden war, gehe es im zur Diskussion stehenden Artikel ja nicht um die Idee, Berner Gebiete in das Gebiet des Kantons Jura einzubinden, sondern eben lediglich um den Anstoss eines Prozesses. Die Regierung des Kantons Jura habe deutlich signalisiert – unter anderem auch mit der Sistierung des jährlichen Berichts über die Wiederherstellung des Juras an das jurassische Parlament –, dass es den neuen Artikel als gegenstandslos betrachte und keine Ansprüche daraus ableite. Eine Nicht-Gewährleistung dieses Artikels, so Sommaruga weiter, käme einer Negierung des jurassischen Volkswillens gleich, für die es keine rechtliche Begründung gäbe. Auch im Ständerat wurden in der Folge alle Kantonsverfassungen gewährleistet. Keinen Anlass zu Diskussionen hatten die Verfassungsänderungen in den Kantonen Uri, Solothurn, Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Appenzell Ausserrhoden, Appenzell Innerrhoden und Waadt gegeben.