Die Vernehmlassung zum Bundesgesetz über administrative Erleichterungen und die Entlastung des Bundeshaushalts dauerte von September bis Dezember 2019, wobei 62 Antworten eingingen. Es beteiligten sich alle Kantone, fünf in der Bundesversammlung vertretene Parteien sowie 31 Organisationen und Verbände. Einerseits wurden zwar regelmässige Aufgabenüberprüfungen, Effizienzsteigerungen und die Schaffung neuer Handlungsspielräume im Bundesbudget begrüsst, insbesondere die Bürgerlichen erachteten das Projekt aber als wenig ambitiös. Zudem wurde daran erinnert, dass die Änderungen kostenneutral sein sollten, es nicht zu Lastenverschiebung zu den Kantonen und Privaten kommen sollte und die Umsetzungskosten verhältnismässig sein müssten.
Die einzelnen zu ändernden Gesetze kamen bei den Vernehmlassungsteilnehmenden ganz unterschiedlich an. Kaum auf Widerstand stiess die Änderung des Tabaksteuergesetzes. Hier sollte die Möglichkeit geschaffen werden, bei verspäteten Steuerdeklarationen eine Steuerveranlagung nach Ermessen durchzuführen. Dagegen wehrte sich einzig der Kanton Tessin, der darauf hinwies, dass das Tabakproduktegesetz gerade vom Parlament behandelt werde und das Ende dieser Behandlung abgewartet werden solle.
Kaum ablehnende Stellungnahmen, aber doch einige Vorbehalte wurden zur Anpassung des Geoinformationsgesetzes angebracht. Dieses wollte die Steuerung der amtlichen Vermessung mit Programmvereinbarungen stärken, wobei die ebenfalls geplanten Mittelverschiebungen jedoch nicht der Strategie der amtlichen Vermessung 2020-2023 entsprächen, wie kritisiert wurde. Der Kanton Waadt wehrte sich zudem gegen den Verlust der Mitsprachemöglichkeit durch die neue Regelung.
Ähnlich erging es dem Subventionsgesetz, gemäss dem beitragsgewährende Bundesämter neu risikoorientierte Prüfkonzepte erstellen sollten. Hier wurden Befürchtungen zu Kosten und Nutzen der Subventionsüberprüfung geäussert.
Kritischer wurden die Änderungen des Eisenbahngesetzes und des Bahninfrastrukturfondsgesetzes bezüglich der Darlehen und der Indexierung der BIF-Einlagen kommentiert. Neu sollten sämtliche Darlehen für Investitionen in die Bahninfrastruktur in den BIF übertragen werden, was Befürchtungen vor einer Trennung von Betrieb und Infrastruktur laut werden liess.
Besonders viele Vorbehalte wurden bezüglich der Vereinfachung der Finanzierung der Post- und Fernmeldeüberwachung (ÜPF) durch die Einführung von Pauschalen laut. So sei etwa nicht klar, wie die Pauschalisierung zu Kosteneinsparungen führen und die Erhöhung des Kostendeckungsgrades ermöglichen solle. Mehrfach kommentiert wurde auch die Entschädigung der Mitwirkungspflichtigen, die entweder gelobt oder kritisiert wurde.

Im Mai 2020 präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zum Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich, mit dem er die rechtliche Grundlage für die Weiterentwicklung der Digitalisierung von Verfahren schaffen wollte. Damit sollen das Ziel der ESTV, zukünftig alle Daten elektronisch zu erhalten und zu verschicken, sowie die Motion Schmid (fdp, GR; Mo. 17.3371) erfüllt werden. Die Vorlage sah daher vor, die vollständig elektronische Einreichung der Steuererklärung zu ermöglichen, die Authentizität und Integrität der übermittelten Daten sicherzustellen sowie eine elektronische Bestätigung der Daten anstelle einer Unterzeichnung zu realisieren. Geplant war diese Änderung für Einkommens-, Vermögens-, Gewinn- und Kapitalsteuern, für den Antrag auf Rückerstattung der Verrechnungssteuer von natürlichen Personen mit Wohnsitz in der Schweiz sowie für die Wehrpflichtersatzabgabe – auch weiterhin sollte jedoch eine analoge Eingabe der Steuererklärung möglich bleiben. Bei Steuern, die in der Zuständigkeit des Bundes liegen, sowie beim internationalen Informationsaustausch sollten die Betroffenen hingegen zu einem elektronischen Verfahren verpflichtet werden können. Bereits heute sei eine elektronische Einreichung der Steuererklärung in den meisten Kantonen möglich, dem stehe nur die Unterzeichnungspflicht entgegen, erklärte der Bundesrat. Zukünftig solle dieses Verfahren medienbruchfrei möglich sein.
Darüber hinaus enthielt die Vorlage zwei weitere Änderungen, die zwar gemäss Bundesrat nicht direkt mit dem eigentlichen Anliegen der Vorlage zu tun hatten, aber der Verhältnismässigkeit wegen nicht in einer eigenen Vorlage behandelt würden. So sollten die Versicherungen der ESTV neu die Ausrichtung von Kapitalleistungen und Renten der zweiten Säule melden. Zudem sollten die Durchführungsbestimmungen in Art. 72 STHG, welche die Frist zur Anpassung des kantonalen Rechts an das STHG beinhalteten, vereinheitlicht und vereinfacht werden. Dabei sollte auch die Bestimmung zur Verwendung einheitlicher Formulare für die Steuererklärungen aufgehoben werden, da sie aufgrund von Eigenheiten der Kantone nie vollständig umgesetzt werden konnte.

Von Juni bis Oktober 2019 hatte die Vernehmlassung zum neuen Bundesgesetz über elektronische Verfahren im Steuerbereich stattgefunden. 25 Kantone (ausser NE), 7 Parteien (BDP, CVP, FDP, GLP, SVP, SP, Piratenpartei) und 17 Verbände und Organisationen, darunter der SSV, Economiesuisse, SGV, SGB, FDK oder TreuhandSuisse, hatten sich daran beteiligt. Sie alle stimmten der Vorlage grundsätzlich zu, stellten aber teilweise noch weitergehende Forderungen. Die Kantone, die FDK und die SSK forderten, die Bestimmung über einheitliche Formulare, wie vom Bundesrat vorgeschlagen, aufzuheben, während Economiesuisse, BDO, EXPERTsuisse und swissICT diese Pflicht beibehalten wollten. Drei Parteien (CVP, FDP, SVP) und sechs Organisationen (economiesuisse, EITSwiss, SGV, SSV, Städtische Steuerkonferenz, TreuhandSwiss) wollten dem Bundesrat nicht die Möglichkeit geben, den Steuerzahlenden bei Steuern in seiner Zuständigkeit elektronische Verfahren vorzuschreiben. In der Folge nahm der Bundesrat eine Änderung vor: So vereinheitlichte er die Übernahmefrist für Änderungen im STHG. Hingegen beliess er es bei der geplanten Streichung der Bestimmung über die einheitlichen Formulare.

Unmittelbar nach dem Nein der Stimmbevölkerung zur Unternehmenssteuerreform III an der Urne betonten sowohl Gewinner als auch Verlierer die Wichtigkeit des Projektes und die Dringlichkeit einer neuen Vorlage. Einig war man sich mehr oder weniger darüber, dass kein kompletter Neubeginn nötig sei, sondern dass man entsprechend dem sogenannten Plan B auf der bisherigen Vorlage aufbauen könne. Bezüglich der effektiven Ausgestaltung der neuen Vorlage gingen die Meinungen aber weit auseinander. So meldeten sich zahlreiche Parteien, Verbände und Interessenorganisationen mit eigenen Positionspapieren, Eckpunkten und Vorschlägen zu Wort, darunter der Gewerbeverband, die SP oder auch die kantonalen Finanzdirektoren zusammen mit den Städte- und Gemeindevertretern.

Die neue Steuerungsgruppe von Finanzminister Maurer, welche mit Eva Herzog (BS, sp), Serge Dal Busco (GE, cvp), Heinz Tännler (ZG, svp) und Benedikt Würth (SG, cvp) vier Vertreterinnen und Vertreter der Finanzdirektorenkonferenz (FDK) umfasste, präsentierte Ende Mai – und somit in Rekordzeit – die Eckwerte der neuen, als „Steuervorlage 17” betitelten Vorlage. Diese hatte sich am Vorbild des Kantons Waadt orientiert, dem es durch ein soziales Abfedern der Steuerausfälle durch höhere Kinderzulagen gelungen war, sowohl bei der kantonalen Vorlage zur Umsetzung der Unternehmenssteuerreform III als auch bei der entsprechenden nationalen Vorlage an der Urne eine Mehrheit zu erzielen. Entsprechend beschränkte sich der Vorschlag der Steuerungsgruppe nicht nur auf eine Reduktion der den Kantonen zur Verfügung stehenden Entlastungsmassnahmen: eine engere Fassung des Patentabzugs sowie des Abzugs für Forschung und Entwicklung, ein Verzicht auf die Möglichkeit zur Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer sowie vor allem eine Beschränkung der maximalen Steuerentlastung durch die neuen Steuerabzüge auf 70 Prozent anstelle von zuvor 80 Prozent. Vielmehr verstärkte die Steuerungsgruppe mit der Steigerung der Dividendenbesteuerung von 60 auf 70 Prozent auch die Gegenfinanzierung und sorgte mit der von der SP geforderten Erhöhung der Kinderzulagen um CHF 30 für eine Entlastung der Familien. Zusätzlich wurden durch die Aufnahme einer Klausel zur ausdrücklichen Berücksichtigung von Städten und Gemeinden auch deren Bedenken berücksichtigt. Ansonsten übernahm die Steuervorlage 17 die Bestimmungen aus dem Unternehmenssteuerreformgesetz III, insbesondere bezüglich der Abschaffung der kritisierten Steuerprivilegien sowie bezüglich der Kompensation der Kantone durch eine Steigerung des Kantonsanteils an den Bundessteuern von 17 Prozent auf 21.2 Prozent.

Kurz darauf präsentierte der Bundesrat die neue Vorlage, die weitgehend auf dem Vorschlag der Steuerungsgruppe beruhte. Einen entscheidenden Unterschied wies die bundesrätliche Vorlage jedoch auf: Sie sah vor, den Kantonsanteil an den Bundessteuern nur auf 20.5 Prozent zu steigern, wodurch die Kantone anstelle von der ursprünglich vorgesehenen CHF 1 Mrd. noch CHF 820 Mio. erhalten würden. Entsprechend empört zeigten sich die Kantone von dieser Klausel, zumal sie in der kurzen Diskussion dazu in der Steuerungsgruppe keinerlei Anklang gefunden hatte, wie Heinz Tännler und Benedikt Würth erklärten. Die Kantone waren jedoch nicht als Einzige unzufrieden mit dem bundesrätlichen Vorschlag: Die SP und die Gewerkschaften hiessen zwar die Richtung der Verbesserungen gut, befürchteten jedoch, dass die Kantone ihre Unternehmenssteuern dadurch trotzdem stark senken würden. Zudem sollten die Kinderzulagen und die Dividendenbesteuerung stärker erhöht werden. Der Gewerbeverband sorgte sich aufgrund der steigenden Dividendenbesteuerung um die Zukunft der KMU, während die internationalen Grosskonzerne davon nicht stark betroffen seien. Kritisch beurteilte der Finanzdirektor des Kantons Zürich, Ernst Stocker (ZH, svp), vor allem den Verzicht auf die zinsbereinigte Gewinnsteuer. Da sich der Kanton Zürich in einer speziellen Situation befindet, indem er besonders stark von der Abschaffung der alten Steuerprivilegien betroffen ist, sich gleichzeitig aber keine grosse Senkung der ordentlichen Gewinnsteuersätze leisten kann, ist er stark auf den Eigenkapitalzinsabzug angewiesen. Anfangs September 2017 schickte der Bundesrat die Vorlage schliesslich in die Vernehmlassung, während der die interessierten Kreise bis Dezember 2017 die Möglichkeit haben, ihre Kritik anzubringen.

Das Steuerpaket hat insbesondere bei der Wohneigentumsbesteuerung massive Steuerausfälle für die Kantone zur Folge; deshalb lehnten die kantonalen Finanzdirektoren die Steuerreform ab. In der Folge reichten elf – nötig gewesen wären acht – kantonale Regierungen resp. Parlamente (BE, BS, GL, GR, JU, OW, SG, SH, SO, VS, VD) erstmals in der Geschichte des Bundesstaates ein Kantonsreferendum ein. Da das Zustandekommen des Kantonsreferendums bis im September unklar war, reichte ein links-grünes Komitee ebenfalls das Referendum gegen das Steuerpaket ein.